genome.fa.s409.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold409
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3905031

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835621--835712	20	4.6	20	76	2	76	32	15	14	38	1.87
835621--835712	41	2.3	40	82	1	103	32	15	14	38	1.87
841319--841349	9	3.4	9	100	0	62	51	0	19	29	1.47
846879--846904	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
847611--847654	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
849460--849485	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
853393--853437	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
856530--856598	36	1.9	36	100	0	138	23	21	34	20	1.96
858934--859091	45	3.5	45	80	5	174	34	18	24	21	1.96
858934--859061	47	2.8	45	83	2	157	35	18	25	20	1.95
859167--860022	28	29.4	28	80	7	578	23	18	28	29	1.98
859432--859731	64	4.8	63	85	7	353	20	20	29	30	1.97
859632--860369	28	26.5	28	84	5	496	26	15	30	27	1.96
859171--860323	56	20.1	57	80	7	687	24	17	30	28	1.97
859989--860369	27	14.0	27	87	3	494	28	13	32	25	1.93
859845--860369	55	9.6	54	85	3	516	27	14	32	26	1.95
861711--861755	17	2.7	17	80	13	58	4	15	11	68	1.34
868814--868868	20	2.8	20	77	0	56	40	14	12	32	1.84
872636--872689	19	2.8	19	88	2	81	31	16	16	35	1.92
879573--879743	51	3.4	50	80	8	190	33	12	25	28	1.92
879679--879919	107	2.3	107	82	7	292	34	13	23	27	1.93
879835--879905	28	2.6	27	84	8	81	29	15	28	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882202--882268	20	3.4	19	87	8	89	43	11	14	29	1.82
882291--882320	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
882302--882358	20	2.8	20	89	0	87	45	14	14	26	1.82
882969--883128	42	3.7	43	77	8	137	42	12	25	19	1.86
883056--883237	77	2.3	81	83	6	237	39	13	26	20	1.90
883200--883504	61	5.1	60	81	9	345	30	20	25	23	1.98
883200--883526	116	2.8	116	84	6	379	29	20	25	24	1.99
883550--883845	61	4.8	62	94	1	499	28	17	27	26	1.98
883176--884179	340	3.0	333	86	4	1330	28	19	27	25	1.99
883884--884332	60	7.4	60	81	7	487	25	20	27	26	1.99
883873--884296	120	3.5	121	86	4	563	25	20	28	25	1.99
890946--890983	17	2.2	17	100	0	76	50	13	10	26	1.73
891027--891145	52	2.3	51	92	4	195	31	17	17	33	1.94
891027--891165	52	2.7	50	84	13	167	32	17	17	32	1.94
891154--891178	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
891219--891285	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
891241--891265	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
891415--891953	49	11.4	49	83	10	694	31	18	25	24	1.97
891415--891953	92	5.8	92	94	2	835	31	18	25	24	1.97
891953--892190	33	7.2	33	90	3	365	18	17	35	28	1.94
891953--892189	67	3.6	67	91	2	374	18	17	35	27	1.94
892192--892723	34	15.8	34	86	8	628	32	12	35	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
892523--892727	37	5.9	34	83	9	254	33	12	34	20	1.90
892731--892787	30	1.9	30	96	0	105	31	19	24	24	1.98
894082--894150	10	6.7	10	82	9	77	0	0	15	84	0.63
894082--894152	20	3.5	20	92	3	106	0	0	15	84	0.62
894082--894155	22	3.4	22	85	12	100	0	0	14	85	0.61
894082--894151	9	7.5	10	77	9	60	0	0	15	84	0.63
901037--901160	52	2.4	51	91	4	196	29	18	18	33	1.95
901037--901180	52	2.8	50	83	13	168	30	18	18	32	1.95
901169--901193	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
901234--901300	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
901256--901280	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
907638--907805	51	3.3	51	86	0	228	29	11	28	29	1.92
907789--907857	28	2.5	28	83	4	86	28	13	33	24	1.93
910278--910413	20	6.8	20	91	3	193	41	11	15	30	1.83
910428--910457	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
911157--911196	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
912919--912945	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
915160--915232	20	3.7	19	87	7	85	28	15	17	38	1.90
915282--915306	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
915262--915326	33	2.0	33	84	6	87	35	13	18	32	1.90
916937--917339	80	5.1	79	75	8	316	36	12	24	26	1.91
916937--917310	159	2.3	159	75	8	348	35	13	24	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
920428--921262	69	12.5	68	75	13	423	36	14	21	27	1.92
920627--921015	62	6.1	62	79	9	352	35	15	22	26	1.94
920564--920978	194	2.1	193	87	1	589	33	15	23	27	1.95
920487--920924	131	3.3	130	76	13	437	35	14	23	27	1.93
921040--921259	67	3.3	65	79	6	224	40	14	16	29	1.88
920486--921261	62	11.7	67	71	14	324	36	14	20	27	1.92
921745--921984	120	2.0	120	99	0	471	33	15	11	39	1.83
923484--923509	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
928128--928165	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
929969--930013	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
932226--932251	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
940078--940215	52	2.6	53	82	4	163	35	14	26	23	1.93
940122--940326	52	3.9	52	80	2	214	36	17	24	21	1.95
940480--940545	27	2.4	27	92	0	105	34	12	30	22	1.91
940495--940688	27	6.7	27	71	15	100	31	13	29	24	1.94
940507--940916	61	6.6	61	79	9	298	34	12	31	21	1.91
940690--940747	27	2.1	27	90	0	89	36	10	29	24	1.88
940656--940889	34	7.4	33	74	17	183	35	12	32	20	1.89
940785--940935	27	5.1	27	71	18	88	35	11	31	21	1.90
940785--940935	60	2.5	60	91	2	232	35	11	31	21	1.90
940534--940910	34	12.0	32	70	20	174	34	12	31	21	1.91
940878--940958	27	3.0	27	85	0	99	29	11	29	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
940972--941088	30	3.7	31	82	4	128	28	15	31	24	1.95
940952--941106	31	4.8	33	74	13	115	31	13	30	23	1.93
941140--941189	22	2.3	22	96	0	91	26	8	34	32	1.85
949407--949461	22	2.5	22	93	0	92	38	10	16	34	1.84
949511--949564	21	2.7	20	77	8	65	35	14	12	37	1.85
949508--949564	19	2.9	19	76	7	69	33	14	12	40	1.83
952915--953083	80	2.1	80	87	1	250	30	15	26	27	1.96
953036--953107	27	2.6	28	84	8	94	23	20	31	23	1.98
953094--953264	51	3.3	52	76	12	149	32	12	24	30	1.92
952583--953211	237	2.6	237	77	7	591	33	13	25	27	1.93
953090--953264	50	3.4	49	77	10	165	31	12	25	30	1.93
955630--955655	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
955708--955759	21	2.6	21	90	6	81	32	15	13	38	1.86
960995--961033	20	2.0	20	89	0	60	25	10	17	46	1.80
961014--961041	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
966914--966987	20	3.7	20	87	0	112	41	13	13	31	1.83
967752--967804	28	2.0	26	85	14	72	22	13	35	28	1.92
967676--968130	80	5.7	80	79	8	412	33	10	27	27	1.91
967676--968115	160	2.8	158	81	9	466	32	10	28	28	1.91
970062--970112	26	2.0	26	96	0	93	17	19	25	37	1.94
970609--970665	20	2.8	21	81	2	71	42	14	15	28	1.86
970611--970685	20	3.7	20	78	3	69	38	14	13	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
971469--971497	13	2.1	14	93	6	51	58	6	10	24	1.55
981557--981641	29	2.9	29	70	13	75	31	7	11	49	1.66
981542--981652	58	1.9	58	86	0	159	29	8	13	48	1.71
985624--985651	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
986129--986195	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
986149--986173	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
986240--986264	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
986273--986393	52	2.3	52	94	0	215	34	17	18	29	1.94
993582--993617	16	2.2	16	90	0	54	86	5	8	0	0.72
994749--994997	27	8.1	27	75	18	156	20	33	14	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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