genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3883850

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2657313--2657350	12	2.9	13	80	11	51	13	10	0	76	1.02
2658015--2658488	166	2.8	164	81	5	551	50	9	11	28	1.70
2664924--2664997	20	3.7	20	78	7	87	40	10	17	31	1.84
2664875--2665170	91	3.3	91	87	1	416	42	12	16	28	1.84
2665015--2665091	20	3.8	20	77	0	82	45	14	11	28	1.80
2665527--2665566	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
2667931--2667975	19	2.4	18	82	13	56	42	0	2	55	1.12
2668821--2668850	11	2.9	10	90	9	51	3	10	0	86	0.67
2678349--2678383	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
2678666--2678762	46	2.1	46	86	5	133	47	2	7	43	1.42
2684598--2684651	27	2.1	25	86	6	72	3	9	22	64	1.38
2684598--2684660	25	2.4	26	84	5	74	4	11	19	65	1.42
2684872--2684981	34	3.3	32	69	20	91	8	14	8	69	1.36
2684864--2684989	68	1.9	68	93	3	220	7	15	7	69	1.35
2685363--2685394	16	2.0	16	100	0	64	18	31	12	37	1.88
2685408--2685449	12	3.3	12	87	12	66	9	23	11	54	1.66
2685827--2685855	8	3.6	8	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2686816--2687353	125	4.3	123	73	10	401	33	18	30	18	1.94
2686473--2687353	84	10.5	83	78	7	784	34	17	29	18	1.94
2686482--2687349	42	20.8	41	72	10	420	34	17	28	18	1.95
2687581--2687663	35	2.4	35	86	8	107	38	16	27	16	1.91
2687702--2687772	30	2.4	30	97	0	133	42	8	25	23	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2694999--2695066	23	3.0	22	85	4	84	5	11	23	58	1.55
2695168--2695310	68	2.1	67	90	2	234	8	18	8	64	1.46
2695703--2695744	12	3.3	12	87	12	66	9	23	11	54	1.66
2696753--2696830	22	3.6	22	96	3	149	37	11	24	26	1.90
2696818--2696848	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
2702904--2702928	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2702971--2703037	33	2.0	33	85	0	89	38	14	13	32	1.86
2714029--2714124	50	1.9	50	91	0	156	39	12	17	30	1.87
2713960--2714114	70	2.2	71	88	1	222	40	12	16	29	1.86
2714008--2714114	20	4.8	20	70	20	79	40	13	16	29	1.87
2715081--2715107	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
2723815--2724015	52	3.9	52	92	1	314	29	18	18	33	1.95
2724004--2724028	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2724069--2724135	33	2.0	33	88	0	98	40	16	11	31	1.85
2724091--2724115	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2724862--2725315	30	15.5	30	77	9	366	24	16	29	29	1.97
2724846--2725312	57	7.9	59	75	10	296	23	17	29	29	1.97
2724846--2725102	88	2.9	87	89	4	374	19	17	29	32	1.95
2725139--2725311	29	5.9	29	81	6	170	25	18	29	26	1.98
2725024--2725306	121	2.4	116	79	7	293	26	17	29	26	1.98
2726740--2726838	1	99.0	1	74	0	54	2	5	9	83	0.86
2726740--2726803	23	2.9	22	86	6	85	1	3	9	85	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2726740--2726803	11	5.7	11	75	10	67	1	3	9	85	0.76
2726740--2726835	15	6.6	14	76	19	74	2	5	9	83	0.88
2726740--2726844	45	2.3	44	77	14	106	1	4	11	81	0.91
2736532--2736558	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
2740663--2740811	52	2.9	51	87	4	217	30	18	18	32	1.95
2740800--2740824	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2740865--2740931	33	2.0	33	88	0	98	40	16	11	31	1.85
2740887--2740911	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2741855--2741908	20	2.7	20	88	0	72	31	12	18	37	1.89
2745170--2745195	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2745904--2745947	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
2747752--2747777	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2749851--2749881	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2753964--2753989	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2758019--2758073	19	2.8	19	86	2	65	32	16	10	40	1.83
2758099--2758155	20	2.8	20	82	7	71	38	10	21	29	1.87
2759040--2759085	19	2.6	19	80	13	62	58	4	21	15	1.54
2760801--2761072	150	1.8	150	81	7	338	26	19	17	36	1.94
2761308--2761523	108	2.0	109	83	2	274	31	16	18	33	1.93
2766393--2766572	78	2.3	79	85	2	238	30	15	28	26	1.95
2766527--2766603	28	2.8	28	85	0	91	22	19	35	23	1.96
2766586--2766806	51	4.3	50	82	5	253	32	12	25	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2766789--2766865	28	2.8	28	83	0	82	22	19	32	25	1.97
2769281--2769340	13	5.0	13	73	19	67	35	16	13	35	1.88
2769281--2769361	34	2.4	34	100	0	162	33	17	12	37	1.87
2769327--2769368	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
2771217--2771557	55	6.0	55	84	8	393	25	27	21	24	1.99
2771576--2772027	55	8.0	55	86	6	572	26	26	21	25	1.99
2771438--2771683	129	1.9	130	87	7	363	24	28	19	27	1.98
2771576--2772246	171	4.0	170	81	10	773	25	27	21	25	1.99
2772068--2772294	61	3.7	61	84	5	266	23	26	22	27	2.00
2771842--2772239	215	1.9	209	83	7	525	25	27	22	24	1.99
2772285--2772389	42	2.4	42	85	4	129	20	27	15	36	1.93
2773159--2773214	19	2.6	22	78	21	73	33	12	19	33	1.89
2773177--2773215	19	2.1	19	100	0	78	30	10	20	38	1.86
2773266--2773291	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2773330--2773403	20	3.7	20	94	3	123	25	17	14	41	1.88
2773330--2773424	20	4.8	19	88	8	120	27	16	13	42	1.86
2775721--2775884	51	3.2	51	83	5	163	29	26	10	33	1.90
2775860--2776117	79	3.3	79	87	1	374	26	25	15	32	1.95
2776057--2776306	51	4.9	51	76	2	223	28	25	13	33	1.93
2776057--2776307	104	2.4	102	81	7	274	27	25	13	33	1.93
2779747--2779871	52	2.4	52	94	0	214	28	16	18	36	1.93
2779747--2779891	52	2.8	51	88	4	202	29	16	18	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2779880--2779904	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2779945--2780011	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2779967--2779991	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2782121--2782176	19	2.9	19	83	2	67	35	12	17	33	1.88
2786975--2788507	165	9.1	165	74	10	888	29	11	8	49	1.69
2787949--2788409	166	2.8	165	86	2	631	29	11	9	48	1.71
2790078--2790142	13	5.0	13	92	0	112	35	18	15	30	1.92
2790078--2790142	26	2.5	26	100	0	130	35	18	15	30	1.92
2790142--2790172	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
2790249--2790319	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
2790359--2790399	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
2792254--2792320	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2792778--2792803	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2792842--2792935	20	4.6	20	81	4	107	29	18	12	39	1.88
2792842--2792935	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
2793756--2793823	30	2.2	31	89	5	102	36	29	4	29	1.77
2794637--2794661	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2795224--2795270	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
2797823--2797887	35	2.0	33	88	11	98	30	24	12	32	1.92
2798345--2798370	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2798409--2798484	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
2798429--2798502	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2798409--2798502	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
2802055--2802121	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2802603--2802633	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
2802657--2802793	53	2.6	53	92	1	229	26	16	18	37	1.92
2802781--2802834	20	2.7	20	80	8	65	29	14	16	38	1.89
2802873--2802913	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
2804724--2804795	20	3.7	19	83	5	72	36	12	18	33	1.88
2813681--2813731	21	2.4	21	78	18	52	45	17	3	33	1.67
2820544--2821001	88	5.2	87	79	8	423	24	16	29	29	1.97
2820586--2820964	145	2.6	144	82	6	444	24	16	29	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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