genome.fa.s409.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold409
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3905031

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2388232--2388707	87	5.4	87	90	0	709	28	19	25	25	1.99
2388232--2388707	175	2.7	175	92	0	756	28	19	25	25	1.99
2388232--2388707	262	1.8	263	91	0	792	28	19	25	25	1.99
2388730--2388825	30	3.3	29	78	7	106	18	14	31	35	1.91
2388798--2388942	35	4.2	35	84	1	177	40	11	30	18	1.85
2388985--2389129	58	2.5	58	86	7	215	22	15	30	31	1.95
2388985--2389143	28	5.5	29	79	9	164	24	16	29	29	1.96
2390512--2390546	5	7.0	5	87	12	54	0	0	20	80	0.72
2403924--2403971	19	2.5	19	86	0	69	39	18	10	31	1.85
2406552--2406578	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2413174--2414411	476	2.6	475	87	2	1716	31	17	13	36	1.89
2414765--2415412	159	4.1	158	69	11	462	31	18	14	35	1.90
2414498--2415829	475	2.8	474	86	2	1794	31	17	14	36	1.90
2416015--2416104	19	5.1	18	71	22	75	35	11	15	37	1.83
2416061--2416085	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2416040--2416112	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
2416156--2416181	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2416136--2416203	34	2.0	33	91	2	109	25	16	13	45	1.83
2418501--2418738	51	4.6	51	76	9	221	31	23	10	34	1.88
2418535--2418739	104	2.0	104	88	1	304	32	22	9	35	1.87
2431274--2431327	26	2.2	25	86	6	74	85	9	5	0	0.75
2431785--2431841	21	2.8	21	97	2	107	33	10	17	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431778--2431860	21	4.1	20	84	4	85	36	13	14	36	1.85
2431896--2431963	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2431898--2431960	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2431917--2431941	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2431983--2432049	33	2.0	33	85	0	89	25	13	16	44	1.84
2434399--2434786	52	7.4	53	69	14	187	29	25	12	31	1.93
2434397--2434896	263	1.9	263	89	3	774	28	26	13	31	1.94
2436671--2437567	59	15.4	59	87	4	1106	26	27	19	25	1.99
2436671--2437567	178	5.1	176	86	5	1113	26	27	19	25	1.99
2436671--2437616	237	4.1	231	86	5	1088	26	27	20	25	1.99
2438426--2438485	19	3.5	18	70	25	58	35	11	16	36	1.85
2438429--2438491	32	2.0	32	96	0	117	34	9	17	38	1.82
2438537--2438562	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2438517--2438584	34	2.0	33	91	2	109	25	16	13	45	1.83
2440928--2441002	28	2.6	30	85	8	95	24	33	18	24	1.97
2442268--2444801	474	5.4	474	81	3	2770	31	17	14	36	1.90
2448048--2448172	20	5.7	20	69	18	88	42	11	16	30	1.82
2448701--2448763	23	2.7	23	77	2	72	82	9	0	7	0.84
2448689--2448762	12	6.2	12	73	14	64	83	10	0	5	0.79
2448688--2448762	10	7.0	10	74	16	62	82	12	0	5	0.82
2450217--2450314	27	3.7	26	81	9	90	20	26	18	34	1.95
2450212--2450367	81	1.9	81	82	0	195	21	30	16	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2450447--2450687	49	4.8	48	80	6	239	26	25	15	32	1.95
2450462--2450687	101	2.2	101	83	7	273	25	26	15	32	1.96
2453861--2453919	21	2.8	21	97	0	109	32	10	16	40	1.82
2453940--2454010	32	2.2	32	87	0	106	38	15	11	35	1.83
2454743--2455125	49	7.9	49	75	10	302	33	17	25	23	1.96
2454840--2455028	92	2.1	92	92	0	315	33	17	23	24	1.96
2454752--2455131	192	2.0	190	79	3	413	32	17	25	23	1.97
2455137--2455234	27	3.4	27	74	15	106	30	12	35	21	1.90
2455211--2455359	59	2.5	58	89	3	192	27	15	28	28	1.96
2455235--2455359	29	4.2	29	91	3	205	27	16	25	31	1.96
2456784--2456826	14	3.1	13	83	10	50	0	2	13	83	0.74
2470605--2470650	19	2.4	19	92	0	74	34	19	13	32	1.90
2470985--2471120	52	2.6	52	75	2	148	25	23	16	35	1.95
2471074--2471210	61	2.2	61	84	2	168	21	24	13	40	1.90
2471458--2471574	27	4.3	27	87	0	153	19	29	16	35	1.94
2471458--2471574	54	2.2	54	88	0	171	19	29	16	35	1.94
2471656--2472030	153	2.4	155	79	5	384	25	27	16	30	1.96
2471639--2472030	52	7.6	50	76	5	243	26	27	16	30	1.96
2472258--2472361	27	3.9	27	84	2	129	24	35	12	27	1.91
2472439--2472827	52	7.6	50	75	6	266	24	26	16	32	1.96
2472450--2472636	101	1.8	104	86	5	274	22	28	17	32	1.96
2472439--2472828	150	2.5	153	79	6	396	24	26	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2473142--2473312	27	6.3	27	80	5	184	22	32	14	30	1.93
2473377--2473669	52	5.8	49	79	4	253	23	26	17	32	1.97
2473392--2473623	49	4.6	49	77	9	193	23	26	16	33	1.96
2473382--2473766	150	2.5	151	79	7	420	24	26	16	32	1.96
2474873--2474949	20	3.8	20	76	6	82	35	12	11	40	1.80
2475863--2475916	22	2.5	22	96	3	101	18	11	9	61	1.55
2482065--2482111	21	2.2	21	85	11	60	76	8	8	6	1.15
2483438--2484203	27	28.0	27	90	2	1183	23	34	14	27	1.93
2483438--2484203	82	9.3	81	91	2	1183	23	34	14	27	1.93
2484186--2484499	32	9.8	32	92	0	495	31	33	18	16	1.93
2485027--2485103	20	3.8	20	76	6	82	35	12	11	40	1.80
2486017--2486070	22	2.5	22	96	3	101	18	11	9	61	1.55
2493632--2496408	472	5.9	474	82	4	3025	32	18	13	35	1.89
2496730--2496796	20	3.7	20	70	25	67	34	13	17	34	1.89
2496748--2496775	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
2496718--2496795	33	2.4	33	91	4	124	34	12	16	35	1.87
2496828--2496893	33	2.0	33	85	5	89	30	12	21	36	1.90
2498464--2498488	9	2.8	9	100	0	50	44	0	24	32	1.54
2505589--2505654	33	2.0	33	85	5	89	28	13	19	37	1.90
2512164--2512334	87	2.0	88	80	5	195	26	16	20	36	1.94
2512480--2512603	62	2.0	62	85	0	167	27	12	18	41	1.86
2516917--2517052	67	2.0	67	91	2	220	27	23	10	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2527183--2527229	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
2528644--2528685	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
2532023--2532535	157	3.3	158	77	5	389	31	16	14	37	1.89
2537675--2538003	158	2.1	158	81	6	373	29	17	12	40	1.87
2538644--2538703	30	2.0	30	100	0	120	30	13	23	33	1.93
2538721--2539231	159	3.2	158	77	6	507	30	17	13	38	1.88
2538785--2539283	159	3.1	154	75	9	441	31	18	12	37	1.88
2544413--2544467	20	2.8	19	86	5	83	32	10	16	40	1.83
2550699--2550725	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2552973--2553013	20	2.0	20	95	0	73	36	17	14	31	1.90
2553062--2553088	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2555428--2555494	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2555973--2555998	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
2556068--2556123	21	2.6	22	91	5	87	39	8	23	28	1.85
2556054--2556184	53	2.5	53	94	0	226	38	9	24	27	1.85
2556090--2556154	32	2.1	30	91	5	103	40	7	24	27	1.82
2556121--2556176	21	2.6	22	94	5	105	37	7	25	30	1.82
2556261--2556331	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
2556371--2556411	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
2556781--2556896	37	3.3	35	82	5	117	35	28	14	21	1.93
2556781--2556990	35	6.3	34	77	9	202	32	29	16	21	1.95
2557081--2557223	29	5.0	29	83	5	114	29	26	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2557089--2557243	58	2.7	57	82	5	195	27	26	17	28	1.98
2557380--2557656	64	4.3	65	81	5	319	35	26	19	18	1.95
2568251--2568289	13	3.0	13	78	14	53	33	15	15	35	1.89
2570358--2570388	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2574366--2574391	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2574346--2574409	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
2575501--2575633	28	4.7	28	80	8	108	29	15	26	29	1.96
2575531--2575651	57	2.1	58	84	4	156	28	15	25	30	1.96
2575526--2575651	29	4.4	29	84	6	141	30	15	24	29	1.95
2575559--2575651	29	3.2	29	89	7	145	26	16	25	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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