genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3883850

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202419--202471	20	2.7	20	88	5	72	32	22	13	32	1.92
202500--202555	19	2.8	20	83	5	69	35	12	19	32	1.89
202540--202599	13	5.1	13	69	22	51	45	15	11	28	1.81
202540--202618	33	2.4	33	93	0	140	44	15	12	27	1.82
205299--205379	14	5.9	14	74	11	69	81	14	1	2	0.86
205320--205380	17	3.8	16	77	12	54	81	14	1	1	0.84
205299--205371	9	8.2	9	77	6	69	82	13	1	2	0.85
205296--205380	11	7.9	11	70	7	59	81	15	1	2	0.86
205298--205380	27	3.2	26	72	23	66	81	14	1	2	0.85
205874--205946	20	3.6	20	77	3	92	36	13	17	31	1.89
205892--205967	21	3.7	21	76	3	82	42	11	15	30	1.83
205874--205967	41	2.3	41	94	0	161	39	12	17	30	1.87
206006--206031	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
210096--210126	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
212140--212218	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
212205--212243	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
214022--214068	23	2.0	23	95	0	85	31	6	12	48	1.66
214705--214777	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
214723--214798	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
214705--214798	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
214837--214862	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
216852--217164	29	10.7	29	85	2	403	31	30	15	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216848--217169	59	5.5	59	90	0	470	31	30	15	22	1.95
216843--217210	29	12.7	29	80	6	361	31	31	15	21	1.94
216843--217210	118	3.2	115	84	3	445	31	31	15	21	1.94
217227--217637	43	8.9	47	81	12	451	25	24	18	31	1.97
217342--217409	21	3.2	21	63	19	50	25	25	19	30	1.98
217321--217388	22	3.1	22	62	19	52	25	23	19	32	1.97
217227--217637	92	4.4	92	94	1	671	25	24	18	31	1.97
217505--217589	42	2.0	43	90	2	136	27	24	18	29	1.98
217547--217649	52	2.0	52	86	1	143	26	21	14	37	1.92
218235--218644	47	9.0	46	74	8	275	21	21	16	39	1.92
218470--218550	40	2.0	40	90	0	126	19	19	16	44	1.87
218259--218644	94	4.2	93	75	11	321	21	20	17	39	1.92
218653--218791	44	3.1	45	84	3	174	20	20	15	43	1.88
221484--221795	165	1.9	168	82	7	395	33	12	13	40	1.82
221484--221842	165	2.2	164	80	8	372	34	12	13	39	1.82
221953--222315	154	2.4	154	80	6	437	28	17	16	37	1.92
223621--223656	16	2.3	16	95	4	65	52	2	0	44	1.15
223635--223844	109	1.9	111	85	4	291	46	4	9	40	1.55
224324--224420	19	5.8	18	72	27	97	30	12	17	39	1.87
224325--224420	32	3.0	32	98	0	183	31	12	17	38	1.87
224344--224402	13	4.1	13	76	23	64	30	13	16	38	1.88
224463--224487	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224496--224620	52	2.4	52	98	0	241	31	19	21	28	1.97
232028--232061	17	2.1	17	88	5	52	58	0	0	41	0.98
232003--232053	22	2.4	22	75	21	54	64	0	0	35	0.94
232156--232316	84	1.9	84	83	7	211	48	2	3	45	1.33
239269--239307	18	2.2	18	86	9	53	51	0	5	43	1.24
239830--239864	13	2.7	13	95	0	61	17	20	20	42	1.89
241037--241079	14	2.9	14	82	6	50	74	2	16	6	1.14
245419--245603	50	3.9	50	75	14	192	30	16	9	43	1.80
245479--245550	20	3.6	20	82	0	90	34	13	11	40	1.81
245429--245603	91	1.9	90	89	1	269	31	16	9	42	1.80
249664--249727	32	2.0	33	87	3	94	29	14	14	42	1.84
251763--251805	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
252241--252291	13	3.9	13	94	0	84	33	15	17	33	1.92
254373--254403	15	2.1	15	93	0	53	16	25	16	41	1.88
255464--255874	204	2.0	204	100	0	822	33	16	14	36	1.89
256409--256453	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
257670--257733	32	2.0	33	87	3	94	29	14	14	42	1.84
268684--268747	5	12.8	5	77	12	69	81	18	0	0	0.70
268681--268747	25	2.7	25	78	19	77	82	17	0	0	0.68
269956--270028	26	2.8	26	67	21	62	34	17	16	31	1.93
270036--270499	28	16.2	28	84	4	514	28	27	18	25	1.98
270435--270537	32	3.2	32	80	0	116	28	26	17	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274581--274634	21	2.7	21	85	5	76	37	12	16	33	1.87
274689--274725	14	2.8	13	84	8	56	27	16	13	43	1.85
274833--275409	190	3.0	190	99	0	1136	30	28	15	25	1.96
280991--281031	21	2.0	21	85	0	55	19	2	14	63	1.41
286165--286198	15	2.3	15	89	0	50	85	5	8	0	0.75
286238--286268	16	2.0	15	93	6	53	90	9	0	0	0.46
287196--287320	31	4.1	30	80	12	130	24	30	17	28	1.97
287197--287290	32	3.0	30	80	13	109	23	31	18	26	1.97
287299--287767	70	6.7	69	83	7	522	20	33	11	33	1.89
287400--287821	141	3.0	140	80	10	490	20	34	12	31	1.91
287297--287787	248	2.0	248	91	3	810	20	33	12	33	1.90
287751--287848	32	3.1	31	91	5	160	27	37	18	16	1.92
287368--287799	107	4.1	104	81	9	393	21	34	12	31	1.90
287756--287848	33	2.9	32	93	6	161	29	36	19	15	1.92
287853--288965	49	22.7	49	86	4	1512	24	26	17	31	1.97
287853--288882	300	3.5	298	93	2	1551	23	27	17	31	1.97
288695--288965	92	2.9	92	95	1	470	25	25	18	31	1.97
289901--289967	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
289921--289945	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
290012--290036	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
290025--290165	52	2.7	51	89	4	219	33	17	17	31	1.94
297275--297308	15	2.3	15	89	0	50	85	5	8	0	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297348--297378	16	2.0	15	93	6	53	90	9	0	0	0.46
298313--298437	31	4.1	30	80	12	130	24	30	17	28	1.97
298314--298407	32	3.0	30	80	13	109	23	31	18	26	1.97
298416--298900	70	6.9	69	84	7	606	20	33	12	34	1.90
298485--298938	141	3.2	143	83	7	640	20	34	12	32	1.90
298902--298999	32	3.1	31	91	5	160	27	37	18	16	1.92
298486--298950	105	4.4	102	80	10	358	21	35	12	31	1.90
298907--298999	33	2.9	32	93	6	161	29	36	19	15	1.92
299004--300116	49	22.7	49	86	4	1512	24	26	17	31	1.97
299004--300033	300	3.5	298	93	2	1551	23	27	17	31	1.97
299846--300116	92	2.9	92	95	1	470	25	25	18	31	1.97
301052--301118	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
301072--301096	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
301163--301187	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
301176--301316	52	2.7	51	89	4	219	33	17	17	31	1.94
307251--307867	55	11.3	55	88	6	854	29	30	20	19	1.97
307325--307412	28	3.2	28	65	19	76	27	34	19	19	1.96
307354--307442	26	3.3	26	67	11	72	28	33	17	20	1.95
307485--307573	29	3.2	29	67	20	89	28	33	19	19	1.96
307242--307867	215	2.9	218	89	6	952	28	30	20	20	1.98
308451--308485	18	1.9	18	100	0	70	85	0	2	11	0.69
308486--308540	21	2.7	21	88	8	87	30	10	20	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308595--308661	19	3.9	19	74	25	76	35	11	14	37	1.84
308598--308658	31	2.0	31	96	0	113	36	13	16	34	1.87
308701--308726	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
311189--311301	49	2.2	52	81	7	135	27	28	14	30	1.95
311334--311414	28	2.9	28	78	10	87	24	32	17	25	1.97
317828--317965	52	2.7	50	86	7	197	31	18	18	31	1.94
317954--317978	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
318127--318168	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
322226--322279	20	2.7	20	91	2	81	33	16	11	38	1.84
325647--325686	1	40.0	1	92	0	53	92	0	2	5	0.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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