genome.fa.s409.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold409
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3905031

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1286794--1287300	42	11.8	42	76	4	330	17	27	16	38	1.91
1287791--1287856	15	4.5	15	77	19	77	77	0	1	21	0.85
1287796--1287859	6	10.3	6	74	17	51	76	0	1	21	0.87
1287790--1287865	23	3.3	23	73	25	72	73	0	2	23	0.95
1287792--1287858	16	4.1	17	80	9	77	76	0	1	22	0.87
1287791--1287855	31	2.1	30	88	8	94	76	0	1	21	0.86
1291776--1292153	90	4.2	89	79	4	312	34	14	23	27	1.93
1291878--1292215	90	3.8	90	80	4	308	33	15	21	28	1.95
1292192--1292710	89	5.8	89	80	6	516	29	14	26	28	1.95
1292192--1292712	179	2.9	174	81	6	553	29	14	26	28	1.96
1292181--1292712	268	2.0	269	80	5	612	29	15	26	28	1.96
1293028--1293199	88	1.9	87	82	6	211	47	13	17	21	1.81
1293308--1293469	88	1.8	88	81	2	200	43	14	18	23	1.86
1294952--1294986	13	2.8	12	91	4	52	0	14	0	85	0.59
1296606--1296677	25	2.7	27	75	18	78	22	22	31	23	1.98
1296662--1296947	158	1.8	158	86	3	423	38	9	20	32	1.84
1296653--1296989	158	2.1	158	83	2	417	37	8	22	31	1.85
1296946--1297017	28	2.6	28	100	0	144	33	6	34	25	1.83
1296662--1296989	79	4.2	78	73	7	268	36	8	22	31	1.85
1297890--1298047	62	2.5	62	85	4	203	31	22	23	23	1.99
1297957--1298136	89	2.0	89	84	2	236	30	22	23	23	1.99
1298046--1298450	62	6.5	61	80	2	398	31	17	24	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1298046--1299172	124	9.1	124	72	13	647	31	18	23	25	1.97
1298412--1298594	48	3.8	48	94	0	303	25	20	25	28	1.99
1298550--1299172	61	10.4	62	83	4	656	32	18	22	25	1.97
1298553--1299172	123	5.2	120	80	8	672	32	18	23	25	1.97
1299192--1299333	32	4.5	32	87	1	171	30	13	29	26	1.94
1300851--1300901	25	2.0	25	92	0	84	37	13	19	29	1.90
1305423--1305491	26	2.5	28	86	4	88	24	20	30	24	1.99
1305446--1305697	79	3.2	78	83	6	332	36	12	23	27	1.91
1319488--1319569	41	2.0	40	86	6	112	39	17	10	32	1.84
1319492--1319569	21	3.8	21	84	8	106	39	16	11	32	1.85
1319605--1319672	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1319607--1319669	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1319626--1319650	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1319712--1319736	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1322099--1322229	52	2.5	51	81	6	156	30	25	10	32	1.90
1328548--1329696	55	20.4	55	84	10	1405	27	29	19	22	1.98
1328765--1328847	27	3.0	27	60	16	62	28	30	19	21	1.98
1330479--1330546	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1330481--1330543	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1330500--1330524	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1330566--1330591	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1332955--1333085	52	2.5	51	79	6	138	29	25	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1333022--1333225	107	1.9	107	80	4	241	26	28	16	28	1.97
1337420--1337484	18	3.3	18	67	29	51	9	49	1	40	1.44
1337423--1337502	42	1.9	42	92	0	133	11	45	1	42	1.48
1337451--1337532	33	2.5	33	85	0	110	9	43	1	45	1.44
1339762--1339987	79	2.9	79	80	4	231	30	14	27	26	1.95
1339998--1340218	51	4.3	51	83	2	246	31	12	26	29	1.92
1339888--1340496	278	2.3	267	89	5	915	31	13	26	28	1.94
1340204--1340272	28	2.5	28	85	4	86	26	20	30	23	1.98
1340319--1340352	17	2.0	17	100	0	68	35	23	17	23	1.95
1340336--1340503	51	3.3	51	80	6	187	33	13	23	29	1.93
1342788--1342829	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
1342846--1342897	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
1342846--1342918	32	2.3	32	92	0	119	34	16	13	35	1.88
1344014--1344100	28	3.1	28	63	21	74	27	19	25	27	1.99
1343769--1344479	55	12.4	59	84	7	775	25	20	26	27	1.99
1343769--1344453	120	5.9	116	86	4	847	25	20	26	27	1.99
1344401--1344579	93	1.9	87	80	17	200	25	20	28	25	1.99
1345562--1345599	19	2.0	19	89	0	58	2	2	10	84	0.83
1345573--1345598	11	2.4	11	100	0	52	0	0	7	92	0.39
1345566--1345603	19	2.0	19	100	0	76	0	0	10	89	0.49
1347108--1347133	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1350255--1350375	52	2.3	52	91	0	197	28	17	18	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1350255--1350395	52	2.7	52	83	4	160	29	17	19	34	1.94
1350384--1350408	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1350472--1350496	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1350450--1350516	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1351239--1352184	49	19.9	49	82	7	1117	31	17	25	25	1.97
1351776--1351843	22	3.1	22	62	19	52	32	19	23	25	1.97
1351230--1352180	92	10.0	92	89	4	1159	31	17	25	25	1.97
1352351--1352477	67	1.9	68	85	1	175	38	11	25	24	1.89
1352480--1352583	52	2.0	53	88	1	156	34	14	25	25	1.94
1352534--1352623	43	2.1	43	93	0	153	33	16	24	25	1.96
1352641--1352736	49	2.0	49	89	0	147	32	16	23	27	1.96
1352736--1352805	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
1352790--1353434	34	19.3	34	78	12	554	33	12	33	20	1.90
1352810--1353433	68	9.4	66	80	12	613	33	12	33	20	1.90
1352981--1353074	28	3.2	28	72	11	80	31	13	35	19	1.91
1352815--1353402	198	3.0	198	86	6	836	33	12	33	20	1.90
1353382--1353529	62	2.4	63	88	3	219	26	16	31	25	1.97
1353382--1353538	31	5.0	31	83	11	169	27	15	31	24	1.96
1361245--1361320	32	2.4	32	100	0	152	26	21	21	31	1.98
1361329--1361353	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1361340--1361398	21	2.8	21	100	0	118	33	10	16	38	1.83
1361438--1361462	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1362066--1362192	67	1.9	68	85	1	175	37	12	25	24	1.91
1362205--1363150	49	19.9	49	82	7	1126	31	17	25	26	1.97
1362205--1363146	92	10.0	92	88	5	1177	31	17	25	26	1.97
1362742--1362809	22	3.1	22	62	19	52	32	19	23	25	1.97
1362834--1362899	22	3.0	22	63	20	57	31	18	22	27	1.97
1363317--1363443	67	1.9	68	83	1	166	38	11	25	24	1.88
1363827--1363852	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1366075--1366119	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1367923--1367953	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1369997--1370034	13	2.9	13	96	0	67	31	18	15	34	1.92
1370157--1370199	20	2.2	19	84	16	52	30	20	4	44	1.72
1371951--1372010	21	3.2	21	67	30	62	36	1	18	43	1.60
1371972--1371998	14	1.9	14	100	0	54	33	0	7	59	1.25
1372626--1372651	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1373422--1373522	52	1.9	53	87	2	150	35	16	22	24	1.95
1373476--1373565	43	2.1	43	93	0	153	32	18	23	25	1.97
1373583--1373678	49	2.0	49	87	0	138	32	15	23	28	1.95
1373678--1373747	33	2.1	35	94	5	126	20	17	35	27	1.94
1373732--1374310	34	17.3	34	79	13	551	33	11	33	21	1.89
1373889--1373949	28	2.2	28	84	0	77	34	14	31	19	1.92
1373752--1374078	164	2.0	164	88	4	489	34	11	33	20	1.89
1373785--1374280	164	3.0	160	80	10	492	33	11	33	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1373752--1374372	198	3.1	195	79	11	708	33	12	33	21	1.91
1374290--1374437	62	2.4	63	90	5	230	24	16	33	25	1.96
1374290--1374445	31	5.0	30	83	9	188	25	16	33	24	1.95
1380601--1380625	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1383195--1383220	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1383177--1383240	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
1393026--1393054	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
1395119--1395299	79	2.3	77	82	9	204	33	16	24	25	1.96
1395313--1396115	52	15.4	50	69	14	282	33	11	25	29	1.91
1395206--1396059	262	3.3	262	90	1	1298	32	12	25	29	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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