genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3883850

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1604948--1605180	97	2.4	97	82	2	288	29	27	12	30	1.93
1606912--1606978	33	2.0	33	88	5	100	34	16	13	35	1.88
1609549--1609574	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1614363--1614395	13	2.5	13	95	0	57	39	12	15	33	1.84
1614440--1614494	19	2.8	20	88	5	85	36	20	12	30	1.90
1614480--1614521	13	3.0	13	81	18	57	38	14	16	30	1.89
1618355--1618404	22	2.3	22	89	0	73	56	18	14	12	1.68
1618363--1618413	22	2.2	22	82	6	57	52	21	15	9	1.71
1619423--1619632	101	2.2	98	90	6	331	30	8	11	48	1.70
1623628--1623661	3	11.3	3	87	0	50	38	0	32	29	1.58
1625430--1626086	327	2.0	327	98	0	1278	35	14	16	33	1.89
1630122--1630172	20	2.6	20	75	3	59	33	19	11	35	1.88
1633671--1633701	15	2.1	15	93	0	53	38	12	16	32	1.86
1638905--1639039	34	3.9	34	90	2	191	32	11	28	27	1.91
1641817--1641868	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
1643935--1643977	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
1644418--1644442	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
1646514--1646544	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1650512--1650563	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
1658262--1658293	11	2.9	11	90	0	55	34	0	9	56	1.32
1658653--1659194	166	3.3	162	78	9	467	30	11	8	49	1.68
1658747--1659166	165	2.5	166	79	9	446	29	11	9	49	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1659695--1659725	15	2.1	15	93	0	53	77	0	19	3	0.90
1661930--1661997	33	2.1	32	91	2	109	32	11	19	36	1.88
1662030--1662082	20	2.6	21	88	5	74	32	15	11	41	1.82
1662562--1663114	156	3.6	155	74	10	428	24	16	20	38	1.92
1662681--1663154	156	3.0	158	75	12	444	25	15	19	40	1.90
1666240--1666289	20	2.5	20	87	3	66	40	16	10	34	1.81
1668760--1669370	308	2.0	308	91	0	988	36	16	17	29	1.91
1671235--1671272	13	2.9	13	88	0	58	18	13	28	39	1.88
1671390--1671594	52	4.0	52	81	5	218	26	21	14	36	1.93
1671400--1671595	104	1.9	103	84	3	259	26	21	15	36	1.93
1672478--1672682	52	4.0	52	79	5	200	25	22	15	36	1.94
1672480--1672683	104	2.0	103	83	2	257	25	22	16	36	1.94
1673565--1673741	52	3.4	52	73	7	162	25	22	15	36	1.94
1674794--1674839	17	2.7	17	100	0	92	34	4	6	54	1.46
1674794--1674839	8	5.5	8	80	10	56	34	4	6	54	1.46
1677239--1677442	97	2.1	95	83	3	257	29	19	11	39	1.87
1677239--1677468	97	2.4	98	81	5	245	29	20	12	37	1.89
1677817--1677898	35	2.5	33	80	7	96	32	20	15	30	1.94
1680788--1680918	34	3.9	34	84	7	155	29	24	12	33	1.92
1686295--1686332	20	1.9	20	94	0	67	36	13	10	39	1.79
1686390--1686440	20	2.6	20	87	3	68	43	15	13	27	1.85
1691020--1691708	73	9.5	72	74	7	442	29	25	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1691053--1691688	146	4.4	145	77	5	525	29	26	13	29	1.94
1691126--1691538	219	1.9	219	80	6	487	29	27	13	29	1.94
1692562--1692615	21	2.6	21	81	0	72	38	14	14	31	1.87
1695462--1695529	35	2.0	35	91	2	111	42	20	4	32	1.72
1696637--1696754	61	1.9	62	89	1	184	32	18	12	36	1.89
1696716--1696820	53	2.0	53	88	3	158	24	21	6	46	1.75
1697785--1697816	13	2.5	13	94	0	55	40	12	15	31	1.85
1698550--1698584	16	2.2	16	89	0	52	48	8	22	20	1.76
1704848--1704879	15	2.1	15	100	0	64	31	28	0	40	1.57
1706461--1706511	20	2.5	20	84	6	68	33	13	15	37	1.87
1707216--1707433	72	3.0	72	84	2	285	18	22	14	44	1.86
1707412--1708013	66	9.2	64	76	8	315	19	22	13	44	1.86
1707412--1707769	133	2.7	133	79	5	316	19	24	13	42	1.87
1707542--1708030	199	2.5	195	77	6	513	20	22	12	44	1.85
1710542--1710615	20	3.8	19	81	13	80	33	16	14	35	1.89
1710646--1710710	33	2.0	33	87	0	94	36	13	10	38	1.80
1713733--1713784	20	2.7	20	90	3	79	28	11	21	38	1.88
1722415--1722482	33	2.1	33	88	2	102	33	13	17	35	1.89
1725770--1725795	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1727543--1727728	102	1.8	102	94	0	327	28	26	12	32	1.92
1727542--1727775	51	4.5	51	75	6	195	28	26	11	32	1.92
1727748--1727821	28	2.6	28	81	10	89	22	32	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1727804--1727923	51	2.4	50	84	5	152	30	27	14	28	1.95
1727855--1728002	79	1.9	79	84	8	203	25	28	18	28	1.98
1727934--1728048	52	2.2	52	83	7	137	27	25	16	30	1.97
1730118--1730146	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
1740457--1740539	1	83.0	1	70	0	58	85	9	4	0	0.73
1740456--1740539	15	5.5	14	81	16	73	84	10	4	0	0.76
1740460--1740539	12	6.9	11	78	14	81	85	10	5	0	0.75
1740456--1740539	23	3.5	23	76	17	82	84	10	4	0	0.76
1740459--1740538	18	4.5	17	78	15	74	85	10	5	0	0.75
1740457--1740539	26	3.2	26	88	8	107	85	9	4	0	0.73
1741522--1741709	100	1.9	100	90	0	304	25	27	18	29	1.98
1741619--1741823	61	3.4	61	80	9	240	26	27	19	26	1.99
1745091--1745258	51	3.3	51	73	9	189	27	26	14	32	1.95
1745092--1745277	102	1.8	102	95	0	336	27	25	13	33	1.93
1745091--1745310	51	4.3	51	76	6	187	28	25	13	33	1.93
1745355--1745469	51	2.3	50	82	10	135	30	26	12	30	1.92
1750472--1750563	20	4.7	19	90	6	107	32	15	17	34	1.91
1750591--1750644	20	2.7	20	91	5	83	31	11	18	38	1.86
1752890--1752948	27	2.1	28	87	9	86	49	5	0	45	1.24
1753958--1754006	26	1.9	26	87	4	73	32	18	26	22	1.97
1756306--1756354	13	4.2	13	70	24	54	34	20	12	32	1.90
1756306--1756375	33	2.1	33	92	7	115	32	21	12	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1756404--1756458	19	2.8	20	83	5	76	32	18	18	30	1.95
1756444--1756470	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1759087--1759127	18	2.2	18	86	8	55	51	19	0	29	1.47
1759625--1759697	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1759643--1759718	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
1759625--1759718	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
1759757--1759782	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1761944--1761982	21	1.9	20	85	15	53	58	0	12	28	1.34
1763840--1763870	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1765885--1765962	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
1765949--1765987	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1767773--1767876	34	3.1	34	95	2	185	26	2	25	45	1.68
1768494--1768566	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1768512--1768587	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
1768494--1768587	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
1768626--1768651	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1773591--1773620	3	10.0	3	100	0	60	33	33	0	33	1.58
1775271--1775301	16	2.0	15	93	6	53	19	22	12	45	1.84
1775346--1775383	20	2.0	19	85	10	51	31	13	13	42	1.82
1775371--1775396	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
1776396--1776465	33	2.1	34	86	7	99	35	20	10	34	1.86
1776539--1776612	33	2.2	33	95	0	130	43	14	16	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1777517--1777652	52	2.6	52	85	2	184	42	12	16	28	1.84
1785237--1785271	12	2.8	12	95	4	61	74	8	8	8	1.23
1786519--1786699	31	5.9	30	82	8	186	24	30	15	29	1.96
1786520--1786734	61	3.4	62	81	10	233	24	30	14	30	1.95
1786672--1787193	34	15.5	33	77	10	461	20	34	12	32	1.90
1786646--1787193	168	3.3	169	84	7	676	20	34	13	31	1.91
1786674--1787181	100	5.0	97	80	8	475	19	34	12	32	1.90
1787181--1787538	33	11.0	33	86	6	518	28	34	18	18	1.95
1787180--1787538	65	5.5	65	87	6	507	28	34	18	18	1.95
1787180--1787538	162	2.2	163	89	3	555	28	34	18	18	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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