genome.fa.s53.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold53
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4419549

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2465394--2465446	20	2.6	21	82	8	65	41	15	15	28	1.87
2465498--2465522	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2465478--2465545	33	2.1	32	86	2	91	35	16	14	33	1.89
2469977--2470047	34	2.1	34	100	0	142	33	2	5	57	1.37
2470938--2470991	20	2.6	21	88	2	74	37	12	18	31	1.89
2471055--2471183	52	2.5	52	86	3	172	30	12	10	46	1.76
2473478--2473967	79	6.2	78	76	6	405	28	23	12	35	1.91
2473480--2473936	158	2.9	156	78	6	474	28	23	11	36	1.90
2478063--2478087	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2478096--2478224	52	2.5	52	90	0	204	35	17	16	30	1.92
2481161--2481224	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
2481179--2481204	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2481161--2481224	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
2491753--2491800	25	1.9	26	87	8	73	79	16	4	0	0.89
2492041--2492080	12	3.2	12	85	3	53	87	2	7	2	0.71
2493089--2493293	61	3.4	60	79	7	227	20	35	14	30	1.92
2493121--2493813	95	7.2	95	79	9	612	19	33	14	32	1.93
2493082--2493903	31	25.7	31	76	13	506	20	33	15	31	1.93
2493403--2493495	35	2.6	36	80	14	104	18	27	15	38	1.90
2493233--2493903	293	2.3	291	79	10	701	19	33	15	31	1.93
2493726--2493879	69	2.3	65	85	6	204	18	35	14	31	1.91
2493259--2493891	321	2.0	325	84	6	831	19	33	14	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2493889--2493977	33	2.7	33	86	6	135	30	33	16	19	1.94
2493971--2494431	43	10.1	43	79	11	467	25	26	17	30	1.98
2493972--2494475	135	3.7	136	82	9	639	25	25	17	30	1.97
2494023--2494484	92	5.0	92	90	2	702	25	25	17	31	1.97
2494385--2494538	52	2.9	53	80	4	184	25	23	14	36	1.93
2494488--2494614	67	1.9	68	85	1	175	24	25	11	38	1.89
2495333--2495390	20	3.0	20	84	2	73	29	10	13	46	1.77
2495430--2495454	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2498911--2499036	31	3.9	31	79	6	119	34	11	23	30	1.90
2500659--2500710	21	2.4	23	84	12	74	63	1	21	13	1.39
2504185--2504209	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2504285--2504430	63	2.3	63	90	2	231	33	14	17	34	1.90
2504798--2504928	33	4.0	33	79	11	126	32	10	25	32	1.90
2505478--2505579	45	2.3	43	82	11	120	37	19	10	32	1.86
2505675--2505906	58	4.0	58	78	4	209	19	21	18	39	1.92
2507193--2507244	14	3.6	14	76	19	61	15	3	38	42	1.65
2507186--2507250	30	2.2	30	100	0	130	16	9	35	38	1.81
2507386--2507410	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2507363--2507441	32	2.4	33	87	6	108	32	13	15	37	1.87
2516109--2516164	13	3.8	13	75	24	58	32	16	16	35	1.90
2516086--2516164	32	2.4	33	91	6	126	31	15	16	36	1.90
2519187--2519225	18	2.1	19	85	4	53	25	2	23	48	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2520674--2520840	84	2.0	85	87	1	246	26	23	10	40	1.86
2522695--2522737	2	21.5	2	95	0	77	46	0	2	51	1.13
2523043--2523068	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2526329--2526365	7	4.9	8	93	6	60	13	0	10	75	1.04
2528373--2528562	57	3.3	56	79	6	150	46	11	14	27	1.78
2528680--2528849	57	2.9	57	75	12	168	47	12	11	28	1.75
2529974--2530173	59	3.4	60	82	5	257	46	17	12	24	1.82
2529913--2530231	117	2.7	117	79	8	371	45	18	12	24	1.83
2529892--2530232	59	5.8	59	75	11	247	44	18	12	24	1.84
2537443--2537563	52	2.3	52	95	0	215	28	18	19	33	1.95
2537443--2537583	52	2.7	51	89	4	203	30	17	19	32	1.95
2537572--2537596	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2537636--2537705	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
2537661--2537685	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2539108--2539779	79	8.5	78	80	4	686	28	25	13	33	1.93
2539104--2539768	237	2.8	236	86	3	854	28	24	13	33	1.93
2544916--2544954	8	4.6	8	87	6	51	0	12	0	87	0.55
2544916--2544953	10	3.7	10	89	3	58	0	13	0	86	0.56
2545920--2545949	15	2.0	15	93	0	51	13	23	20	43	1.86
2546969--2546998	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2551014--2551046	2	16.5	2	93	0	57	48	0	51	0	1.00
2551570--2551640	31	2.3	33	76	14	78	40	2	0	56	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2551915--2552247	152	2.2	151	79	4	341	40	7	8	43	1.64
2552256--2552296	21	2.0	21	85	0	55	39	0	4	56	1.21
2553665--2553698	14	2.3	15	85	5	52	52	0	2	44	1.16
2554555--2554592	12	3.2	12	96	3	69	55	0	5	39	1.23
2556077--2556246	35	5.1	34	79	14	185	44	5	29	21	1.74
2556112--2556238	62	2.1	61	88	4	184	43	5	29	21	1.75
2556044--2556246	97	2.1	96	98	0	388	43	5	30	20	1.74
2556077--2556253	62	2.7	64	77	18	170	45	5	28	20	1.72
2557466--2557592	53	2.5	50	83	12	159	27	28	14	29	1.95
2557521--2558065	79	6.9	79	93	0	858	27	26	14	31	1.95
2561430--2561468	21	1.9	20	85	15	53	56	0	12	30	1.37
2563465--2563489	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2569761--2569798	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
2572238--2572292	20	2.8	20	82	15	69	32	16	12	38	1.86
2572280--2572304	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2576104--2576138	15	2.3	15	95	0	61	28	28	0	42	1.56
2577733--2577795	33	1.9	33	83	6	83	33	12	15	38	1.86
2583043--2583087	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2584891--2584921	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2587000--2587038	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2587159--2587205	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
2587161--2587203	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2588766--2588826	30	2.0	30	100	0	122	47	6	9	36	1.63
2589569--2589594	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2592314--2592339	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2594887--2594912	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2603337--2603383	22	2.1	23	84	4	60	27	23	8	40	1.83
2614285--2614320	10	3.6	10	88	0	54	0	13	0	86	0.58
2614292--2614324	17	1.9	17	93	0	57	0	18	0	81	0.68
2614285--2614332	10	4.9	10	87	2	53	0	16	0	83	0.65
2615555--2616312	32	24.4	31	85	5	819	20	17	31	30	1.96
2616352--2617672	27	48.6	27	87	4	1791	28	13	33	24	1.93
2616352--2617672	82	16.2	81	87	4	1791	28	13	33	24	1.93
2618960--2619010	22	2.3	22	83	12	61	5	11	7	74	1.21
2624158--2624195	10	3.7	10	96	3	67	52	0	13	34	1.40
2624857--2624883	14	1.9	14	100	0	54	81	7	3	7	0.97
2625190--2625222	17	1.9	17	93	0	57	0	24	0	75	0.80
2625184--2625230	10	5.2	9	80	17	53	0	21	0	78	0.75
2626537--2626593	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
2626579--2626607	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
2626595--2626647	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
2626669--2626736	33	2.1	32	86	2	91	36	16	13	33	1.87
2628260--2628295	9	4.0	9	88	0	54	44	0	30	25	1.54
2632839--2632870	13	2.5	13	94	0	55	31	18	15	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2635328--2635380	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
2640634--2640677	9	4.7	9	80	8	52	86	6	2	4	0.77
2640634--2640679	20	2.3	20	88	3	67	84	8	2	4	0.83
2640634--2640689	29	1.9	28	82	13	69	83	8	3	3	0.87
2641922--2642478	28	19.5	28	84	4	648	29	30	16	23	1.96
2641922--2642478	85	6.5	84	85	3	675	29	30	16	23	1.96
2641922--2642478	113	4.9	113	86	4	690	29	30	16	23	1.96
2643374--2643441	20	3.4	20	81	0	82	33	16	10	39	1.82
2646832--2646938	32	3.4	31	85	5	144	46	1	0	50	1.18
2649783--2649833	16	3.5	15	74	20	54	23	43	3	29	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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