genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3883850

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

This is table  14  of  24  ( 2830 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2079583--2081247	185	8.9	185	74	8	571	24	25	19	31	1.98
2081217--2081281	31	2.1	31	88	0	94	20	18	23	38	1.93
2081251--2081983	61	11.7	61	72	11	425	22	25	20	31	1.98
2081320--2081962	123	5.2	120	76	8	549	22	25	20	31	1.98
2081251--2081983	123	5.9	123	75	12	532	22	25	20	31	1.98
2081251--2081994	62	11.9	61	72	12	476	22	25	20	31	1.98
2082032--2082085	28	1.9	28	84	0	72	22	20	27	29	1.98
2082055--2088282	62	101.1	62	75	6	4641	23	24	20	31	1.98
2082155--2088282	123	49.7	123	76	7	4411	23	24	20	31	1.98
2086664--2086772	56	1.9	56	84	0	146	27	22	20	29	1.98
2088288--2088580	62	4.7	63	78	8	287	23	25	19	30	1.98
2088287--2088582	124	2.4	125	83	7	372	23	25	19	30	1.98
2088131--2088450	168	1.9	168	82	7	409	23	26	18	31	1.98
2088069--2088504	230	1.9	229	82	5	549	22	26	19	31	1.98
2088493--2088685	105	1.8	106	86	1	280	24	25	21	28	1.99
2088580--2090036	123	11.8	124	75	6	1025	22	24	20	32	1.98
2088589--2090036	61	23.5	62	74	7	1076	22	24	20	32	1.98
2090054--2093138	62	49.8	61	75	6	2322	23	24	20	32	1.98
2090054--2093138	123	24.9	123	76	5	2279	23	24	20	32	1.98
2090043--2090831	61	12.9	61	75	8	218	24	23	19	32	1.97
2090054--2106551	369	44.3	373	72	10	2192	23	24	19	31	1.98
2093144--2096220	62	49.9	61	79	4	2892	23	24	19	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2093144--2096217	123	24.9	123	79	4	2881	23	24	19	32	1.98
2096255--2107113	62	175.5	62	76	6	8157	24	24	19	31	1.98
2096255--2107096	123	87.6	124	76	6	7995	24	24	19	31	1.98
2097951--2098192	67	3.7	67	75	10	246	20	27	19	32	1.97
2098170--2098391	116	1.9	116	81	5	270	21	24	22	31	1.98
2099243--2099420	67	2.7	68	79	6	172	23	26	17	33	1.96
2099682--2099875	67	3.0	68	74	11	172	24	28	16	30	1.96
2105829--2106054	67	3.5	65	74	13	223	20	27	20	31	1.97
2107420--2107566	69	2.1	69	85	1	195	29	19	12	38	1.89
2107468--2107517	20	2.5	20	83	0	64	30	20	14	36	1.91
2109587--2109663	28	2.8	28	82	7	86	22	29	19	28	1.98
2109598--2109663	28	2.4	28	89	5	98	21	33	18	27	1.96
2109646--2109763	51	2.3	51	77	0	119	28	25	12	33	1.93
2109900--2109945	20	2.3	20	96	0	83	30	21	8	39	1.84
2110933--2111063	67	1.9	68	83	4	167	19	27	19	32	1.97
2111130--2111242	36	3.2	36	85	1	156	27	29	20	23	1.99
2111202--2118389	62	116.0	62	77	5	6131	23	25	20	31	1.98
2111202--2118389	123	58.0	122	77	6	5810	23	25	20	31	1.98
2114303--2114393	36	2.5	36	82	7	121	21	24	27	26	1.99
2117355--2117558	110	1.8	111	83	4	268	25	24	20	29	1.99
2117232--2117668	233	1.9	233	84	2	583	24	25	20	29	1.99
2118946--2119050	20	4.7	20	70	22	84	29	16	13	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2119924--2119966	22	2.0	22	81	9	52	23	16	13	46	1.83
2123177--2123229	23	2.3	23	87	6	72	16	26	20	35	1.94
2124827--2125424	28	20.8	29	83	3	589	30	30	17	21	1.96
2124827--2125424	56	10.4	56	82	5	685	30	30	17	21	1.96
2124827--2125424	116	5.2	112	83	4	685	30	30	17	21	1.96
2127725--2127780	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
2128691--2128765	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
2128688--2128765	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
2129253--2130508	86	14.6	87	90	4	1887	22	17	31	28	1.96
2129241--2130508	29	44.2	29	89	4	1875	22	17	31	28	1.96
2129241--2130511	57	22.2	57	89	4	1796	22	16	31	28	1.96
2131742--2131805	12	5.6	11	85	12	85	0	1	10	87	0.61
2131742--2131804	1	63.0	1	77	0	63	0	1	9	88	0.57
2131730--2131804	23	3.3	22	80	14	80	1	2	9	86	0.72
2131725--2131801	18	4.1	18	83	11	84	2	3	9	84	0.84
2131749--2131804	13	4.4	13	86	2	78	0	0	10	89	0.49
2131730--2131803	10	7.8	10	77	8	75	1	2	9	86	0.73
2131749--2131805	23	2.4	24	94	2	98	0	0	12	87	0.54
2144853--2144908	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
2145819--2145893	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
2145816--2145893	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
2146093--2146264	28	5.8	29	83	10	190	29	31	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2146093--2146266	57	2.9	57	84	7	215	29	31	16	22	1.96
2146634--2146886	127	2.0	127	92	0	416	26	14	13	46	1.80
2147273--2147347	20	3.8	20	81	0	96	32	13	14	40	1.85
2150566--2155973	62	87.8	61	77	8	4838	23	24	19	31	1.98
2155961--2156154	41	4.5	43	74	14	120	19	23	14	42	1.88
2155993--2156623	86	7.4	87	75	8	372	19	24	13	41	1.88
2156004--2156587	44	13.6	44	74	10	440	20	25	13	41	1.88
2157288--2157400	50	2.2	52	84	9	162	26	14	14	45	1.82
2158649--2158685	18	2.1	18	100	0	74	27	10	32	29	1.90
2159667--2159698	11	2.9	11	95	0	55	31	37	3	28	1.73
2159669--2159704	11	3.3	11	92	0	54	27	38	5	27	1.79
2159843--2159943	51	2.0	51	84	3	132	26	27	11	33	1.92
2159894--2161083	79	15.2	79	77	5	946	27	25	13	32	1.94
2165226--2165271	22	2.1	22	83	0	56	10	15	36	36	1.82
2165909--2165960	23	2.2	25	86	6	72	21	0	1	76	0.87
2165924--2165962	17	2.3	18	82	13	55	23	0	0	76	0.78
2166458--2166729	125	2.2	125	82	1	319	34	19	27	18	1.95
2166462--2167700	85	14.6	85	80	3	935	35	18	27	18	1.94
2166631--2167700	255	4.2	254	81	3	1058	35	18	27	18	1.94
2166453--2167197	42	17.6	42	71	9	326	35	19	27	17	1.94
2167556--2167842	128	2.2	128	81	7	343	36	18	28	17	1.93
2167556--2167899	85	4.0	85	77	5	230	36	18	28	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2167430--2167899	213	2.2	212	83	3	570	35	18	28	17	1.94
2181576--2181731	80	2.0	80	90	0	249	13	17	35	33	1.89
2183040--2183073	14	2.3	15	90	5	52	38	0	2	58	1.13
2183774--2183867	43	2.2	43	83	11	113	51	5	7	36	1.53
2183814--2184345	261	2.1	247	83	7	640	50	5	7	36	1.53
2184765--2185421	260	2.5	258	87	3	912	50	5	6	37	1.51
2186167--2186222	20	2.7	21	81	10	62	41	16	16	26	1.88
2189876--2190263	121	3.3	120	75	8	450	50	3	6	40	1.44
2190251--2190401	50	3.1	49	66	18	125	49	1	8	40	1.45
2190222--2190401	96	1.9	96	92	0	306	52	1	7	38	1.39
2190253--2190396	46	3.0	46	65	15	112	49	2	9	39	1.46
2190689--2190723	18	1.9	18	94	0	61	48	8	2	40	1.49
2191172--2191321	50	3.1	49	66	19	125	48	2	8	40	1.46
2191605--2191642	19	2.0	19	94	0	67	60	0	13	26	1.33
2191714--2191836	64	2.0	63	91	3	203	49	4	4	40	1.45
2196202--2196257	24	2.3	24	90	0	85	19	14	23	42	1.88
2200092--2200117	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2200074--2200137	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
2202337--2202386	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2203737--2203762	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2204460--2204503	21	2.1	21	83	8	54	27	31	2	38	1.69
2206312--2206350	13	3.0	13	92	0	69	35	15	15	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208429--2208459	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2210263--2210307	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2212533--2212558	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2216254--2216279	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2216400--2216445	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2218810--2218835	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2218792--2218855	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
2221520--2221559	20	2.0	21	85	5	55	17	5	12	65	1.44
2224795--2224919	20	5.7	20	73	18	106	40	12	16	31	1.85
2225903--2227282	60	23.1	55	78	9	703	24	17	29	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24