genome.fa.s53.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold53
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4419549

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244482--244573	8	10.9	8	73	11	76	16	2	4	77	1.03
244472--244552	8	9.6	8	76	14	58	13	2	7	76	1.10
244472--244569	25	3.8	24	76	12	88	16	2	6	75	1.09
244487--244570	44	1.9	45	90	4	136	15	2	4	77	1.04
244472--244553	9	9.6	9	75	12	66	13	2	7	76	1.09
244521--244571	18	2.9	18	88	2	68	17	0	3	78	0.90
244513--244553	10	4.4	10	79	14	52	9	0	7	82	0.83
246874--246989	52	2.3	51	84	1	142	34	10	26	28	1.89
246975--247192	78	2.8	78	79	6	244	33	13	25	27	1.93
248809--248846	15	2.5	15	83	8	51	21	23	7	47	1.77
248998--249023	7	3.7	7	100	0	52	23	0	0	76	0.78
249012--249059	18	2.7	17	90	6	69	12	4	8	75	1.18
248997--249068	9	8.9	8	74	17	51	18	2	5	73	1.15
248989--249059	18	4.3	16	76	13	56	14	2	7	76	1.11
249368--249463	36	2.9	33	78	18	103	30	23	12	33	1.92
260398--260437	20	2.0	20	95	0	71	25	17	10	47	1.78
264889--264964	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
264879--264997	42	2.8	42	89	0	175	42	2	46	8	1.47
268217--268255	15	2.6	14	80	11	51	82	2	12	2	0.89
269005--269080	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
268995--269113	42	2.8	42	91	2	195	42	2	46	8	1.47
281874--281992	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281907--281982	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
281898--281983	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
281889--281959	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
287521--287565	15	3.0	15	76	0	54	42	42	0	15	1.47
293512--293596	10	8.2	10	81	11	91	83	16	0	0	0.65
293517--293625	1	109.0	1	75	0	56	83	14	0	1	0.73
293502--293624	23	5.4	22	76	16	108	82	16	0	1	0.76
293522--293625	8	12.6	8	77	15	81	83	14	0	1	0.73
293499--293624	43	2.8	44	85	11	159	80	17	0	1	0.78
293502--293594	33	2.7	34	90	6	143	82	17	0	0	0.66
294802--294874	26	2.8	27	72	14	80	41	15	10	32	1.82
294884--295431	28	19.4	28	86	4	638	27	30	17	24	1.97
294884--295525	56	11.2	56	84	6	648	27	30	17	24	1.97
295412--295533	32	3.9	32	78	8	117	27	30	18	22	1.98
298168--298235	34	2.0	34	100	0	136	38	20	11	29	1.88
299063--299179	20	5.8	20	76	0	117	38	14	12	34	1.84
299069--299179	40	2.8	40	95	0	195	37	15	11	35	1.84
299930--300000	32	2.3	32	82	4	83	22	15	29	32	1.95
299990--300759	172	4.6	170	86	4	904	23	16	30	29	1.96
299990--300759	28	27.3	28	83	5	758	23	16	30	29	1.96
302011--302090	11	7.5	11	77	14	69	1	2	13	82	0.83
302012--302093	30	2.6	32	81	11	98	1	2	15	80	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
302011--302093	31	2.6	29	83	12	94	1	2	15	80	0.87
302011--302090	33	2.5	31	83	6	97	1	2	13	82	0.83
305148--305231	43	2.0	43	85	0	114	38	15	14	32	1.87
311817--311847	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
311797--311863	33	2.0	33	88	5	100	35	17	13	32	1.89
311892--311943	20	2.7	20	90	3	79	34	19	13	32	1.90
313562--313678	51	2.3	51	89	0	180	31	12	25	29	1.93
313372--313707	130	2.6	127	75	7	334	34	12	24	28	1.92
313664--313733	28	2.5	28	85	0	95	27	18	31	22	1.97
313773--314071	79	3.8	79	85	3	390	32	16	25	26	1.96
313397--313915	288	1.8	286	82	6	663	34	13	24	27	1.93
313803--314023	76	2.9	77	91	2	354	33	17	24	25	1.96
314007--314175	51	3.3	51	83	6	209	31	11	27	28	1.92
316475--316509	13	2.7	13	100	0	70	37	17	14	31	1.89
316988--317032	21	2.1	21	88	8	65	26	33	6	33	1.83
316998--317039	21	2.0	21	95	0	75	26	26	9	38	1.87
318231--318344	41	2.8	40	77	12	124	42	13	24	20	1.87
318387--318546	42	3.7	43	80	9	182	40	13	25	20	1.90
318520--318781	121	2.2	122	84	8	353	29	19	24	26	1.99
318520--318779	61	4.4	61	81	11	317	28	20	24	26	1.99
318696--318779	28	3.0	28	65	13	73	28	21	23	26	1.99
318690--318881	95	2.0	98	85	9	268	30	18	27	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
318635--319088	155	2.9	154	89	2	651	27	19	27	25	1.99
318942--319154	61	3.6	60	75	11	224	26	18	28	26	1.98
320132--320201	1	70.0	1	71	0	50	0	4	10	85	0.72
320126--320201	21	3.6	20	79	15	73	0	6	9	84	0.78
320129--320199	19	3.7	19	87	10	76	0	5	9	84	0.77
320129--320197	9	7.2	10	78	15	56	0	5	10	84	0.78
320134--320199	30	2.2	29	86	7	89	0	4	10	84	0.75
320155--320201	10	4.4	11	89	10	71	0	0	12	87	0.55
320145--320200	9	5.9	9	82	14	60	0	1	12	85	0.67
320132--320201	29	2.3	32	87	7	101	0	4	10	85	0.72
332610--332728	51	2.3	51	86	0	175	29	14	27	28	1.95
332459--332756	130	2.3	130	81	4	341	34	14	24	26	1.94
332713--332781	28	2.5	28	83	11	88	30	15	28	24	1.96
332846--333072	76	2.9	78	86	8	336	32	15	25	26	1.96
333056--333176	51	2.4	51	84	0	161	30	11	28	29	1.92
335523--335592	20	3.5	19	84	7	86	40	14	17	28	1.88
337936--337974	13	3.1	12	86	13	60	33	17	17	30	1.94
343127--343180	20	2.7	21	80	13	69	35	14	12	37	1.85
343210--343257	20	2.4	20	86	6	62	37	18	12	31	1.88
345218--345242	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
345230--345322	20	4.7	20	80	5	98	40	18	12	27	1.87
348725--349132	199	2.1	199	97	0	764	37	13	18	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
351665--351689	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
352123--352174	20	2.4	21	84	9	61	21	48	25	5	1.72
353542--353584	22	2.0	22	86	9	61	34	2	27	34	1.70
354153--354205	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
354257--354282	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
354237--354304	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
356463--356488	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
356442--356508	33	2.0	33	85	5	91	32	16	14	35	1.90
357667--357823	80	2.0	79	83	9	203	32	15	25	26	1.95
357778--357855	27	2.9	27	84	1	93	28	17	29	24	1.98
357855--357952	51	1.9	51	86	12	139	36	9	21	32	1.85
360295--360359	34	1.9	33	87	3	94	44	9	16	29	1.79
360393--360519	19	7.7	18	71	28	113	35	18	12	33	1.88
360385--360533	32	4.7	32	99	0	289	35	18	12	33	1.88
360571--360647	21	3.7	21	85	3	102	36	16	11	35	1.86
362980--363428	51	8.6	51	75	6	314	29	27	12	30	1.92
363148--363224	28	2.8	28	82	7	86	23	35	19	22	1.96
362984--363428	103	4.3	101	70	11	288	29	27	12	30	1.92
363408--363483	27	2.8	28	83	2	91	25	34	18	22	1.96
363361--363561	105	1.9	107	84	6	275	26	30	15	27	1.96
363000--363534	259	2.0	262	87	3	776	28	28	12	30	1.93
363439--363720	79	3.6	78	92	3	449	26	28	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
368138--368499	52	6.6	52	70	14	190	37	14	24	22	1.92
368305--368514	52	4.0	52	79	2	215	37	15	23	23	1.93
368321--368514	104	1.9	104	85	2	273	35	17	24	23	1.95
368582--368829	64	3.9	63	83	4	284	18	18	33	29	1.95
368582--368829	32	7.7	31	81	4	244	18	18	33	29	1.95
368582--368836	96	2.6	96	85	6	304	20	18	32	29	1.96
369952--370017	21	3.1	20	75	18	62	7	12	7	72	1.27
370464--370523	19	3.3	19	65	21	56	56	8	23	11	1.61
370456--370539	35	2.4	35	95	2	150	53	8	22	15	1.68
377323--377361	15	2.6	14	80	11	51	82	2	12	2	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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