genome.fa.s53.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold53
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4419549

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2191922--2191984	18	3.7	16	83	12	72	84	11	3	1	0.81
2192222--2192280	31	2.0	29	83	12	75	38	25	5	30	1.77
2192929--2193108	34	5.7	31	67	17	93	25	30	16	27	1.96
2192955--2193146	64	3.0	63	88	3	285	23	30	15	30	1.95
2192929--2193172	31	7.9	30	69	17	101	24	30	15	29	1.96
2193174--2193346	32	5.5	32	89	5	246	28	35	17	18	1.93
2193385--2193750	43	8.1	43	80	11	419	25	24	18	31	1.97
2193339--2193794	92	4.9	92	92	0	741	25	24	17	31	1.97
2193682--2193749	21	3.2	21	66	25	61	27	27	16	27	1.97
2193704--2193973	49	4.9	54	73	16	205	24	25	14	35	1.93
2194750--2194774	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2197904--2197956	19	2.8	18	77	11	52	32	13	13	41	1.82
2197983--2198037	20	2.7	20	82	2	65	32	12	14	40	1.84
2200081--2200122	22	1.9	22	95	0	75	47	14	14	23	1.80
2208523--2208578	20	2.7	21	75	16	62	39	14	12	33	1.83
2208627--2208679	20	2.6	21	85	11	74	28	13	11	47	1.77
2209740--2210024	63	4.5	61	73	11	155	22	21	11	44	1.85
2209776--2209898	62	2.0	64	83	6	162	26	24	9	39	1.86
2210502--2210574	31	2.4	31	79	2	76	17	24	16	41	1.90
2210663--2210782	63	1.9	62	86	5	170	23	21	11	43	1.85
2210660--2210810	63	2.4	63	80	6	157	21	22	13	42	1.88
2210949--2211087	63	2.2	63	79	5	147	23	23	14	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2212262--2212286	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2212242--2212308	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2212349--2212373	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2212361--2212413	20	2.7	20	100	0	106	26	22	15	35	1.93
2212402--2212522	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
2222178--2222302	52	2.4	52	91	0	205	29	16	17	36	1.92
2222178--2222322	52	2.8	51	86	4	193	31	16	17	34	1.93
2222311--2222335	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2222376--2222442	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2222398--2222422	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2223292--2223820	49	10.7	52	80	9	386	31	17	26	24	1.97
2223355--2223826	49	9.7	49	87	4	645	30	17	26	25	1.97
2223355--2223819	195	2.4	189	93	3	759	30	17	26	24	1.97
2223355--2223826	146	3.2	145	88	3	659	30	17	26	25	1.97
2223826--2223957	33	4.0	33	89	2	203	20	16	33	29	1.95
2223826--2223957	65	2.0	66	92	1	221	20	16	33	29	1.95
2223945--2224593	34	20.2	32	75	14	402	32	12	34	20	1.90
2224032--2224203	27	5.9	27	74	17	146	29	13	34	21	1.92
2223994--2224242	61	4.1	60	87	4	338	32	13	34	19	1.90
2223994--2224242	122	2.0	121	89	2	383	32	13	34	19	1.90
2224428--2224475	24	2.0	24	100	0	96	25	8	37	29	1.85
2224176--2224597	35	12.8	33	79	12	283	33	12	34	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2224348--2224567	120	1.8	120	83	7	295	31	12	34	21	1.90
2224571--2224693	62	2.0	63	90	4	196	29	17	30	23	1.97
2224578--2224702	31	4.0	31	86	9	166	28	16	30	24	1.97
2225640--2225675	18	2.1	17	89	5	54	0	0	16	83	0.65
2225998--2226040	17	2.5	16	82	14	50	0	4	9	86	0.71
2232821--2232860	11	3.7	10	87	12	53	85	12	2	0	0.71
2233100--2233134	12	3.2	11	88	11	54	88	11	0	0	0.51
2234087--2234828	34	23.2	33	76	15	652	19	36	13	30	1.91
2234119--2234828	61	11.1	61	79	12	428	19	36	13	30	1.91
2234087--2234828	94	7.8	96	80	11	623	19	36	13	30	1.91
2234169--2234828	122	5.1	123	83	11	698	19	36	13	30	1.90
2234087--2234805	155	4.5	154	77	14	541	19	36	13	29	1.91
2234554--2234636	31	2.7	31	86	0	112	20	39	16	22	1.92
2234080--2234842	122	6.0	132	80	12	605	19	36	13	30	1.91
2234842--2234975	33	4.1	33	89	0	205	29	31	17	22	1.96
2234971--2235922	49	20.0	48	81	11	1101	25	25	17	32	1.97
2235078--2235878	144	5.6	144	94	2	1333	25	25	17	32	1.97
2234979--2235878	92	9.5	91	81	13	862	25	25	17	32	1.97
2235718--2235785	21	3.2	21	63	19	50	26	27	16	29	1.97
2236794--2236851	20	3.0	20	84	2	73	29	10	13	46	1.77
2236890--2236915	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2236923--2237043	52	2.3	52	94	0	206	35	19	16	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2245381--2245421	19	2.2	19	86	8	57	4	14	2	78	1.03
2245850--2245915	32	2.1	32	88	5	98	40	7	13	37	1.73
2246365--2246416	17	3.2	17	82	15	58	65	0	0	34	0.93
2247276--2247300	6	4.2	6	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2247782--2247873	4	22.8	4	71	20	50	50	0	1	48	1.08
2247783--2247868	18	4.8	17	74	14	68	50	0	1	48	1.08
2247785--2247826	19	2.3	19	83	4	50	54	0	2	42	1.13
2248034--2248090	17	3.2	17	77	20	55	36	0	0	63	0.95
2248034--2248081	16	2.9	17	82	17	57	35	0	0	64	0.94
2248268--2248345	35	2.3	35	95	4	142	51	10	5	33	1.58
2248518--2248646	68	1.9	69	88	1	197	51	2	6	39	1.42
2250221--2250274	20	2.7	20	88	11	76	35	18	14	31	1.91
2250334--2250443	27	3.8	27	70	24	80	23	31	11	32	1.91
2250413--2250497	32	2.6	32	88	3	125	22	32	9	35	1.86
2250349--2250606	27	8.2	32	69	22	163	22	30	10	36	1.88
2250349--2250544	93	2.1	96	84	7	258	21	30	10	37	1.87
2250443--2250613	63	2.8	61	85	4	218	22	30	10	36	1.88
2250607--2250669	32	2.0	32	90	0	99	30	38	15	15	1.89
2250607--2250677	32	2.3	31	85	4	90	30	38	15	15	1.89
2250715--2251127	52	7.9	51	73	5	263	25	23	15	35	1.94
2250670--2251126	104	4.4	103	81	3	427	25	23	16	35	1.95
2250764--2251131	157	2.3	156	79	5	395	24	23	16	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2251491--2251544	20	2.7	20	85	0	72	29	12	14	42	1.83
2251587--2251611	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2251620--2251748	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	31	1.93
2255557--2255626	20	3.4	20	79	14	79	32	17	10	40	1.82
2268383--2268438	20	2.8	20	91	0	94	25	17	16	41	1.89
2268421--2268492	13	5.3	13	72	9	63	29	16	13	40	1.87
2268424--2268506	42	2.0	42	95	0	148	26	18	15	39	1.90
2268427--2268534	42	2.6	42	86	2	137	27	16	14	40	1.88
2268538--2268600	13	5.3	13	78	21	84	28	17	12	41	1.86
2268518--2268600	33	2.5	33	96	0	148	27	16	13	42	1.86
2268507--2268587	20	4.4	19	73	23	75	27	16	13	43	1.85
2270884--2271001	51	2.3	51	88	5	168	29	28	11	29	1.92
2270937--2271235	79	3.8	78	83	3	377	27	26	15	31	1.95
2271171--2271290	51	2.4	51	81	0	141	30	27	12	29	1.93
2271275--2271345	28	2.6	27	88	8	99	22	32	18	26	1.97
2271330--2271448	51	2.3	51	88	0	166	31	25	10	32	1.90
2271298--2271583	130	2.2	130	80	6	330	27	25	12	34	1.92
2271140--2271476	158	2.1	159	80	5	371	28	26	13	31	1.94
2275856--2275893	13	2.9	13	92	0	58	34	13	18	34	1.89
2282210--2282248	20	1.9	20	89	5	60	38	23	15	23	1.92
2282330--2282366	13	2.8	13	91	0	56	37	16	10	35	1.83
2286328--2286476	52	2.9	51	87	4	226	30	18	18	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2286465--2286489	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2286530--2286596	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2286552--2286576	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2290960--2291014	20	2.8	20	94	0	101	34	10	20	34	1.87
2291047--2291082	10	3.0	13	76	23	51	27	13	16	41	1.87
2291685--2291728	22	2.0	22	90	0	70	38	11	9	40	1.73
2292358--2292407	20	2.5	20	90	3	75	34	14	16	36	1.88
2293442--2293482	21	2.0	21	85	9	57	41	9	7	41	1.66
2293554--2293592	20	1.9	20	89	5	60	38	23	15	23	1.92
2293660--2293697	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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