genome.fa.s53.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold53
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4419549

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
568--756	103	1.9	101	89	2	297	4	42	41	10	1.60
916--1037	64	1.9	64	91	0	199	13	22	45	18	1.83
1376--1562	102	1.8	102	91	4	315	8	40	40	10	1.69
1473--1648	64	2.8	62	77	16	168	7	38	44	8	1.64
57--1812	807	2.1	811	84	7	2238	13	33	39	13	1.83
9985--10031	20	2.3	20	85	7	60	29	12	21	36	1.91
9999--10072	10	7.4	10	76	11	62	31	10	24	33	1.90
9997--10072	20	3.8	20	72	11	75	30	10	25	34	1.89
10005--10102	40	2.5	40	88	3	126	29	11	26	32	1.91
10345--10418	24	3.1	24	81	13	73	50	0	39	10	1.38
10345--10404	24	2.6	25	82	12	74	50	0	38	11	1.39
15467--15513	20	2.3	20	85	7	60	29	12	21	36	1.91
15481--15554	10	7.4	10	76	11	62	31	10	24	33	1.90
15479--15554	20	3.8	20	72	11	75	30	10	25	34	1.89
15487--15583	40	2.4	40	87	3	124	29	11	26	31	1.91
17527--18808	403	3.2	403	91	2	1993	21	36	28	12	1.91
19818--20006	103	1.9	101	89	2	297	4	42	41	10	1.60
20167--20288	64	1.9	64	91	0	199	13	22	45	18	1.83
20627--20813	102	1.8	102	91	4	315	8	40	40	10	1.69
20724--20899	64	2.8	62	77	16	168	7	38	44	8	1.64
26388--28780	403	5.8	404	71	13	1441	21	35	29	12	1.91
27605--28780	403	2.9	404	89	3	1704	21	37	28	12	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29790--29978	103	1.9	101	89	2	297	4	42	41	10	1.60
30139--30260	64	1.9	64	91	0	199	13	22	45	18	1.83
29173--30712	808	1.9	808	83	8	1982	13	34	38	13	1.84
30896--31017	64	1.9	64	91	0	199	13	22	45	18	1.83
39297--40102	423	1.9	409	85	5	1091	21	35	29	13	1.91
40816--41532	358	2.0	358	98	0	1389	21	35	30	13	1.91
41174--42052	403	2.2	404	87	3	1268	21	37	29	12	1.90
49131--51924	401	6.8	403	76	12	2481	21	35	29	12	1.91
58031--58237	79	2.6	79	82	1	245	28	16	29	24	1.96
58189--58260	28	2.6	28	86	4	92	25	18	33	23	1.97
60712--60766	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
60877--60954	21	3.7	21	98	0	147	37	20	10	32	1.86
60962--60994	13	2.7	12	90	9	57	9	0	0	90	0.44
68983--69996	403	2.5	401	82	3	1228	23	34	26	15	1.95
81861--81885	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
93543--93766	63	3.6	63	77	4	220	19	18	41	20	1.91
99325--99979	28	22.5	28	80	7	587	24	17	28	29	1.98
99325--99890	173	3.2	172	83	5	669	24	17	28	29	1.97
99358--99979	89	7.2	85	80	8	628	24	17	28	28	1.97
101184--101272	1	89.0	1	77	0	52	1	1	13	84	0.74
101184--101270	9	9.7	9	79	8	97	1	1	13	83	0.75
101184--101272	27	3.4	25	83	11	115	1	1	13	84	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110308--110436	52	2.5	52	90	0	204	31	18	14	34	1.91
110308--110457	52	2.9	51	86	4	194	33	18	14	34	1.91
110519--110543	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
111294--111420	67	1.9	68	85	1	175	39	11	25	24	1.88
111424--111894	49	10.0	47	80	12	399	32	17	24	25	1.97
111424--111895	92	5.1	91	89	4	630	32	17	24	25	1.97
111477--111895	141	3.0	135	85	9	592	31	18	24	25	1.97
111900--112023	32	3.9	32	90	2	187	16	19	34	29	1.94
111895--112035	65	2.2	64	84	6	203	19	19	34	26	1.96
112010--112521	100	5.1	100	96	0	934	33	13	33	19	1.91
112499--112649	31	4.9	31	80	9	164	27	16	31	25	1.97
112748--112785	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
120657--120785	52	2.5	52	92	0	204	31	17	15	36	1.91
120657--120805	52	2.9	51	85	4	192	32	16	16	34	1.91
120794--120818	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
120857--120947	20	4.9	20	74	18	90	46	13	10	29	1.77
120859--120925	33	2.0	33	100	0	134	46	11	11	29	1.77
120881--120905	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
121375--122078	49	14.9	49	74	10	518	30	18	26	25	1.98
121375--122078	98	7.4	98	77	10	590	30	18	26	25	1.98
121622--121929	39	7.0	40	73	15	170	28	18	26	27	1.98
121661--122078	48	8.9	47	75	11	340	30	17	26	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121423--122031	229	2.6	234	80	6	662	30	17	26	25	1.98
121661--122076	87	4.5	89	77	10	343	30	17	26	25	1.98
122075--122620	34	17.0	33	72	15	358	36	12	31	20	1.89
122174--122461	61	4.6	60	72	13	221	37	11	30	21	1.88
122208--122265	26	2.2	26	90	0	89	32	13	32	20	1.92
122301--122360	27	2.2	27	84	0	75	35	11	31	21	1.90
122396--122453	27	2.1	27	87	0	80	37	12	25	24	1.90
122491--122550	27	2.2	27	81	0	75	33	11	33	21	1.90
122141--122613	95	5.0	95	85	2	641	36	12	30	20	1.90
122605--123123	63	8.3	62	83	6	615	32	14	29	23	1.94
122605--123123	125	4.2	125	85	6	619	32	14	29	23	1.94
122593--123120	157	3.4	155	84	7	646	32	14	29	23	1.94
123954--123978	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
124079--124215	53	2.6	53	94	1	238	27	16	18	37	1.92
124185--124255	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
124295--124335	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
129939--130064	52	2.4	52	90	0	216	27	18	18	35	1.94
130073--130097	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
130150--130278	19	7.8	18	68	28	99	36	18	11	33	1.87
130144--130276	32	4.2	32	92	0	221	36	18	11	33	1.87
142456--142494	20	2.0	20	90	10	62	41	17	10	30	1.83
147387--148331	388	2.4	389	84	3	1175	25	30	23	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168486--168824	52	6.4	51	71	15	215	31	12	25	30	1.93
168640--168715	27	2.8	28	90	6	111	22	21	32	23	1.98
168378--168826	212	2.1	213	86	2	609	31	13	26	28	1.94
168699--168821	51	2.3	52	84	6	151	31	12	22	33	1.91
183383--183450	27	2.5	28	85	4	102	29	17	27	25	1.97
183272--183706	216	2.0	216	93	0	744	33	13	25	28	1.93
183599--183670	27	2.7	27	86	4	92	29	15	27	27	1.96
183653--183766	49	2.3	48	83	7	131	32	10	25	31	1.90
186194--186234	20	2.0	20	95	0	73	48	14	12	24	1.78
187660--187715	28	2.0	28	92	0	94	23	19	19	37	1.94
202452--202650	78	2.5	78	82	4	247	33	12	25	29	1.92
202508--202780	130	2.1	130	81	3	309	32	12	26	28	1.93
204642--204696	23	2.4	23	93	0	101	10	7	21	60	1.55
205795--206038	78	2.9	83	79	10	239	39	12	25	21	1.89
206002--206345	62	5.7	62	86	4	427	29	19	26	24	1.98
206369--206996	62	10.5	61	83	6	736	28	19	26	25	1.99
206369--206996	122	5.2	121	83	7	746	28	19	26	25	1.99
206369--207071	62	11.9	55	79	9	466	27	19	26	26	1.99
211827--211863	18	2.1	18	100	0	74	32	27	16	24	1.96
212885--213003	42	2.8	42	90	0	193	8	45	2	43	1.47
212918--212993	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
212909--212994	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212900--212970	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
226219--226286	27	2.5	28	82	4	93	27	17	29	25	1.97
226108--226542	216	2.0	216	94	0	762	32	13	25	28	1.94
226435--226506	27	2.7	27	86	4	92	29	15	27	27	1.96
226489--226602	49	2.3	48	83	7	131	32	10	25	31	1.90
229040--229096	20	2.8	20	91	0	96	45	15	14	24	1.83
230523--230578	28	2.0	28	92	0	94	23	19	19	37	1.94
234862--234915	19	2.8	20	85	5	74	27	12	12	46	1.79
234981--235033	13	4.5	13	69	26	55	33	13	15	37	1.86
243679--243750	37	1.9	38	85	2	101	15	13	40	30	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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