genome.fa.s53.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold53
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4419549

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
594531--594583	20	2.7	20	85	2	63	33	15	13	37	1.86
594520--594726	71	2.9	70	87	6	301	30	13	13	42	1.82
594671--594746	20	3.8	20	83	0	98	32	11	13	42	1.80
594671--594749	40	2.0	39	90	2	122	32	11	13	41	1.81
596946--596996	27	2.0	27	85	11	72	31	21	11	35	1.90
602914--602946	11	3.2	11	83	16	52	48	0	0	51	1.00
602881--602949	32	2.2	32	81	0	75	47	1	4	46	1.31
602915--602955	18	2.2	20	91	8	68	46	0	0	53	1.00
603018--603057	14	3.0	14	83	16	50	52	5	0	42	1.23
603993--604032	5	7.6	5	94	5	62	75	20	5	0	0.99
604108--604135	13	2.2	13	100	0	56	7	0	17	75	1.03
605071--605204	62	2.2	62	98	0	259	47	10	22	20	1.80
605795--605861	33	2.0	32	86	11	91	38	17	10	32	1.84
605823--605860	20	1.9	20	88	0	58	42	18	7	31	1.79
605890--606021	20	6.7	19	86	5	133	39	17	14	28	1.89
605890--605982	39	2.4	39	98	0	177	37	18	13	30	1.90
605890--606002	39	2.9	39	90	5	149	38	17	14	29	1.89
605890--606002	59	1.9	59	85	7	158	38	17	14	29	1.89
605891--606021	59	2.2	59	81	10	144	39	16	14	29	1.88
606525--606572	22	2.2	22	78	14	55	29	22	2	45	1.64
608638--608700	30	2.1	30	85	8	83	55	22	0	22	1.44
614716--614767	20	2.7	20	87	3	70	36	19	13	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
615521--615545	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
615605--615657	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
615645--615669	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
615679--615717	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
617655--617699	20	2.1	22	84	8	58	4	31	46	17	1.68
622688--622721	3	11.3	3	93	0	59	29	35	0	35	1.58
624307--624332	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
626008--626044	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
628975--629026	2	26.0	2	80	0	59	46	1	0	51	1.12
629100--629130	3	10.0	3	93	6	53	0	32	0	67	0.91
630619--630724	47	2.4	42	79	16	108	33	9	3	53	1.51
632989--633026	7	5.7	7	93	6	62	84	0	0	15	0.63
632992--633026	6	5.5	6	90	10	52	85	0	0	14	0.59
632989--633026	13	2.9	13	85	14	60	84	0	0	15	0.63
632991--633036	13	3.6	12	83	13	56	82	0	2	15	0.76
632991--633036	19	2.4	18	86	13	65	82	0	2	15	0.76
636341--636397	19	2.9	19	81	2	69	31	15	17	35	1.92
636426--636494	33	2.1	32	81	10	77	30	11	20	37	1.88
639311--639365	20	2.8	20	86	8	76	38	16	12	32	1.86
641333--641392	29	2.1	27	81	6	66	28	16	18	36	1.93
647371--647448	20	3.8	20	70	11	59	38	15	14	32	1.87
647513--647537	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
647964--648004	15	2.7	16	85	11	59	70	12	7	9	1.33
649334--649420	4	23.0	4	69	19	62	74	0	24	1	0.88
649336--649420	7	12.9	7	70	22	60	75	0	23	1	0.87
649334--649420	11	8.0	11	70	23	51	74	0	24	1	0.88
649324--649397	23	3.0	24	70	16	62	68	1	27	2	1.10
649334--649420	19	4.8	18	73	14	72	74	0	24	1	0.88
649334--649422	29	2.8	29	79	18	97	75	0	23	1	0.87
649346--649422	11	7.1	11	72	19	63	76	0	22	1	0.86
650733--650855	50	2.4	52	93	2	205	34	17	18	29	1.94
656480--656530	1	51.0	1	80	0	57	90	5	3	0	0.56
657511--658847	55	24.3	55	92	5	2097	29	30	20	20	1.97
659393--659460	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
659414--659438	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
659395--659457	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
659500--659525	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
659480--659546	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
662000--662169	52	3.3	51	79	12	186	29	24	12	32	1.93
662153--662229	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
664491--664631	52	2.7	52	76	13	146	31	25	10	31	1.90
664615--664690	27	2.8	28	84	9	95	23	34	19	22	1.97
664620--664690	28	2.6	27	88	2	97	22	35	19	22	1.96
688895--689116	33	7.0	33	84	11	270	28	33	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
688895--689116	65	3.5	65	87	7	296	28	33	17	20	1.95
688895--689116	98	2.3	97	87	6	303	28	33	17	20	1.95
689155--689382	43	5.1	43	79	10	242	25	25	17	30	1.97
689198--689494	52	6.1	51	79	12	256	25	25	16	32	1.96
689104--689485	95	4.0	92	76	14	400	24	25	17	31	1.97
690330--690356	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
690310--690374	32	2.0	33	93	3	114	32	12	16	38	1.86
690395--690543	52	2.9	51	88	4	201	32	16	18	33	1.93
690422--690543	51	2.4	51	92	1	199	33	17	18	30	1.94
694595--694630	13	2.6	14	91	4	56	77	0	2	19	0.88
697166--697593	155	2.8	156	81	5	408	38	18	17	25	1.92
697249--697604	155	2.3	153	84	1	453	37	19	17	25	1.93
699034--699740	165	4.3	164	82	6	750	51	8	11	28	1.67
699317--699351	18	1.9	18	94	0	61	48	0	14	37	1.44
699034--699759	166	4.4	166	81	7	753	51	8	11	28	1.68
699034--699759	330	2.2	327	83	6	865	51	8	11	28	1.68
699170--699880	330	2.1	328	80	7	780	51	7	12	28	1.67
702528--702907	79	4.8	78	74	11	251	35	11	25	27	1.90
702656--702907	79	3.2	76	78	7	256	36	10	26	26	1.89
705222--705293	32	2.2	32	92	0	126	37	16	19	26	1.93
705395--705450	20	2.8	20	91	2	85	35	19	10	33	1.87
712357--712408	18	2.8	18	85	2	68	36	11	17	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
713068--713110	22	2.0	22	100	0	86	32	32	0	34	1.58
714451--714502	20	2.4	21	84	12	70	3	26	50	19	1.65
721122--721179	13	4.0	13	76	23	62	36	13	17	32	1.89
721136--721198	19	3.6	19	76	24	84	33	12	19	34	1.89
721123--721199	32	2.4	32	100	0	154	35	12	18	33	1.89
724546--724721	28	6.3	28	82	0	172	30	27	19	22	1.98
724546--724738	84	2.3	84	78	0	206	31	27	19	22	1.98
724802--724924	28	4.4	28	74	6	124	32	23	15	28	1.95
724752--724878	54	2.3	56	80	10	129	32	25	16	25	1.96
724805--724924	56	2.1	56	82	0	150	31	24	15	29	1.95
724752--725168	28	15.2	28	66	12	107	31	23	17	27	1.96
726203--726271	15	4.4	15	75	15	59	71	0	27	1	0.95
727107--727533	109	3.9	110	82	4	479	33	13	18	33	1.90
727151--727585	219	2.0	219	80	4	493	33	14	18	33	1.91
736385--736493	55	2.0	55	100	0	218	33	27	11	27	1.90
736580--736823	81	3.1	79	84	6	296	33	23	11	31	1.90
736594--736916	79	4.0	80	82	6	327	32	25	10	31	1.89
736771--737043	135	2.0	132	81	6	309	32	25	9	31	1.89
736902--737160	81	3.2	78	78	10	252	32	27	10	29	1.90
740313--740352	20	2.0	20	90	4	64	32	15	17	35	1.91
746508--746574	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
746528--746552	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746617--746641	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
746650--746774	52	2.4	52	94	0	214	36	18	16	28	1.93
750254--750317	25	2.6	25	92	0	101	42	12	9	35	1.75
756944--756997	20	2.7	20	85	0	72	31	11	12	44	1.78
757042--757066	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
757075--757199	52	2.4	52	94	0	214	36	17	17	28	1.93
767852--768088	116	2.0	116	98	0	456	31	22	13	32	1.93
775412--775484	19	3.7	19	83	7	92	32	16	13	36	1.88
776269--776330	33	1.9	32	87	9	90	27	11	22	38	1.88
776375--776427	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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