genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3883850

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
644212--644278	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
646726--646798	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
646781--646951	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
646934--647015	28	2.9	28	80	7	87	25	31	15	26	1.96
657008--657131	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
657008--657151	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
657140--657164	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
657205--657271	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
657227--657251	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
658210--658278	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97
658086--658470	49	7.8	49	86	6	489	32	16	24	26	1.96
658491--659004	30	17.3	30	78	9	385	23	16	30	29	1.96
658838--659010	87	2.0	87	83	2	222	23	17	30	28	1.97
660445--660530	1	86.0	1	71	0	55	2	3	9	84	0.81
660446--660510	6	11.8	6	75	15	61	1	1	10	86	0.72
660447--660530	17	5.6	14	75	23	64	2	3	9	84	0.83
660445--660530	21	4.1	20	78	15	86	2	3	9	84	0.81
660445--660511	12	5.5	12	78	8	73	1	1	10	86	0.70
660444--660530	44	2.0	44	86	8	124	2	4	9	83	0.86
660445--660530	27	3.1	26	82	12	93	2	3	9	84	0.81
660452--660530	33	2.5	33	82	10	94	2	3	8	84	0.82
660445--660527	35	2.3	35	80	8	96	2	3	9	84	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
674353--674476	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
674353--674496	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
674485--674509	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
674550--674616	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
674572--674596	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
680366--680413	13	3.7	12	81	15	51	87	6	6	0	0.67
680364--680429	15	4.4	14	78	16	62	84	4	10	0	0.75
680364--680413	15	3.4	14	88	5	64	88	6	6	0	0.65
681390--682348	55	17.4	55	92	3	1469	28	29	20	21	1.98
682936--682971	18	2.0	18	100	0	72	83	0	5	11	0.80
682978--683034	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
683090--683157	19	3.9	19	76	21	76	36	11	13	38	1.81
683111--683135	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
683092--683154	32	2.0	32	93	0	108	36	12	14	36	1.84
683197--683222	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
683177--683243	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
685715--685888	51	3.4	51	80	4	204	29	26	11	32	1.91
685871--685952	28	2.9	28	80	7	87	25	31	15	26	1.96
697591--697755	52	3.2	52	81	0	186	29	12	13	45	1.79
700088--700242	69	2.2	69	81	3	177	32	12	23	30	1.92
700158--700427	95	2.8	96	89	2	409	36	11	23	29	1.89
702798--702933	52	2.6	52	81	1	148	44	8	14	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702971--703020	20	2.5	20	83	0	64	34	20	10	36	1.86
703562--703724	52	2.8	60	74	17	164	38	13	23	24	1.91
703609--703922	52	6.0	52	81	3	328	35	13	25	25	1.93
703609--703922	104	3.0	104	81	1	362	35	13	25	25	1.93
703622--703922	156	1.9	156	83	2	390	34	14	25	25	1.94
703998--704213	32	6.8	32	77	5	177	21	13	29	35	1.91
704019--704206	32	5.8	32	79	5	200	20	14	29	36	1.92
703998--704217	65	3.5	63	78	9	223	21	13	29	35	1.92
709626--709692	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
709646--709670	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
709733--709757	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
714359--714383	7	3.6	7	100	0	50	88	0	12	0	0.53
715423--715687	35	8.1	34	75	14	190	19	27	13	39	1.89
715485--715572	28	3.1	28	85	3	115	23	30	13	31	1.93
715645--716377	28	25.0	28	73	15	294	23	28	13	34	1.93
715645--716375	145	5.0	145	75	12	431	23	28	13	34	1.93
715908--715973	34	1.9	34	84	6	89	22	21	10	45	1.82
715423--716242	179	4.5	179	80	7	673	22	27	13	36	1.92
716086--716543	27	15.0	31	75	12	223	22	28	12	36	1.91
716121--716415	60	5.1	57	75	13	214	22	28	14	34	1.93
716182--716415	114	2.0	114	81	3	272	22	27	14	35	1.94
716359--716516	32	4.8	33	77	6	153	23	26	10	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
716359--716553	65	3.0	64	87	8	279	24	26	10	38	1.88
716352--716547	33	6.0	33	77	8	188	22	25	11	40	1.87
716670--717076	33	12.6	33	75	5	226	30	30	15	22	1.95
716580--717084	64	7.8	65	76	6	278	30	29	16	22	1.96
716599--717100	130	3.9	127	75	6	377	29	30	16	23	1.96
717166--717299	52	2.6	52	80	4	137	20	23	17	38	1.94
718088--718143	21	2.7	21	100	0	112	39	17	14	28	1.89
721587--721678	29	3.2	29	84	7	116	32	11	29	26	1.92
721595--721682	28	3.1	28	87	8	117	34	11	30	23	1.90
721691--721898	30	6.6	31	77	12	181	33	16	27	22	1.95
721655--722015	65	5.9	64	76	11	235	35	15	26	22	1.94
721781--722014	30	7.7	30	75	11	165	36	15	24	23	1.94
721691--722015	95	3.5	93	79	5	302	35	15	25	23	1.94
721745--722017	59	4.5	58	77	11	208	36	15	24	23	1.93
721745--722017	30	9.1	28	73	13	116	36	15	24	23	1.93
724048--724086	20	1.9	21	94	5	71	30	10	17	41	1.83
724140--724165	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
724120--724183	33	2.0	32	87	3	92	26	12	17	43	1.84
726230--726281	20	2.4	21	81	12	61	5	26	48	19	1.71
732798--732841	20	2.1	22	91	8	74	29	9	20	40	1.83
732895--732920	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
732875--732938	33	2.0	33	90	3	103	26	14	17	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734766--734832	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
734786--734810	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
734877--734901	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
734910--735030	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
740186--740232	22	2.1	23	84	11	62	57	6	21	14	1.60
740188--740232	23	2.0	23	82	8	56	57	6	20	15	1.60
741003--741780	162	4.8	161	79	8	576	38	10	13	37	1.79
744020--744096	21	3.7	21	76	10	95	31	15	11	41	1.83
744042--744114	20	3.6	20	78	10	94	32	17	13	35	1.89
744021--744114	41	2.3	41	98	0	179	30	17	12	39	1.87
746425--746455	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
748259--748303	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
750585--750657	21	3.5	21	79	3	94	28	17	10	42	1.83
750603--750675	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
750585--750675	41	2.2	41	98	0	173	29	18	12	39	1.87
756585--756628	12	3.4	12	79	14	52	72	0	15	11	1.11
758052--758171	39	2.9	42	79	7	138	20	29	14	36	1.91
758040--758261	81	2.8	81	76	8	200	22	27	13	35	1.93
757998--758170	42	4.2	41	74	14	142	20	27	15	35	1.93
759560--760162	167	3.6	165	81	7	632	30	11	8	49	1.69
759560--760242	166	4.1	164	79	8	422	30	11	8	49	1.69
760615--760662	24	2.0	24	84	8	62	75	2	18	4	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760646--760687	22	1.9	22	85	9	59	64	4	14	16	1.45
765948--766438	94	5.2	95	82	5	523	37	12	21	28	1.90
765988--766430	189	2.3	190	82	7	535	38	12	20	28	1.89
768801--768936	52	2.6	52	84	1	175	42	11	15	30	1.83
768981--769045	20	3.2	20	84	2	85	35	18	7	38	1.80
768993--769085	21	4.6	20	76	14	75	36	15	12	35	1.85
769035--769089	19	2.8	18	80	17	65	38	14	16	30	1.89
769867--769936	27	2.6	27	97	0	131	22	30	20	27	1.98
771587--771611	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
771564--771629	33	2.0	33	90	0	105	28	16	19	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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