genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3883850

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

This is table  17  of  24  ( 2830 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2509711--2509847	53	2.6	53	91	1	229	27	17	17	37	1.92
2509817--2509887	20	3.5	20	79	11	83	30	12	15	40	1.85
2509927--2509967	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
2511018--2511044	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2511001--2511063	32	1.9	33	87	9	94	26	15	15	41	1.88
2511116--2511167	20	2.6	20	87	0	68	40	15	17	26	1.89
2512948--2513133	49	3.9	45	87	6	187	24	25	18	31	1.98
2512936--2513184	52	5.1	49	83	10	278	24	27	18	30	1.97
2513010--2513210	52	3.9	52	84	8	209	22	28	17	30	1.97
2512993--2513525	103	5.0	104	71	15	394	22	27	15	33	1.95
2513091--2513615	156	3.3	156	69	17	487	21	27	16	34	1.94
2513310--2513509	52	3.9	50	85	6	233	24	28	16	31	1.96
2513376--2513535	52	3.1	51	80	10	173	22	30	16	30	1.96
2513310--2513535	101	2.2	101	82	4	240	23	28	15	31	1.96
2512993--2513686	325	2.1	325	95	0	1253	21	27	16	34	1.95
2514251--2514319	32	2.2	32	89	0	102	34	11	17	36	1.86
2514384--2514512	52	2.5	52	94	0	231	33	17	19	29	1.95
2516649--2516702	27	2.1	26	86	10	76	24	38	16	20	1.92
2522035--2522076	13	3.2	13	89	0	66	30	11	14	42	1.81
2522725--2522778	27	2.0	27	100	0	108	29	29	7	33	1.85
2524545--2524571	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2524526--2524590	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2524557--2524634	21	3.8	21	93	3	124	34	16	15	33	1.90
2524557--2524634	40	1.9	40	89	5	120	34	16	15	33	1.90
2524678--2524708	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
2524665--2524728	33	1.9	33	90	0	101	39	14	15	31	1.87
2525530--2525645	51	2.3	51	78	4	117	30	20	9	39	1.84
2525469--2525716	130	1.9	130	81	0	298	30	20	10	38	1.86
2525581--2525881	79	3.8	79	75	7	254	30	21	11	36	1.89
2528438--2528502	27	2.3	27	80	12	69	21	0	7	70	1.11
2532622--2532668	19	2.5	19	82	6	60	31	12	14	40	1.84
2536342--2536394	25	2.1	25	100	0	106	7	28	0	64	1.21
2536342--2536385	14	3.4	14	75	18	58	6	29	0	63	1.20
2536807--2536831	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2536859--2536931	10	7.1	10	76	6	65	28	26	5	39	1.78
2536877--2536959	32	2.6	32	94	0	139	28	25	8	37	1.85
2536986--2537038	22	2.4	22	90	0	79	26	20	11	41	1.86
2537098--2537139	22	1.9	22	100	0	84	30	23	9	35	1.87
2540216--2540453	102	2.3	103	89	2	345	29	26	11	32	1.92
2540220--2540453	51	4.6	50	82	5	281	29	26	11	32	1.92
2540436--2540508	27	2.6	28	81	14	89	24	32	20	21	1.97
2540460--2540666	79	2.6	79	91	0	342	25	27	16	30	1.97
2540621--2540692	28	2.6	28	81	0	90	20	27	22	29	1.99
2540652--2540825	79	2.2	79	79	2	188	27	25	13	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2540432--2540825	186	2.1	185	79	5	420	26	26	15	31	1.96
2542205--2542235	16	1.9	16	93	0	53	54	0	9	35	1.33
2543585--2543624	20	2.0	21	95	5	73	40	12	17	30	1.86
2545124--2545153	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
2545189--2545279	13	7.9	13	62	26	53	31	18	15	34	1.92
2545168--2545299	33	4.0	33	95	2	230	30	18	15	36	1.91
2545202--2545301	20	5.7	20	68	29	93	29	19	15	37	1.91
2545263--2545318	20	2.8	21	81	8	71	33	17	10	37	1.85
2547625--2547791	51	3.3	50	72	5	165	28	28	12	31	1.93
2547625--2547844	51	4.3	51	73	7	162	29	26	11	32	1.92
2547831--2547904	28	2.6	28	85	8	89	22	29	20	27	1.98
2547779--2548061	110	2.6	109	73	3	259	27	24	14	33	1.95
2548000--2548121	50	2.4	51	80	5	149	32	25	9	32	1.87
2552452--2552508	21	2.7	21	100	0	114	38	10	14	36	1.80
2552545--2552644	32	3.1	32	94	4	175	35	12	17	36	1.86
2552543--2552639	19	5.8	18	69	30	81	34	12	16	37	1.86
2552596--2552620	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2552682--2552709	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2552715--2552843	52	2.5	52	96	0	222	35	17	17	28	1.93
2559300--2559363	32	2.0	33	90	3	103	43	14	12	29	1.81
2563410--2563440	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2565420--2565463	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2571312--2571372	13	4.5	13	78	11	61	83	4	11	0	0.79
2571311--2571372	15	4.3	15	72	13	58	83	4	11	0	0.78
2571311--2571382	34	2.1	34	82	2	83	83	6	9	0	0.81
2572813--2573072	29	9.0	28	83	5	288	29	27	17	26	1.97
2572813--2573113	58	5.2	58	82	4	337	30	27	16	24	1.97
2573048--2573123	28	2.6	27	81	10	80	34	27	21	17	1.95
2572817--2573113	86	3.5	86	79	12	308	30	27	17	23	1.97
2573137--2573510	49	8.1	45	75	14	275	25	22	18	33	1.97
2573323--2573555	98	2.3	98	85	3	297	24	24	17	33	1.96
2578702--2578836	71	1.9	70	90	1	216	45	8	15	29	1.76
2580578--2580631	20	2.7	20	88	5	74	37	16	12	33	1.87
2589283--2589336	20	2.7	21	85	8	76	35	18	12	33	1.89
2589365--2589418	20	2.8	20	88	2	74	35	18	14	31	1.91
2593199--2593255	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
2593244--2593296	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
2593326--2593393	33	2.1	32	86	2	91	33	16	14	35	1.89
2601488--2601544	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
2601533--2601585	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
2601607--2601674	33	2.1	32	86	2	91	33	16	14	35	1.89
2602757--2602880	52	2.4	52	86	0	176	37	11	25	26	1.89
2605170--2605225	27	2.1	27	100	0	112	41	28	7	23	1.80
2606655--2606700	20	2.2	21	92	3	76	39	15	6	39	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2607225--2607297	31	2.4	30	81	2	92	32	2	6	57	1.39
2611742--2611785	21	2.2	21	88	8	65	6	6	6	79	1.06
2617320--2617935	42	14.5	42	68	9	214	31	17	29	21	1.96
2617474--2617647	85	2.1	84	81	5	199	31	18	30	19	1.96
2617430--2617775	126	2.7	127	79	2	347	32	16	30	21	1.95
2618458--2618653	78	2.5	79	80	4	193	26	14	29	30	1.95
2619430--2619462	11	3.0	11	95	0	57	0	6	3	90	0.52
2619308--2619599	70	4.1	72	85	5	387	12	18	11	57	1.65
2619308--2619599	142	2.0	142	86	5	410	12	18	11	57	1.65
2628268--2628294	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2634362--2634397	13	2.8	13	91	0	54	36	13	11	38	1.81
2634520--2634566	22	2.2	22	85	14	64	31	21	0	46	1.51
2636866--2636894	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
2636945--2637010	20	3.7	19	73	26	72	34	15	16	33	1.90
2636960--2637023	13	5.4	13	75	21	68	35	15	14	34	1.88
2636944--2637043	33	3.0	33	92	2	157	34	15	17	34	1.90
2639910--2639979	20	3.5	20	78	7	79	41	11	14	32	1.81
2639916--2639987	20	3.6	19	72	10	63	38	12	12	36	1.81
2640860--2641065	32	7.0	30	75	10	158	24	19	27	28	1.98
2644078--2644150	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2644096--2644171	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
2644078--2644171	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2644210--2644235	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2648261--2648291	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2650305--2650383	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
2650370--2650408	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2652174--2652368	100	2.0	100	98	0	381	35	6	28	30	1.81
2652934--2653006	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2652952--2653027	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
2652934--2653027	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
2653066--2653091	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2656209--2656520	129	2.4	127	87	4	439	42	12	10	34	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24