genome.fa.s53.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold53
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4419549

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2039760--2039837	20	3.9	19	77	8	75	41	14	12	32	1.83
2040954--2041105	32	4.8	31	75	13	143	25	15	29	29	1.96
2040994--2042711	28	60.2	28	79	7	1534	23	16	28	30	1.97
2042718--2042789	26	2.7	26	77	14	76	34	16	13	34	1.89
2047842--2047892	19	2.7	19	96	0	93	31	11	17	39	1.86
2048891--2048936	21	2.2	20	81	7	56	21	15	17	45	1.85
2053670--2053707	20	1.9	20	100	0	76	23	13	15	47	1.81
2055725--2055893	51	3.3	50	80	3	194	30	23	13	33	1.92
2055880--2055944	28	2.3	28	86	0	85	21	29	21	27	1.99
2055868--2056076	108	1.9	109	84	0	276	25	22	15	35	1.94
2059274--2059298	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2059361--2059509	52	2.9	51	85	8	196	32	17	17	32	1.93
2067768--2067943	31	5.7	31	88	7	252	25	30	19	24	1.98
2067768--2067974	62	3.3	63	86	7	273	25	30	18	26	1.98
2067982--2068037	28	2.0	27	86	3	76	25	37	12	25	1.91
2068009--2068432	37	11.9	36	86	10	572	19	34	12	33	1.89
2067921--2068476	71	8.2	69	84	9	661	20	33	12	32	1.90
2068008--2068476	108	4.5	108	92	3	743	20	34	11	33	1.89
2068466--2068530	33	2.0	33	93	0	112	29	32	18	20	1.96
2068530--2069079	49	11.8	47	85	7	655	25	25	18	30	1.98
2068674--2069088	43	9.1	44	86	8	532	25	25	18	30	1.98
2068622--2069088	92	5.1	91	89	5	665	25	25	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2068907--2069079	91	2.0	86	93	5	292	26	24	20	29	1.99
2071980--2072054	20	3.8	20	78	0	87	33	13	13	40	1.83
2072964--2073015	23	2.3	23	96	3	97	19	11	9	59	1.59
2078015--2078149	34	4.1	33	75	7	139	19	31	14	34	1.92
2078139--2078456	61	5.2	60	81	7	372	23	28	18	28	1.98
2078142--2078444	122	2.5	122	86	3	448	25	28	19	27	1.98
2078362--2078544	100	1.8	100	86	2	269	23	28	20	27	1.99
2078462--2078791	61	5.4	60	87	2	446	24	26	20	28	1.99
2078304--2078617	161	2.0	161	86	3	445	22	27	20	29	1.98
2078238--2078678	222	2.0	222	85	5	597	22	27	20	29	1.98
2078613--2078709	29	3.2	29	65	18	81	24	25	19	29	1.98
2078182--2078727	283	1.9	283	87	2	803	24	27	20	28	1.99
2078802--2079121	55	5.5	54	76	14	262	25	26	21	27	1.99
2078553--2079054	272	1.8	273	85	5	708	24	26	20	28	1.99
2078830--2079184	60	5.9	61	81	8	354	25	27	20	27	1.99
2078830--2079176	122	2.9	120	80	6	389	25	27	20	27	1.99
2079166--2079569	46	9.1	44	80	7	306	18	27	12	41	1.87
2079209--2079569	88	4.1	87	74	12	290	18	26	12	42	1.86
2080329--2080420	20	4.6	20	78	15	100	27	16	13	43	1.84
2082722--2082889	51	3.3	49	76	5	165	30	24	11	33	1.90
2082863--2082921	29	2.0	29	83	3	73	23	27	13	35	1.92
2082827--2083106	109	2.6	108	79	5	305	27	25	13	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2082986--2083054	28	2.5	28	85	4	95	23	26	21	28	1.99
2083042--2083210	51	3.3	50	77	4	169	30	24	10	34	1.89
2098088--2098140	20	2.6	20	82	8	63	28	18	15	37	1.91
2098128--2098152	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2098699--2098866	77	2.2	77	96	0	309	37	25	1	35	1.66
2100185--2100236	20	2.4	21	81	12	61	7	25	46	21	1.77
2100500--2100540	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
2100672--2100710	13	3.0	13	88	0	60	33	12	20	33	1.91
2104259--2104297	18	2.2	18	100	0	78	20	20	20	38	1.94
2104147--2104427	148	1.9	148	100	0	562	25	24	14	34	1.94
2106937--2106961	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2111095--2111132	12	3.0	13	84	7	60	31	18	13	36	1.89
2111240--2111289	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
2112985--2113068	28	2.9	31	82	13	115	38	9	19	33	1.84
2113053--2113084	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
2113712--2113776	33	2.0	33	85	11	89	33	12	18	35	1.88
2117774--2117825	20	2.6	20	81	0	68	40	15	11	32	1.83
2117739--2117878	70	2.0	71	88	1	210	43	11	15	30	1.81
2119231--2119873	156	4.1	157	82	4	723	39	22	16	22	1.92
2120978--2121026	23	2.2	22	81	3	53	6	24	0	69	1.11
2120996--2121054	11	5.1	12	73	21	54	0	22	1	76	0.88
2121003--2121044	13	3.3	13	83	6	50	0	16	2	80	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2120996--2121044	23	2.0	25	84	11	66	0	18	2	79	0.83
2120984--2121033	22	2.2	23	89	3	75	2	20	0	78	0.86
2120866--2121428	283	2.0	280	95	2	1015	31	20	12	35	1.90
2121284--2121329	12	3.8	12	78	18	51	0	17	2	80	0.81
2121285--2121327	13	3.2	13	80	6	50	0	13	2	83	0.74
2121265--2121325	21	2.8	22	82	5	70	1	19	1	77	0.95
2122673--2122700	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
2122654--2122719	33	2.0	33	87	0	96	31	12	13	42	1.81
2122762--2122787	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2122775--2122903	52	2.5	52	93	0	222	35	17	17	30	1.92
2125445--2125470	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2125427--2125490	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2125928--2125994	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2128892--2128918	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2130692--2130717	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2130674--2130737	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2131175--2131241	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2132410--2132525	34	3.4	33	76	7	108	39	16	14	29	1.88
2134350--2134412	19	3.6	19	74	24	75	33	11	19	36	1.87
2134369--2134426	13	4.0	13	76	23	62	36	13	17	32	1.89
2134350--2134489	32	4.4	32	78	9	144	35	13	16	34	1.88
2134464--2134491	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2134444--2134510	33	2.0	33	88	11	102	29	14	13	41	1.85
2141192--2141255	32	2.0	32	96	0	119	43	23	9	23	1.82
2146360--2146390	13	2.4	13	94	0	53	41	12	12	32	1.81
2146338--2146403	33	2.0	33	91	5	107	39	18	10	31	1.85
2146434--2146507	20	3.8	19	82	7	94	39	16	13	31	1.87
2156192--2156268	20	3.8	20	78	10	77	42	12	14	29	1.83
2159844--2159968	52	2.4	52	93	0	214	28	17	17	36	1.93
2159844--2159989	52	2.8	51	87	4	204	29	17	17	35	1.93
2160929--2161968	49	21.7	49	84	6	1307	31	17	25	25	1.97
2161961--2162039	33	2.5	32	88	8	126	17	16	37	27	1.91
2162022--2163004	34	29.3	36	79	12	779	33	12	33	20	1.90
2162022--2163004	102	9.8	100	79	11	912	33	12	33	20	1.90
2162489--2162583	33	3.3	27	76	20	84	32	13	32	21	1.92
2162055--2162992	164	5.6	163	88	6	1225	33	12	33	20	1.89
2162965--2163102	31	4.5	29	84	10	159	27	15	33	23	1.95
2162984--2163108	31	4.0	31	87	9	166	27	16	32	24	1.96
2164378--2164448	35	2.1	33	89	5	106	0	0	11	88	0.51
2164378--2164448	1	71.0	1	77	0	70	0	0	11	88	0.51
2171312--2171436	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
2171312--2171456	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
2171445--2171469	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2171980--2172605	28	21.9	28	85	3	689	21	18	31	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173845--2173909	16	3.8	17	75	20	64	1	4	12	81	0.91
2173846--2173925	26	3.0	26	73	10	70	1	5	13	80	0.95
2173855--2173899	24	2.0	22	86	8	63	2	4	11	82	0.91
2187553--2187626	20	3.7	20	85	7	105	40	12	16	31	1.85
2189490--2189756	79	3.4	78	85	2	345	28	28	11	31	1.92
2191360--2191392	16	2.1	16	94	5	59	81	12	6	0	0.85
2191363--2191403	20	2.0	21	90	4	66	80	9	9	0	0.91
2191086--2191952	281	3.1	281	98	0	1646	41	20	15	23	1.90
2191641--2191673	16	2.1	16	94	5	59	81	12	6	0	0.85
2191644--2191684	20	2.0	21	90	4	66	80	9	9	0	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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