genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3883850

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11--17880	59	305.3	59	85	6	22472	25	28	20	25	1.99
11--17884	642	27.8	639	88	5	20794	25	28	20	25	1.99
18558--18615	21	2.8	21	81	5	73	36	15	15	32	1.89
18650--18718	19	4.0	18	73	22	67	37	10	14	37	1.80
18653--18713	32	1.9	32	93	0	104	36	11	16	36	1.85
18672--18696	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
21226--21301	27	2.8	27	82	9	93	23	31	19	25	1.98
21230--21301	28	2.6	27	84	6	92	22	31	20	25	1.98
21118--21505	52	7.4	51	72	12	234	30	25	11	32	1.91
21488--21562	28	2.7	28	87	0	96	24	33	18	24	1.97
21118--21614	263	1.9	263	89	2	766	29	25	12	31	1.93
21518--21719	78	2.6	79	81	2	228	24	29	16	29	1.96
25014--25133	52	2.3	52	97	0	222	29	17	18	35	1.94
25014--25153	52	2.7	51	90	4	210	30	17	18	33	1.94
25142--25166	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
25207--25273	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
25229--25253	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
28916--28942	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
37578--37639	13	4.2	13	75	25	61	37	17	16	29	1.92
37596--37659	20	3.6	19	72	27	68	34	18	18	28	1.95
37580--37659	33	2.4	33	95	0	151	35	17	18	28	1.94
37686--37741	19	2.9	19	89	2	76	33	16	14	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39157--39207	19	2.6	20	87	6	77	43	13	15	27	1.85
39154--39225	20	3.7	18	81	7	72	41	13	16	27	1.87
39425--39464	20	2.0	20	85	5	53	25	10	7	57	1.57
40339--40379	11	3.6	11	80	6	55	0	17	0	82	0.66
40946--41468	167	3.1	166	84	4	628	46	9	12	31	1.73
40945--41517	165	3.4	165	83	5	649	46	10	12	30	1.74
40961--41625	332	2.0	333	79	8	719	47	9	12	30	1.73
43433--43463	16	1.9	16	93	0	53	25	3	0	70	1.02
44027--44065	20	2.0	20	89	0	60	23	0	17	58	1.38
45092--45381	156	1.9	156	85	4	406	28	15	17	37	1.91
47475--47526	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
50093--50137	18	2.4	18	81	3	54	53	0	44	2	1.13
50297--50347	26	2.0	26	84	0	66	62	3	5	27	1.36
50345--50395	26	2.0	27	84	7	70	35	3	1	58	1.28
54491--54519	6	4.8	6	100	0	58	13	34	0	51	1.42
54480--54521	18	2.5	17	81	11	52	11	33	4	50	1.60
57281--57314	15	2.3	15	95	5	61	47	0	0	52	1.00
58418--58476	25	2.4	25	83	8	68	18	6	0	74	1.03
58700--58736	14	2.7	14	91	4	58	27	8	0	64	1.21
61691--61780	45	2.0	45	97	0	171	36	12	15	35	1.85
61874--62008	19	6.8	19	83	8	162	35	17	14	31	1.91
61874--62008	40	3.4	40	100	0	270	35	17	14	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62396--62469	17	4.1	17	71	17	60	32	33	1	32	1.67
70533--70563	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
70608--70663	19	2.8	19	86	5	67	37	14	16	32	1.88
70629--70691	32	1.9	33	90	3	101	41	14	17	26	1.88
71788--71833	9	4.8	9	82	15	56	26	10	2	60	1.41
71802--71837	12	3.2	12	77	22	51	38	8	0	52	1.32
71794--71837	21	2.1	21	100	0	88	34	9	0	56	1.31
73789--73815	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
77018--77092	20	3.8	20	96	0	132	40	10	18	30	1.85
77981--78592	57	10.7	56	86	5	707	24	16	30	29	1.96
77981--78592	28	21.5	28	84	7	720	24	16	30	29	1.96
77967--78592	85	7.3	85	85	4	778	24	16	29	29	1.96
78573--78732	80	2.0	80	97	0	302	33	11	24	30	1.91
79541--80029	244	2.0	245	96	0	899	33	17	17	30	1.94
80160--80193	9	3.7	9	88	4	50	0	2	11	85	0.71
80133--80196	18	3.7	17	76	12	67	1	4	15	78	1.00
93070--93135	20	3.7	20	73	26	83	39	15	18	27	1.90
92953--93081	52	2.5	52	98	0	249	27	17	18	36	1.93
93090--93143	13	4.6	13	70	25	57	37	14	18	29	1.91
93069--93143	33	2.3	33	100	0	150	38	14	18	28	1.90
93209--93233	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
93188--93253	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99839--99915	20	3.8	20	83	6	102	38	12	16	31	1.87
105336--105369	16	2.1	16	100	0	68	41	0	11	47	1.40
112172--112300	44	2.9	44	88	2	188	17	20	18	44	1.87
112906--112972	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
112926--112950	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
113016--113040	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
113049--113169	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
118506--118538	17	1.9	17	88	11	50	72	6	0	21	1.05
124633--124684	19	2.7	20	81	6	61	28	11	17	42	1.84
124633--124690	19	3.0	18	78	12	53	25	10	20	43	1.84
125374--125414	16	2.6	16	92	0	64	46	12	12	29	1.77
125760--125815	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
125862--125930	19	3.9	19	75	23	69	44	17	11	26	1.82
125885--125910	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
125867--125930	32	2.0	33	93	3	112	43	17	12	26	1.84
128141--128190	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
129988--130018	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
132098--132135	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
132247--132292	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
133746--133789	23	2.0	21	82	8	52	15	9	15	59	1.61
134563--134618	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
134669--134720	19	2.7	20	90	6	88	44	17	11	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136403--136468	23	3.2	20	78	16	62	59	3	0	37	1.13
136420--136464	24	1.9	24	86	4	65	55	4	0	40	1.20
136497--136530	16	2.0	18	88	11	54	14	2	0	82	0.79
140590--140655	29	2.3	27	80	19	80	62	1	1	34	1.14
153072--153189	28	4.2	28	78	4	130	26	18	24	30	1.98
153060--153189	56	2.3	56	81	5	156	26	19	23	30	1.98
157538--157608	20	3.6	19	76	3	70	33	14	14	38	1.86
159733--159780	15	3.1	15	84	6	60	52	4	12	31	1.58
162240--162265	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
162220--162283	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
162220--162283	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
164824--164861	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
168775--168819	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
171040--171065	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
171020--171083	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
171020--171083	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
173589--173613	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
173569--173632	32	2.0	33	96	3	121	34	12	18	34	1.89
173568--173651	19	4.7	19	80	18	108	33	11	17	36	1.87
173695--173722	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
173728--173858	52	2.5	52	87	0	190	35	17	16	29	1.92
178876--178907	15	2.1	15	100	0	64	25	15	31	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179858--179929	20	3.6	19	79	7	81	31	16	13	37	1.88
183496--183520	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
185124--185161	3	12.7	3	88	0	58	39	0	34	26	1.57
189748--189798	22	2.3	22	100	0	102	43	19	3	33	1.70
191909--191933	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
193716--193745	13	2.3	13	94	0	51	40	13	16	30	1.87
193790--193844	19	2.8	20	80	5	67	38	9	18	34	1.82
194086--194127	22	1.9	22	85	9	59	21	11	7	59	1.56
196575--196612	19	2.0	20	85	15	53	55	26	0	18	1.43
202327--202380	20	2.7	20	97	0	99	33	14	11	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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