genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3883850

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2225831--2227342	89	16.9	90	85	4	1734	24	16	29	29	1.97
2225836--2227304	181	8.2	180	88	4	1838	24	17	29	29	1.97
2225831--2227343	270	5.6	270	87	4	1892	24	16	29	29	1.97
2228076--2228130	20	2.7	21	86	11	78	32	20	12	34	1.90
2228159--2228214	19	2.8	20	83	2	69	35	17	16	30	1.92
2228199--2228225	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2228182--2228244	33	1.9	32	87	3	90	39	15	17	26	1.90
2228533--2228608	27	2.8	28	93	2	127	32	14	30	22	1.94
2229869--2229912	16	2.8	16	79	10	54	4	18	11	65	1.40
2236944--2237020	20	3.8	20	84	6	102	41	12	14	31	1.83
2237534--2238119	167	3.5	165	75	9	424	29	9	9	51	1.66
2239543--2240018	139	3.5	140	81	9	499	36	10	10	42	1.74
2241025--2241141	38	3.1	38	81	7	148	38	21	16	23	1.93
2241987--2242029	21	2.0	22	86	4	61	34	4	4	55	1.41
2245033--2245062	3	10.3	3	92	7	53	30	0	0	70	0.88
2248618--2248687	20	3.5	20	100	0	140	25	15	20	38	1.92
2248618--2248712	40	2.4	39	89	7	138	25	15	20	38	1.92
2249242--2249286	22	2.0	22	91	8	74	35	28	0	35	1.58
2250581--2250632	20	2.4	21	81	12	61	5	26	48	19	1.71
2251281--2251306	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
2257203--2257254	20	2.7	20	90	3	79	28	11	21	38	1.88
2257296--2257345	21	2.4	21	80	9	59	28	16	16	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2259065--2259116	25	2.0	26	85	10	72	44	3	3	48	1.39
2259134--2259207	23	3.0	24	77	16	73	48	2	1	47	1.24
2262490--2262514	5	5.0	5	100	0	50	40	20	20	20	1.92
2265546--2265583	20	1.9	20	100	0	76	36	15	5	42	1.70
2265607--2265677	20	3.5	20	81	7	72	32	12	14	40	1.83
2267046--2267071	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2267026--2267089	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
2269142--2269184	20	2.1	20	82	4	50	11	25	41	20	1.86
2269460--2269503	20	2.2	20	88	8	63	43	4	20	31	1.72
2269624--2269649	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2271716--2271746	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2275806--2275831	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2275786--2275849	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
2288634--2288688	12	4.9	11	76	24	53	61	0	30	7	1.23
2288625--2288688	22	2.9	23	81	11	71	60	0	29	9	1.28
2288671--2288708	18	2.1	18	85	9	51	63	0	36	0	0.95
2291616--2291670	16	3.4	16	84	0	56	12	20	32	34	1.90
2294189--2294233	21	2.2	20	82	17	58	22	15	17	44	1.86
2299625--2299797	90	1.9	90	80	6	199	34	22	7	35	1.82
2301129--2301189	20	3.0	20	90	4	86	40	11	16	31	1.84
2301234--2301281	20	2.5	20	89	3	71	27	14	10	47	1.76
2309969--2310078	20	5.6	19	79	8	96	40	14	14	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2309968--2310040	19	3.8	19	87	1	101	42	15	13	28	1.85
2309968--2310078	39	2.8	40	79	6	129	40	15	14	29	1.87
2309992--2310046	19	3.0	17	82	15	65	43	16	14	25	1.86
2313062--2313126	31	2.1	31	94	5	114	36	7	13	41	1.74
2315491--2315515	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2315604--2315629	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2315584--2315652	34	2.1	32	86	10	95	34	15	15	33	1.90
2322752--2322785	18	1.9	17	88	5	50	32	29	11	26	1.92
2324381--2324406	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2324361--2324429	34	2.1	34	86	10	99	37	15	13	33	1.86
2328048--2329255	42	28.7	43	67	9	308	19	26	17	36	1.93
2328085--2329255	84	13.9	84	75	6	510	19	26	17	36	1.93
2328337--2329109	295	2.6	295	77	4	693	19	26	16	36	1.93
2328048--2329255	168	7.2	168	75	4	854	19	26	17	36	1.93
2332328--2332402	20	3.8	20	78	8	91	38	10	16	34	1.83
2333026--2333141	61	1.9	61	82	10	148	37	13	24	24	1.91
2333097--2333283	43	4.2	43	80	8	189	31	17	24	26	1.97
2333521--2333578	5	11.2	5	78	14	55	79	0	3	17	0.87
2333528--2333578	14	3.6	14	82	17	70	80	0	3	15	0.86
2333523--2333592	27	2.6	27	95	2	122	78	0	5	15	0.93
2333523--2333591	22	3.1	22	82	13	72	79	0	4	15	0.88
2334069--2334119	21	2.5	21	83	3	68	37	17	17	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2334172--2334204	13	2.4	14	85	15	50	42	15	15	27	1.86
2334179--2334204	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2334161--2334225	34	2.0	32	88	11	96	38	16	15	29	1.90
2339636--2339661	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2339618--2339681	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2341205--2341235	8	3.8	8	95	4	53	12	0	25	61	1.32
2341433--2341457	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2342358--2342401	19	2.1	21	84	16	56	36	0	31	31	1.58
2342969--2343019	21	2.5	21	81	9	61	39	17	15	27	1.90
2344288--2344363	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
2344347--2344469	51	2.3	53	84	6	153	31	11	25	31	1.91
2346005--2346030	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2345984--2346049	33	2.0	33	87	0	96	42	16	15	25	1.87
2346092--2346116	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2346736--2346947	119	1.8	116	80	11	252	39	15	25	20	1.91
2346930--2347812	116	7.7	115	86	6	1101	24	20	28	27	1.99
2346931--2347811	171	5.1	168	84	8	1041	24	20	28	27	1.99
2346931--2347812	55	15.4	55	82	10	990	24	20	28	27	1.99
2354169--2354299	51	2.5	51	78	9	129	32	10	24	32	1.90
2356636--2356702	33	2.0	33	85	0	89	44	16	13	25	1.84
2356722--2356789	19	3.9	18	73	23	74	39	14	10	35	1.80
2356725--2356787	32	2.0	32	93	0	108	38	15	11	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2356825--2356882	21	2.7	22	81	7	75	32	15	15	36	1.89
2358230--2358255	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2358954--2358997	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
2362890--2362927	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
2364729--2364773	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2366914--2366939	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2367297--2367346	25	2.0	25	100	0	100	48	24	4	24	1.68
2368066--2368142	33	2.3	33	80	6	84	54	11	24	9	1.65
2368468--2368525	25	2.3	25	93	0	107	31	27	27	13	1.94
2383901--2384029	52	2.5	52	97	0	240	27	19	18	34	1.95
2384038--2384062	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2384104--2384169	19	3.8	19	77	22	90	36	18	12	33	1.88
2384125--2384149	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2384106--2384168	32	2.0	32	100	0	126	34	19	12	33	1.89
2385611--2386496	127	7.0	128	81	5	900	15	26	17	40	1.89
2385641--2386502	212	4.1	213	82	3	959	15	27	17	40	1.89
2385611--2386496	43	20.9	43	80	4	884	15	26	17	40	1.89
2386989--2387043	5	11.0	5	76	21	53	80	0	3	16	0.86
2386996--2387053	14	4.3	13	80	12	64	79	0	6	13	0.93
2386989--2387043	26	2.2	26	90	6	87	80	0	3	16	0.86
2386991--2387053	19	3.2	19	86	8	90	79	0	6	14	0.92
2387529--2387642	33	3.4	33	80	4	131	54	10	26	8	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2387652--2387879	122	1.9	122	83	3	298	29	32	17	20	1.95
2387960--2388017	30	1.9	31	85	3	82	41	32	15	10	1.81
2388424--2388449	9	2.9	9	100	0	52	0	11	0	88	0.52
2390305--2390488	32	5.8	31	86	7	210	19	20	30	28	1.97
2390299--2390499	96	2.1	96	83	6	255	23	19	29	27	1.98
2390629--2390956	33	10.2	32	75	9	283	35	10	30	22	1.89
2390629--2390956	98	3.4	97	81	10	393	35	10	30	22	1.89
2390828--2390878	26	2.0	26	92	0	84	25	13	33	27	1.94
2390856--2390946	34	2.8	32	80	6	92	36	12	29	21	1.90
2390762--2390944	92	2.0	92	86	0	258	35	10	30	23	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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