genome.fa.s409.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold409
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3905031

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144258--144283	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
144240--144303	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
150449--150487	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
153037--153062	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
153019--153082	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
157518--157629	42	2.7	42	84	0	134	30	18	33	16	1.94
157595--158433	42	19.8	42	70	9	254	33	17	29	19	1.95
157553--157880	127	2.6	126	78	1	307	32	17	30	18	1.95
157660--157921	126	2.1	127	81	0	310	30	16	31	21	1.96
157590--157939	126	2.8	126	77	3	308	31	17	30	20	1.95
157731--158092	169	2.1	168	81	4	397	31	16	30	21	1.95
158370--158469	42	2.4	42	76	6	105	37	17	30	16	1.91
158290--158469	85	2.1	85	83	3	220	36	18	28	16	1.93
167885--168179	147	2.0	147	97	1	565	21	24	16	36	1.94
174352--174414	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
174371--174395	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
174350--174422	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
174446--174512	20	3.7	20	74	25	85	23	14	14	46	1.83
174466--174524	13	5.0	13	70	29	60	27	15	15	42	1.86
174446--174545	33	3.0	33	95	1	173	25	16	14	45	1.84
174562--174617	20	2.8	20	97	0	103	32	14	14	39	1.86
176903--177284	52	7.3	52	71	10	269	28	26	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177121--177264	51	2.8	50	83	4	180	29	25	11	32	1.92
177174--177424	131	1.9	132	83	7	332	29	28	11	30	1.92
177300--177449	53	2.9	50	80	13	151	32	26	10	31	1.90
177086--177555	184	2.6	181	89	4	710	27	28	12	31	1.93
177456--177742	79	3.6	79	82	5	332	26	26	15	31	1.96
177697--177775	28	2.8	28	100	0	158	24	29	18	27	1.98
182067--182130	12	5.1	12	73	19	51	40	3	0	56	1.15
182211--182263	25	2.1	26	86	10	74	45	3	0	50	1.19
183238--183281	15	3.0	14	81	12	52	50	2	0	47	1.13
183394--183467	28	2.6	29	77	16	75	64	1	4	29	1.20
184891--184925	14	2.5	14	86	13	54	77	0	2	20	0.90
186929--187519	79	7.5	79	80	4	521	36	13	21	28	1.91
186929--187519	158	3.7	156	79	5	578	36	13	21	28	1.91
186929--187519	238	2.5	237	79	2	675	36	13	21	28	1.91
192042--192170	52	2.5	52	93	0	213	31	17	15	36	1.91
192042--192190	52	2.9	52	85	4	185	31	16	16	34	1.92
192179--192203	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
192971--193024	20	2.7	20	91	5	83	42	5	16	35	1.72
193709--193874	44	3.8	44	83	0	190	42	9	25	22	1.83
193709--193875	88	1.9	87	83	3	219	42	8	25	22	1.83
193881--194643	62	12.3	62	83	5	868	33	18	22	24	1.97
193881--194643	123	6.1	124	81	6	850	33	18	22	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200817--201105	79	3.7	78	81	7	325	33	14	23	27	1.94
201042--201255	51	4.2	51	83	1	252	32	10	27	29	1.90
201207--201379	78	2.2	77	82	4	195	32	12	28	26	1.93
205535--205582	22	2.3	22	85	7	64	75	6	18	0	1.01
208827--209581	167	4.5	167	83	5	768	32	11	7	48	1.68
208827--209507	333	2.0	332	82	6	817	32	12	7	47	1.69
209882--209921	9	4.4	9	83	0	53	87	0	12	0	0.54
209881--209938	13	4.6	12	77	14	55	84	1	13	0	0.70
209885--209939	16	3.4	17	72	7	51	83	1	14	0	0.73
216038--216085	20	2.4	20	85	0	69	39	14	12	33	1.84
219571--219614	19	2.2	20	96	4	81	52	20	18	9	1.72
219839--219887	21	2.3	21	92	0	80	36	28	0	34	1.58
220214--220257	10	4.2	11	85	8	65	34	6	0	59	1.24
220214--220257	5	8.4	5	80	9	52	34	6	0	59	1.24
220202--220278	27	2.8	26	79	13	84	35	3	0	61	1.15
220338--220382	21	2.1	22	84	12	58	53	8	0	37	1.32
223053--223079	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
224116--224196	15	5.7	15	74	15	64	54	0	0	45	0.99
224161--224211	24	2.0	26	85	7	70	54	0	1	43	1.11
225088--225119	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
226870--226923	20	2.7	20	91	5	83	37	16	12	33	1.87
226972--227022	19	2.6	19	88	11	77	39	15	15	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226952--227022	20	3.6	19	85	9	81	36	15	15	32	1.89
228200--228247	21	2.3	20	80	13	53	47	0	18	33	1.49
228207--228248	21	2.0	22	85	4	59	52	0	19	28	1.46
228359--228384	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
234550--234607	19	3.0	20	82	7	75	34	18	15	31	1.93
234591--234615	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
234572--234636	33	2.0	32	88	8	96	38	13	15	32	1.87
239082--239204	50	2.4	50	89	4	176	43	10	19	26	1.84
240104--240365	28	9.1	29	73	12	82	21	17	33	27	1.96
240131--241369	28	44.4	28	78	8	896	24	18	28	28	1.98
240601--240643	21	2.0	21	95	0	77	23	13	30	32	1.93
240370--241378	28	36.0	28	81	4	1018	25	17	28	28	1.98
256505--256650	50	2.9	51	90	2	231	41	10	19	28	1.85
258650--258736	36	2.6	33	73	18	90	32	25	13	28	1.94
258667--258738	36	2.0	36	89	7	112	26	30	11	31	1.91
259187--259251	22	3.0	22	90	0	94	38	13	16	30	1.88
261836--261865	16	1.9	15	93	6	51	56	0	16	26	1.40
262367--262407	21	2.0	21	85	9	57	41	0	0	58	0.98
262773--262841	16	4.3	16	77	0	66	44	31	13	10	1.76
262831--262919	16	5.6	16	69	12	58	34	29	20	15	1.93
266292--266317	1	26.0	1	100	0	52	0	0	100	0	0.00
266473--266545	22	3.3	20	72	27	60	42	0	1	56	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266507--266561	28	2.0	28	89	7	85	47	0	0	52	1.00
266451--266566	37	3.2	37	68	13	98	43	0	2	54	1.14
266451--266607	73	2.2	71	89	3	242	42	0	2	54	1.18
266486--266719	35	6.5	34	72	16	150	42	2	1	53	1.22
269351--269395	18	2.4	18	85	10	56	46	0	2	51	1.13
270166--270236	32	2.2	32	89	0	106	28	19	11	40	1.86
270266--270309	20	2.2	20	84	8	54	34	11	20	34	1.88
273535--273605	20	3.5	20	100	0	142	43	11	14	30	1.80
273969--273993	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
274501--275215	28	24.9	28	82	6	767	23	17	29	28	1.97
274496--275215	142	5.0	141	82	8	837	24	17	29	28	1.97
274548--275215	199	3.4	195	85	6	839	24	16	29	29	1.97
276432--276502	12	5.9	11	73	14	52	2	2	11	83	0.87
276447--276504	29	2.0	29	90	6	91	1	3	13	81	0.91
276447--276503	9	6.0	9	78	17	62	1	3	12	82	0.87
284879--284904	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
284969--284993	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
285002--285126	52	2.4	52	97	0	232	36	17	17	28	1.93
292937--292990	22	2.4	22	87	3	72	1	14	5	77	1.03
293960--294012	21	2.6	21	84	3	63	32	16	13	37	1.88
294041--294092	20	2.6	20	87	6	70	38	15	15	30	1.88
296640--296672	17	1.9	17	88	11	50	9	21	0	69	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297676--297797	48	2.5	48	87	0	181	37	18	25	18	1.93
297888--297961	32	2.3	33	80	4	87	25	17	25	31	1.97
297901--298693	28	26.9	30	75	10	449	24	16	29	29	1.97
297924--298056	62	2.2	62	85	6	175	29	16	27	27	1.97
297907--298690	114	6.6	114	74	10	377	23	16	29	29	1.97
298569--299104	28	19.4	28	76	9	219	31	14	28	25	1.95
298639--299120	27	17.5	28	74	10	237	32	14	28	24	1.94
298571--299135	82	6.8	83	76	7	441	31	14	28	25	1.95
298571--299104	55	9.7	53	77	6	334	31	14	28	25	1.95
298613--299105	137	3.6	134	78	7	465	31	14	28	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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