genome.fa.s53.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold53
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4419549

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1562392--1562424	15	2.1	16	88	5	50	45	15	21	18	1.85
1564319--1564371	20	2.7	20	90	0	79	24	16	15	43	1.87
1564358--1564396	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1564518--1564563	21	2.3	20	78	17	51	30	19	4	45	1.70
1566919--1566969	20	2.6	20	87	9	70	41	17	13	27	1.87
1568006--1568030	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1568018--1568068	20	2.5	21	87	3	68	39	13	17	29	1.88
1568947--1569034	44	2.0	44	100	0	176	43	4	13	38	1.65
1576171--1576290	59	2.1	58	81	10	138	46	15	12	25	1.80
1576518--1576584	29	2.3	29	75	14	66	52	8	11	26	1.68
1577446--1577502	24	2.5	23	81	10	73	1	21	3	73	1.07
1577446--1577496	21	2.2	24	86	10	72	1	21	1	74	1.02
1580690--1580719	12	2.5	12	100	0	60	53	16	0	30	1.44
1581357--1581402	21	2.2	21	84	7	58	63	0	4	32	1.14
1581608--1581921	165	1.9	164	86	4	445	53	8	7	30	1.60
1581578--1582035	165	2.8	164	80	7	430	52	10	8	28	1.65
1582467--1582506	11	3.6	11	93	0	62	62	15	0	22	1.32
1584102--1584600	163	3.1	159	76	17	545	26	9	11	52	1.68
1584327--1584637	162	1.9	168	84	4	427	28	10	11	49	1.72
1586015--1586339	125	2.6	124	84	6	402	36	12	11	40	1.79
1586058--1586388	125	2.6	127	81	7	298	33	12	12	40	1.82
1587406--1587467	20	3.2	20	79	11	74	33	11	17	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1587412--1587472	19	3.2	19	86	6	79	34	9	18	37	1.83
1587583--1587620	20	2.0	20	89	5	60	36	13	10	39	1.79
1590599--1590650	26	2.0	26	100	0	104	30	11	23	34	1.90
1596173--1596241	20	3.5	19	86	7	77	30	14	17	37	1.90
1596273--1596326	20	2.7	20	91	0	81	29	12	18	38	1.88
1597074--1597623	156	3.5	152	82	6	635	20	17	22	38	1.93
1597074--1597655	155	3.7	154	81	7	651	20	17	22	39	1.92
1599624--1600238	156	3.9	156	78	6	613	22	18	21	37	1.94
1599572--1600240	313	2.1	311	83	5	868	22	18	21	37	1.94
1603291--1603340	12	4.0	12	77	10	55	82	2	14	2	0.86
1603300--1603331	16	1.9	17	93	6	57	81	3	12	3	0.93
1603291--1603339	25	1.9	25	87	4	71	81	2	14	2	0.87
1603291--1603349	13	4.5	13	76	16	52	81	1	15	1	0.86
1603684--1603730	17	2.8	16	87	6	58	85	8	6	0	0.75
1603681--1603775	43	2.2	43	79	5	102	78	6	10	4	1.06
1605561--1605757	89	2.2	89	85	1	261	26	27	13	32	1.93
1605561--1605787	88	2.6	88	82	3	276	27	26	13	32	1.94
1606455--1606535	42	1.9	42	85	5	110	23	29	19	27	1.98
1606722--1607118	85	4.7	85	75	9	294	22	27	17	31	1.97
1606819--1608984	42	51.2	42	65	13	200	23	26	17	32	1.97
1606724--1607232	170	3.0	170	76	5	429	22	27	17	32	1.96
1607399--1607621	86	2.6	85	78	4	216	25	27	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1607431--1607623	43	4.5	43	73	7	160	25	27	16	30	1.96
1607473--1607682	86	2.4	85	82	3	233	23	27	16	32	1.96
1607560--1607770	86	2.5	84	80	4	210	23	26	16	33	1.96
1607950--1608276	171	1.9	170	81	5	392	22	24	18	34	1.96
1607893--1612157	43	100.4	43	67	8	1025	23	26	17	32	1.96
1607162--1612152	85	58.9	85	70	8	915	23	26	17	32	1.96
1609198--1609481	84	3.4	83	73	5	230	21	27	18	32	1.97
1609885--1610666	42	18.5	42	68	11	163	24	27	15	31	1.96
1610647--1610761	41	2.7	43	80	6	119	23	25	19	32	1.97
1611126--1611602	169	2.8	169	78	4	433	25	26	15	32	1.96
1610428--1611874	297	4.9	298	71	8	1018	23	26	17	32	1.96
1609652--1611749	254	8.2	253	70	10	615	23	26	16	32	1.96
1610282--1612152	892	2.1	890	83	2	2292	23	26	17	32	1.96
1612554--1612789	128	1.8	128	83	3	314	24	25	17	33	1.96
1612742--1612870	67	1.9	67	85	0	177	21	25	17	35	1.95
1612839--1613066	125	1.8	127	80	4	282	21	22	18	37	1.94
1613271--1613383	43	2.7	43	71	15	110	24	29	17	28	1.97
1613401--1613706	43	7.2	43	71	8	135	21	24	18	35	1.95
1613413--1613535	42	2.9	41	75	12	115	23	24	17	34	1.95
1613428--1613648	85	2.6	85	75	2	203	22	24	19	33	1.97
1613669--1614339	42	15.9	42	67	9	136	24	27	16	31	1.97
1613984--1614299	43	7.5	42	68	5	127	23	27	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1613975--1614354	168	2.2	170	78	5	412	24	28	17	29	1.97
1613975--1614351	85	4.5	82	74	6	265	24	28	17	29	1.97
1615124--1615479	43	8.4	42	73	7	173	24	29	16	30	1.96
1614690--1617631	85	34.7	85	69	11	416	22	27	17	33	1.96
1615575--1615785	86	2.4	85	81	6	237	20	26	18	34	1.96
1615780--1615860	41	2.0	41	82	7	101	20	29	16	33	1.94
1614574--1647355	42	773.5	42	68	7	4616	22	26	17	33	1.96
1615916--1616407	254	1.9	253	81	4	598	20	27	18	33	1.96
1615963--1616631	254	2.6	254	76	5	537	21	27	18	32	1.96
1616577--1616889	128	2.5	126	75	4	288	22	26	16	34	1.95
1617269--1617356	43	2.0	43	82	0	104	14	29	20	35	1.93
1616738--1617662	339	2.7	335	78	7	857	20	26	17	34	1.96
1617391--1617676	128	2.2	128	81	2	351	20	27	20	31	1.97
1617881--1618281	85	4.7	84	75	7	265	23	29	17	29	1.97
1618501--1618756	85	3.0	85	76	6	216	26	26	14	32	1.95
1619830--1620079	85	2.9	85	78	4	254	24	24	17	33	1.96
1620891--1621132	85	2.8	85	75	4	238	23	24	16	35	1.95
1622136--1622370	86	2.7	85	78	1	227	22	26	14	35	1.94
1622673--1622997	128	2.6	127	79	5	327	23	27	15	33	1.95
1623192--1623285	43	2.2	43	83	7	113	21	22	23	32	1.98
1623650--1623926	85	3.3	85	77	6	283	25	29	15	29	1.96
1624752--1624949	85	2.3	83	81	6	220	24	27	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1624777--1625013	128	1.9	127	82	7	300	23	27	18	30	1.97
1626110--1626372	125	2.1	127	80	6	295	22	26	16	33	1.95
1626939--1627073	41	3.2	42	78	5	121	22	27	15	34	1.94
1628735--1628982	85	2.9	83	74	5	226	21	26	18	33	1.96
1629787--1629970	85	2.2	84	87	2	253	20	28	19	31	1.97
1629721--1630013	127	2.3	127	82	1	354	20	28	19	32	1.96
1630689--1631226	85	6.3	85	71	8	315	23	28	16	31	1.96
1631734--1632308	85	6.8	85	71	8	307	22	27	18	32	1.97
1631843--1632319	213	2.2	213	78	5	475	22	27	17	32	1.96
1631947--1632436	213	2.3	212	79	3	518	23	28	17	30	1.97
1632903--1633173	125	2.1	125	79	3	301	24	30	15	28	1.96
1633303--1633506	43	4.8	42	74	7	153	22	25	18	32	1.97
1633305--1633509	87	2.4	86	80	6	227	22	26	17	33	1.96
1634539--1634629	41	2.2	42	84	5	114	23	27	17	31	1.97
1634718--1635061	128	2.7	127	74	3	296	23	27	16	31	1.96
1635415--1635616	86	2.3	86	72	3	192	23	25	17	33	1.96
1635835--1636125	127	2.3	126	79	6	329	23	27	17	31	1.97
1635651--1637133	85	17.5	86	70	9	334	21	26	17	33	1.96
1636941--1637133	86	2.2	87	81	1	219	20	26	20	33	1.97
1637603--1637710	40	2.6	42	83	2	130	24	26	17	31	1.97
1637661--1638691	85	12.1	85	72	6	453	22	26	18	32	1.97
1637704--1638186	127	3.8	127	75	10	335	22	26	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1639164--1640171	86	11.9	83	70	11	261	21	28	17	32	1.96
1639375--1639599	125	1.8	125	92	1	380	20	27	18	33	1.96
1639394--1639723	125	2.6	124	80	5	324	22	27	16	32	1.96
1639585--1647355	127	61.3	127	69	9	1008	23	26	17	32	1.96
1639569--1647297	85	91.4	85	69	9	543	23	26	17	32	1.96
1639585--1640161	129	4.5	128	74	7	431	21	29	18	30	1.97
1641787--1642060	125	2.2	123	81	7	293	24	27	16	31	1.96
1641948--1647297	127	42.3	129	70	9	1272	23	26	17	32	1.97
1642902--1645136	85	26.6	85	70	10	598	23	27	17	32	1.96
1645228--1645728	211	2.4	211	77	6	460	23	26	16	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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