genome.fa.s186.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000186.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000329_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3152351

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2053979--2054031	20	2.7	20	88	5	72	13	18	22	45	1.84
2053977--2054094	21	5.8	19	70	14	58	21	18	21	38	1.93
2055571--2055603	17	1.9	17	93	0	57	24	30	18	27	1.98
2056201--2056367	29	5.8	28	78	7	156	23	20	16	40	1.91
2056231--2056395	57	2.9	57	76	9	165	23	20	16	39	1.92
2056201--2056405	86	2.4	87	80	4	227	21	20	17	40	1.91
2058122--2058176	23	2.4	23	93	0	92	29	9	29	32	1.88
2060298--2060354	29	1.9	30	85	3	80	19	17	15	47	1.83
2061309--2061431	30	4.0	32	69	14	96	34	18	17	29	1.94
2063232--2063287	29	1.9	29	85	0	76	19	17	14	48	1.81
2065099--2065346	30	8.2	30	94	0	397	34	23	18	23	1.96
2065835--2065866	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
2069395--2069609	30	7.2	30	95	0	385	33	23	18	24	1.97
2069395--2069641	90	2.7	90	91	2	356	34	23	18	23	1.97
2072927--2072971	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2073649--2073801	31	5.0	31	95	3	265	19	19	22	37	1.94
2081025--2081054	6	5.0	6	100	0	60	66	16	16	0	1.25
2082214--2082242	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
2084963--2085139	43	4.0	44	76	8	173	32	18	20	28	1.97
2086767--2091790	718	7.0	718	98	0	9757	39	17	13	29	1.88
2095876--2095915	21	1.9	21	84	0	53	35	32	17	15	1.91
2095944--2095988	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2096586--2096617	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2097556--2097620	23	2.8	23	92	0	103	21	26	24	27	1.99
2103152--2103255	34	3.2	33	70	20	94	57	16	4	21	1.57
2103152--2103268	62	1.9	62	92	0	198	57	16	5	20	1.60
2104371--2104617	83	3.0	83	83	3	282	31	18	18	30	1.95
2104456--2104593	40	3.4	40	69	9	107	34	21	16	27	1.95
2104478--2104638	41	3.9	41	73	8	146	31	20	18	30	1.96
2106042--2106079	13	2.9	13	84	11	51	39	0	10	50	1.37
2106192--2106257	33	2.0	33	100	0	132	21	21	9	48	1.77
2106999--2107063	23	2.8	22	79	11	67	26	4	0	69	1.08
2107031--2107070	14	2.7	14	84	7	53	32	2	0	65	1.06
2107217--2107254	18	2.1	18	85	9	51	18	5	0	76	0.97
2107235--2107259	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
2107360--2107404	18	2.6	17	83	13	56	15	13	0	71	1.15
2107358--2107404	17	2.7	17	81	12	60	14	12	0	72	1.13
2107448--2107492	19	2.4	18	85	7	54	20	2	2	75	1.01
2107476--2107542	26	2.6	26	80	17	86	16	4	4	74	1.14
2110607--2110636	10	2.9	10	95	5	51	80	3	16	0	0.85
2110609--2110659	26	2.0	26	84	7	68	78	5	15	0	0.93
2110620--2110659	13	3.1	14	86	13	59	80	5	15	0	0.88
2110614--2110659	12	3.8	12	78	15	51	78	4	17	0	0.91
2110731--2110868	69	2.0	69	92	2	233	37	23	14	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2111990--2112051	26	2.4	26	97	0	115	35	19	14	30	1.92
2112193--2112264	37	1.9	37	91	0	117	26	19	13	40	1.89
2112280--2112364	37	2.3	36	85	2	116	24	18	14	42	1.88
2112199--2112569	102	3.6	102	86	3	455	29	18	13	38	1.89
2112382--2112607	36	6.4	36	78	11	236	26	19	13	39	1.89
2112402--2112661	138	1.9	138	91	3	425	26	19	13	40	1.88
2112199--2112569	203	1.8	204	83	5	491	29	18	13	38	1.89
2112556--2112720	65	2.5	67	86	6	212	30	20	9	39	1.84
2113463--2113661	110	1.8	110	84	2	274	37	22	17	23	1.94
2113463--2113712	110	2.3	110	80	6	271	35	22	17	24	1.95
2115148--2115200	19	2.9	19	83	5	65	33	3	0	62	1.13
2115321--2115362	17	2.4	18	84	11	52	16	4	0	78	0.91
2115475--2115508	18	1.9	17	88	5	50	14	11	0	73	1.10
2115462--2115508	17	2.7	17	78	12	51	17	10	0	72	1.12
2117309--2117359	26	2.0	26	84	3	68	33	9	13	43	1.77
2117511--2117576	30	2.2	30	86	5	89	13	30	22	33	1.93
2120102--2120145	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
2120672--2120704	13	2.5	13	95	0	57	9	15	0	75	1.03
2121295--2121354	20	3.2	20	70	18	56	25	5	1	68	1.19
2121827--2121870	23	1.9	23	90	0	70	52	6	15	25	1.68
2122252--2122313	23	2.7	23	87	0	97	27	25	25	20	1.99
2122398--2122436	20	2.0	20	84	0	51	35	17	20	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2127363--2127416	23	2.3	23	87	0	81	31	24	25	18	1.97
2129352--2129400	22	2.2	23	85	10	66	46	28	4	20	1.68
2136431--2136469	17	2.3	17	86	0	51	25	5	2	66	1.25
2136542--2136670	65	2.0	65	89	0	195	37	20	7	34	1.81
2140417--2140466	22	2.2	23	82	10	59	48	6	14	32	1.67
2140427--2140470	23	2.0	22	90	4	70	47	4	11	36	1.60
2140560--2140633	39	2.0	39	86	7	109	40	5	5	48	1.49
2142529--2142558	14	2.1	15	93	6	53	76	6	6	10	1.15
2144019--2144069	26	2.0	25	81	11	59	56	17	7	17	1.63
2147657--2147694	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
2150319--2150406	23	3.9	22	70	15	72	26	23	23	26	2.00
2150323--2150419	44	2.2	44	83	10	119	26	22	23	26	2.00
2154295--2154510	117	1.8	117	81	5	267	27	15	9	47	1.77
2155808--2155915	57	1.9	57	85	9	150	29	16	19	34	1.94
2155961--2155998	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
2157266--2157303	20	1.9	20	100	0	76	31	21	23	23	1.98
2158559--2158654	20	5.0	20	73	10	101	23	23	28	23	2.00
2158560--2158652	18	4.9	18	77	7	96	22	23	29	24	1.99
2158560--2158654	38	2.5	38	85	0	145	24	23	28	24	2.00
2160224--2160258	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2171871--2172118	55	4.5	54	82	6	291	25	26	22	25	2.00
2171874--2172118	27	8.8	27	67	18	121	24	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2171874--2172085	113	1.9	114	91	1	354	25	25	23	25	2.00
2176623--2176679	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
2180173--2180204	16	2.0	16	100	0	64	56	25	12	6	1.59
2180270--2180324	16	3.4	16	92	0	92	58	21	10	9	1.60
2181829--2181890	24	2.6	24	86	0	88	53	22	11	12	1.71
2182408--2182465	29	2.0	29	83	6	73	17	34	25	22	1.96
2182508--2182535	14	2.0	14	100	0	56	21	42	28	7	1.79
2182543--2182623	33	2.5	33	87	0	117	28	27	34	9	1.89
2182630--2182743	29	3.9	29	94	0	192	21	29	34	14	1.93
2185857--2185912	26	2.2	25	77	20	62	46	0	7	46	1.30
2185861--2185945	30	3.0	27	86	6	91	45	0	4	49	1.23
2185875--2185998	30	4.0	29	78	16	115	45	0	4	50	1.20
2185941--2186043	22	4.5	22	72	7	98	38	0	9	51	1.35
2185896--2185998	15	6.5	15	80	15	118	44	0	2	52	1.16
2185978--2186129	32	5.4	32	69	28	146	36	0	11	51	1.37
2185978--2186531	54	10.4	54	79	14	525	35	0	12	51	1.42
2186055--2186097	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
2186205--2186311	32	3.7	32	76	23	144	35	0	12	52	1.39
2186077--2186445	80	4.3	82	71	21	267	34	0	14	50	1.45
2186161--2186359	102	1.9	99	84	13	262	35	0	13	51	1.42
2186338--2186499	32	5.7	32	71	26	166	35	0	12	51	1.45
2186055--2186462	134	3.1	133	85	11	533	34	0	13	50	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2186425--2186467	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2186479--2186521	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2186546--2186604	31	1.9	31	92	0	100	42	10	6	40	1.65
2191252--2191362	44	2.5	44	91	0	177	24	14	22	38	1.91
2193248--2193272	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
2194592--2195073	40	11.9	40	75	7	208	34	15	19	31	1.93
2194586--2195086	81	6.2	82	77	5	439	33	15	19	31	1.93
2194614--2195086	42	11.6	42	76	8	320	34	15	19	30	1.93
2194586--2194920	122	2.7	122	78	5	343	34	15	19	30	1.93
2196721--2196858	72	1.9	72	98	0	267	32	10	10	46	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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