genome.fa.s53.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold53
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4419549

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1959283--1959647	168	2.2	165	81	4	419	43	12	25	18	1.85
1959339--1959627	84	3.4	85	75	4	291	43	12	25	17	1.85
1959077--1959532	252	1.8	252	82	5	591	43	11	26	18	1.84
1959735--1960015	84	3.4	84	81	4	279	34	13	29	22	1.92
1959735--1960077	84	4.1	83	79	5	265	34	12	30	23	1.91
1960146--1960236	42	2.2	42	80	4	112	29	14	35	20	1.92
1960235--1960444	42	5.0	42	75	4	154	35	17	28	18	1.94
1960174--1960352	85	2.1	85	81	2	207	34	15	29	20	1.94
1960607--1960846	85	2.8	84	79	6	243	33	18	28	19	1.95
1960712--1960848	43	3.2	43	72	5	118	35	18	24	21	1.95
1960612--1960903	85	3.5	84	78	5	207	33	18	27	20	1.96
1960996--1961567	85	6.8	84	74	6	356	31	16	28	22	1.96
1960439--1961354	464	2.0	465	82	1	1136	33	17	28	20	1.95
1961303--1961523	42	5.3	42	75	5	169	31	16	29	22	1.96
1961297--1961625	169	2.0	168	82	1	399	31	16	28	24	1.96
1961425--1961573	42	3.5	41	78	5	145	28	16	30	24	1.96
1961598--1962047	43	10.5	43	74	5	320	35	18	28	17	1.94
1961626--1962051	171	2.5	170	78	4	437	36	18	28	17	1.93
1961695--1962034	128	2.7	127	81	7	409	37	18	27	16	1.92
1962312--1962475	44	3.7	43	75	6	150	38	14	23	23	1.92
1962358--1962585	44	5.1	43	70	14	149	38	15	25	21	1.92
1962335--1962637	92	3.3	90	85	5	321	39	16	24	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1962486--1962638	48	3.3	48	71	17	167	36	20	24	18	1.94
1962434--1962637	92	2.2	92	98	0	390	39	17	24	18	1.92
1962458--1962597	43	3.1	43	70	18	140	38	19	22	19	1.93
1962463--1962611	46	3.2	47	70	18	159	39	19	22	18	1.92
1962710--1962785	35	2.2	34	83	6	91	40	11	23	23	1.88
1963813--1963878	20	3.7	20	71	26	74	33	12	19	34	1.89
1963834--1963858	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1963814--1963913	33	3.0	33	91	0	155	33	12	17	38	1.86
1963956--1963980	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1963989--1964119	52	2.5	52	91	2	201	32	15	16	35	1.90
1970988--1971036	17	2.9	17	90	3	82	87	12	0	0	0.54
1970986--1971039	25	2.2	25	93	6	92	88	11	0	0	0.50
1970986--1971039	1	54.0	1	77	0	54	88	11	0	0	0.50
1971379--1971435	15	3.7	15	90	4	96	85	8	5	0	0.72
1972387--1972573	32	6.0	32	81	10	226	22	28	16	32	1.95
1972388--1972566	62	2.9	62	93	0	295	24	27	16	31	1.96
1972546--1972762	31	6.7	31	80	8	211	22	36	12	28	1.91
1972512--1972733	62	3.4	64	76	9	191	22	36	12	28	1.91
1972543--1972787	62	3.7	67	77	10	204	22	37	11	29	1.89
1972773--1972841	33	2.1	33	91	0	111	27	33	15	23	1.95
1972772--1972848	33	2.4	33	85	6	106	28	35	15	20	1.94
1972839--1973342	43	11.0	43	79	11	531	26	25	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1972836--1973388	92	6.0	92	93	0	881	25	24	17	31	1.97
1973092--1973159	21	3.2	21	65	19	59	26	25	17	30	1.97
1973071--1973138	22	3.1	22	62	19	52	25	23	19	32	1.97
1973085--1973150	22	3.0	22	62	33	52	27	22	19	30	1.98
1973298--1973442	52	2.7	54	82	4	170	26	22	15	36	1.93
1973203--1973768	266	2.1	267	96	0	1035	25	23	15	35	1.94
1973473--1973661	52	3.9	49	81	11	221	25	21	17	35	1.95
1973522--1973610	43	2.1	43	89	0	133	25	20	19	34	1.96
1973564--1973712	52	2.8	54	83	3	194	25	21	16	36	1.93
1974363--1974388	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1974376--1974504	52	2.5	52	94	0	222	34	16	17	31	1.92
1983264--1983384	51	2.3	52	88	4	174	33	14	25	26	1.95
1983316--1983700	79	4.9	79	91	0	626	32	14	25	27	1.95
1983632--1983855	51	4.4	50	84	3	250	32	12	25	29	1.92
1983632--1983855	104	2.2	102	84	6	283	32	12	25	29	1.92
1983561--1983989	233	1.8	234	88	3	668	33	12	24	29	1.92
1983891--1983989	51	1.9	52	89	2	155	33	11	25	30	1.90
1984937--1985038	43	2.4	43	89	0	159	9	22	35	32	1.87
1984959--1985069	43	2.6	43	82	0	105	9	22	36	30	1.87
1985368--1985470	50	2.1	50	94	0	179	16	26	13	43	1.85
1985460--1985550	26	3.5	26	95	0	164	10	30	9	48	1.71
1985656--1985691	6	5.6	7	90	9	51	25	0	13	61	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1985766--1985865	52	1.9	52	89	0	155	31	16	18	35	1.92
1985766--1985885	52	2.3	52	84	2	152	32	15	18	33	1.93
1985874--1985898	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1986561--1987303	49	15.6	49	82	6	893	31	17	24	26	1.97
1986548--1987303	92	7.9	97	92	1	1139	31	17	25	26	1.97
1987310--1987598	33	8.9	33	81	6	349	21	17	31	29	1.96
1987310--1987598	65	4.4	66	89	4	403	21	17	31	29	1.96
1987301--1987598	98	3.0	97	84	6	370	23	17	31	28	1.96
1987584--1987663	36	2.3	35	80	8	92	31	10	36	22	1.87
1987600--1987668	36	1.9	35	85	2	93	34	10	36	18	1.85
1987636--1987802	27	6.1	27	92	0	271	25	14	37	23	1.92
1987772--1987905	35	4.0	35	82	8	161	35	12	30	20	1.90
1987778--1988026	31	7.9	31	78	9	157	32	14	28	24	1.94
1987838--1988021	31	5.9	31	78	8	178	31	15	27	25	1.95
1989310--1989343	10	3.3	10	87	4	50	0	0	14	85	0.60
1989309--1989343	11	3.3	11	84	8	54	0	0	14	85	0.59
1989310--1989349	21	1.9	21	89	0	62	2	2	12	82	0.87
1996267--1996414	52	2.8	52	94	1	260	28	16	18	35	1.93
1996437--1996534	19	5.8	19	69	26	94	34	19	13	32	1.90
1996490--1996514	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1996439--1996533	32	3.0	32	95	0	172	33	20	13	32	1.91
1999757--1999781	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1999850--1999901	20	2.7	20	91	8	81	38	17	15	28	1.90
2003459--2003484	9	2.9	9	100	0	52	46	46	7	0	1.31
2005574--2005599	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2008453--2008581	50	2.5	52	81	9	142	24	21	15	38	1.92
2008561--2008841	79	3.6	79	80	3	300	26	25	16	31	1.96
2008513--2008817	158	1.9	158	82	5	375	26	25	15	32	1.96
2008539--2008857	158	2.0	157	81	4	365	26	25	15	33	1.95
2008535--2008878	79	4.4	79	77	5	232	27	24	14	33	1.94
2013410--2013435	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2013474--2013549	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
2013495--2013567	20	3.6	20	79	17	96	32	19	13	34	1.91
2013474--2013567	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
2016020--2016058	13	3.0	13	92	0	69	35	15	15	33	1.89
2016046--2016122	20	3.6	20	74	19	66	44	15	14	25	1.84
2019972--2020016	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2022221--2022246	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2022285--2022360	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
2022306--2022378	20	3.6	20	79	17	96	32	19	13	34	1.91
2022285--2022378	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
2031145--2031184	8	4.9	8	87	9	55	87	10	2	0	0.63
2031144--2031187	17	2.6	16	89	7	61	88	9	2	0	0.59
2031142--2031187	19	2.3	20	92	3	76	89	8	2	0	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2031156--2031201	17	2.8	17	87	9	60	84	6	8	0	0.77
2032191--2032678	245	2.0	244	86	3	678	24	27	19	28	1.99
2032191--2032678	61	8.0	61	84	4	626	24	27	19	28	1.99
2032648--2032728	38	2.1	39	82	11	96	24	24	8	41	1.83
2032713--2032941	41	5.4	43	77	13	165	19	20	12	48	1.81
2033545--2033601	20	2.8	20	97	0	105	28	14	12	45	1.80
2036340--2036369	15	2.0	15	100	0	60	20	20	20	40	1.92
2037358--2037488	50	2.6	50	81	3	138	23	24	15	36	1.93
2037441--2037795	158	2.3	157	83	2	426	27	23	14	34	1.94
2037421--2037806	79	4.9	79	78	2	357	27	24	14	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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