genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3883850

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771702--771727	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
771684--771747	33	2.0	32	87	9	94	40	17	14	28	1.88
775805--775835	15	2.1	15	93	0	53	41	16	22	19	1.89
780302--780326	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
780279--780344	33	2.0	33	93	0	114	28	16	18	36	1.93
780417--780442	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
781742--782390	334	1.9	334	89	3	993	23	19	15	40	1.90
790968--791048	20	4.0	19	75	13	72	39	8	16	35	1.79
793660--793719	15	4.0	14	74	21	50	76	8	0	15	1.00
795080--798718	30	124.6	30	71	9	1010	29	26	15	27	1.96
795102--798718	60	61.9	60	69	11	1461	29	26	15	27	1.96
795099--798717	117	31.2	114	71	11	1233	29	26	15	27	1.96
795160--795582	203	2.1	200	81	3	490	30	26	16	26	1.96
795106--796363	177	7.2	176	73	8	538	29	26	15	28	1.96
796799--797197	149	2.7	148	86	3	532	30	24	14	30	1.95
797341--797570	87	2.6	87	78	8	216	31	26	15	26	1.95
797576--798183	177	3.4	177	75	6	412	28	28	15	27	1.96
797488--798135	147	4.4	149	72	9	345	29	28	15	27	1.96
798343--798410	27	2.4	29	80	14	88	25	25	16	33	1.95
798603--798718	61	1.9	60	85	1	160	31	29	14	25	1.95
801516--801711	76	2.6	76	81	4	198	40	10	22	26	1.86
801548--801697	76	1.9	78	90	2	241	40	12	22	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801516--801725	77	2.7	74	82	5	240	41	11	20	25	1.86
805207--805781	62	9.4	62	79	5	558	33	19	21	25	1.97
805201--805772	306	1.9	309	85	5	802	33	19	21	25	1.97
805747--805806	28	2.2	26	75	16	68	30	16	23	30	1.96
805755--805809	28	2.0	28	89	7	85	23	18	23	34	1.96
805895--806084	30	6.4	30	85	2	240	29	16	27	26	1.97
808686--808736	19	2.7	19	93	0	84	3	0	45	50	1.20
811391--811467	28	2.8	28	85	0	100	29	16	29	23	1.96
811455--811623	51	3.3	51	78	4	194	33	10	26	30	1.89
811608--811683	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
811399--811793	212	1.9	212	86	3	571	30	12	27	29	1.93
814147--814172	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
814126--814192	33	2.0	33	88	0	98	43	14	14	26	1.85
814212--814277	19	3.8	18	75	24	79	36	15	12	36	1.84
814234--814258	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
814215--814280	32	2.1	32	97	0	123	34	15	13	36	1.87
814708--815451	55	13.4	54	86	4	975	23	20	28	27	1.99
814897--814982	29	3.1	29	65	21	83	18	19	32	29	1.96
816431--816494	16	4.1	16	80	13	62	0	7	7	84	0.78
816431--816495	13	4.8	13	83	12	69	0	7	9	83	0.82
825215--825270	20	2.8	20	88	0	76	41	10	12	35	1.78
826030--826406	49	7.5	49	81	5	389	32	15	27	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826021--826406	101	3.8	101	81	4	415	32	16	26	24	1.96
826431--826842	57	7.3	57	85	6	452	20	17	30	32	1.95
826418--826842	85	5.0	86	83	7	453	20	18	29	32	1.96
826431--826835	142	2.9	142	94	0	679	20	17	29	32	1.95
828269--828315	14	3.3	13	83	16	58	2	4	8	85	0.81
828277--828335	26	2.4	24	81	10	73	0	6	6	86	0.71
828279--828335	22	2.7	21	81	10	62	0	7	7	85	0.73
840189--840423	80	3.0	76	82	10	262	31	14	27	26	1.95
840375--840447	27	2.6	28	87	6	96	20	21	34	23	1.97
840219--840425	76	2.7	76	87	5	281	29	16	28	25	1.97
840435--840556	51	2.4	51	82	8	140	31	11	23	32	1.90
841256--841343	26	3.3	26	64	14	70	22	20	30	26	1.98
841213--841833	55	10.9	55	82	8	626	25	20	27	26	1.99
841272--841356	26	3.2	26	63	21	66	23	22	27	27	1.99
841510--841651	28	5.1	28	62	16	89	26	21	26	26	1.99
841538--841624	27	3.2	27	63	15	70	27	20	26	25	1.99
841213--841859	171	3.8	169	84	7	747	25	20	27	26	1.99
842817--842886	1	70.0	1	75	0	59	0	7	5	87	0.68
855306--855483	27	6.7	27	69	16	106	27	16	30	25	1.97
855222--855533	103	2.9	103	84	6	367	29	15	28	26	1.96
855467--855588	51	2.3	52	87	8	169	31	11	24	32	1.91
860046--860101	20	2.8	20	86	5	69	42	12	14	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860367--860422	20	2.8	20	86	5	69	42	12	14	30	1.82
860003--860647	321	2.0	321	98	0	1254	32	16	17	33	1.92
861004--861492	75	6.5	75	73	7	272	45	11	18	23	1.82
861654--861769	60	1.9	61	82	1	144	50	15	14	18	1.77
862276--862585	44	7.1	44	66	17	162	43	13	19	23	1.86
862100--862585	175	2.8	175	83	2	539	43	13	19	23	1.87
862126--862585	88	5.2	88	81	3	498	43	13	19	23	1.87
863625--863663	16	2.5	15	80	8	51	2	7	5	84	0.84
863620--863659	13	3.2	13	82	13	57	5	7	5	82	0.94
867094--868130	154	6.7	155	76	8	565	39	16	16	27	1.90
868569--868631	30	2.1	30	96	0	117	55	23	3	17	1.56
870451--870506	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
871365--871406	22	2.1	19	86	13	57	52	0	4	42	1.22
872279--872351	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
872297--872372	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
872279--872372	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
872411--872436	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
876500--876530	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
878544--878622	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
878609--878647	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
880432--880478	23	2.0	23	95	0	85	31	6	12	48	1.66
881115--881187	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
881133--881208	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
881115--881208	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
881247--881272	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
885641--885689	20	2.4	21	83	13	66	30	14	10	44	1.78
899833--899882	18	2.7	18	81	6	55	82	8	8	2	0.93
901121--901171	14	3.8	13	84	2	57	35	11	19	33	1.88
901464--901722	32	8.0	32	79	9	251	32	34	15	17	1.91
901475--901722	65	3.9	65	78	7	258	33	34	16	16	1.91
901807--902042	52	4.4	52	72	10	177	25	22	13	38	1.91
901841--902067	113	2.0	113	81	3	269	23	22	13	40	1.89
901932--902067	52	2.4	60	71	21	144	21	24	11	42	1.86
901841--902098	113	2.3	113	79	4	261	24	23	14	37	1.92
902829--902902	21	3.6	21	76	10	64	40	10	17	31	1.84
902950--903004	20	2.7	21	80	8	78	27	16	9	47	1.76
904140--904164	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
904151--904205	20	2.8	19	81	10	58	40	10	18	30	1.85
910324--910386	33	1.9	33	87	6	92	26	11	14	47	1.77
912286--912350	27	2.5	25	76	11	67	44	1	24	29	1.63
913142--913171	13	2.3	13	94	0	51	33	20	13	33	1.91
914161--914186	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
914884--914927	21	2.1	21	83	8	54	27	31	2	38	1.69
916553--916599	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
916720--916758	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
918831--918861	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
920664--920708	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
927294--927353	21	2.8	21	87	2	75	33	13	20	33	1.91
932361--932404	13	3.4	13	84	9	54	38	2	13	45	1.56
939228--939265	20	1.9	20	84	10	51	39	7	7	44	1.63
940826--941355	168	3.2	166	82	8	586	27	12	9	50	1.71
940826--941527	167	4.3	163	78	11	663	27	11	9	51	1.69
941236--941520	158	1.8	158	84	6	398	27	10	9	51	1.67
941965--942103	58	2.4	59	78	9	151	28	10	10	50	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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