genome.fa.s53.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold53
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4419549

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2806795--2806983	85	2.2	85	83	3	229	15	20	15	48	1.81
2807965--2807994	15	2.0	15	93	0	51	43	6	0	50	1.28
2808277--2808328	24	2.1	25	85	3	70	30	1	0	67	1.02
2809497--2810085	164	3.6	165	84	3	706	28	9	8	52	1.63
2810539--2810585	6	7.7	6	77	13	51	78	0	21	0	0.75
2810537--2810605	17	3.9	17	75	9	57	78	0	17	4	0.91
2811516--2811978	161	2.9	160	90	1	701	34	11	12	41	1.79
2819547--2819585	19	2.1	19	85	0	51	0	23	0	76	0.78
2819549--2819583	14	2.6	13	86	4	52	0	22	0	77	0.78
2821541--2821747	84	2.5	83	82	3	263	42	14	25	18	1.88
2822043--2822429	44	8.8	44	76	6	329	40	15	23	20	1.91
2822043--2822388	132	2.6	131	88	1	487	39	15	23	20	1.91
2822043--2822429	132	2.9	131	85	3	483	40	15	23	20	1.91
2823433--2823462	16	1.9	15	93	6	51	40	20	16	23	1.91
2823431--2823469	15	2.5	16	83	4	53	46	15	17	20	1.84
2824714--2824751	13	2.9	13	88	0	58	34	15	15	34	1.90
2830128--2830158	13	2.4	13	94	0	53	38	9	16	35	1.81
2835504--2835551	11	4.2	12	79	15	57	4	25	0	70	1.04
2837928--2838499	148	3.9	149	82	5	680	25	22	16	35	1.95
2839261--2839363	33	3.1	33	87	5	138	33	18	14	33	1.91
2839317--2839346	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
2839298--2839363	20	3.7	20	69	26	74	33	16	18	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2839392--2839467	39	1.9	39	94	0	134	36	15	15	31	1.90
2839412--2839467	19	2.9	19	89	5	85	41	16	12	30	1.85
2839392--2839466	20	3.8	20	85	3	107	37	16	14	32	1.89
2842034--2842058	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2846065--2846183	20	5.8	20	65	21	68	33	13	19	33	1.90
2846121--2846183	19	3.3	18	75	12	63	33	14	17	34	1.90
2851637--2851699	19	3.6	19	72	24	75	39	14	15	30	1.87
2851637--2851732	32	3.0	32	93	1	156	41	14	14	29	1.85
2851655--2851712	13	4.0	13	74	23	53	39	13	15	31	1.86
2857848--2857886	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2859506--2859548	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
2860449--2860474	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2860431--2860494	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2864871--2864910	19	2.0	20	90	4	64	40	15	12	32	1.84
2864871--2864935	32	2.0	33	90	3	105	43	15	12	29	1.83
2869171--2869214	22	2.0	23	82	13	56	45	0	0	54	0.99
2869412--2869471	30	2.0	31	83	9	79	60	1	0	38	1.07
2873381--2873844	103	4.5	102	83	3	504	34	15	24	26	1.94
2873419--2873809	206	1.9	205	86	1	559	34	14	24	26	1.94
2873800--2873869	27	2.6	27	79	0	86	27	18	31	22	1.97
2873703--2873942	129	1.9	130	89	2	376	33	13	26	26	1.94
2873855--2874020	76	2.2	73	86	4	215	37	11	24	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2874348--2874411	20	3.2	20	84	4	85	39	14	15	31	1.87
2877424--2877560	52	2.6	52	83	8	163	43	13	15	28	1.84
2878943--2879175	80	3.0	82	80	9	211	33	9	28	27	1.88
2878989--2879371	79	4.9	80	80	7	385	32	12	28	26	1.92
2881771--2881824	20	2.7	20	88	2	72	31	16	11	40	1.84
2887239--2887296	20	2.9	19	82	7	71	44	10	17	27	1.81
2887190--2887365	72	2.4	72	94	1	307	41	14	17	27	1.87
2888130--2888371	61	4.0	61	93	0	394	34	14	25	24	1.94
2888329--2888790	52	8.9	51	78	4	431	35	16	24	23	1.94
2888329--2888793	104	4.5	104	90	1	664	35	16	24	23	1.94
2890037--2890105	35	2.1	34	81	8	88	42	17	20	20	1.90
2890090--2890445	88	4.1	86	77	13	368	39	13	27	19	1.89
2890090--2890445	43	8.1	43	78	11	339	39	13	27	19	1.89
2890421--2891116	60	11.4	61	83	4	825	28	20	27	24	1.99
2890421--2891116	183	3.8	182	86	4	850	28	20	27	24	1.99
2890427--2891116	121	5.7	120	83	6	777	28	20	26	24	1.99
2896583--2896608	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2896563--2896626	32	2.0	33	90	3	103	28	14	17	40	1.88
2899157--2899181	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2901255--2901292	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
2905291--2905342	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
2907552--2907590	11	3.5	11	80	13	53	0	7	12	79	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2913483--2913536	21	2.7	20	77	8	65	37	14	11	37	1.82
2913480--2913536	19	2.9	19	76	7	69	35	14	10	40	1.80
2917104--2917165	19	3.2	19	84	11	81	35	17	12	33	1.88
2917126--2917189	32	2.0	33	90	3	103	42	15	12	29	1.84
2926621--2926679	20	3.0	20	84	0	73	37	8	18	35	1.81
2931615--2931669	28	2.1	24	80	12	56	45	0	0	54	0.99
2932191--2932222	6	5.3	6	92	0	55	31	0	3	65	1.08
2932173--2932222	12	4.2	12	82	7	57	32	0	4	64	1.12
2934301--2934334	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2936192--2936240	21	2.3	21	82	0	62	32	2	28	36	1.69
2936298--2936377	39	2.0	40	80	7	92	57	1	3	37	1.25
2936894--2936946	20	2.6	20	85	8	72	43	9	15	32	1.78
2937002--2937139	51	2.7	51	86	6	190	30	13	13	42	1.82
2945600--2945759	63	2.5	62	90	6	241	29	19	19	31	1.96
2945725--2945797	20	3.7	19	85	7	76	36	17	15	30	1.91
2946318--2946390	22	3.4	22	84	3	103	28	34	2	34	1.72
2946316--2946387	21	3.4	21	81	12	85	29	33	2	34	1.72
2947717--2947756	20	1.9	22	90	10	66	50	0	20	30	1.49
2947886--2947914	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
2954064--2954118	19	2.8	20	86	5	76	34	18	16	30	1.93
2956660--2956739	41	2.0	41	82	5	99	43	10	23	22	1.83
2956822--2957039	115	1.9	115	82	3	278	44	17	20	16	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2957372--2957410	20	1.9	21	89	5	62	43	17	15	23	1.87
2965774--2965803	15	2.1	14	93	6	51	23	0	30	46	1.52
2966509--2966556	20	2.5	20	82	3	62	22	10	20	45	1.81
2969082--2969687	153	4.0	153	78	5	564	37	20	16	26	1.93
2973819--2973994	98	1.8	97	83	1	235	35	11	23	30	1.90
2976426--2976479	20	2.7	20	88	2	72	31	18	12	37	1.89
2976842--2976940	41	2.5	40	86	1	126	45	16	20	18	1.86
2978454--2978492	19	2.1	19	100	0	78	38	10	10	41	1.73
2978890--2978920	16	1.9	16	93	0	53	3	12	3	80	0.95
2982612--2983183	313	1.8	314	81	4	724	36	18	15	29	1.91
2984301--2984404	51	2.0	52	88	1	156	39	23	8	28	1.84
2988902--2988938	16	2.3	16	95	0	65	16	16	27	40	1.89
2991376--2991415	20	2.0	20	100	0	80	35	5	35	25	1.78
2995421--2995474	21	2.7	20	77	8	65	35	14	12	37	1.85
2997036--2997078	22	2.0	22	85	0	59	48	11	4	34	1.60
2997207--2997258	21	2.5	21	81	6	61	40	23	9	26	1.85
3001559--3001654	33	2.9	33	82	3	113	31	15	16	36	1.90
3001625--3001742	20	5.8	20	71	16	91	33	16	18	31	1.93
3001686--3001741	19	2.9	19	91	2	85	35	16	17	30	1.92
3001726--3001752	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
3003530--3003576	6	7.8	6	77	17	53	19	2	0	78	0.85
3003501--3003584	19	3.7	22	74	18	66	19	4	0	76	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3003713--3003739	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
3004137--3004174	17	2.2	17	90	0	58	0	34	0	65	0.93
3004555--3004589	9	3.8	9	88	3	52	0	14	0	85	0.59
3007510--3007561	19	2.8	18	80	13	52	69	5	0	25	1.10
3011355--3011379	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
3011470--3011494	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
3011450--3011517	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
3013098--3013133	9	4.0	9	92	0	54	41	2	33	22	1.68
3017645--3017685	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
3018901--3019212	34	9.3	33	87	7	416	21	36	11	30	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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