genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3883850

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1906910--1907361	158	2.9	156	81	8	463	28	22	11	38	1.89
1906911--1907372	237	1.9	238	81	6	562	28	21	11	38	1.88
1913577--1913696	63	1.9	63	85	0	168	30	21	17	30	1.96
1913575--1914082	62	7.9	62	72	10	272	26	20	18	34	1.96
1913741--1913849	36	3.1	36	91	1	166	28	18	15	37	1.91
1913842--1914125	128	2.2	127	81	5	340	25	21	17	35	1.95
1914165--1914264	52	1.9	52	86	8	141	26	25	17	32	1.97
1929688--1929755	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1929690--1929752	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1929709--1929733	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1929795--1929820	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1929775--1929841	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1932182--1932523	52	6.5	53	69	17	178	29	26	12	32	1.92
1932299--1932367	27	2.5	27	88	2	93	24	31	21	21	1.98
1932245--1932637	107	3.7	105	72	12	316	27	27	14	30	1.95
1932512--1932583	28	2.6	28	86	0	90	20	34	20	23	1.96
1932185--1932590	212	1.9	212	88	3	611	28	27	13	31	1.94
1945128--1945198	1	71.0	1	75	0	61	87	5	7	0	0.67
1945127--1945198	12	5.8	12	80	18	69	86	6	6	0	0.72
1945128--1945192	28	2.4	27	84	5	85	87	6	6	0	0.66
1946167--1947045	55	15.9	54	89	4	1244	29	29	20	21	1.98
1946503--1946585	26	3.1	26	63	13	60	33	31	19	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1947591--1947722	19	7.9	18	71	27	114	36	11	15	37	1.83
1947593--1947717	32	3.9	32	98	0	232	35	12	16	36	1.85
1947612--1947700	13	5.9	13	72	27	70	35	13	15	34	1.87
1947762--1947787	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1947742--1947808	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1950151--1950492	52	6.5	53	69	17	187	28	26	12	31	1.93
1950268--1950336	27	2.5	27	88	2	93	24	31	21	21	1.98
1950214--1950606	107	3.7	105	73	11	332	26	27	15	30	1.96
1950486--1950552	28	2.4	28	85	9	84	20	37	17	23	1.94
1950154--1950559	212	1.9	212	87	4	604	27	27	14	31	1.95
1952109--1952228	52	2.3	51	81	4	134	42	10	15	32	1.79
1952109--1952245	52	2.6	52	77	2	123	41	11	13	32	1.81
1957544--1957586	22	2.0	22	95	0	77	34	11	23	30	1.90
1957713--1957737	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1959213--1959273	32	2.0	32	87	6	90	39	11	21	27	1.88
1962954--1963094	63	2.2	63	98	0	273	30	9	21	38	1.86
1963071--1963118	22	2.1	23	92	3	80	35	10	22	31	1.88
1963170--1963246	22	3.6	22	80	7	104	37	9	25	27	1.86
1963192--1963254	10	6.1	10	75	14	65	39	9	26	23	1.86
1963164--1963254	42	2.2	42	91	0	155	38	9	25	26	1.87
1963282--1963306	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1967193--1967236	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1968446--1968471	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1970203--1970228	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1972307--1972337	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1978959--1979017	21	2.8	21	79	5	66	30	15	22	32	1.94
1979125--1979180	20	2.8	20	81	2	60	32	17	5	44	1.72
1982651--1995850	62	214.4	61	73	7	7987	24	24	19	31	1.98
1982864--1995761	613	20.9	612	75	8	5131	24	24	19	31	1.98
1982651--1995850	123	107.2	123	75	6	9201	24	24	19	31	1.98
1995218--1995447	115	2.0	114	82	4	275	24	23	17	33	1.96
1982651--1995850	185	71.5	185	75	6	9014	24	24	19	31	1.98
1996248--1996273	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1998488--1998532	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2000336--2000366	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2002437--2002462	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2005016--2005041	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2005030--2005081	20	2.6	20	100	0	104	46	15	11	26	1.80
2005811--2049275	124	350.6	123	73	8	24592	24	23	19	32	1.98
2005811--2011223	62	87.6	61	75	6	3764	24	24	19	31	1.98
2011064--2011372	162	1.9	163	84	4	410	22	27	17	32	1.97
2011490--2034806	62	377.5	61	74	8	10292	24	23	19	31	1.98
2011248--2011696	234	1.9	237	80	6	538	22	22	21	33	1.97
2020569--2021292	252	2.9	251	81	6	707	25	23	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2011500--2049262	185	202.8	183	72	9	11325	24	23	19	32	1.98
2012698--2031339	309	60.3	299	72	10	1222	24	23	19	31	1.98
2035018--2035058	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2035098--2035168	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
2035138--2035274	53	2.6	53	92	1	229	37	18	17	27	1.93
2035306--2035405	22	4.5	22	75	9	114	28	26	10	36	1.88
2035361--2035434	14	5.1	14	71	20	62	28	27	8	36	1.85
2035329--2035468	45	3.1	45	92	4	219	29	25	8	37	1.85
2035483--2035507	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2035986--2036052	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2036324--2049275	62	208.9	62	74	8	6658	23	24	19	32	1.98
2036500--2049275	252	51.5	251	72	10	2042	23	24	19	32	1.98
2044372--2044720	190	1.8	190	80	4	427	25	24	18	31	1.97
2037476--2047973	874	12.1	875	75	9	3641	23	24	19	32	1.98
2052604--2052628	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2052831--2052856	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
2055465--2055645	79	2.3	78	82	5	204	29	14	29	25	1.95
2055601--2055676	28	2.7	28	85	0	89	22	18	35	23	1.96
2055712--2056089	210	1.8	210	81	4	485	32	12	26	28	1.93
2055920--2056093	52	3.4	51	75	9	140	33	12	24	29	1.92
2056123--2056199	28	2.8	28	85	0	91	22	19	35	23	1.96
2056387--2056461	28	2.7	27	83	4	78	24	18	33	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2055551--2057090	262	5.9	262	96	0	2771	30	12	27	29	1.93
2056647--2056718	28	2.6	28	84	0	81	23	19	34	22	1.96
2055712--2056926	51	23.3	51	67	12	353	30	12	27	28	1.93
2056909--2056985	28	2.8	28	85	0	91	22	19	35	23	1.96
2056969--2057102	52	2.6	51	82	5	162	31	9	26	32	1.88
2059470--2059511	21	2.0	21	95	0	75	28	16	9	45	1.79
2059528--2059598	32	2.2	32	92	5	117	35	16	12	35	1.87
2059536--2059599	19	3.7	19	69	26	61	35	15	12	35	1.85
2060498--2061039	55	9.3	61	83	9	602	26	19	26	26	1.99
2060688--2060775	28	3.2	28	62	20	67	28	21	25	25	1.99
2060440--2061039	116	5.2	116	83	6	726	26	20	26	26	1.99
2060991--2061088	49	2.0	50	87	2	144	29	19	22	28	1.98
2061108--2061531	55	7.4	55	80	13	412	24	20	27	28	1.99
2061107--2061511	116	3.5	115	86	7	522	24	19	27	27	1.99
2061107--2061531	178	2.4	170	86	7	611	24	20	27	28	1.99
2060672--2061754	443	2.5	432	87	5	1489	27	19	26	26	1.99
2061552--2061720	55	2.9	56	84	11	216	26	20	26	27	1.99
2061552--2061756	62	3.5	61	85	7	273	27	19	26	26	1.99
2062705--2062782	21	3.8	20	75	13	77	2	5	7	84	0.84
2062705--2062783	11	6.8	11	80	8	86	2	5	8	83	0.88
2062705--2062782	23	3.3	23	82	8	95	2	5	7	84	0.84
2064848--2064874	9	3.0	9	100	0	54	33	33	11	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2074740--2075010	79	3.4	77	80	5	292	31	12	26	28	1.93
2074944--2075164	51	4.3	50	80	6	210	30	12	27	29	1.93
2075147--2075223	28	2.8	28	85	0	91	20	20	35	23	1.96
2075210--2075309	52	1.9	52	87	4	148	35	8	25	32	1.85
2077705--2077746	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
2077771--2077821	19	2.7	19	87	6	77	37	17	11	33	1.86
2077908--2077938	7	4.3	7	92	8	53	12	0	0	87	0.55
2077911--2077939	8	3.8	8	95	4	51	10	0	0	89	0.48
2079272--2081250	62	31.9	62	75	7	1377	24	25	19	31	1.98
2079249--2081250	123	16.2	123	74	7	1277	24	25	19	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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