genome.fa.s186.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000186.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000329_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3152351

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1587019--1587133	21	5.6	21	68	11	51	33	27	16	21	1.95
1587140--1587306	57	2.9	57	77	13	180	34	27	18	19	1.95
1587121--1587308	20	9.6	20	78	11	183	35	27	19	18	1.95
1587121--1587309	77	2.4	79	82	3	222	35	26	19	18	1.95
1587682--1587751	32	2.2	33	92	2	115	11	24	15	48	1.78
1587830--1587901	20	3.5	20	79	9	92	47	18	19	15	1.83
1587903--1587946	18	2.4	18	88	3	61	45	27	18	9	1.79
1587947--1588019	34	2.2	32	92	7	121	9	23	21	45	1.81
1588003--1588056	20	2.8	19	86	10	74	12	27	18	40	1.87
1588003--1588058	19	2.9	18	80	14	76	12	26	17	42	1.85
1589716--1590057	87	3.9	91	87	10	514	21	13	18	47	1.82
1590188--1590248	31	1.9	32	93	3	106	44	24	22	8	1.80
1590171--1590259	32	2.7	33	84	6	119	43	26	19	10	1.82
1590261--1590345	33	3.0	27	84	11	91	10	22	21	45	1.82
1590255--1590400	19	7.7	19	68	21	83	10	21	22	45	1.81
1590336--1590380	17	2.6	18	85	7	65	8	15	28	46	1.76
1590331--1590416	18	4.7	18	72	15	61	10	17	26	45	1.81
1592306--1592339	14	2.4	14	95	0	59	35	0	20	44	1.52
1592432--1592518	19	4.8	19	81	16	114	47	16	22	13	1.82
1592432--1592536	52	2.0	51	94	5	185	44	17	24	13	1.84
1592526--1592767	19	13.7	19	77	17	272	14	22	17	45	1.84
1592532--1592767	53	4.5	53	96	1	431	13	22	17	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1592602--1592781	86	2.1	84	86	12	242	12	22	18	46	1.82
1592532--1592781	33	7.2	33	74	16	181	13	22	18	46	1.83
1593413--1593641	20	11.4	20	85	1	235	19	17	25	37	1.94
1593670--1593727	21	2.8	21	94	0	98	24	18	20	36	1.95
1596431--1596513	32	2.6	32	82	1	114	25	20	19	34	1.96
1601650--1601743	21	4.5	21	73	6	84	39	18	23	19	1.92
1601650--1601743	42	2.3	42	92	3	165	39	18	23	19	1.92
1601732--1601846	20	5.7	20	81	6	106	31	25	18	25	1.97
1601729--1601866	41	3.4	41	78	6	145	34	23	17	24	1.96
1602034--1602077	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
1602341--1602399	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
1603712--1603756	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
1604238--1604283	20	2.3	20	84	0	56	36	23	21	17	1.94
1604249--1604304	20	2.8	20	81	2	69	39	21	23	16	1.92
1604277--1604358	19	4.6	19	73	17	95	45	19	20	14	1.85
1606319--1606354	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
1606442--1606494	14	3.4	14	77	22	61	47	20	20	11	1.81
1606452--1606488	19	1.9	19	88	0	56	51	16	21	10	1.74
1606519--1606556	20	1.9	20	94	0	67	15	21	23	39	1.92
1607613--1607666	24	2.2	24	86	0	72	25	16	18	38	1.92
1610145--1610271	33	3.8	33	86	4	184	42	18	22	17	1.89
1610146--1610278	66	2.0	66	92	0	221	41	18	21	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1610271--1610360	33	2.7	33	92	0	144	12	22	21	44	1.85
1610300--1610360	19	3.5	19	72	21	69	11	22	21	44	1.84
1610286--1610342	14	3.7	14	72	20	51	7	24	22	45	1.77
1610466--1610502	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
1611859--1611918	21	2.9	20	73	7	57	21	18	36	23	1.95
1611897--1611976	42	1.9	42	84	0	106	22	17	38	21	1.93
1612196--1612382	91	2.0	90	90	6	295	47	18	12	21	1.81
1612549--1612679	63	2.1	63	95	0	235	24	36	16	22	1.94
1614132--1614210	19	4.1	19	85	3	104	48	16	21	13	1.81
1614132--1614210	39	2.1	39	85	2	106	48	16	21	13	1.81
1614805--1614857	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
1614866--1614919	20	2.7	20	94	0	90	27	18	22	31	1.97
1614806--1614922	61	1.9	61	83	0	153	24	17	23	33	1.97
1614801--1614940	61	2.3	61	79	6	151	24	18	23	33	1.97
1614990--1615030	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
1622683--1622720	18	2.1	18	85	14	51	34	0	0	65	0.93
1622683--1622720	10	4.1	9	86	13	51	34	0	0	65	0.93
1622726--1622774	25	2.0	25	84	15	66	28	6	2	63	1.30
1622808--1622832	12	2.1	12	100	0	50	24	8	0	68	1.16
1622841--1622873	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
1622904--1622992	29	2.9	32	79	14	89	30	2	3	64	1.22
1622978--1623053	21	3.6	22	77	12	61	30	3	0	65	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1623003--1623066	11	5.8	12	68	18	50	28	3	0	68	1.04
1622979--1623065	42	2.1	42	82	8	106	28	4	0	66	1.11
1623151--1623206	19	2.9	19	75	19	62	23	8	1	66	1.30
1624040--1624095	27	2.1	27	100	0	112	37	10	0	51	1.37
1624045--1624100	16	3.8	16	66	24	50	39	8	0	51	1.33
1624294--1624332	16	2.2	19	86	13	57	76	5	7	10	1.13
1624293--1624358	17	3.8	17	74	20	57	78	6	4	10	1.06
1628440--1628576	52	2.7	50	81	11	136	43	4	32	19	1.71
1628438--1628579	55	2.6	55	76	12	134	43	4	32	19	1.70
1628544--1628704	51	3.1	51	81	8	184	37	3	35	23	1.73
1628951--1629056	33	3.2	32	70	23	78	45	3	3	47	1.39
1628950--1629015	26	2.6	24	77	15	62	46	3	3	46	1.33
1628972--1629105	33	4.1	34	85	9	197	45	5	4	44	1.48
1629183--1629223	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
1629235--1629308	37	2.1	35	82	5	85	40	4	9	45	1.55
1629336--1629385	11	4.5	11	87	5	73	42	2	8	48	1.44
1629308--1629376	23	3.0	23	87	2	86	43	4	7	44	1.51
1629439--1629483	2	23.5	2	78	17	51	44	2	0	53	1.13
1629439--1629488	17	3.1	17	76	23	63	46	2	0	52	1.12
1629183--1629755	265	2.2	267	96	1	1082	45	5	5	44	1.48
1629500--1629573	37	2.1	35	82	5	85	40	4	9	45	1.55
1629609--1629763	2	77.0	2	68	20	74	46	5	3	45	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1629601--1629650	11	4.5	11	87	5	73	42	2	8	48	1.44
1629579--1629641	23	2.8	23	87	2	83	42	3	7	46	1.49
1629575--1629691	54	2.1	56	76	6	123	47	5	5	41	1.50
1633716--1633800	18	4.6	18	66	16	57	44	0	2	52	1.13
1635174--1635264	28	3.1	27	69	20	67	31	4	2	61	1.28
1640069--1640101	14	2.4	14	95	5	59	66	0	0	33	0.92
1649560--1649675	60	1.9	61	92	1	198	42	17	12	27	1.86
1651556--1651609	20	2.7	20	100	0	108	55	18	5	20	1.62
1655990--1656088	29	3.3	29	70	18	78	39	5	26	29	1.77
1655989--1656156	60	2.8	60	85	3	205	38	5	23	32	1.78
1658853--1658891	18	2.2	18	86	13	55	48	10	12	28	1.74
1664730--1664842	38	3.0	39	88	5	169	41	16	16	24	1.89
1668594--1668652	29	2.0	29	93	0	100	23	16	11	47	1.80
1673251--1673309	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
1673710--1673769	29	2.1	29	96	0	111	51	13	11	23	1.73
1680470--1680507	20	1.9	20	94	0	67	21	23	23	31	1.98
1684619--1684676	20	2.7	20	81	10	62	24	20	24	31	1.98
1687618--1688075	195	2.4	194	81	9	524	31	16	12	38	1.87
1693069--1693121	15	3.5	15	84	0	70	33	3	43	18	1.68
1693598--1694202	198	3.1	196	90	4	918	30	15	18	35	1.91
1694474--1694521	19	2.6	19	90	6	73	58	10	2	29	1.43
1695970--1696007	18	2.2	17	95	4	67	5	39	0	55	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1696359--1696388	15	2.0	15	93	0	51	16	50	13	20	1.78
1696434--1696469	16	2.2	17	95	5	65	5	38	0	55	1.23
1695961--1696870	457	2.0	459	91	6	1479	22	33	5	39	1.77
1697100--1697157	24	2.5	24	78	13	68	51	8	0	39	1.33
1698939--1699580	182	3.6	181	86	3	816	27	16	12	43	1.84
1700004--1700028	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
1706361--1706458	34	2.9	34	92	0	160	55	4	5	35	1.41
1709203--1709268	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
1709301--1709365	21	3.1	21	79	0	76	16	30	13	38	1.88
1711595--1711637	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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