genome.fa.s53.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold53
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4419549

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776415--776439	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
776449--776487	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
778419--778463	20	2.1	22	84	8	58	6	26	46	20	1.75
782353--782440	29	3.2	29	63	18	78	26	28	20	25	1.99
782382--782465	25	3.2	25	63	18	62	26	28	21	23	1.99
782258--783434	116	10.2	114	86	6	1216	26	28	19	24	1.99
782295--783434	55	19.9	55	86	6	1199	27	28	20	23	1.99
783418--783630	120	1.8	115	81	11	261	20	25	14	39	1.90
784143--784219	21	3.7	21	89	3	111	36	11	16	35	1.86
784339--784364	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
784319--784385	33	2.0	33	85	0	89	26	14	14	43	1.85
786619--786692	27	2.7	28	89	6	107	24	32	20	22	1.98
786510--786898	52	7.4	50	71	14	223	29	25	12	32	1.92
786677--786898	104	2.1	103	84	2	275	30	24	11	33	1.91
786881--786956	28	2.7	28	85	0	89	25	34	17	23	1.96
786508--787005	263	1.9	263	90	1	802	28	26	13	31	1.93
786911--787115	79	2.6	79	82	1	241	23	30	17	28	1.97
797226--797295	20	3.5	20	88	3	97	37	15	15	31	1.89
797341--797412	22	3.4	22	79	11	62	40	15	12	31	1.84
797879--797974	33	2.8	33	78	12	106	32	12	20	34	1.90
801133--801214	26	3.1	27	77	6	80	69	1	2	26	1.08
801264--801381	44	2.7	44	90	1	184	28	24	14	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801575--801632	22	2.6	22	77	20	59	67	10	12	10	1.43
801566--801687	53	2.3	52	82	5	136	62	11	16	9	1.54
802957--803002	20	2.2	22	84	7	60	52	4	8	34	1.52
805829--805905	39	2.0	39	92	5	129	31	23	15	29	1.95
806327--806379	20	2.6	21	82	17	67	35	13	18	32	1.90
809584--809704	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
809584--809724	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
809713--809737	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
809801--809825	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
809779--809845	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
810559--810898	49	7.1	49	84	9	416	32	17	25	24	1.96
810838--810966	66	2.0	66	100	0	258	29	20	24	25	1.99
810904--811075	49	3.6	49	88	4	239	30	18	25	25	1.98
810730--811064	164	2.0	164	83	10	412	32	17	25	24	1.96
811075--811144	33	2.1	35	91	5	117	20	18	35	25	1.95
811149--811380	33	6.9	35	85	12	294	33	12	34	20	1.90
811149--811380	70	3.4	69	86	10	320	33	12	34	20	1.90
811251--811404	29	5.0	30	83	11	186	30	13	32	23	1.93
811250--811404	63	2.5	64	89	4	244	30	13	32	23	1.93
812848--812970	1	123.0	1	75	0	75	2	4	8	84	0.83
812851--812970	21	5.8	20	75	14	102	2	4	9	84	0.85
812851--812970	22	5.6	21	76	15	97	2	4	9	84	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812848--812967	31	4.3	26	75	19	93	2	4	9	84	0.85
812848--812970	36	3.7	34	75	15	105	2	4	8	84	0.83
824847--825178	164	2.0	165	88	10	498	31	20	26	21	1.98
827183--827208	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
828468--828611	50	2.9	50	75	12	116	30	20	25	24	1.98
828741--828863	34	3.5	35	81	16	139	34	10	32	22	1.89
830469--830579	1	111.0	1	76	0	69	1	4	9	84	0.82
830469--830579	16	6.8	16	78	6	116	1	4	9	84	0.82
830469--830573	33	3.2	32	86	6	140	1	4	9	83	0.85
841261--841337	39	2.0	39	87	10	113	31	22	15	31	1.95
841766--841818	20	2.6	21	82	17	67	35	13	18	32	1.90
845026--845146	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
845026--845166	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
845155--845179	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
845243--845267	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
845221--845287	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
846002--846339	49	7.0	49	84	8	412	33	16	25	24	1.96
846277--846405	66	2.0	66	100	0	258	29	20	24	25	1.99
846343--846514	49	3.6	49	88	4	239	30	18	25	25	1.98
846169--846503	164	2.0	164	83	10	412	32	17	25	24	1.96
846514--846583	33	2.1	35	91	5	117	20	18	35	25	1.95
846588--846819	33	6.9	35	85	12	294	33	12	34	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846588--846819	70	3.4	69	86	10	320	33	12	34	20	1.90
846690--846843	29	5.0	30	83	11	186	30	13	32	23	1.93
846689--846843	63	2.5	64	89	4	244	30	13	32	23	1.93
848287--848405	1	119.0	1	74	0	67	2	4	9	84	0.85
848289--848405	10	11.7	10	72	17	75	2	4	9	83	0.86
848287--848402	14	7.9	14	73	13	92	2	4	9	83	0.87
848289--848344	21	2.7	21	89	10	80	1	1	8	87	0.69
848287--848404	26	4.6	25	79	14	116	2	4	9	83	0.86
848287--848405	36	3.4	34	73	15	107	2	4	9	84	0.85
858107--858133	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
862267--862387	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
862267--862407	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
862396--862420	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
862484--862508	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
862462--862528	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
866552--866635	19	4.7	19	78	18	99	34	11	16	36	1.86
866573--866640	32	2.1	32	94	0	118	35	11	16	36	1.85
866678--866702	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
866711--866943	52	4.5	52	96	0	430	34	18	19	27	1.95
874126--874263	30	4.6	30	73	11	95	20	14	15	49	1.80
874600--874775	90	2.0	90	94	2	309	30	26	15	27	1.96
874963--875037	30	2.5	30	80	8	82	32	18	9	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874982--875161	35	5.3	35	76	5	156	26	22	8	42	1.83
874982--875160	70	2.6	70	79	7	183	26	22	8	42	1.82
875143--875181	20	2.0	20	94	0	69	10	28	12	48	1.74
875207--875593	44	8.8	44	72	7	250	21	20	14	42	1.88
875628--876091	131	3.6	129	75	7	359	22	21	15	40	1.91
878107--878136	12	2.5	12	94	0	51	23	10	36	30	1.87
881287--881442	78	2.0	78	84	2	206	27	21	13	37	1.91
889303--889343	21	1.9	22	90	5	66	43	17	17	21	1.87
890877--891055	33	5.5	33	81	7	179	28	24	17	29	1.97
890817--891096	32	8.6	32	75	10	187	27	26	18	27	1.98
890877--891006	36	3.8	36	86	5	150	26	23	17	32	1.97
890877--891056	100	1.8	100	86	4	265	28	24	17	29	1.97
890907--891039	69	1.9	69	86	6	189	27	24	17	30	1.97
891171--891479	155	2.0	155	84	3	399	25	23	16	33	1.95
891228--891573	155	2.2	155	81	5	371	26	23	15	34	1.95
891276--892076	52	15.5	52	72	7	270	28	24	14	33	1.94
891407--892015	103	5.9	101	77	5	364	28	24	13	33	1.93
891611--892019	155	2.6	155	81	1	453	30	24	12	32	1.93
892028--892189	79	2.1	79	93	0	279	28	27	17	26	1.98
892121--892558	103	4.3	102	81	7	332	26	25	15	32	1.95
892183--892563	52	7.4	51	78	9	344	26	24	15	33	1.95
892173--892562	155	2.5	153	83	3	503	25	24	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895202--895764	283	2.0	284	91	1	905	27	19	15	37	1.92
898147--898243	51	1.9	51	86	0	140	45	13	14	26	1.82
898299--898352	20	2.7	20	82	8	65	29	20	12	37	1.90
899757--899801	10	4.6	10	83	2	56	82	0	17	0	0.68
899757--899801	20	2.3	19	88	3	63	82	0	17	0	0.68
900971--901154	92	2.0	92	84	4	237	28	27	14	29	1.95
901653--902202	47	11.9	47	71	10	148	22	22	15	40	1.91
901791--901964	92	1.9	93	83	4	226	23	21	15	39	1.91
901676--901984	139	2.2	139	77	5	327	23	22	15	38	1.92
901676--902079	94	4.4	91	74	7	282	21	22	16	39	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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