genome.fa.s186.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000186.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000329_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3152351

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2201738--2201774	17	2.1	18	90	5	58	56	0	5	37	1.22
2207481--2207547	19	3.5	19	89	0	89	41	8	14	34	1.78
2207621--2207667	22	2.1	23	88	7	71	29	29	14	25	1.95
2208411--2208518	31	3.5	31	78	6	128	34	18	17	29	1.94
2211988--2212111	64	1.9	64	86	3	178	29	17	22	30	1.97
2212498--2212537	19	2.0	20	85	9	55	25	37	0	37	1.56
2220666--2220788	64	1.9	63	85	4	167	30	17	20	31	1.96
2226252--2226286	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
2226288--2226312	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
2233538--2233562	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
2235458--2235513	21	2.7	21	100	0	112	32	16	8	42	1.79
2241847--2241900	26	2.1	26	96	0	99	31	7	9	51	1.61
2247691--2247730	21	1.9	21	84	0	53	47	17	5	30	1.69
2249127--2249159	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2260174--2260210	19	1.9	19	88	0	56	13	27	35	24	1.93
2260174--2260240	23	3.2	21	82	12	75	17	23	35	22	1.95
2264063--2264102	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2287474--2287498	11	2.3	11	100	0	50	72	8	12	8	1.29
2289469--2289634	83	2.0	83	98	0	323	36	7	12	43	1.70
2292061--2292106	20	2.2	20	84	11	56	47	0	4	47	1.21
2293820--2293909	3	30.0	3	95	0	162	64	0	0	35	0.94
2294093--2294488	46	8.6	46	90	1	609	32	18	22	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2295138--2295191	22	2.5	22	96	0	99	37	12	16	33	1.87
2295996--2296033	18	2.1	18	100	0	76	63	5	10	21	1.46
2304356--2304400	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
2304379--2304682	149	2.0	149	98	0	590	35	19	16	27	1.94
2304851--2304922	29	2.5	29	95	0	126	38	11	9	40	1.74
2305190--2305225	17	2.2	16	90	5	54	0	22	2	75	0.94
2305244--2305380	67	2.1	67	91	1	222	17	27	25	29	1.97
2311436--2311480	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
2311461--2311762	149	2.0	149	98	0	586	36	19	16	27	1.93
2311850--2311910	30	2.3	26	77	22	72	32	21	6	39	1.79
2311931--2312002	29	2.5	29	95	0	126	38	11	9	40	1.74
2312270--2312305	17	2.2	16	90	5	54	0	22	2	75	0.94
2312308--2312345	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
2312309--2312459	68	2.2	68	91	2	243	16	26	28	28	1.97
2313586--2313623	19	2.0	19	85	10	51	63	0	5	31	1.17
2314773--2314801	10	2.9	10	100	0	58	62	0	0	37	0.96
2315880--2315915	3	12.0	3	87	0	54	61	0	0	38	0.96
2316970--2317009	20	2.0	21	95	5	73	50	22	15	12	1.77
2317079--2317788	182	3.9	183	89	0	1030	45	12	14	27	1.81
2317629--2318278	182	3.8	164	85	5	606	44	12	14	27	1.82
2317261--2318278	529	1.9	526	89	1	1565	44	12	14	27	1.82
2317790--2318278	182	2.7	182	90	2	761	43	12	15	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2318748--2319452	198	3.5	196	80	9	693	40	14	14	30	1.86
2319461--2319521	23	2.7	23	92	0	95	32	13	8	45	1.72
2319899--2319937	20	2.0	20	85	5	53	33	0	0	66	0.92
2319916--2319969	24	2.2	24	90	0	81	37	0	1	61	1.07
2320224--2320273	14	3.6	14	78	7	50	48	4	0	48	1.20
2320272--2320338	28	2.4	28	78	9	75	56	0	0	43	0.99
2320300--2320366	20	3.5	20	74	17	70	55	0	0	44	0.99
2320277--2320383	36	3.0	35	74	18	96	57	0	0	42	1.05
2323131--2323180	21	2.4	21	96	0	91	12	24	40	24	1.88
2323969--2324008	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2324166--2324254	29	3.1	29	96	0	169	13	30	37	19	1.90
2324294--2324407	33	3.5	33	83	10	153	21	8	52	17	1.71
2324302--2324380	15	5.1	15	86	7	113	20	7	54	17	1.67
2324958--2325001	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
2324978--2325040	28	2.2	30	91	5	103	31	0	11	57	1.34
2325543--2325587	21	2.2	21	84	4	56	35	0	8	55	1.31
2325847--2325905	26	2.3	25	75	18	66	47	8	3	40	1.51
2328147--2328197	26	2.0	26	100	0	102	19	21	39	19	1.93
2328184--2328271	35	2.5	35	100	0	176	18	20	34	27	1.96
2328266--2328307	12	3.5	12	93	0	75	19	35	19	26	1.95
2328316--2328381	35	2.0	32	86	13	91	19	19	36	24	1.95
2328376--2328407	12	2.7	12	95	0	55	18	34	18	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2330684--2330719	14	2.6	14	90	0	54	41	11	33	13	1.80
2330934--2330986	21	2.5	21	90	0	79	16	9	32	41	1.81
2331697--2331734	19	2.0	19	90	10	60	13	5	2	78	1.02
2346670--2346705	15	2.4	15	90	0	54	75	5	8	11	1.19
2346679--2346707	15	1.9	15	100	0	58	75	3	6	13	1.13
2347284--2347324	20	2.0	20	100	0	82	29	24	4	41	1.75
2348763--2348843	38	2.1	38	97	0	153	43	22	14	19	1.88
2363309--2363518	65	3.3	63	80	9	217	32	23	18	25	1.97
2367002--2367044	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
2367823--2367922	33	3.1	32	68	11	87	31	19	5	45	1.71
2368583--2368630	18	2.5	20	80	16	64	54	4	22	18	1.61
2368588--2368630	18	2.4	18	96	0	77	53	4	25	16	1.62
2368812--2368907	37	2.6	36	80	4	113	22	11	12	53	1.71
2375511--2375577	32	2.1	32	100	0	134	37	4	25	32	1.76
2382055--2382090	16	2.3	15	86	9	54	19	0	16	63	1.30
2395758--2395787	15	2.0	15	93	0	51	6	43	0	50	1.28
2398792--2398829	7	5.4	7	93	0	58	50	0	50	0	1.00
2399221--2399255	3	11.3	3	93	6	61	0	31	2	65	1.07
2407235--2407280	20	2.3	19	85	14	58	26	15	8	50	1.73
2417567--2417612	20	2.3	19	85	14	58	26	15	8	50	1.73
2420025--2420145	32	3.9	31	86	6	156	26	18	22	33	1.97
2420689--2420743	21	2.6	21	100	0	110	23	18	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2420772--2420813	21	2.0	21	95	0	75	26	23	23	26	2.00
2425055--2425084	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2425314--2425390	23	3.4	23	87	1	102	31	16	19	32	1.94
2427254--2427284	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
2427788--2427816	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2430267--2430426	7	23.6	7	85	9	192	77	0	22	0	0.77
2433245--2433412	64	2.6	64	95	0	293	37	21	12	28	1.90
2433583--2434413	261	3.2	260	89	1	1225	33	23	17	25	1.96
2433980--2434471	124	3.9	123	72	13	429	33	23	17	26	1.96
2434600--2434735	40	3.3	40	73	6	155	34	30	14	19	1.92
2434640--2434781	43	3.4	43	73	5	155	34	28	15	21	1.94
2434587--2434782	83	2.4	83	94	0	338	34	29	16	19	1.94
2434520--2434920	220	1.8	220	91	1	660	34	26	15	23	1.94
2434670--2435392	137	5.3	137	89	1	1092	34	25	15	24	1.95
2435558--2435589	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
2436503--2436542	2	21.0	2	90	10	66	50	0	0	50	1.00
2436730--2436796	16	3.9	15	72	24	53	62	2	2	31	1.25
2436733--2436774	19	2.2	19	87	8	59	66	2	2	28	1.16
2438648--2438700	19	2.7	19	88	2	79	28	26	16	28	1.97
2438648--2438759	20	5.6	19	75	11	82	33	24	17	25	1.97
2438702--2438759	21	2.8	21	84	7	66	37	22	17	22	1.93
2438752--2438841	40	2.2	42	84	4	112	26	22	11	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2438752--2438962	20	10.4	20	70	9	99	30	20	10	38	1.86
2439101--2439138	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
2439883--2439936	24	2.2	24	90	0	81	20	20	20	38	1.93
2440804--2440842	19	2.1	19	100	0	78	20	5	33	41	1.74
2442542--2442712	20	8.9	20	77	7	156	45	19	11	22	1.83
2442540--2442712	40	4.5	40	76	11	180	45	20	11	23	1.83
2442728--2442847	20	6.3	20	69	11	81	24	11	21	42	1.86
2445077--2445172	21	4.6	21	76	5	86	29	11	38	20	1.88
2445505--2445674	21	8.1	21	79	5	173	34	35	11	18	1.87
2445812--2445981	42	4.0	41	85	3	214	28	12	32	25	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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