genome.fa.s186.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000186.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000329_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3152351

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2503--2531	13	2.2	13	100	0	58	34	20	10	34	1.87
3985--4018	17	2.0	17	100	0	68	23	11	0	64	1.26
4116--4156	20	2.0	21	95	4	75	51	14	4	29	1.63
6252--6308	14	4.2	12	75	20	51	49	1	1	47	1.22
6237--6303	29	2.3	28	85	10	91	52	0	1	46	1.09
6237--6292	27	2.0	29	89	6	89	51	0	1	46	1.11
6237--6303	15	4.6	15	82	12	86	52	0	1	46	1.09
7581--7615	17	2.1	17	100	0	70	48	5	11	34	1.63
7783--7866	28	3.0	28	92	0	141	36	11	19	32	1.88
11586--11616	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
19415--19771	131	2.7	131	86	1	475	40	16	11	32	1.84
21874--21910	3	12.7	3	94	5	67	67	0	0	32	0.91
21874--21906	17	1.9	17	100	0	66	66	0	0	33	0.92
22524--22577	21	2.5	21	87	6	72	29	16	9	44	1.79
29749--29836	3	29.7	3	95	2	160	34	0	1	64	1.01
31153--31193	19	2.2	19	91	4	66	14	4	7	73	1.22
31232--31296	24	2.6	25	71	9	62	41	0	1	56	1.08
42568--42601	10	3.4	10	100	0	68	91	0	0	8	0.43
43719--44228	83	6.2	83	94	3	847	27	14	21	36	1.92
43719--44228	167	3.1	167	93	4	860	27	14	21	36	1.92
44950--45002	16	3.2	16	71	12	54	50	7	24	16	1.71
44928--45573	111	5.9	112	91	5	999	37	12	20	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45426--45746	170	1.9	172	88	4	497	37	11	20	30	1.88
45586--46078	111	4.5	111	91	4	768	37	11	20	29	1.89
46389--46458	3	24.7	3	83	11	94	34	1	1	62	1.13
46389--46455	31	2.2	31	91	0	107	34	1	1	62	1.13
47728--47765	18	2.2	17	90	4	58	15	5	7	71	1.28
47805--47837	12	2.8	12	95	4	59	42	0	0	57	0.98
60409--60435	6	4.5	6	100	0	54	51	14	0	33	1.43
63631--63662	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
65305--65932	139	4.5	138	88	1	882	25	18	18	37	1.93
67055--67385	55	6.2	55	78	11	346	42	12	9	35	1.75
66959--67367	104	3.9	102	80	7	372	40	13	10	35	1.79
67207--67416	109	1.9	109	85	2	289	44	13	8	33	1.74
68712--68765	28	1.9	28	84	0	72	22	9	35	33	1.86
69532--69566	3	12.0	3	93	6	63	0	31	0	68	0.90
69504--69618	52	2.2	51	80	11	128	6	22	0	71	1.08
70857--70899	22	2.0	22	86	9	61	44	9	20	25	1.81
70870--70934	28	2.3	29	81	7	71	52	10	20	16	1.73
73212--73253	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
74277--74324	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
76657--76737	27	3.0	26	79	12	92	50	2	1	45	1.22
76789--76847	23	2.8	21	80	12	59	49	1	3	45	1.28
76826--76875	23	2.1	24	82	10	59	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79470--79514	20	2.2	21	84	11	58	31	0	2	66	1.04
79757--79856	34	2.9	34	96	3	182	44	12	8	36	1.71
79905--79994	47	1.9	47	86	0	126	46	11	7	34	1.68
82295--82332	16	2.4	16	86	4	51	26	10	21	42	1.85
85521--85695	37	4.8	37	76	8	153	29	17	10	42	1.82
85523--85647	36	3.4	36	85	1	151	28	13	11	46	1.78
85520--85684	73	2.3	73	78	6	183	29	16	10	43	1.81
86045--86080	13	2.6	14	86	4	56	80	0	16	2	0.83
86508--86561	17	3.5	17	71	23	64	24	3	22	50	1.65
86505--86574	29	2.4	29	97	0	131	27	2	20	50	1.62
86565--86604	18	2.3	18	95	4	73	17	5	15	62	1.49
93340--93397	29	2.0	30	86	3	82	25	1	17	55	1.52
93375--93410	18	2.0	18	94	0	63	19	5	11	63	1.46
94324--94407	38	2.2	37	89	4	123	11	10	36	40	1.77
94772--94805	17	1.9	18	88	5	52	29	0	0	70	0.87
94943--94984	18	2.4	18	88	4	59	30	30	4	33	1.78
108602--108627	6	4.3	6	100	0	52	30	0	15	53	1.42
116129--116156	10	2.8	10	100	0	56	53	10	25	10	1.67
122116--122146	16	1.9	16	93	0	53	48	25	12	12	1.77
122632--122673	20	2.0	21	90	4	68	40	14	0	45	1.45
123309--123360	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
123349--123462	20	5.7	20	81	9	106	32	24	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123346--123462	61	1.9	61	84	3	155	34	23	17	23	1.96
124016--124057	19	2.2	19	91	0	66	52	26	16	4	1.63
124053--124142	39	2.3	38	92	1	144	11	18	23	46	1.81
124053--124237	19	10.1	19	73	15	140	11	22	22	43	1.86
124072--124153	39	2.1	39	84	6	105	7	20	28	43	1.78
124125--124212	33	2.6	33	90	1	131	11	26	25	37	1.89
124192--124237	20	2.3	20	78	14	58	13	26	15	45	1.82
126238--126360	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
126294--126360	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
127917--128015	19	5.7	19	65	22	74	15	22	20	42	1.89
127921--128028	33	3.3	33	85	5	164	14	23	20	41	1.89
127914--128047	66	2.0	67	89	1	207	17	22	20	39	1.92
130319--130343	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
131802--131838	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
133700--133755	20	2.9	19	86	5	85	35	23	25	16	1.94
133755--133812	14	3.9	14	75	16	53	48	27	13	10	1.75
133739--133817	32	2.4	33	91	2	124	46	25	16	11	1.80
133846--133903	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
133829--133919	32	2.8	33	94	3	166	12	18	21	47	1.81
133904--133958	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
134438--134482	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
135797--135839	20	2.2	20	95	0	77	53	18	18	9	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136348--136461	20	5.7	20	80	2	111	24	17	25	32	1.97
136406--136506	20	4.9	21	71	12	59	18	19	18	42	1.89
136451--136541	41	2.2	41	100	0	146	16	25	17	40	1.90
136451--136541	20	4.4	20	77	4	92	16	25	17	40	1.90
136451--136526	21	3.7	21	80	3	100	15	25	18	40	1.90
137228--137273	14	3.3	14	78	0	56	21	2	36	39	1.66
144495--144545	26	1.9	27	96	4	95	33	11	17	37	1.86
163872--163929	30	1.9	30	82	6	73	43	3	17	36	1.66
163967--164000	7	4.9	7	100	0	68	29	0	29	41	1.57
164325--164382	21	2.8	21	70	0	62	24	12	22	41	1.87
164396--164516	21	5.8	21	90	0	179	19	17	28	34	1.95
164298--164488	98	1.9	98	82	2	240	21	14	25	37	1.92
165990--166186	75	2.6	76	90	2	290	19	24	32	23	1.97
168777--168836	19	2.9	20	85	9	68	16	26	35	21	1.95
174246--174454	76	2.8	77	88	2	298	20	23	32	24	1.98
178120--178146	6	4.5	6	100	0	54	33	51	14	0	1.43
178653--178694	6	7.5	6	92	7	63	0	16	52	30	1.44
178784--178823	21	1.9	21	89	0	62	25	22	25	27	2.00
178813--179029	21	10.6	20	75	13	140	23	22	21	33	1.98
178833--178988	20	7.7	20	79	12	167	23	22	18	35	1.95
178808--179010	41	4.9	41	86	6	236	24	22	19	33	1.97
178808--179015	82	2.5	83	85	6	307	24	22	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190698--190769	34	2.1	34	89	0	108	16	23	19	40	1.91
196926--197046	60	2.0	60	93	0	206	34	20	19	25	1.96
202314--202375	20	3.3	20	68	25	53	32	29	12	25	1.93
202405--202498	20	4.9	20	74	17	83	28	29	14	26	1.95
202405--202456	16	2.9	17	78	21	54	26	28	19	25	1.98
202406--202475	36	1.9	36	91	0	113	28	28	17	25	1.97
205557--205619	21	3.1	21	84	8	78	28	14	11	46	1.78
205925--205975	20	2.8	18	75	24	54	29	29	17	23	1.97
205925--205976	16	2.9	18	78	21	56	28	28	17	25	1.97
205927--205995	36	1.9	36	87	0	102	28	27	14	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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