genome.fa.s53.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold53
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4419549

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1389362--1389387	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1390586--1390612	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1390642--1390694	19	2.7	19	91	2	79	35	9	20	33	1.85
1399025--1399145	35	3.6	35	85	7	162	32	24	13	29	1.93
1399679--1399741	33	1.9	33	86	0	90	38	9	14	38	1.78
1401679--1401733	20	2.7	21	80	11	69	29	12	10	47	1.76
1405679--1405750	28	2.6	28	100	0	144	25	16	30	27	1.97
1405707--1406097	79	5.0	78	79	5	356	35	13	23	27	1.92
1408463--1408514	22	2.4	22	96	0	95	17	13	36	32	1.89
1408547--1408622	35	2.2	35	82	0	98	18	17	36	27	1.93
1409374--1409425	21	2.4	23	81	15	67	21	0	1	76	0.87
1419475--1419542	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1419496--1419520	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1419477--1419539	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1419582--1419607	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1419562--1419628	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1420171--1421610	474	3.0	474	98	1	2727	27	25	12	34	1.92
1422997--1423065	27	2.5	27	85	2	84	24	33	21	20	1.97
1422885--1423216	51	6.3	51	71	12	235	30	25	12	31	1.92
1422888--1423276	211	1.8	211	89	2	611	29	26	13	30	1.94
1426331--1426479	46	3.2	46	92	3	246	29	13	32	24	1.93
1433307--1433339	14	2.4	14	90	5	50	57	12	3	27	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1434347--1434541	46	4.2	46	90	3	295	29	12	33	24	1.92
1434416--1434491	26	3.2	26	64	21	65	27	13	35	23	1.92
1434990--1435038	20	2.5	20	83	3	55	73	6	4	16	1.19
1437873--1437907	17	2.0	18	94	5	63	68	0	0	31	0.90
1443031--1443075	17	2.7	16	81	18	56	66	0	0	33	0.92
1443296--1443392	18	5.4	17	70	18	54	56	0	0	43	0.99
1443291--1443353	25	2.8	22	83	13	67	55	0	0	44	0.99
1443294--1443364	32	2.2	32	82	9	83	56	0	0	43	0.99
1445403--1445448	21	2.2	20	82	14	58	26	17	15	41	1.88
1458192--1458290	17	6.1	16	79	11	103	85	14	0	0	0.59
1458190--1458290	11	9.0	11	78	18	93	85	14	0	0	0.61
1458175--1458290	39	3.0	40	81	13	136	84	13	1	0	0.70
1458179--1458290	42	2.4	47	81	16	128	84	13	1	0	0.69
1458179--1458290	31	3.7	29	82	9	125	84	13	1	0	0.69
1458176--1458278	1	103.0	1	72	0	80	86	11	1	0	0.65
1459796--1460049	49	5.6	48	72	17	247	26	25	18	28	1.98
1459847--1460000	39	3.7	39	72	18	148	28	27	18	25	1.98
1459792--1460054	88	3.0	88	94	2	456	27	25	18	28	1.98
1460942--1460996	20	2.8	20	88	5	76	38	12	16	32	1.86
1461026--1461121	19	5.7	19	69	26	90	35	16	13	34	1.88
1461013--1461118	32	3.3	32	95	0	185	33	15	15	35	1.88
1461045--1461101	13	3.9	13	74	24	51	33	15	14	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1463558--1463615	13	4.0	13	74	23	53	31	17	17	34	1.93
1463572--1463634	19	3.7	18	76	24	73	33	19	14	33	1.91
1463555--1463634	32	2.5	32	93	2	135	31	18	16	33	1.93
1469452--1469499	15	3.2	15	75	0	60	41	41	0	16	1.48
1475244--1475273	9	3.3	9	95	0	51	93	6	0	0	0.35
1476511--1476848	28	11.8	28	91	3	446	29	31	17	21	1.96
1476511--1476848	143	2.3	143	87	4	466	29	31	17	21	1.96
1476511--1476912	28	13.7	30	87	4	328	29	29	17	23	1.97
1476994--1477114	49	2.6	46	83	7	145	21	27	21	29	1.98
1477572--1477728	16	9.8	16	65	9	68	40	18	12	28	1.87
1478623--1478763	50	2.8	50	87	8	198	26	17	12	43	1.84
1480389--1480417	10	2.7	11	94	5	51	34	10	0	55	1.34
1482137--1482271	50	2.7	49	87	2	189	26	15	13	44	1.83
1490146--1490203	20	3.0	20	84	2	73	31	10	12	46	1.74
1490244--1490268	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1490277--1490397	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
1494553--1494579	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
1504269--1504354	1	86.0	1	74	0	64	86	9	2	2	0.76
1504269--1504354	10	8.5	10	78	15	88	86	9	2	2	0.76
1504269--1504354	22	4.0	21	84	11	104	86	9	2	2	0.76
1505823--1505908	27	3.1	27	81	6	91	31	31	15	22	1.94
1505793--1506262	88	5.4	88	79	9	397	29	29	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1505793--1506262	57	8.0	59	76	11	346	29	29	16	24	1.97
1505793--1506264	30	16.1	30	78	10	379	29	29	16	24	1.97
1506268--1506357	43	2.1	43	89	0	135	25	26	17	30	1.98
1506311--1506525	52	4.1	52	81	5	252	24	25	14	35	1.93
1506311--1506517	108	2.0	104	83	3	261	24	25	14	35	1.94
1507382--1507448	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1507402--1507426	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1507491--1507515	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1507524--1507644	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
1517939--1517980	10	3.7	12	81	18	54	85	7	7	0	0.73
1517937--1517982	21	2.2	21	92	3	76	86	6	6	0	0.69
1517940--1517980	11	3.7	11	83	9	57	85	7	7	0	0.75
1517937--1517981	20	2.2	20	88	7	65	86	6	6	0	0.70
1519444--1519697	29	8.6	29	75	10	194	26	30	16	26	1.96
1519434--1519715	86	3.2	87	75	8	257	29	30	14	25	1.95
1519445--1519553	56	1.9	57	86	3	157	28	30	16	24	1.97
1519648--1519743	30	3.3	30	80	12	112	36	29	15	18	1.92
1519436--1519743	29	10.5	29	75	10	132	29	29	14	25	1.95
1519765--1520006	52	4.8	51	81	9	286	21	26	19	31	1.97
1519766--1520006	95	2.4	95	83	10	281	21	26	19	31	1.98
1521207--1521341	50	2.7	49	87	2	189	26	15	13	44	1.83
1522635--1522659	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1522615--1522681	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1522700--1522780	13	7.1	12	71	28	70	35	17	12	34	1.87
1522701--1522780	34	2.4	34	100	0	160	35	17	12	35	1.88
1522789--1522914	52	2.4	52	97	0	234	35	18	18	27	1.94
1527301--1527472	79	2.2	79	80	2	184	27	23	12	36	1.91
1528164--1528232	20	3.5	19	86	7	77	28	15	14	40	1.87
1529695--1529856	81	2.0	80	82	8	195	42	16	11	29	1.83
1531090--1531140	21	2.4	21	83	6	59	19	17	19	43	1.89
1531525--1531549	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1531621--1531684	32	2.0	32	90	0	101	31	17	20	31	1.95
1532466--1532491	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1535027--1535090	26	2.5	26	100	0	128	34	18	15	31	1.93
1535027--1535091	13	5.0	13	94	0	112	35	18	15	30	1.92
1537153--1537183	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1541251--1541276	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1543248--1543278	9	3.4	9	95	0	53	38	0	35	25	1.56
1547818--1547843	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1549638--1549801	39	4.2	39	96	0	310	43	0	24	31	1.54
1550493--1550517	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1550473--1550540	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
1556724--1556748	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1556789--1556855	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1556811--1556835	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1557620--1557746	67	1.9	68	85	1	175	37	13	25	23	1.91
1557759--1558803	49	21.7	49	86	4	1398	29	17	27	25	1.98
1558796--1558907	33	3.5	31	83	9	136	17	17	38	25	1.92
1558903--1559242	34	9.9	35	83	10	352	32	11	34	21	1.89
1558910--1559263	68	5.2	67	84	8	436	33	11	33	21	1.89
1558914--1559251	102	3.3	101	85	8	420	33	11	34	21	1.89
1559197--1559400	93	2.2	94	85	4	270	29	15	29	24	1.96
1559222--1559399	31	5.7	31	84	7	193	29	17	28	24	1.97
1560347--1560400	16	3.6	15	80	7	65	1	9	5	83	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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