genome.fa.s186.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000186.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000329_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3152351

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1449195--1449375	60	3.0	59	81	11	224	49	0	8	41	1.37
1451361--1451485	34	3.8	34	73	19	129	42	10	16	31	1.81
1451854--1451991	37	3.8	35	72	13	109	18	5	0	75	1.04
1451871--1451956	32	2.8	31	75	17	90	16	4	1	77	0.99
1451854--1451930	33	2.4	32	80	10	86	23	2	0	74	0.95
1451890--1451939	21	2.4	21	83	9	66	20	2	2	76	0.99
1452073--1452100	14	2.0	14	100	0	56	21	21	0	57	1.41
1454022--1454061	18	2.2	18	95	0	71	20	30	12	37	1.89
1454582--1454620	8	5.0	8	84	6	53	10	17	12	58	1.61
1455745--1455808	23	2.9	21	75	15	58	75	9	15	0	1.05
1455747--1455800	24	2.2	24	81	12	58	75	7	16	0	1.01
1455756--1455805	21	2.4	22	80	9	61	74	10	16	0	1.08
1455747--1455816	20	3.3	20	76	9	59	77	7	14	1	1.05
1457312--1457416	36	2.9	36	88	2	156	24	23	12	39	1.89
1457312--1457421	37	3.0	37	87	2	159	26	23	11	38	1.89
1457330--1457787	102	4.5	102	93	0	772	29	20	12	37	1.89
1457448--1457518	37	1.9	37	85	5	99	25	21	14	39	1.90
1457534--1457620	37	2.4	37	88	1	122	25	19	12	42	1.86
1457650--1457722	37	2.0	37	88	0	110	26	21	13	38	1.91
1457687--1457852	65	2.6	65	95	0	296	30	19	12	37	1.89
1458419--1459077	105	6.3	105	85	4	832	33	26	19	20	1.97
1459629--1459750	34	3.7	34	73	12	128	42	10	14	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1459920--1459958	14	2.7	15	88	4	53	28	0	0	71	0.86
1460017--1460086	23	2.9	24	76	20	67	20	5	4	70	1.26
1460007--1460079	22	3.2	24	73	23	68	17	6	4	71	1.25
1460012--1460086	24	3.4	22	79	15	68	18	5	4	72	1.20
1460157--1460268	9	11.8	9	71	16	66	16	5	0	77	0.99
1460144--1460205	31	1.9	33	87	12	94	22	3	0	74	0.96
1460162--1460215	22	2.5	21	82	8	63	20	1	1	75	0.98
1460160--1460262	44	2.3	43	81	14	113	15	5	0	77	1.00
1460136--1460216	38	2.1	39	84	8	105	23	2	1	72	1.03
1460150--1460245	21	4.6	20	76	21	65	15	6	1	77	1.03
1460241--1460301	23	2.6	23	72	12	61	14	9	1	73	1.16
1460188--1460323	53	2.5	53	78	13	125	16	8	1	73	1.14
1463074--1463118	20	2.2	21	80	11	58	44	2	2	51	1.26
1475707--1475839	65	2.0	65	92	0	221	33	15	24	27	1.95
1475838--1475880	20	2.2	20	91	0	68	46	9	32	11	1.72
1476742--1478185	2	720.0	2	67	19	560	45	5	3	46	1.41
1476736--1476792	31	1.9	30	82	10	73	50	7	3	38	1.46
1476796--1476891	13	7.5	13	71	19	60	46	5	2	45	1.37
1476835--1477063	127	1.8	125	85	5	325	44	4	3	47	1.40
1477141--1477200	21	2.9	20	80	12	68	46	6	0	46	1.29
1478340--1478437	32	3.2	32	72	17	91	43	15	17	23	1.87
1478389--1478443	16	3.4	16	74	0	56	40	14	23	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1479680--1479711	16	2.0	16	93	0	55	46	25	15	12	1.81
1481161--1481254	21	4.5	21	74	2	73	22	3	29	44	1.68
1481326--1481368	7	6.3	7	78	5	52	18	0	37	44	1.50
1481334--1481368	13	2.6	14	90	4	54	20	0	34	45	1.51
1481476--1481512	19	1.9	19	88	0	56	32	27	16	24	1.96
1481557--1481604	21	2.3	20	79	10	51	29	18	16	35	1.93
1481619--1481766	20	7.3	20	75	11	131	29	22	21	26	1.99
1481619--1481766	61	2.4	61	92	2	235	29	22	21	26	1.99
1482577--1482622	24	1.9	24	95	0	83	23	21	21	32	1.98
1482576--1482629	24	2.2	24	86	0	81	22	18	20	38	1.93
1482819--1482855	14	2.6	14	91	4	56	51	21	21	5	1.68
1484891--1484925	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
1485103--1485396	20	15.7	20	75	13	232	35	22	19	22	1.96
1485128--1485267	53	2.6	54	85	4	176	37	20	19	22	1.94
1485108--1485435	73	4.5	74	82	6	371	36	21	19	21	1.95
1485295--1485430	34	3.9	34	77	12	139	35	22	21	21	1.96
1485275--1485376	53	1.9	54	91	2	170	34	24	19	21	1.96
1485111--1485379	147	1.8	147	90	0	430	36	21	20	21	1.95
1485108--1485439	147	2.3	147	83	4	393	37	21	19	21	1.95
1485477--1485556	30	2.4	34	78	20	105	55	15	2	27	1.53
1485492--1485557	30	2.2	30	97	0	123	54	13	1	30	1.48
1486940--1487033	21	4.5	21	73	5	82	26	18	36	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1486943--1487033	42	2.2	42	82	4	112	25	17	37	19	1.94
1487512--1487555	20	2.2	20	95	0	79	52	22	9	15	1.71
1487542--1487630	20	4.8	20	73	16	75	40	22	19	17	1.91
1487562--1487642	33	2.4	33	93	2	135	39	24	20	14	1.91
1487582--1487642	14	4.0	14	73	19	50	42	24	21	11	1.86
1487562--1487653	33	2.8	33	88	5	105	39	25	19	16	1.92
1487654--1487805	74	2.1	74	89	2	234	17	21	23	37	1.94
1487648--1487805	20	8.5	20	71	16	97	17	22	22	37	1.94
1489944--1490029	20	4.2	20	84	8	120	23	20	27	27	1.99
1489976--1490050	21	3.6	21	80	10	100	18	22	28	30	1.97
1489931--1490070	61	2.3	60	79	9	151	23	21	24	30	1.99
1489960--1490050	41	2.2	41	98	0	173	19	21	28	29	1.98
1490364--1490421	11	5.5	11	72	15	50	37	0	1	60	1.07
1495037--1495086	23	2.2	23	96	0	91	44	12	30	14	1.81
1495043--1495094	23	2.3	23	89	0	77	40	17	28	13	1.87
1495322--1495362	21	1.9	22	90	5	66	31	4	7	56	1.48
1495701--1495748	19	2.5	20	75	3	53	62	8	2	27	1.35
1507167--1507233	34	2.0	33	85	8	91	61	13	2	22	1.46
1507746--1507811	33	2.0	33	85	5	89	24	19	42	13	1.87
1509112--1509146	9	4.0	9	85	7	54	62	2	0	34	1.10
1509114--1509147	17	2.0	17	100	0	68	58	5	0	35	1.22
1509200--1509228	10	2.9	10	100	0	58	41	0	37	20	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1511236--1511283	25	1.9	25	86	0	69	68	0	6	25	1.12
1518003--1518040	18	2.1	18	90	0	58	21	21	34	23	1.97
1518006--1518055	24	2.1	24	88	0	73	22	22	30	26	1.99
1525570--1525645	38	2.0	38	84	0	98	42	2	14	40	1.59
1527349--1527417	19	3.7	19	78	3	79	56	14	13	15	1.67
1528758--1528798	18	2.3	18	95	0	73	31	24	26	17	1.97
1530120--1530157	17	2.2	18	85	4	51	60	10	15	13	1.59
1537588--1537624	17	2.3	16	90	9	58	18	0	27	54	1.44
1537621--1537662	14	2.9	15	82	13	52	16	2	26	54	1.54
1541978--1542030	3	17.7	3	96	0	97	33	1	0	64	1.05
1544144--1544194	24	2.1	24	85	0	66	35	1	0	62	1.06
1554785--1554828	1	44.0	1	81	0	52	90	0	9	0	0.44
1554785--1554828	8	5.4	8	89	5	61	90	0	9	0	0.44
1555974--1556553	83	7.0	83	96	1	1022	28	14	21	35	1.93
1557350--1557790	112	3.9	112	90	3	683	38	14	19	27	1.90
1558107--1558168	3	20.7	3	93	0	106	33	3	0	62	1.11
1558719--1558756	15	2.5	16	83	12	53	78	5	15	0	0.91
1558719--1558751	11	3.1	11	91	4	50	81	3	15	0	0.80
1564444--1564613	86	2.0	86	97	0	322	25	25	14	34	1.94
1573510--1573549	19	2.2	19	91	8	66	65	0	25	10	1.24
1574263--1574751	220	2.2	218	82	9	618	40	12	14	31	1.84
1574749--1575057	129	2.4	128	82	6	355	33	11	12	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1574936--1575863	198	4.7	197	80	7	955	33	12	13	40	1.82
1574935--1575863	399	2.4	392	83	5	1103	33	12	13	40	1.82
1576959--1577058	20	5.1	20	84	4	132	16	27	36	21	1.94
1581588--1581662	21	3.6	21	92	0	123	29	25	22	22	1.99
1581671--1581745	21	3.6	21	92	0	123	22	21	28	28	1.99
1581671--1581757	42	2.1	42	88	0	129	22	21	25	29	1.99
1582661--1582732	21	3.6	21	87	5	96	29	27	20	22	1.99
1582741--1582794	21	2.6	21	90	0	81	22	22	25	29	1.99
1583362--1583698	187	1.8	182	84	6	464	32	14	14	39	1.86
1585865--1585903	20	2.0	20	100	0	78	35	5	12	46	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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