genome.fa.s53.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold53
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4419549

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1646182--1646889	169	4.2	169	76	4	433	22	27	18	31	1.97
1647650--1647760	42	2.6	42	82	0	132	22	21	17	38	1.93
1648168--1648241	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
1648186--1648261	21	3.7	21	80	3	100	39	11	18	30	1.87
1648168--1648261	41	2.3	41	98	0	179	37	12	19	30	1.89
1648300--1648325	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1650525--1650569	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1652535--1652660	52	2.4	52	98	0	243	26	19	19	34	1.96
1653082--1653242	42	3.8	42	75	6	112	19	24	21	34	1.96
1653132--1653275	42	3.5	42	77	6	141	19	26	20	33	1.97
1653410--1653492	42	2.0	42	80	0	94	25	30	15	28	1.96
1653140--1654834	43	39.9	42	69	11	295	22	27	18	32	1.97
1653209--1655491	85	26.8	84	70	11	555	22	27	17	32	1.97
1653365--1654807	128	11.3	127	70	9	327	22	27	17	32	1.97
1653420--1673749	42	480.0	43	68	8	942	22	26	17	33	1.96
1655672--1655851	43	4.2	42	75	6	148	26	25	16	31	1.97
1656127--1656290	43	3.8	43	77	3	107	22	27	17	32	1.96
1656804--1657044	128	1.9	128	79	3	270	21	26	18	33	1.96
1657173--1657283	41	2.7	41	84	4	134	25	29	15	29	1.96
1657331--1657518	43	4.4	43	75	11	127	19	25	19	36	1.95
1657362--1657528	85	2.0	85	86	0	235	19	26	18	35	1.95
1657710--1658029	129	2.5	129	81	2	367	20	25	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1657787--1658060	129	2.1	129	77	4	282	21	27	18	32	1.97
1658383--1658620	85	2.8	85	80	5	259	22	26	17	33	1.96
1658374--1658645	85	3.2	83	76	8	253	24	25	18	32	1.97
1659179--1659574	211	1.9	211	80	4	467	20	28	17	33	1.96
1660246--1660412	86	1.9	86	81	0	199	23	25	18	32	1.97
1661379--1662015	337	1.9	337	85	3	890	22	28	17	32	1.96
1661736--1662015	125	2.2	127	80	5	307	21	26	18	32	1.97
1662633--1662790	86	1.9	83	81	5	192	24	23	15	36	1.94
1662842--1663002	86	1.9	85	85	1	223	30	26	10	32	1.90
1662932--1663884	382	2.5	381	78	6	849	22	27	17	32	1.96
1661323--1673687	42	292.1	42	69	9	1008	22	26	17	33	1.96
1665033--1665189	43	3.6	43	82	3	172	21	30	16	31	1.95
1665024--1665314	86	3.4	84	72	6	217	23	28	15	32	1.95
1665908--1666110	86	2.4	85	80	3	219	23	29	15	32	1.95
1666146--1667773	338	4.8	339	78	6	1239	21	27	18	33	1.96
1666200--1668137	169	11.5	169	71	11	737	21	26	18	33	1.96
1667280--1667867	297	2.0	296	80	4	657	21	27	18	32	1.97
1667381--1667952	297	1.9	297	79	4	636	21	26	18	32	1.97
1669037--1669250	83	2.5	83	83	2	275	23	28	16	31	1.96
1670262--1670811	83	6.5	82	73	9	270	22	26	17	33	1.96
1670189--1672653	337	7.3	336	71	9	838	22	26	17	32	1.96
1670596--1670800	82	2.5	82	79	3	194	23	25	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1669933--1673535	212	17.0	210	71	9	968	22	26	17	32	1.96
1671188--1671409	81	2.7	81	79	5	225	23	27	17	31	1.97
1672053--1672289	127	1.9	128	80	2	280	21	27	16	33	1.95
1661348--1673751	85	146.5	85	69	8	2181	22	26	17	33	1.96
1653132--1673678	170	121.3	169	68	10	1786	22	27	17	33	1.96
1673356--1673676	129	2.5	128	81	3	351	19	27	19	33	1.96
1673525--1673854	170	1.9	170	80	4	380	19	26	18	35	1.95
1674037--1674473	169	2.6	167	83	5	558	17	26	13	42	1.86
1675837--1676218	162	2.3	163	80	5	432	28	9	9	52	1.65
1677604--1677911	127	2.4	126	82	3	348	33	13	12	40	1.82
1678418--1679226	154	5.2	154	78	6	730	21	17	21	38	1.93
1678493--1679226	156	4.7	151	78	6	582	21	17	21	39	1.93
1683188--1683239	25	2.0	26	82	10	63	48	7	0	44	1.31
1683972--1684562	163	3.6	163	79	7	630	40	12	11	35	1.79
1683986--1684562	164	3.6	158	79	6	604	40	12	11	35	1.80
1685923--1686528	166	3.7	164	79	8	527	49	9	11	30	1.70
1687855--1687880	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1690788--1690854	34	1.9	35	87	3	100	46	14	14	23	1.83
1693042--1693086	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1694686--1694716	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1696796--1696821	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1699367--1699392	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1706244--1706287	20	2.1	22	87	8	65	27	9	20	43	1.82
1706321--1706373	19	2.7	20	85	8	72	28	13	15	43	1.84
1709990--1710048	24	2.5	24	71	13	59	38	15	0	45	1.46
1711001--1711038	11	3.5	11	89	7	60	76	0	23	0	0.79
1714439--1714480	9	4.7	9	77	11	50	21	4	9	64	1.42
1717175--1717316	70	2.0	70	100	0	284	32	26	9	31	1.89
1721190--1721215	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1724885--1724909	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1730274--1730300	9	3.0	9	100	0	54	22	0	0	77	0.76
1735590--1735770	52	3.5	52	95	1	310	30	17	16	35	1.92
1735866--1735890	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1736567--1736759	52	3.8	51	75	8	151	32	14	25	26	1.95
1736780--1736856	39	2.0	39	89	0	118	24	23	24	27	2.00
1736906--1737091	49	3.9	46	75	10	162	31	17	23	26	1.97
1736772--1737087	87	3.5	89	79	5	350	30	19	24	25	1.98
1737108--1737434	28	11.5	29	80	8	327	21	17	29	31	1.96
1737154--1737436	57	5.0	56	84	7	324	22	18	28	30	1.97
1737154--1737436	86	3.3	85	87	5	378	22	18	28	30	1.97
1738886--1738937	13	4.2	13	76	14	65	1	1	11	84	0.78
1738886--1738935	23	2.2	23	92	0	50	2	2	12	84	0.80
1738872--1738955	32	2.7	31	80	10	84	1	7	9	82	0.90
1750088--1750159	13	5.9	13	76	15	82	37	12	15	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1750099--1750183	21	3.8	21	76	14	89	38	9	14	37	1.78
1750088--1750178	47	1.9	47	97	0	173	37	10	15	36	1.83
1750212--1750276	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
1750206--1750274	32	2.2	32	97	0	129	37	17	11	33	1.86
1750231--1750255	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1750604--1750887	43	5.9	50	73	15	242	31	19	25	23	1.98
1750576--1750894	95	3.4	95	91	2	495	30	19	26	23	1.98
1750898--1751006	32	3.4	32	88	1	137	33	13	32	21	1.92
1750979--1751150	29	6.0	29	79	10	183	24	16	29	29	1.96
1750979--1751150	58	3.0	56	81	5	211	24	16	29	29	1.96
1752592--1752674	1	83.0	1	70	0	58	1	2	10	85	0.75
1752589--1752674	8	11.0	8	76	15	74	1	2	11	84	0.76
1752580--1752675	33	3.0	31	73	13	95	1	2	13	83	0.79
1769545--1769579	15	2.3	15	100	0	70	45	31	11	11	1.76
1770705--1770753	25	2.0	25	95	0	89	38	4	18	38	1.70
1771017--1771118	53	1.9	53	82	4	125	27	21	13	37	1.91
1771978--1772041	33	2.0	33	84	3	85	34	17	17	31	1.93
1778772--1778798	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1778753--1778818	33	2.0	33	93	0	114	28	13	16	40	1.87
1786187--1786307	52	2.3	52	94	2	208	28	18	18	34	1.94
1786187--1786327	52	2.7	52	85	4	205	30	17	18	33	1.94
1786316--1786340	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1786380--1786449	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
1786405--1786429	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1787314--1787616	49	5.9	53	81	7	301	33	16	25	25	1.96
1787369--1787621	49	5.1	50	84	5	334	33	16	25	24	1.96
1787311--1787624	97	3.1	98	86	7	398	33	16	25	24	1.96
1790236--1790278	12	3.5	12	76	17	52	2	18	0	79	0.85
1791384--1791489	45	2.2	48	81	6	128	29	21	30	18	1.97
1791522--1792505	32	31.8	32	88	3	1336	18	18	32	30	1.95
1791611--1792496	399	2.2	398	99	0	1738	17	18	33	30	1.95
1792488--1793171	27	25.0	27	94	2	1181	27	14	35	21	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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