genome.fa.s53.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold53
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4419549

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2649779--2649835	28	2.0	28	96	0	105	24	42	5	28	1.76
2653086--2653141	19	2.8	21	83	10	80	33	17	14	33	1.90
2653127--2653153	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2655608--2655635	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
2661769--2661835	33	2.0	33	86	11	93	31	17	14	35	1.91
2661789--2661813	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2661864--2661937	20	3.7	20	83	8	80	36	18	14	29	1.91
2661885--2661937	19	2.7	19	88	2	70	37	18	16	26	1.93
2663000--2663391	79	4.9	80	80	8	404	37	13	21	27	1.91
2663000--2663392	158	2.5	158	79	8	449	37	13	21	27	1.91
2664509--2664536	14	2.0	14	100	0	56	78	0	7	14	0.95
2664546--2664602	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
2664679--2664735	13	3.9	13	76	24	60	36	14	15	33	1.88
2664660--2664754	32	3.0	32	96	0	172	35	11	15	36	1.84
2664659--2664755	19	5.7	19	71	26	92	35	11	15	38	1.83
2664797--2664823	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2667274--2667342	27	2.5	27	88	2	93	24	31	21	21	1.98
2667329--2667498	52	3.3	53	77	11	172	29	24	12	32	1.93
2667487--2667558	28	2.6	28	88	4	101	23	33	18	25	1.97
2680115--2680168	11	5.2	10	78	13	56	83	3	12	0	0.78
2680114--2680150	16	2.2	17	90	4	58	89	5	5	0	0.60
2681182--2681322	26	5.2	26	64	16	70	29	33	18	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2681220--2681307	29	3.1	29	62	21	69	27	35	18	19	1.95
2681249--2681333	26	3.2	26	63	21	66	32	34	17	15	1.91
2681135--2681659	55	9.3	57	89	5	684	28	29	20	22	1.98
2681135--2681659	116	4.7	112	89	4	685	28	29	20	22	1.98
2682353--2682409	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
2682465--2682530	19	3.8	19	77	22	81	33	12	15	39	1.84
2682486--2682510	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2682467--2682529	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2682572--2682597	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2682552--2682618	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2685071--2685139	27	2.5	27	88	6	95	26	31	20	21	1.98
2685017--2685409	107	3.7	104	72	11	314	27	27	14	30	1.95
2685126--2685295	52	3.3	53	77	14	174	30	24	12	32	1.93
2685279--2685355	28	2.8	28	85	0	100	23	32	19	24	1.97
2685309--2685510	79	2.6	79	81	5	221	24	29	16	29	1.96
2688546--2689231	61	11.4	60	78	7	621	28	17	26	27	1.97
2690155--2690206	19	2.7	19	85	8	70	1	9	3	84	0.82
2690165--2690216	22	2.3	22	86	6	68	3	5	5	84	0.86
2690172--2690213	19	2.2	20	86	4	59	4	4	7	83	0.91
2690158--2690214	21	2.8	20	86	7	62	3	7	5	84	0.87
2692756--2692821	19	3.8	19	75	22	81	33	10	18	37	1.85
2692757--2692819	32	2.0	32	96	0	117	33	11	19	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2692776--2692800	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2693826--2693864	20	2.0	20	89	0	60	23	17	12	46	1.83
2700332--2700387	20	2.8	20	100	0	112	44	10	14	30	1.79
2702899--2702955	20	2.8	20	72	0	60	31	8	14	45	1.75
2705640--2705688	25	2.0	25	84	8	64	46	14	14	24	1.81
2710306--2710341	18	2.0	18	100	0	72	50	11	0	38	1.38
2712607--2712632	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2712587--2712654	33	2.1	33	86	2	93	35	19	13	32	1.90
2719768--2719792	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2719780--2719832	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
2719874--2719899	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2719854--2719921	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
2721068--2721198	62	2.1	62	95	1	237	22	20	22	34	1.97
2722578--2722629	20	2.5	21	87	9	72	40	13	13	32	1.83
2723394--2723476	20	3.9	21	72	18	64	31	28	2	37	1.70
2725754--2725788	18	2.1	17	89	10	54	25	14	17	42	1.86
2725859--2725916	20	2.8	20	97	2	107	37	20	10	31	1.86
2731768--2731799	8	4.0	8	100	0	64	12	0	25	62	1.30
2732003--2732041	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2733822--2733908	43	2.0	43	97	0	165	41	2	26	29	1.68
2734577--2734644	33	2.1	32	88	2	100	35	17	14	32	1.91
2737545--2737597	20	2.7	20	100	0	106	32	11	18	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2737662--2737705	19	2.2	20	84	4	54	36	11	9	43	1.72
2743182--2743232	19	2.8	18	82	8	52	39	1	1	56	1.22
2743192--2743232	19	2.2	19	86	4	57	46	2	0	51	1.14
2743194--2743430	75	3.2	75	89	1	341	41	2	5	49	1.42
2743359--2743400	22	2.0	21	81	13	50	50	2	0	47	1.14
2744910--2745007	38	2.6	38	77	9	110	44	14	14	26	1.83
2746272--2746324	19	2.7	20	85	8	72	28	13	15	43	1.84
2748382--2748424	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
2748865--2748902	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2750981--2751011	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2752814--2752858	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2755055--2755107	19	2.7	20	85	8	72	28	13	15	43	1.84
2755868--2755912	22	2.1	21	83	4	54	62	4	0	33	1.15
2757264--2757290	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2757545--2757570	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2758197--2758245	15	3.1	15	83	13	62	51	2	2	44	1.24
2759205--2759248	23	1.9	23	85	0	61	75	9	13	2	1.14
2765716--2765753	19	2.0	19	100	0	76	52	21	15	10	1.72
2766130--2766173	19	2.2	20	92	4	72	43	0	0	56	0.99
2766236--2766280	15	3.0	15	83	0	63	62	0	0	37	0.96
2766239--2766285	15	3.1	15	76	11	51	65	0	0	34	0.93
2766316--2766340	10	2.5	10	100	0	50	72	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2766350--2766390	15	2.6	16	81	11	50	51	0	0	48	1.00
2766485--2766516	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
2767996--2768029	16	2.1	16	89	10	52	64	5	0	29	1.17
2769140--2769216	39	2.0	39	92	5	129	40	12	11	35	1.80
2771872--2771897	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2778359--2778494	51	2.7	52	85	6	174	41	13	14	29	1.85
2780484--2780929	149	3.0	146	77	9	431	34	19	20	25	1.96
2784061--2784088	14	2.0	14	100	0	56	35	7	35	21	1.81
2784542--2785109	43	13.4	42	71	10	316	47	12	20	19	1.81
2784328--2785108	85	9.2	84	79	5	730	47	13	20	18	1.82
2784360--2785109	339	2.2	339	82	5	890	47	13	20	18	1.81
2790337--2790386	1	50.0	1	83	0	55	90	8	2	0	0.54
2791704--2792233	28	18.6	28	82	5	573	29	28	16	25	1.97
2791704--2791898	30	6.7	30	82	4	132	31	29	14	24	1.95
2798475--2798645	79	2.2	79	84	6	222	31	17	25	25	1.97
2798616--2798747	51	2.6	50	81	2	165	31	11	28	28	1.91
2799655--2799690	17	2.1	17	89	0	54	83	0	16	0	0.65
2800062--2800092	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
2802341--2802995	237	2.8	237	83	5	849	32	11	25	29	1.91
2802888--2802947	28	2.0	30	87	9	88	31	13	25	30	1.93
2802920--2803050	51	2.6	51	90	3	196	30	12	28	29	1.93
2802301--2802998	79	8.8	79	82	4	739	32	12	25	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2805229--2805262	14	2.3	15	90	5	52	79	0	17	2	0.86
2805231--2805265	17	2.0	17	88	5	52	77	0	20	2	0.90
2806197--2806330	35	3.5	35	68	21	90	19	22	12	45	1.84
2806197--2806679	81	6.0	80	73	12	340	20	22	14	43	1.87
2806386--2806503	46	2.6	45	89	1	164	19	23	15	41	1.89
2806473--2806560	35	2.5	36	86	1	115	20	21	11	46	1.82
2806625--2806723	45	2.3	43	80	5	110	21	22	16	40	1.91
2806625--2806731	43	2.5	44	78	4	119	20	21	14	42	1.88
2806794--2806937	42	3.4	41	71	16	116	15	17	15	52	1.76
2806794--2806983	43	4.5	41	72	13	127	15	20	15	48	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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