genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3883850

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1293863--1293942	7	13.0	6	72	22	60	81	11	5	2	0.95
1293876--1293924	11	4.2	11	85	14	71	85	8	6	0	0.73
1293871--1293942	11	7.0	10	73	16	58	83	9	4	2	0.88
1294929--1295483	28	19.5	28	82	5	564	28	30	18	23	1.97
1301199--1301267	25	2.6	25	82	11	77	82	10	7	0	0.84
1301198--1301279	26	3.1	26	79	13	87	82	10	6	0	0.82
1301225--1301276	8	6.4	8	78	10	52	84	13	1	0	0.70
1301206--1301279	19	4.1	17	76	11	67	83	9	6	0	0.80
1301198--1301279	12	6.4	12	77	17	76	82	10	6	0	0.82
1301198--1301274	27	2.9	27	81	14	88	81	11	6	0	0.85
1302547--1302693	31	4.8	31	79	9	149	22	27	14	34	1.94
1302561--1302701	62	2.3	63	87	2	196	21	28	17	32	1.96
1302686--1302938	27	8.6	27	73	17	148	22	32	13	32	1.92
1302757--1302961	27	6.5	34	73	15	129	22	32	11	34	1.89
1302730--1302911	96	1.9	94	86	4	258	21	31	12	34	1.90
1302792--1302978	60	3.1	60	81	5	216	22	32	11	32	1.91
1302952--1303105	29	5.3	30	85	5	192	31	33	18	16	1.93
1302952--1303105	57	2.7	59	84	6	181	31	33	18	16	1.93
1303122--1303831	49	14.8	49	77	9	635	25	26	17	30	1.97
1303377--1303537	39	3.9	39	70	13	133	26	30	19	23	1.98
1303325--1303687	87	4.0	87	81	7	393	26	27	19	27	1.99
1303513--1303831	101	3.2	100	84	4	396	25	25	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1309521--1309572	27	1.9	27	84	0	68	17	25	23	34	1.96
1310947--1310985	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
1310946--1310984	19	2.1	19	100	0	78	46	0	0	53	1.00
1310949--1310982	17	2.0	17	100	0	68	47	0	0	52	1.00
1312102--1312127	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1312082--1312145	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
1312082--1312152	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
1314614--1314639	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1320810--1320835	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1320790--1320853	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
1320790--1320860	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
1330429--1330608	89	2.0	89	86	4	247	28	9	27	34	1.88
1336482--1336507	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1338724--1338768	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1340572--1340602	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1342608--1342687	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
1342673--1342711	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1342832--1342878	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
1342834--1342876	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
1345261--1345286	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1347503--1347547	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1351388--1351467	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1351453--1351491	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1351614--1351656	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
1353942--1354015	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
1353960--1354035	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
1353942--1354035	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
1360654--1360720	33	2.0	33	85	5	91	34	19	13	32	1.91
1360749--1360804	19	2.9	19	83	2	76	39	14	16	30	1.88
1361339--1361701	166	2.2	166	84	3	446	50	6	9	33	1.60
1370014--1370152	51	2.7	50	88	3	206	41	8	18	30	1.81
1370116--1370189	20	3.7	20	78	5	87	43	12	13	31	1.81
1371079--1371223	32	4.6	32	80	2	150	26	17	26	28	1.97
1371119--1371964	28	29.8	28	83	5	927	23	16	30	29	1.96
1371139--1371964	141	5.8	140	84	5	930	22	16	30	29	1.96
1371973--1372032	4	15.8	4	81	13	56	1	1	13	83	0.80
1371973--1372025	7	7.4	7	85	10	56	1	1	13	83	0.82
1371973--1372036	10	6.1	11	88	3	73	1	1	12	84	0.77
1371966--1372032	27	2.5	27	80	9	75	2	1	11	83	0.82
1371968--1372036	8	8.9	8	79	10	56	2	1	11	84	0.81
1378727--1378756	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
1378712--1378776	33	2.0	33	81	6	78	36	12	16	33	1.87
1384262--1384301	21	1.9	21	89	0	62	27	22	0	50	1.50
1384272--1384311	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1385360--1385667	150	2.1	150	98	0	598	27	23	20	28	1.99
1386095--1386132	13	2.9	13	100	0	76	31	15	15	36	1.90
1398653--1398908	79	3.2	80	77	7	202	32	14	27	25	1.95
1398842--1399015	52	3.4	51	79	9	192	31	11	26	30	1.91
1398760--1399153	184	2.1	182	87	5	553	32	12	26	29	1.93
1399026--1399148	51	2.3	53	88	4	178	32	11	23	32	1.90
1401507--1401532	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1401486--1401552	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1401572--1401626	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
1402417--1402785	55	6.4	59	83	7	408	24	20	28	26	1.99
1405397--1405456	14	4.2	14	81	12	77	86	11	1	0	0.64
1405368--1405484	35	3.5	34	75	13	102	82	9	6	0	0.87
1405398--1405484	40	2.1	42	85	8	117	83	11	3	1	0.81
1405368--1405484	28	4.1	27	79	7	108	82	9	6	0	0.87
1405368--1405472	1	105.0	1	67	0	57	83	7	7	0	0.84
1406954--1407114	34	4.7	34	80	3	171	18	32	10	37	1.85
1406943--1407114	68	2.5	69	83	6	213	19	32	10	37	1.86
1407102--1407163	29	2.2	29	88	5	92	22	29	24	24	1.99
1407337--1407564	100	2.3	101	81	5	266	25	25	18	30	1.98
1407231--1407564	49	6.8	49	76	7	239	26	25	17	29	1.97
1407469--1407874	157	2.6	157	91	0	632	23	25	16	33	1.96
1407781--1408139	154	2.3	154	92	1	596	24	25	15	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1408766--1408833	32	2.1	32	91	0	109	35	10	16	38	1.82
1408785--1408809	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1408881--1408905	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1412582--1412637	19	2.9	19	81	5	67	32	10	17	39	1.84
1412666--1412728	33	1.9	33	87	6	92	34	9	19	36	1.84
1419521--1419864	165	2.1	165	79	5	374	30	12	10	45	1.76
1421840--1421888	21	2.3	21	92	0	80	16	20	34	28	1.94
1421883--1421992	54	2.0	54	82	3	132	18	17	36	28	1.93
1422308--1422511	107	1.9	105	89	2	318	9	29	10	49	1.70
1422713--1422751	17	2.4	17	86	4	53	10	12	0	76	1.01
1422813--1422915	23	4.4	22	73	20	68	15	1	6	75	1.10
1422835--1422878	15	2.8	15	83	10	52	18	4	2	75	1.09
1422834--1422896	24	2.6	23	80	12	63	19	3	3	74	1.09
1422830--1422913	33	2.6	31	82	12	91	16	2	4	76	1.07
1422835--1422927	9	11.1	8	74	18	57	18	2	5	74	1.11
1422859--1422922	17	3.7	17	74	15	60	17	0	4	78	0.92
1423439--1423983	42	12.6	42	74	7	331	37	16	29	16	1.91
1423439--1423866	126	3.4	126	80	3	403	38	15	29	16	1.90
1423456--1423998	84	6.3	84	74	9	378	37	16	29	16	1.90
1423452--1423859	211	1.9	211	85	3	552	38	15	29	16	1.90
1423809--1423921	56	2.0	55	86	5	156	34	17	28	19	1.95
1423865--1423983	41	2.9	42	83	3	161	35	17	31	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1423767--1423963	97	2.0	98	82	4	238	35	17	30	17	1.93
1423725--1423983	139	1.9	140	86	0	376	35	16	31	16	1.92
1423865--1423998	41	3.2	41	76	4	135	37	17	29	15	1.91
1427661--1427725	19	3.8	18	73	24	68	30	12	16	40	1.86
1427663--1427730	32	2.1	32	94	0	118	32	11	17	38	1.86
1427682--1427706	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1427756--1427815	13	5.1	12	75	24	65	35	16	13	35	1.88
1427824--1427952	52	2.5	52	93	0	231	34	16	19	29	1.93
1433003--1433221	79	2.8	77	80	6	224	31	13	25	28	1.94
1433155--1433272	51	2.3	52	81	5	161	33	8	26	32	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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