genome.fa.s186.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000186.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000329_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3152351

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2694123--2694177	23	2.3	23	84	3	74	36	25	20	18	1.94
2694199--2694293	21	4.4	21	70	2	73	40	22	14	23	1.91
2698223--2698259	14	2.8	14	88	8	51	72	2	0	24	0.97
2702714--2702771	28	2.1	28	96	0	107	53	3	5	37	1.40
2702936--2702973	15	2.6	14	84	15	51	60	0	0	39	0.97
2724509--2724642	21	6.5	21	77	4	139	40	17	24	17	1.91
2724631--2724745	20	5.7	19	78	11	86	34	24	17	23	1.96
2724509--2724642	41	3.3	41	100	0	268	40	17	24	17	1.91
2724628--2724705	41	1.9	41	86	0	111	38	23	16	21	1.93
2724913--2724956	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
2725220--2725257	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
2727085--2727151	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
2727140--2727229	14	5.9	14	76	19	90	47	23	17	11	1.79
2727124--2727246	32	3.8	33	96	2	223	47	21	18	12	1.81
2727258--2727306	14	3.1	16	72	21	57	8	18	24	48	1.75
2727258--2727320	14	3.6	18	75	16	53	9	17	25	47	1.77
2729175--2729210	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2729317--2729367	14	3.3	14	76	23	57	47	19	21	11	1.81
2729327--2729363	19	1.9	19	88	0	56	51	16	21	10	1.74
2730487--2730540	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
2733020--2733078	19	3.4	19	71	22	65	45	16	22	15	1.84
2733205--2733241	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2734637--2734720	42	2.0	42	83	0	105	22	17	39	20	1.92
2736708--2736806	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
2736683--2736867	19	10.1	19	77	14	174	43	22	22	11	1.85
2736778--2736867	39	2.3	38	94	1	153	46	22	20	11	1.81
2736863--2736929	19	3.5	19	85	2	89	10	16	25	47	1.78
2737446--2737498	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
2737507--2737560	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
2737447--2737563	61	1.9	61	85	0	162	23	17	24	33	1.97
2737447--2737581	61	2.2	61	81	2	155	22	20	24	32	1.98
2737631--2737671	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
2742363--2742416	25	2.2	25	96	0	99	44	11	24	20	1.83
2753853--2753887	17	2.1	17	100	0	70	45	0	0	54	0.99
2754113--2754145	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
2759190--2759227	15	2.6	15	83	4	51	71	0	0	28	0.87
2760562--2760630	7	11.5	6	76	23	58	69	0	1	28	0.97
2760562--2760630	3	23.0	3	76	24	58	69	0	1	28	0.97
2760569--2760629	28	2.2	29	80	14	74	72	0	0	27	0.85
2760568--2760646	25	3.2	24	84	12	90	67	0	0	32	0.91
2760620--2760724	36	2.9	35	87	4	131	51	2	1	43	1.27
2760645--2760783	64	2.1	65	79	14	151	46	5	3	45	1.42
2760698--2760764	27	2.4	28	82	9	84	43	7	4	44	1.52
2760700--2760758	29	2.1	27	81	12	66	42	6	1	49	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2760663--2760800	64	2.2	63	84	11	183	44	6	2	45	1.44
2760723--2761169	37	11.8	36	68	21	165	47	7	2	42	1.44
2760863--2760976	13	9.0	13	68	22	64	50	9	0	39	1.35
2760863--2760976	50	2.3	51	92	1	185	50	9	0	39	1.35
2760825--2761009	88	2.2	83	90	5	289	49	8	1	40	1.41
2760919--2761174	35	7.1	35	75	16	172	49	7	2	41	1.43
2760920--2761169	73	3.5	71	78	12	240	48	7	2	42	1.44
2761766--2762827	85	12.8	84	81	5	1169	23	20	25	30	1.99
2761766--2762827	250	4.3	250	83	4	1347	23	20	25	30	1.99
2761811--2762827	169	6.1	165	90	2	1344	23	20	25	30	1.99
2761811--2762827	503	2.0	497	88	2	1520	23	20	25	30	1.99
2766217--2766262	19	2.4	19	100	0	92	67	10	10	10	1.43
2769452--2769529	13	6.2	13	76	18	76	73	0	1	25	0.91
2769451--2769531	14	5.2	16	77	18	66	74	0	1	24	0.90
2769451--2769536	31	2.8	31	80	3	93	74	0	1	24	0.89
2769451--2769536	10	8.5	10	74	20	56	74	0	1	24	0.89
2769462--2769528	3	21.7	3	75	22	59	70	0	1	28	0.96
2769452--2769534	25	3.3	24	83	12	89	74	0	1	24	0.89
2769530--2769634	36	2.9	35	84	5	120	49	2	1	45	1.27
2769555--2769693	64	2.1	65	80	11	151	46	5	3	44	1.44
2769608--2769674	27	2.4	28	82	9	84	43	7	4	44	1.52
2769610--2769668	29	2.1	27	81	12	66	42	6	1	49	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2769573--2769710	64	2.2	63	84	11	183	44	7	2	44	1.46
2769665--2769753	38	2.4	38	83	12	114	43	7	3	44	1.49
2769644--2770043	37	10.5	36	73	19	171	47	8	2	42	1.45
2769773--2769848	13	6.0	13	72	17	61	51	10	0	38	1.37
2769773--2769886	50	2.3	51	90	4	178	51	9	0	38	1.35
2769735--2769919	88	2.2	83	89	5	280	50	8	1	40	1.40
2769830--2770042	73	2.9	71	78	8	216	47	7	2	42	1.44
2769829--2770044	35	5.9	36	79	11	167	47	7	2	42	1.44
2771797--2771842	14	3.3	14	87	0	65	13	17	15	54	1.71
2774045--2774085	20	2.1	20	82	13	50	29	17	24	29	1.97
2777832--2777867	14	2.5	14	90	4	54	63	0	11	25	1.27
2779552--2779613	25	2.3	28	75	10	67	8	12	9	69	1.37
2782536--2782590	11	4.9	11	78	12	51	76	1	7	14	1.08
2783526--2783580	11	4.9	11	78	12	51	76	1	7	14	1.08
2782300--2784282	990	2.0	992	96	0	3691	29	18	18	34	1.94
2789114--2789149	14	2.5	14	90	4	54	63	0	11	25	1.27
2791310--2791335	7	3.7	7	100	0	52	53	15	0	30	1.42
2798325--2798372	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
2799100--2799135	18	2.0	18	88	0	54	50	11	5	33	1.61
2799339--2799403	23	2.8	23	90	0	94	38	18	7	35	1.80
2801933--2803156	184	6.7	184	97	0	2313	34	15	14	35	1.89
2804627--2804719	3	31.0	3	76	0	87	24	34	6	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2804627--2804723	12	8.1	12	81	4	97	24	34	7	34	1.83
2804631--2804731	48	2.1	48	90	3	159	22	34	7	34	1.84
2806196--2806826	199	3.1	199	97	1	1163	32	15	15	37	1.89
2806908--2806952	19	2.4	19	92	0	72	57	8	2	31	1.41
2808743--2808808	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
2810929--2810981	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
2811126--2811172	20	2.4	19	79	10	58	19	17	8	55	1.67
2811297--2811338	20	2.1	20	91	8	68	16	19	11	52	1.74
2813024--2813070	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
2812812--2813283	181	2.6	181	90	1	712	42	13	17	26	1.86
2813214--2813255	19	2.3	18	92	8	68	50	11	16	21	1.77
2815470--2815534	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
2815568--2815633	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
2817425--2817473	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
2817632--2818350	200	3.6	200	97	0	1384	35	15	17	32	1.91
2819810--2819873	6	10.7	6	79	0	65	39	9	32	18	1.83
2819810--2819873	12	5.3	12	86	0	92	39	9	32	18	1.83
2819827--2819907	3	27.0	3	76	0	81	37	6	32	24	1.80
2819810--2819891	36	2.3	36	87	4	121	39	8	31	20	1.83
2821877--2822369	183	2.7	183	96	0	898	34	15	17	32	1.91
2825217--2825289	23	3.2	23	88	0	101	34	2	21	41	1.68
2825647--2825719	23	3.2	23	86	0	92	35	4	21	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2825013--2826062	430	2.4	431	98	0	2014	41	8	11	39	1.71
2838099--2838150	3	17.7	3	76	4	52	61	3	1	32	1.25
2844797--2845027	119	2.0	114	85	7	313	41	8	22	26	1.82
2847019--2847048	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2847102--2847149	21	2.3	22	82	7	55	45	2	0	52	1.12
2848491--2848566	36	2.1	37	83	13	97	52	5	1	40	1.32
2848491--2848566	37	2.1	36	85	9	102	52	5	1	40	1.32
2849454--2849591	72	1.9	72	88	2	206	46	4	5	43	1.47
2853636--2853662	13	2.1	13	100	0	54	29	22	22	25	1.99
2857979--2858047	23	3.2	23	68	19	76	17	37	11	33	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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