genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3883850

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2391306--2391376	19	3.7	19	88	3	99	33	14	19	32	1.92
2391383--2391409	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2391742--2392304	84	6.7	83	75	5	315	18	26	17	37	1.93
2391742--2392354	42	14.5	42	70	7	265	18	26	17	37	1.93
2392245--2392390	42	3.4	43	79	5	147	18	22	17	41	1.91
2392425--2392585	84	1.9	84	89	0	250	12	18	18	50	1.77
2392385--2392585	42	4.8	42	85	0	224	12	20	16	49	1.78
2392476--2392611	42	3.3	41	83	4	112	10	21	19	48	1.78
2392444--2392611	84	2.0	84	83	2	212	11	20	20	47	1.80
2393123--2393173	7	7.6	7	75	16	54	78	0	0	21	0.75
2393124--2393154	15	2.1	15	100	0	62	80	0	0	19	0.71
2393111--2393188	25	3.1	25	74	20	74	75	1	1	21	0.94
2393113--2393193	13	6.0	14	73	16	73	75	1	1	22	0.95
2393120--2393193	21	3.7	19	72	18	53	74	1	0	24	0.90
2393112--2393204	33	2.9	34	77	16	83	75	2	1	21	0.97
2393317--2393430	58	1.9	59	91	1	185	21	25	9	43	1.82
2393518--2393544	11	2.5	11	100	0	54	51	11	18	18	1.74
2393927--2393984	21	2.7	21	84	10	73	82	3	8	5	0.92
2393919--2393986	26	2.7	26	80	15	72	80	2	11	4	0.96
2393927--2393987	23	2.7	23	75	14	65	81	4	8	4	0.96
2396507--2396625	14	8.3	14	71	8	69	30	12	19	37	1.89
2396501--2396583	29	2.9	28	83	5	105	31	13	20	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2396616--2396698	44	1.9	43	90	2	130	28	7	19	44	1.77
2397229--2397280	26	2.0	26	85	3	70	28	32	5	32	1.81
2400493--2400526	17	2.0	17	88	11	52	14	2	35	47	1.60
2400937--2400977	11	3.8	11	84	15	59	29	0	4	65	1.13
2400937--2400977	21	2.0	21	90	9	66	29	0	4	65	1.13
2401021--2401083	27	2.3	28	80	5	74	49	4	1	44	1.33
2401262--2401298	2	19.0	2	84	15	51	48	2	0	48	1.15
2412885--2412909	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2412864--2412928	33	2.0	33	90	3	105	33	15	13	36	1.87
2412894--2412952	20	3.0	20	86	13	88	40	15	13	30	1.86
2412996--2413025	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
2412979--2413047	33	2.1	33	89	5	104	31	11	18	37	1.87
2415859--2415932	19	3.7	19	87	5	85	36	18	16	28	1.93
2418361--2418402	13	3.2	13	89	0	66	40	16	11	30	1.85
2424556--2424621	20	3.7	20	73	26	83	30	18	12	39	1.87
2424576--2424639	13	5.4	13	75	17	59	34	15	12	37	1.85
2424556--2424655	33	3.0	33	92	5	159	33	18	12	37	1.87
2424725--2424751	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2424706--2424770	33	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
2431240--2431265	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2431325--2431397	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
2431304--2431380	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431304--2431397	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
2431954--2432049	48	2.0	48	100	0	192	25	29	8	37	1.85
2433890--2433928	13	3.0	13	92	0	60	35	12	20	30	1.90
2436007--2436037	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2440099--2440124	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2440184--2440256	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
2440163--2440239	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
2440163--2440256	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
2441232--2441308	41	1.9	40	94	2	136	36	3	31	28	1.75
2441249--2441282	15	2.3	15	95	5	61	38	5	35	20	1.77
2441264--2441335	26	2.7	26	97	2	135	38	4	25	31	1.75
2441936--2441962	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2442012--2442065	20	2.7	20	85	5	74	33	11	18	37	1.86
2443888--2443930	22	2.0	22	86	9	61	27	6	2	62	1.33
2449416--2449538	51	2.4	51	83	0	147	30	13	27	28	1.94
2449359--2449623	130	2.0	131	84	7	344	33	10	26	29	1.90
2451966--2451992	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2451979--2452018	21	1.9	21	100	0	80	25	20	10	45	1.81
2452043--2452105	19	3.7	18	72	24	64	36	15	12	34	1.86
2452027--2452107	32	2.6	32	92	2	128	34	16	13	35	1.88
2451965--2452107	64	2.2	65	78	10	152	31	16	14	37	1.89
2452592--2452735	51	2.8	51	84	6	159	33	9	27	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2455385--2455419	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2458154--2458205	19	2.7	19	78	3	59	32	13	15	38	1.86
2458175--2458239	32	2.0	32	84	3	85	40	12	15	32	1.84
2461018--2461059	13	3.2	13	80	12	59	35	16	14	33	1.89
2461715--2461772	19	3.0	20	85	7	84	34	17	15	32	1.91
2462089--2463158	62	17.4	62	83	3	1205	30	17	25	26	1.97
2462089--2463158	123	8.7	123	83	3	1208	30	17	25	26	1.97
2463132--2463255	32	3.9	32	84	8	171	23	18	28	29	1.98
2463132--2463251	64	1.9	64	91	3	197	21	19	28	30	1.97
2463260--2463365	28	3.8	28	76	5	106	22	18	27	31	1.97
2470177--2470219	11	3.9	11	87	6	61	0	13	0	86	0.58
2470177--2470219	12	3.4	12	87	9	59	0	13	0	86	0.58
2470177--2470219	21	2.1	20	91	4	68	0	13	0	86	0.58
2470710--2470906	98	2.0	97	90	1	304	13	27	16	42	1.86
2471094--2471168	27	2.8	26	80	11	82	17	1	6	74	1.10
2471095--2471172	21	3.4	21	74	22	61	17	1	6	74	1.10
2471136--2471172	12	3.3	12	78	21	53	18	0	5	75	0.99
2471137--2471182	21	2.2	21	84	7	58	23	0	4	71	1.03
2471145--2471244	16	6.4	16	70	20	61	25	1	3	71	1.07
2472443--2472477	18	2.0	17	88	5	52	45	0	2	51	1.16
2473050--2473147	39	2.5	39	80	6	108	34	9	20	35	1.84
2477862--2477919	20	2.8	20	84	2	71	37	10	20	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2480275--2480333	28	2.1	27	78	6	64	32	28	13	25	1.94
2480284--2480354	28	2.5	28	97	0	133	25	32	18	23	1.97
2480313--2480618	79	3.8	81	83	5	354	30	25	10	33	1.89
2480618--2480863	81	3.0	81	75	8	257	32	24	9	33	1.88
2486713--2486833	52	2.3	52	94	0	215	28	17	18	35	1.93
2486713--2486853	52	2.7	52	85	4	187	29	17	19	34	1.94
2486842--2486866	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2486930--2486954	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2486908--2486974	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2487273--2487309	19	2.1	18	90	10	58	29	18	10	40	1.85
2487382--2487406	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2487364--2487429	33	2.0	33	93	0	114	36	18	16	28	1.93
2490063--2490090	8	3.5	8	100	0	56	60	25	0	14	1.34
2495889--2495925	14	2.6	14	95	0	65	18	0	37	43	1.51
2496068--2496093	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2496048--2496111	33	2.0	32	87	9	94	28	14	17	40	1.88
2496922--2496976	29	1.9	29	88	3	85	32	10	5	50	1.60
2497080--2497141	3	20.7	3	83	0	52	22	1	9	66	1.30
2497080--2497139	18	3.3	18	80	0	66	21	1	10	66	1.30
2497099--2497136	15	2.5	15	86	0	58	15	0	15	68	1.22
2497529--2497567	21	1.9	20	85	15	53	61	0	0	38	0.96
2497581--2497621	18	2.3	18	91	8	66	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2499142--2499213	27	2.7	26	73	4	63	37	0	4	58	1.18
2500618--2500651	17	2.0	17	100	0	68	11	17	29	41	1.85
2501343--2501376	18	2.0	16	88	11	50	50	2	5	41	1.42
2505669--2505711	22	2.0	22	86	4	61	48	0	0	51	1.00
2505723--2505765	15	2.9	15	86	6	52	60	4	0	34	1.17
2506277--2506344	30	2.3	30	76	21	72	47	0	0	52	1.00
2506786--2506841	20	2.7	20	84	13	69	23	17	16	42	1.88
2509564--2509602	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
2509612--2509669	21	2.6	22	83	10	73	37	10	22	29	1.87
2509657--2509687	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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