genome.fa.s53.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold53
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4419549

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1792488--1793171	55	12.5	54	94	2	1181	27	14	35	21	1.93
1792488--1793195	82	8.6	82	94	2	1201	27	14	35	22	1.93
1800992--1801034	12	3.5	12	76	17	52	2	18	0	79	0.85
1801421--1801446	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
1801931--1802490	49	11.9	49	80	10	600	31	17	25	25	1.97
1801934--1802490	92	5.9	92	87	7	667	31	17	25	25	1.97
1802531--1803091	34	16.8	33	81	12	541	32	12	34	20	1.90
1802640--1802693	27	2.0	27	96	0	99	24	14	38	22	1.91
1802600--1802722	61	2.0	61	87	3	176	33	12	33	21	1.90
1802563--1803091	97	5.3	97	79	14	516	32	12	34	20	1.90
1802531--1803091	131	4.2	131	83	9	626	32	12	34	20	1.90
1802888--1803088	104	1.9	107	92	4	345	32	12	34	19	1.90
1805017--1805077	22	2.8	21	85	14	79	39	6	27	26	1.81
1805656--1805709	20	2.8	20	88	2	74	31	14	22	31	1.94
1805753--1805783	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
1805737--1805803	33	2.0	33	85	5	91	34	13	16	35	1.88
1808807--1808965	63	2.5	63	91	2	257	30	15	15	38	1.89
1811529--1811748	95	2.3	94	87	3	318	37	14	21	26	1.92
1812983--1813023	21	2.0	20	90	4	64	51	17	12	19	1.76
1813791--1813863	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1813809--1813884	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
1813791--1813884	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1813923--1813948	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1814407--1814473	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1818985--1819057	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1819003--1819078	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
1818985--1819078	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
1819117--1819142	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1819601--1819667	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1824175--1824251	31	2.5	31	95	0	145	37	11	15	35	1.84
1824220--1824290	20	3.6	19	81	7	79	38	12	14	35	1.84
1824214--1824290	40	1.9	39	89	2	118	38	12	12	35	1.82
1824183--1824330	71	2.1	69	83	7	190	40	12	13	33	1.83
1824316--1824345	8	3.8	8	100	0	60	40	23	0	36	1.55
1825254--1825798	28	18.9	28	83	5	633	19	17	32	30	1.95
1825256--1825798	229	2.4	228	85	2	728	19	17	32	30	1.95
1827048--1827189	1	142.0	1	73	0	77	0	1	14	83	0.75
1827048--1827189	15	9.5	15	73	21	104	0	1	14	83	0.75
1827059--1827189	9	14.2	9	76	16	126	0	1	14	83	0.71
1827059--1827189	28	4.7	27	76	18	126	0	1	14	83	0.71
1827050--1827181	8	16.5	8	72	18	98	0	1	14	83	0.77
1828816--1828968	52	2.9	52	90	1	227	35	18	16	28	1.94
1843216--1843402	51	3.7	51	89	1	259	40	13	17	28	1.87
1843437--1843494	20	2.9	19	85	7	71	41	12	10	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1843318--1843505	72	2.6	72	89	0	288	42	11	15	30	1.83
1845486--1845511	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1846159--1846315	62	2.5	62	94	3	273	22	30	7	39	1.81
1846271--1846314	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
1850201--1850231	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1852035--1852079	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1854298--1854323	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1858212--1858260	23	2.1	24	85	14	68	2	22	0	75	0.90
1858205--1858277	33	2.2	32	78	7	83	6	23	0	69	1.12
1859835--1860134	83	3.6	84	77	8	249	43	14	25	17	1.86
1860363--1860770	44	9.2	44	70	6	162	39	13	25	21	1.90
1860303--1860645	88	3.9	87	69	9	221	40	14	23	21	1.90
1860434--1860779	132	2.6	133	83	3	419	40	13	24	21	1.89
1860436--1860778	44	7.8	44	71	6	201	39	13	24	21	1.90
1863045--1863094	21	2.4	21	93	0	82	24	20	28	28	1.99
1874153--1874184	3	10.7	3	93	0	55	28	0	3	68	1.04
1875090--1875160	33	2.0	37	86	10	105	9	25	0	64	1.24
1875463--1876043	165	3.5	166	79	6	576	49	7	10	32	1.66
1878754--1878799	20	2.3	20	96	0	83	39	2	19	39	1.64
1878846--1878898	21	2.7	20	82	5	63	33	16	15	33	1.90
1879969--1880453	148	3.3	148	86	4	658	27	19	18	34	1.95
1882487--1882562	32	2.3	32	80	6	82	19	21	11	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1884376--1884926	145	3.8	143	74	10	399	38	19	17	24	1.93
1886925--1886962	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1888748--1888773	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1889471--1889514	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
1891315--1891353	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
1893411--1893477	32	2.1	32	86	5	91	34	13	14	37	1.86
1897202--1898081	444	2.0	444	98	0	1715	39	14	18	27	1.89
1900512--1900663	20	7.5	20	70	12	69	32	17	16	32	1.93
1900592--1900685	20	4.8	20	78	12	79	37	13	15	32	1.88
1901550--1901616	33	2.0	33	88	0	98	26	16	31	25	1.96
1907654--1907703	18	2.7	19	79	11	52	6	44	4	46	1.47
1907660--1907778	42	2.8	42	88	0	157	8	42	3	45	1.51
1908945--1908969	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1909066--1909185	52	2.3	52	95	0	213	35	19	17	28	1.94
1917527--1917555	15	1.9	15	100	0	58	27	37	0	34	1.57
1919546--1919600	20	2.7	21	85	2	76	38	12	18	30	1.88
1919649--1919673	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1919629--1919696	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
1922513--1922584	28	2.6	27	84	8	83	26	18	31	23	1.97
1922572--1922797	52	4.4	51	81	6	247	34	11	24	29	1.91
1922567--1922797	105	2.2	104	80	6	263	34	11	24	29	1.91
1925230--1925292	33	1.9	33	86	0	90	44	17	12	25	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1925312--1925381	19	4.1	18	77	22	87	37	15	11	35	1.84
1925334--1925358	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1925315--1925377	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1926179--1927315	55	20.4	55	90	4	1566	21	20	30	27	1.98
1926363--1926508	28	5.2	28	62	19	81	21	19	31	28	1.97
1926750--1926838	29	3.2	29	65	26	82	20	19	33	26	1.96
1926941--1927084	27	5.3	27	60	16	64	21	18	31	28	1.97
1927050--1927139	26	3.3	26	68	14	74	20	17	33	28	1.95
1928295--1928341	20	2.3	20	85	7	60	0	6	6	87	0.68
1940444--1940543	28	3.6	28	81	6	105	25	18	33	24	1.97
1940531--1940753	105	2.1	103	85	3	286	32	11	25	30	1.91
1940531--1940753	52	4.3	51	83	4	266	32	11	25	30	1.91
1940736--1940811	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
1943235--1943260	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1943214--1943280	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1943300--1943369	19	4.1	18	77	22	87	37	15	11	35	1.84
1943322--1943346	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1943303--1943365	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1947928--1947981	20	2.7	20	94	0	99	29	14	12	42	1.83
1948013--1948051	13	3.0	13	84	0	51	30	20	12	35	1.90
1948172--1948218	21	2.3	20	78	10	51	29	19	6	44	1.75
1948493--1948547	20	2.8	20	97	0	101	16	43	30	9	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1952364--1952410	24	2.0	24	91	0	76	68	0	19	12	1.21
1953488--1953574	45	1.9	45	90	0	138	26	20	12	40	1.88
1954812--1955345	156	3.4	155	81	5	587	38	23	16	22	1.92
1955725--1955759	17	2.1	17	94	0	61	48	20	5	25	1.71
1956574--1956635	12	5.1	11	76	18	52	3	17	0	79	0.87
1956582--1956627	16	2.9	16	80	9	58	2	15	0	82	0.76
1957252--1957595	166	2.1	169	80	11	399	50	6	14	29	1.67
1958809--1958938	42	3.1	42	67	14	108	43	10	24	21	1.84
1958926--1959187	84	3.1	83	67	13	201	43	13	26	16	1.86
1958866--1959304	168	2.6	169	81	4	496	44	12	25	17	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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