genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397259.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_147.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10737078

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7845449--7845478	3	10.0	3	92	0	51	33	3	33	30	1.74
7846586--7846649	26	2.5	25	85	14	87	60	0	0	39	0.97
7846640--7846694	28	1.9	29	88	3	85	63	0	0	36	0.95
7856589--7856613	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7859057--7859103	24	2.0	23	83	4	58	63	0	0	36	0.94
7870232--7870265	17	2.0	17	88	0	50	52	5	0	41	1.25
7887933--7887972	17	2.4	17	91	8	64	7	12	0	80	0.91
7901232--7901262	16	1.9	16	93	0	53	3	19	12	64	1.41
7902584--7902628	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
7911576--7911824	117	2.1	117	87	1	347	51	4	36	7	1.49
7919993--7920076	35	2.4	35	85	0	96	46	16	15	21	1.84
7920326--7920400	29	2.5	31	81	10	86	22	28	4	45	1.70
7925952--7926117	53	3.1	50	72	19	131	37	12	10	39	1.78
7925950--7926173	107	2.1	107	79	12	253	39	12	10	37	1.78
7933481--7933511	8	3.9	8	91	0	53	3	38	0	58	1.15
7936547--7936682	72	1.9	72	87	3	202	32	22	19	25	1.97
7949623--7949663	21	2.0	21	90	0	64	24	17	29	29	1.97
7962707--7962736	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7967951--7967980	15	2.0	15	93	0	51	20	3	0	76	0.92
7968100--7968126	7	3.9	7	100	0	54	29	25	14	29	1.95
7976996--7977033	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
7983978--7984017	2	20.0	2	89	0	62	52	0	45	2	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7991097--7991147	2	25.5	2	100	0	102	50	0	49	0	1.00
7997090--7997434	29	12.8	26	68	22	119	33	2	0	63	1.12
7997118--7997202	23	3.4	23	77	20	75	32	1	0	65	1.00
7997064--7997436	112	3.3	112	92	4	594	33	2	0	63	1.10
7997250--7997310	20	2.8	22	76	13	65	31	0	0	68	0.89
7997138--7997322	21	8.4	23	69	22	114	32	1	0	65	1.06
7997260--7997437	23	7.8	23	64	23	65	33	2	0	64	1.06
7997357--7997620	5	51.4	5	68	13	74	27	2	1	67	1.14
7997337--7997444	34	2.9	37	74	16	107	31	2	0	65	1.07
7997355--7997424	33	2.1	33	86	2	95	28	2	0	68	1.04
7997355--7997442	33	2.7	31	81	11	79	29	2	0	68	1.02
7997438--7997560	32	4.3	27	68	23	83	28	3	3	65	1.24
7997475--7997547	32	2.4	31	84	15	91	27	2	1	68	1.11
7997413--7997615	80	2.5	79	91	6	307	27	2	2	67	1.16
7997163--7997622	15	30.1	15	64	22	79	30	2	1	65	1.14
8000644--8000691	24	2.0	24	100	0	96	45	8	16	29	1.76
8003229--8003261	2	16.5	2	93	0	57	51	3	45	0	1.16
8020640--8020740	49	2.0	50	96	1	186	38	9	7	43	1.67
8021056--8021094	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
8029473--8029497	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8029497--8029528	2	16.0	2	93	0	55	46	0	53	0	1.00
8039615--8039657	16	2.7	15	82	13	50	81	2	4	11	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8039895--8039940	17	2.7	17	80	12	58	73	0	10	15	1.08
8044845--8044896	21	2.5	20	79	11	61	44	3	0	51	1.19
8047615--8047668	23	2.3	23	93	0	90	12	11	25	50	1.74
8052711--8052737	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
8058010--8058163	79	1.9	79	97	0	290	29	20	10	40	1.85
8066429--8066464	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8066494--8066534	15	2.8	15	88	3	57	60	2	2	34	1.23
8070823--8070860	19	2.0	19	94	0	67	42	10	13	34	1.78
8072806--8072844	21	1.9	20	89	5	60	46	0	2	51	1.14
8072889--8072973	23	3.7	23	71	18	77	51	2	1	44	1.21
8072925--8073040	54	2.2	54	84	6	148	50	7	4	37	1.51
8073887--8073939	15	3.3	16	82	15	65	47	0	0	52	1.00
8082864--8082894	15	2.1	15	100	0	62	12	25	19	41	1.87
8084543--8084586	20	2.2	20	83	0	52	9	40	0	50	1.34
8084919--8084956	19	2.0	19	94	0	67	34	15	7	42	1.76
8084944--8084982	20	2.0	20	89	0	60	46	7	7	38	1.61
8084952--8084996	20	2.2	20	92	0	72	46	4	13	35	1.63
8085811--8085839	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8093047--8093094	25	1.9	25	82	0	60	27	0	4	68	1.07
8093124--8093187	25	2.5	26	73	16	62	37	3	0	59	1.13
8093134--8093337	61	3.3	60	73	16	173	36	1	3	57	1.29
8093150--8093396	125	2.0	122	82	9	293	37	2	4	55	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8105470--8105506	18	2.1	17	90	5	56	48	0	0	51	1.00
8105488--8105529	22	1.9	22	100	0	84	45	4	0	50	1.23
8105836--8105910	29	2.6	29	70	8	71	26	0	6	66	1.16
8118805--8119039	122	1.9	121	79	8	262	33	11	10	45	1.74
8119000--8119071	29	2.5	28	82	8	83	29	9	9	51	1.67
8119152--8119204	26	2.0	26	88	3	79	32	7	9	50	1.62
8120723--8120771	23	2.1	24	84	3	64	32	2	12	53	1.50
8122330--8122423	46	2.0	48	83	4	120	40	1	8	50	1.40
8122904--8122962	30	2.0	30	83	6	75	44	1	1	52	1.21
8124632--8124682	18	2.8	18	84	0	66	5	9	56	27	1.54
8128747--8128813	27	2.5	27	80	4	73	43	0	2	53	1.16
8146004--8146059	28	2.0	28	92	0	94	42	3	16	37	1.65
8153555--8153771	110	2.0	107	89	4	330	35	13	11	38	1.82
8153759--8153802	2	22.0	2	95	0	52	50	9	0	40	1.34
8153805--8153836	2	16.0	2	93	0	55	53	0	46	0	1.00
8155736--8155785	18	2.8	18	79	11	50	68	6	4	22	1.29
8156171--8156205	3	11.7	3	87	0	52	62	0	5	31	1.18
8156982--8157119	64	2.2	64	84	5	172	17	13	55	13	1.70
8157009--8157116	31	3.4	31	67	10	83	18	13	54	12	1.70
8157297--8157357	31	2.0	31	96	0	113	11	26	40	21	1.87
8172373--8172413	15	2.8	15	92	3	66	68	0	0	31	0.90
8172493--8172549	29	2.0	29	82	6	71	68	0	1	29	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8172489--8172549	14	4.4	14	72	10	54	67	0	1	31	1.01
8172745--8172788	15	2.9	15	75	3	52	29	18	4	47	1.68
8172975--8173042	34	2.0	34	94	0	118	42	16	16	25	1.87
8176110--8176143	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8177566--8177605	21	1.9	21	100	0	80	32	10	25	32	1.89
8179306--8179476	60	2.9	59	90	2	261	11	21	15	52	1.73
8179884--8179937	25	2.2	25	100	0	108	22	20	11	46	1.82
8185682--8185733	25	2.1	24	85	3	68	71	3	3	21	1.18
8190293--8190327	2	17.5	2	87	0	52	48	2	0	48	1.16
8191418--8191453	19	1.9	18	88	5	54	36	11	5	47	1.63
8209369--8209394	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8209766--8209854	30	3.0	30	86	1	99	34	2	4	58	1.31
8209787--8209854	30	2.3	30	92	0	109	36	1	4	57	1.28
8214914--8214938	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8217760--8217852	15	6.3	15	66	14	50	46	0	4	49	1.21
8217776--8217857	43	2.0	41	88	7	121	46	0	7	46	1.30
8233598--8233645	25	2.0	25	83	4	62	27	6	31	35	1.82
8234597--8234679	41	2.0	41	92	0	139	33	13	28	24	1.93
8235020--8235065	18	2.4	20	89	7	69	45	4	0	50	1.21
8235014--8235088	10	7.4	10	71	18	57	45	2	1	50	1.24
8235040--8235133	45	2.1	45	84	4	118	45	3	4	46	1.38
8235295--8235397	53	1.9	54	80	7	120	33	6	6	53	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8239813--8239841	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8240369--8240428	12	4.7	13	76	15	54	58	5	0	36	1.20
8242671--8242700	15	1.9	16	93	6	53	63	6	0	30	1.20
8253778--8253810	16	2.0	16	94	5	57	84	6	3	6	0.84
8253778--8253811	17	2.0	17	94	0	59	85	5	2	5	0.83
8302521--8302546	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8302849--8302899	24	2.2	24	82	10	61	49	0	0	50	1.00
8310113--8310154	21	2.0	21	95	0	75	42	7	21	28	1.79
8315431--8315491	31	2.0	31	93	0	104	50	4	6	37	1.50
8316098--8316143	21	2.2	21	88	3	67	36	0	0	63	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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