genome.fa.s186.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000186.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000329_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3152351

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781758--781811	19	2.8	19	85	2	72	51	3	16	27	1.61
781759--781799	12	3.3	12	90	6	64	53	4	14	26	1.61
784750--784781	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
785822--786108	107	2.7	107	85	2	362	35	14	11	38	1.82
803650--803703	24	2.3	24	80	3	65	20	25	7	46	1.77
812767--812800	15	2.3	15	94	0	59	55	0	38	5	1.24
812776--812850	18	4.2	17	75	10	60	54	0	44	1	1.08
812794--812840	15	3.1	15	93	0	76	51	0	48	0	1.00
812805--812850	21	2.2	20	88	7	74	54	0	45	0	0.99
812794--812864	15	4.5	15	80	15	63	52	0	45	2	1.15
812776--812864	21	4.4	20	74	14	60	53	0	42	3	1.17
821436--821487	20	2.6	20	87	0	77	32	30	9	26	1.89
823333--823358	5	5.2	5	100	0	52	76	0	0	23	0.78
825273--825312	21	2.0	20	85	14	55	47	0	2	50	1.14
825429--825486	15	3.3	18	71	26	52	56	0	1	41	1.09
825462--825537	23	3.2	23	83	7	91	59	1	1	38	1.14
827922--828027	35	3.1	35	91	4	164	21	32	15	31	1.94
828308--828349	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
828491--828532	19	2.3	19	87	4	68	42	11	7	38	1.69
828597--828687	32	2.9	32	95	4	161	42	17	5	34	1.72
833038--833086	2	25.5	2	91	8	84	51	0	0	48	1.00
834866--834915	13	3.9	14	80	12	54	70	2	0	28	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835238--835798	113	5.0	113	91	0	847	27	19	15	37	1.91
839583--839627	23	2.0	23	81	0	54	26	24	26	22	2.00
841409--841451	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
844867--844935	25	2.8	25	93	0	120	30	26	26	17	1.97
845130--845272	70	2.0	70	100	0	286	41	20	6	30	1.78
846635--846676	20	2.1	20	86	0	57	16	21	28	33	1.95
849380--849443	15	4.2	15	78	9	67	3	15	1	79	0.93
849380--849436	15	3.6	16	83	4	71	3	15	1	78	0.96
849360--849454	7	13.3	7	76	16	70	2	20	1	76	0.94
854189--854246	28	2.2	26	84	6	71	60	1	5	32	1.29
854739--854776	2	20.0	2	89	10	62	50	0	0	50	1.00
854786--854989	112	1.8	113	86	1	302	43	7	9	39	1.67
855224--855276	13	3.8	13	74	13	52	60	3	0	35	1.15
856469--856513	16	2.8	16	79	0	54	66	2	0	31	1.04
857071--857332	95	2.7	95	87	5	359	32	17	18	32	1.94
857672--857731	25	2.4	25	97	0	111	41	13	20	25	1.88
858055--858218	64	2.6	64	88	1	222	35	18	12	32	1.89
858247--858514	122	2.2	121	85	0	356	32	25	18	23	1.97
858288--858721	207	2.1	209	86	0	602	32	27	17	23	1.97
858497--859397	120	7.5	120	84	2	1115	32	26	17	23	1.97
858700--859033	66	5.4	64	64	18	188	31	26	19	22	1.98
858497--859412	241	3.8	241	92	0	1418	32	26	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860672--860723	23	2.2	23	86	13	70	38	5	25	30	1.79
867533--867568	12	3.0	12	91	0	63	33	5	25	36	1.79
867533--867601	24	2.8	26	83	12	85	37	5	24	31	1.79
868435--868515	32	2.5	32	87	0	108	35	27	16	20	1.94
868686--868727	3	14.3	3	80	14	52	33	0	0	66	0.92
870008--870037	13	2.3	13	94	0	51	30	0	0	70	0.88
874792--874850	31	1.9	31	89	0	91	42	5	10	42	1.60
874875--874917	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
874877--874925	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
874865--875262	54	7.4	54	74	15	340	52	11	0	35	1.40
874977--875262	32	9.4	31	64	26	114	52	11	0	36	1.37
874977--875024	14	3.1	15	72	21	53	54	6	0	39	1.26
874865--875217	134	2.6	134	95	0	634	52	12	0	35	1.41
875009--875051	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
875011--875059	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
875014--875163	80	1.9	80	97	0	282	52	14	0	33	1.41
875065--875139	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
875143--875185	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
875145--875193	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
875188--875234	22	2.1	22	88	7	69	57	6	0	36	1.24
875242--875276	15	2.4	15	95	4	63	60	0	0	40	0.97
875744--875802	31	1.9	31	92	0	100	40	6	10	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
875829--875877	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
875817--876067	54	4.6	54	77	9	292	52	13	0	33	1.40
875832--876294	80	5.8	80	82	12	574	52	13	0	33	1.43
875885--875958	22	3.2	22	70	16	60	55	17	0	27	1.42
875929--876202	32	9.7	32	73	25	262	52	13	0	33	1.40
875817--876294	166	2.9	167	89	6	666	52	13	0	33	1.42
875993--876035	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
875961--876249	134	2.2	131	98	0	479	52	14	0	33	1.45
875995--876043	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
876051--876124	22	3.2	22	74	16	69	55	16	0	28	1.41
875881--876294	54	7.8	53	73	16	337	52	14	0	33	1.43
876129--876177	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
876212--876331	22	5.3	22	77	5	123	51	10	0	38	1.35
876248--876361	52	2.3	49	88	7	160	50	5	0	43	1.24
876274--876391	15	7.5	15	81	13	139	51	1	0	46	1.11
880461--880489	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
892364--892490	60	2.1	60	80	2	148	40	4	20	34	1.73
893282--893311	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
894936--894967	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
898774--898811	20	1.9	20	100	0	76	36	10	21	31	1.87
905289--905339	25	2.0	25	100	0	102	29	11	11	47	1.76
905389--905430	22	1.9	22	85	0	57	35	0	2	61	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
906393--906418	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
906721--906782	18	3.4	18	77	16	74	37	6	37	19	1.78
906721--906798	36	2.2	36	95	0	138	34	6	37	21	1.79
906735--906798	18	3.6	18	80	16	87	32	4	37	25	1.77
907067--907108	18	2.3	18	100	0	84	57	9	9	23	1.60
907098--907141	21	2.0	22	95	4	81	52	9	9	29	1.64
907103--908066	200	4.8	200	89	2	1414	33	14	12	40	1.83
907103--908068	403	2.4	398	89	1	1439	33	14	12	39	1.83
912251--912293	18	2.4	18	100	0	86	20	13	4	60	1.51
922871--922899	14	2.1	14	100	0	58	41	6	6	44	1.58
922860--922956	36	2.6	38	78	20	116	43	4	9	43	1.55
924412--924450	19	2.1	19	100	0	78	38	10	5	46	1.60
925616--925749	3	44.7	3	82	8	103	8	30	0	60	1.27
926404--926476	2	40.0	2	75	17	61	43	0	1	54	1.08
927391--927476	31	2.8	31	81	0	100	50	6	13	29	1.68
927640--927718	31	2.5	31	85	4	95	34	21	12	31	1.91
928470--928548	31	2.5	31	89	0	122	34	13	12	39	1.83
935187--935555	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
936229--936275	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
936450--936474	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
938775--939081	19	17.4	19	78	17	342	46	18	20	14	1.83
938828--938905	14	4.8	15	71	22	52	43	19	24	12	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
938775--939103	33	9.5	34	78	16	267	46	18	20	14	1.84
938803--939081	103	2.6	108	84	10	339	46	17	21	14	1.83
938775--939113	143	2.4	141	88	7	489	46	18	20	14	1.84
939110--939210	19	5.6	19	84	13	142	14	23	17	43	1.87
939317--939353	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
939348--939420	12	6.0	12	67	20	53	57	16	1	24	1.47
939334--939406	38	1.9	38	97	0	137	53	16	1	28	1.51
941279--941335	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
941260--941352	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
941223--941357	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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