genome.fa.s409.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold409
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3905031

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1862927--1863168	122	2.0	121	80	6	274	21	29	15	33	1.94
1863103--1863204	34	3.0	34	79	13	111	19	28	11	40	1.87
1863221--1863434	96	2.2	96	81	6	247	29	32	17	20	1.95
1863192--1863418	32	7.2	31	80	8	201	29	31	18	20	1.96
1863445--1863512	21	3.2	20	66	25	50	29	26	13	30	1.94
1863440--1863507	22	3.1	23	67	26	65	29	25	16	29	1.96
1863464--1863613	52	2.9	52	82	0	192	28	27	14	30	1.95
1863574--1863691	39	3.0	39	92	0	182	29	27	18	23	1.98
1863653--1863786	52	2.6	52	84	0	169	24	25	18	31	1.98
1865580--1865620	21	2.0	21	85	4	57	17	12	19	51	1.76
1869954--1870017	28	2.3	28	91	0	101	34	18	20	26	1.96
1869978--1870146	79	2.1	80	85	2	225	31	13	27	27	1.94
1870134--1870188	21	2.6	21	100	0	110	18	12	36	32	1.88
1871346--1871412	8	7.7	9	79	12	77	10	2	7	79	1.04
1871347--1871412	9	7.4	9	77	3	53	9	3	7	80	1.00
1871346--1871412	27	2.6	25	81	6	71	10	2	7	79	1.04
1871346--1871423	8	9.2	8	74	14	59	12	2	6	78	1.05
1872107--1872197	43	2.1	43	89	0	137	32	17	24	25	1.97
1872166--1872353	104	1.8	104	84	2	261	34	17	25	23	1.96
1872166--1872358	52	3.7	52	80	1	217	34	16	25	23	1.95
1872568--1872895	175	1.9	172	81	8	405	21	18	31	28	1.97
1872550--1873017	259	1.8	255	83	5	620	23	19	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1872418--1873075	28	22.6	28	76	10	356	22	18	29	28	1.98
1872949--1873076	32	4.2	32	82	8	133	22	17	30	28	1.97
1873261--1873314	28	1.9	28	96	0	99	29	22	24	24	1.99
1873263--1873323	28	2.2	28	88	5	88	29	22	22	24	1.99
1886478--1886549	28	2.6	28	82	4	92	25	15	31	27	1.95
1886372--1886627	107	2.4	107	85	2	327	31	14	26	27	1.94
1886507--1886713	79	2.6	79	81	6	249	28	14	28	28	1.95
1887699--1887740	15	2.8	15	85	0	57	16	23	14	45	1.84
1887874--1887915	17	2.3	18	84	15	52	14	4	7	73	1.21
1895907--1896221	28	10.8	28	75	11	256	24	27	17	31	1.97
1895928--1896253	91	3.6	91	82	6	373	22	28	16	31	1.96
1895908--1896286	61	6.4	59	77	10	271	22	28	16	31	1.96
1896021--1896289	116	2.3	116	83	4	317	22	29	17	30	1.96
1896235--1896286	27	1.9	27	96	0	95	21	32	17	28	1.96
1896237--1896292	27	2.1	27	90	3	87	23	33	14	28	1.94
1896281--1896404	32	3.9	31	82	3	149	29	31	17	20	1.96
1896418--1896500	43	1.9	43	87	0	121	24	24	19	32	1.97
1896450--1896651	52	3.9	52	87	0	242	25	27	14	32	1.95
1896450--1896651	104	1.9	104	84	0	269	25	27	14	32	1.95
1896565--1896829	91	2.9	91	82	0	296	27	26	15	30	1.96
1896747--1896989	52	4.7	52	79	6	249	25	23	14	35	1.93
1896742--1896989	104	2.4	102	82	4	300	25	24	14	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1896994--1897159	61	2.7	60	77	7	165	22	27	14	35	1.93
1898786--1898831	21	2.3	21	88	7	69	19	13	17	50	1.78
1900074--1900129	27	2.1	27	83	6	69	26	28	12	32	1.93
1901177--1901769	65	9.1	65	84	1	544	20	18	27	32	1.96
1901257--1901360	37	3.1	37	63	23	100	21	17	28	32	1.96
1901926--1902296	29	12.6	29	75	7	246	27	16	26	29	1.97
1901978--1902291	60	5.3	59	78	6	264	28	16	25	29	1.97
1901987--1902145	31	5.3	31	73	10	141	32	18	20	28	1.96
1902158--1902322	87	1.9	87	84	2	224	24	13	30	31	1.93
1902154--1902317	58	2.8	57	81	3	186	24	14	29	32	1.94
1904992--1905068	31	2.5	31	95	0	136	27	15	25	31	1.96
1907221--1907275	28	2.0	28	96	0	101	38	16	3	41	1.66
1910635--1916026	476	11.4	475	86	2	6962	35	14	18	31	1.90
1911605--1916031	159	27.9	159	66	12	617	35	14	18	31	1.90
1923506--1923637	42	3.1	42	87	2	176	8	43	2	45	1.46
1927669--1927776	42	2.6	42	88	2	146	11	42	0	45	1.46
1927700--1927746	12	3.8	12	78	13	51	12	40	0	46	1.42
1927727--1927788	30	2.1	30	87	6	90	11	41	0	46	1.39
1927710--1927770	9	7.1	9	76	10	65	13	40	0	45	1.43
1927712--1927779	12	6.3	11	80	14	63	11	42	0	45	1.40
1929431--1933088	476	7.7	473	84	3	4151	35	14	18	31	1.92
1933954--1934029	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1933953--1934038	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1933953--1934062	42	2.6	42	94	0	193	40	2	47	9	1.49
1939671--1940567	298	3.0	298	92	0	1440	38	15	16	29	1.89
1940271--1942139	476	3.9	475	84	4	2404	35	14	18	31	1.90
1943766--1943841	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1943765--1943850	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1943756--1943874	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
1950699--1951341	159	4.1	158	68	11	389	36	13	18	31	1.90
1948853--1959839	476	23.1	476	77	8	9357	35	14	18	31	1.91
1953364--1955500	159	13.5	159	66	9	590	35	14	18	31	1.91
1956142--1956968	159	5.2	157	74	9	563	35	14	18	32	1.90
1955691--1957028	158	8.5	156	71	11	582	35	13	18	31	1.91
1959979--1960478	252	2.0	246	83	6	614	35	15	18	31	1.92
1961378--1963435	474	4.3	474	86	2	2677	35	14	18	31	1.91
1961378--1963435	950	2.2	950	86	2	2814	35	14	18	31	1.91
1961513--1963191	158	10.6	158	66	13	448	35	14	18	31	1.91
1961745--1963395	159	10.4	159	67	11	532	35	14	18	31	1.91
1965061--1965136	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1965051--1965168	42	2.8	42	92	1	193	42	2	46	8	1.47
1968895--1968920	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1971139--1971183	22	2.1	21	84	8	56	55	4	17	22	1.60
1972987--1973017	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1975031--1975110	20	3.8	20	73	15	70	26	16	15	42	1.87
1975096--1975134	13	3.0	13	92	0	60	30	20	15	33	1.94
1975255--1975301	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
1975257--1975299	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
1977676--1977701	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1982687--1982712	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1985260--1985285	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1987364--1987394	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1989197--1989241	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1989898--1989969	33	2.2	33	97	0	135	15	25	22	37	1.93
1991493--1991518	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1997969--1998029	9	7.1	9	74	10	65	13	44	0	42	1.43
1997974--1998050	12	6.9	12	77	19	71	12	46	0	40	1.42
1997941--1998059	42	2.8	42	92	0	184	10	45	0	42	1.45
2001862--2002554	157	4.4	158	68	14	408	36	15	17	31	1.91
2000413--2002580	944	2.3	923	85	4	2847	36	14	18	30	1.91
2005382--2005457	12	6.9	11	78	15	61	39	1	48	10	1.46
2005372--2005462	33	2.8	30	77	12	76	43	1	45	9	1.44
2005402--2005462	9	7.1	9	72	10	56	42	1	44	11	1.50
2005372--2005490	42	2.8	42	90	0	184	42	1	46	9	1.46
2012329--2012404	12	6.9	11	78	15	61	39	1	50	9	1.43
2012319--2012409	33	2.8	30	77	12	76	43	1	46	8	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2012349--2012409	9	7.1	9	79	7	56	42	1	45	9	1.47
2012319--2012437	42	2.8	42	88	0	175	42	1	47	8	1.43
2012487--2014713	474	4.7	472	83	3	2690	35	14	18	31	1.91
2014305--2015149	425	2.0	424	82	4	1022	36	14	17	30	1.90
2014968--2015659	157	4.4	156	68	12	410	35	13	18	32	1.90
2014728--2015773	474	2.2	473	87	4	1486	36	13	18	31	1.90
2015094--2015773	157	4.3	157	70	10	461	36	13	18	32	1.89
2013969--2016670	896	3.0	888	82	7	3075	36	14	18	30	1.91
2015778--2017101	474	2.8	472	86	4	1728	36	14	18	29	1.91
2015788--2016887	158	7.0	158	67	12	509	36	14	18	30	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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