genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3883850

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

This is table  19  of  24  ( 2830 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2820554--2821001	28	15.5	28	80	6	412	24	16	29	29	1.96
2836224--2836261	20	1.9	20	94	0	67	34	10	10	44	1.73
2836289--2836399	20	5.6	20	74	8	100	38	14	12	34	1.84
2836289--2836399	40	2.8	40	94	0	186	38	14	12	34	1.84
2845086--2845129	19	2.3	20	76	11	56	56	18	0	25	1.41
2845167--2845676	167	3.1	163	79	9	493	50	8	10	30	1.65
2847618--2847681	33	2.0	32	93	3	110	39	29	7	23	1.83
2848912--2848966	25	2.2	25	87	6	76	72	10	1	14	1.19
2848977--2849024	15	3.2	15	77	19	55	70	0	12	16	1.16
2848982--2849024	14	2.9	14	80	19	52	69	0	13	16	1.19
2849542--2849598	21	2.8	20	83	2	69	42	33	17	7	1.76
2849539--2849600	10	6.1	10	73	3	61	41	33	17	6	1.75
2852879--2852927	11	4.5	11	80	7	55	2	16	0	81	0.78
2852879--2852930	12	4.5	12	77	15	56	1	17	0	80	0.80
2852879--2852930	21	2.5	22	87	9	74	1	17	0	80	0.80
2853173--2853197	12	2.1	12	100	0	50	36	8	8	48	1.62
2853289--2853339	19	2.6	20	84	3	68	25	13	17	43	1.86
2853397--2853432	18	2.1	17	94	5	63	33	5	19	41	1.75
2853398--2853504	52	2.1	50	84	6	144	31	14	19	34	1.91
2853938--2854003	35	1.9	34	93	3	114	33	13	22	30	1.93
2856715--2856787	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2856715--2856809	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2856848--2856873	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2856830--2856891	31	2.0	32	87	9	92	38	16	16	29	1.90
2860935--2860973	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
2862981--2863058	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
2863045--2863083	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2864889--2864934	16	2.8	16	93	6	74	28	2	39	30	1.69
2865541--2865613	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2865541--2865635	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
2865674--2865699	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2867412--2867449	16	2.3	16	90	4	58	36	15	10	36	1.82
2876109--2876146	20	2.0	19	90	10	60	31	5	21	42	1.75
2878334--2878928	166	3.6	166	74	11	426	31	10	8	50	1.66
2880873--2881249	156	2.4	154	78	6	354	24	16	20	39	1.92
2883828--2883900	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2883846--2883921	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
2883828--2883921	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
2883960--2883985	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2890091--2890169	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
2890156--2890194	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2892639--2892711	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2892657--2892732	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
2892639--2892732	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2892771--2892796	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2894153--2894178	7	3.7	7	100	0	52	26	15	11	46	1.80
2896524--2896556	15	2.2	15	94	0	57	42	0	27	30	1.56
2898357--2898471	57	2.0	57	98	0	221	40	13	13	33	1.84
2899717--2899752	16	2.2	17	90	5	56	58	0	11	30	1.33
2901096--2901135	20	2.0	21	95	5	73	40	12	17	30	1.86
2901109--2901196	30	3.0	28	75	11	86	40	9	15	34	1.79
2903712--2903785	20	3.7	20	89	3	105	32	12	14	40	1.83
2903692--2903785	40	2.3	40	83	7	111	34	12	13	39	1.83
2905450--2905524	6	12.0	6	76	8	69	42	1	0	56	1.08
2905450--2905514	26	2.6	25	87	2	94	43	1	0	55	1.09
2915572--2915613	21	2.0	22	95	4	77	2	21	0	76	0.90
2915579--2915628	21	2.3	21	83	10	57	4	22	2	72	1.12
2918059--2918111	18	3.2	17	78	7	56	37	1	0	60	1.08
2921934--2921980	18	2.4	19	86	10	60	4	19	0	76	0.95
2921948--2921997	12	4.2	12	77	12	50	6	20	0	74	1.03
2921927--2921980	18	2.9	18	76	12	56	5	16	0	77	0.94
2921927--2921980	19	2.9	19	84	13	60	5	16	0	77	0.94
2924590--2924654	33	2.0	33	84	6	87	36	13	15	33	1.87
2930883--2930932	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
2932750--2932805	19	2.8	20	78	5	69	33	17	14	33	1.90
2932855--2932879	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2939414--2939465	20	2.5	21	93	3	88	32	19	11	36	1.87
2940144--2940239	49	2.0	49	100	0	192	28	26	22	22	1.99
2943545--2943617	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2943563--2943638	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2943545--2943638	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2943677--2943702	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2947763--2947793	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2949807--2949885	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
2949872--2949910	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2952361--2952433	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2952379--2952454	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2952361--2952454	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2952493--2952518	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2953475--2953526	20	2.5	21	84	3	70	28	17	11	42	1.84
2956079--2956199	52	2.3	52	83	4	147	41	14	17	26	1.88
2956220--2956293	20	3.6	20	88	3	94	29	18	13	37	1.90
2964324--2964449	34	3.6	35	80	8	114	35	26	11	26	1.91
2964405--2964563	67	2.4	67	82	4	180	30	25	20	23	1.99
2964498--2964570	31	2.4	31	78	0	92	27	24	21	26	2.00
2964562--2964633	29	2.5	29	84	2	83	30	30	12	26	1.93
2964591--2964663	28	2.6	28	80	0	83	30	28	15	26	1.96
2964903--2965091	32	6.2	32	69	16	114	30	25	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2964960--2965043	33	2.6	32	83	7	98	28	25	21	25	1.99
2964904--2965091	92	2.1	90	82	4	225	30	25	20	23	1.98
2965098--2965285	91	2.1	91	87	0	268	35	27	19	18	1.94
2965293--2965594	65	4.8	64	70	10	185	33	30	16	20	1.94
2965216--2965593	123	3.0	122	75	8	298	32	29	17	20	1.95
2969862--2969886	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2969842--2969907	32	2.0	33	94	2	116	34	12	16	36	1.86
2975680--2975721	22	1.9	22	85	0	57	40	4	26	28	1.76
2976341--2976371	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
2976325--2976392	33	2.1	33	88	5	102	32	13	17	36	1.89
2978591--2978812	58	3.9	57	77	9	211	27	24	14	33	1.94
2978610--2978812	112	1.8	112	81	4	257	26	25	15	32	1.96
2978945--2979165	52	4.3	52	78	6	175	24	24	16	33	1.95
2979839--2979878	20	2.0	20	95	0	71	42	10	17	30	1.82
2979839--2979891	20	2.7	20	87	0	61	39	13	18	28	1.88
2981008--2981114	51	2.1	51	85	0	142	35	11	22	30	1.89
2981054--2981274	79	2.8	79	83	4	268	35	12	21	30	1.91
2980902--2981195	130	2.3	130	83	4	353	36	12	21	29	1.90
2981210--2981327	51	2.3	51	89	2	175	33	11	22	31	1.91
2980922--2981415	209	2.4	208	82	4	575	35	13	21	29	1.91
2981262--2981415	78	2.0	78	84	5	204	34	13	23	28	1.93
2981154--2981405	130	1.9	130	81	4	294	36	12	21	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2984377--2984502	34	3.5	33	79	13	101	38	13	26	21	1.91
2984437--2984579	42	3.4	43	85	5	186	37	15	25	21	1.93
2984566--2985253	61	11.4	61	84	4	754	28	17	26	27	1.98
2984568--2985251	301	2.3	301	86	3	933	28	17	26	27	1.98
2986216--2986259	1	44.0	1	81	0	52	0	6	2	90	0.51
2986204--2986258	7	7.6	7	82	13	51	0	10	1	87	0.63
2986209--2986259	8	6.4	8	86	8	61	0	9	1	88	0.60
2986201--2986256	9	6.2	9	85	10	71	0	12	1	85	0.67
2986201--2986259	17	3.4	18	88	11	79	0	11	1	86	0.65
2991160--2991244	38	2.2	40	79	8	95	34	22	4	38	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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