genome.fa.s53.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold53
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4419549

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2296400--2296433	5	6.8	5	89	0	50	0	20	2	76	0.92
2296533--2296584	6	8.7	6	82	0	50	34	36	1	26	1.68
2296533--2296584	12	4.3	12	80	0	59	34	36	1	26	1.68
2296533--2296578	24	1.9	24	90	0	74	36	36	2	23	1.68
2299888--2299917	7	4.3	7	91	0	51	70	3	0	26	1.03
2300342--2300386	22	2.0	24	86	8	67	53	0	0	46	1.00
2309633--2309660	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
2310472--2310503	5	6.4	5	96	0	55	37	25	0	37	1.56
2316960--2316984	7	3.6	7	100	0	50	12	60	12	16	1.60
2317686--2317726	20	2.0	22	85	9	59	73	0	2	24	0.96
2317839--2317879	18	2.4	17	88	8	57	2	17	0	80	0.82
2322618--2322643	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2322682--2322757	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
2322703--2322775	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2322682--2322775	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
2326477--2326531	20	2.8	20	83	5	67	27	10	16	45	1.80
2326477--2326547	20	3.5	21	77	11	60	30	12	14	42	1.82
2326522--2326694	93	1.9	93	85	3	242	33	13	15	37	1.86
2328216--2328276	21	3.0	21	79	9	72	40	11	8	39	1.71
2328220--2328280	20	3.0	20	78	2	68	37	13	8	40	1.74
2328641--2328690	19	2.6	19	76	17	50	22	0	10	68	1.19
2335770--2336165	52	7.6	52	84	2	393	27	28	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2335770--2336127	156	2.3	156	85	0	466	27	28	16	28	1.97
2343322--2343347	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2345378--2345402	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2346403--2346832	165	2.6	166	89	0	646	28	10	8	52	1.65
2348629--2349962	156	8.6	156	87	2	1774	20	17	23	37	1.94
2348629--2349962	468	2.9	467	89	1	1971	20	17	23	37	1.94
2352036--2352074	21	1.9	19	85	10	51	38	2	0	58	1.12
2352058--2352464	162	2.5	162	85	4	532	28	9	7	53	1.61
2354242--2354657	55	7.3	55	87	5	453	27	28	20	24	1.99
2354493--2354583	29	3.2	29	62	14	73	27	29	17	25	1.97
2354242--2354657	165	2.4	168	83	8	509	27	28	20	24	1.99
2357720--2357803	27	3.1	27	83	11	102	23	28	19	28	1.98
2357778--2357951	52	3.3	52	77	9	167	28	25	13	32	1.93
2357611--2357947	104	3.2	103	70	12	281	30	25	11	32	1.92
2357609--2357999	212	1.8	212	87	4	583	28	26	12	32	1.93
2357936--2358007	28	2.6	27	84	8	83	23	33	18	25	1.97
2370487--2370555	8	8.5	8	79	9	59	85	5	8	0	0.74
2370494--2370540	13	3.5	13	88	5	67	89	8	2	0	0.57
2370494--2370540	14	3.4	14	88	8	69	89	8	2	0	0.57
2370494--2370540	22	2.1	22	88	11	60	89	8	2	0	0.57
2370487--2370540	1	54.0	1	77	0	54	88	7	3	0	0.61
2371524--2372299	59	13.3	59	88	5	901	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2375252--2375593	52	6.5	53	68	16	174	29	25	11	32	1.92
2375369--2375441	27	2.7	27	87	6	94	23	31	21	23	1.98
2375257--2375594	104	3.2	103	71	12	292	29	25	12	32	1.92
2375577--2375653	28	2.8	28	85	0	91	23	32	19	24	1.97
2375255--2375645	212	1.8	212	89	3	608	28	26	13	31	1.94
2381897--2381952	19	2.9	19	86	2	85	30	17	14	37	1.90
2387853--2388076	110	2.0	110	99	0	441	27	13	15	44	1.83
2388242--2388280	20	1.9	21	89	5	62	38	12	15	33	1.85
2389772--2389798	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2397475--2397541	33	2.0	33	91	0	107	26	31	14	26	1.95
2398453--2398507	20	2.8	19	83	5	74	32	16	14	36	1.89
2400783--2400834	20	2.7	20	81	3	70	30	19	15	34	1.93
2400743--2400833	20	4.6	19	74	10	69	31	20	14	32	1.93
2400861--2400915	20	2.8	20	86	5	67	38	10	20	30	1.87
2402661--2402717	16	3.6	16	76	9	62	19	15	22	42	1.89
2402937--2402974	18	2.1	18	95	0	67	44	0	5	50	1.24
2403691--2403741	21	2.4	22	83	9	61	37	5	11	45	1.65
2407604--2407657	20	2.7	20	85	0	72	35	18	14	31	1.91
2407686--2407738	19	2.7	20	82	2	63	35	18	15	30	1.92
2408171--2408197	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2408225--2408294	33	2.1	34	84	7	90	31	14	15	38	1.88
2409493--2409537	23	2.0	23	87	8	67	42	17	4	35	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2413005--2413046	22	1.9	22	95	0	75	38	4	35	21	1.75
2413622--2413688	20	3.7	20	74	25	85	26	14	14	43	1.85
2413641--2413700	13	5.1	13	73	22	69	28	15	15	41	1.86
2413622--2413719	33	3.0	33	94	4	164	27	15	15	41	1.87
2413684--2413740	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
2413772--2413836	33	2.0	33	88	11	98	33	12	15	38	1.85
2415035--2415078	22	2.0	22	82	8	54	38	15	4	40	1.68
2416051--2416100	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
2416058--2416100	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
2420011--2420049	3	13.0	3	88	0	60	30	30	0	38	1.58
2421630--2421683	20	2.7	20	91	0	81	37	14	12	35	1.85
2424109--2424161	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
2424149--2424173	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2426139--2426183	20	2.1	22	80	12	58	11	28	40	20	1.86
2426618--2426655	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2426847--2426877	8	3.8	8	95	4	53	61	25	0	12	1.32
2429957--2430013	27	2.1	27	96	0	105	42	14	22	21	1.88
2432823--2432874	20	2.7	20	87	3	70	28	9	21	40	1.84
2432916--2433001	20	4.6	19	70	22	67	29	15	17	38	1.90
2432955--2433013	13	5.1	12	73	21	54	32	15	16	35	1.90
2432938--2433013	33	2.3	33	95	0	143	30	14	18	36	1.91
2432938--2433033	33	2.9	33	89	3	122	29	14	18	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2434910--2434961	20	2.6	20	93	6	88	30	15	13	40	1.86
2435498--2435587	30	3.0	30	82	12	112	24	28	17	28	1.97
2435566--2435647	27	3.0	26	73	8	83	21	34	12	31	1.91
2435615--2435778	34	4.8	34	87	0	211	18	32	12	35	1.88
2435905--2436420	48	10.8	49	84	6	641	25	24	18	31	1.97
2435905--2436420	97	5.4	97	91	4	811	25	24	18	31	1.97
2439495--2439619	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
2439495--2439639	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
2439628--2439652	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2439692--2439761	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
2439717--2439741	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2440046--2440113	22	3.1	22	62	26	54	23	27	17	30	1.97
2440003--2440275	92	3.0	89	84	7	327	25	23	18	32	1.97
2440003--2440220	43	4.9	43	86	6	283	25	22	18	32	1.97
2440939--2441004	19	3.8	19	75	22	81	33	10	18	37	1.85
2440940--2441002	32	2.0	32	96	0	117	33	11	19	36	1.87
2440959--2440983	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2441046--2441070	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2443258--2443311	27	2.1	26	86	10	76	24	38	16	20	1.92
2446086--2446129	22	2.0	22	91	4	72	36	4	25	34	1.76
2446769--2446793	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2446749--2446813	33	2.0	32	88	11	96	33	15	18	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2448224--2448256	2	16.5	2	93	0	57	3	0	45	51	1.16
2449503--2449609	51	2.1	52	85	1	144	32	14	14	37	1.88
2449673--2449697	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2450261--2450292	16	1.9	17	93	6	57	37	28	0	34	1.57
2456595--2456619	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2456607--2456659	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
2456711--2456735	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2456691--2456758	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
2458343--2458373	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
2465382--2465406	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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