genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000190.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000340_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14308945

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2207471--2207495	13	1.9	13	100	0	50	48	0	12	40	1.40
2209846--2209890	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
2209858--2210172	149	2.1	149	97	1	587	33	21	18	26	1.96
2210829--2210863	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
2211446--2211490	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2212134--2212178	23	2.0	23	86	0	63	24	24	26	24	2.00
2212146--2212460	149	2.1	149	97	1	596	33	21	18	26	1.97
2213119--2213153	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
2217023--2217067	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
2217035--2217349	149	2.1	149	98	1	605	33	21	18	26	1.97
2217999--2218033	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
2221914--2221958	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
2222750--2222784	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
2223367--2223411	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2229548--2229572	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2232480--2232506	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
2265752--2265789	16	2.2	18	86	9	53	39	7	21	31	1.82
2266027--2266104	38	2.1	38	92	2	131	38	37	11	12	1.80
2266055--2266449	186	2.2	182	88	5	591	35	26	12	24	1.92
2266789--2266813	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2268557--2268609	19	2.7	20	85	14	74	39	1	3	54	1.29
2273167--2273256	46	1.9	47	88	2	137	26	11	23	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2282877--2282963	20	4.6	19	77	18	85	80	0	14	4	0.87
2282877--2282968	18	5.1	18	75	11	80	80	0	14	5	0.88
2282877--2282968	36	2.5	36	82	12	98	80	0	14	5	0.88
2282823--2282971	65	2.3	65	77	14	153	75	0	16	7	1.05
2282875--2282968	12	7.5	13	70	11	54	79	0	14	5	0.89
2284276--2284788	51	10.0	51	97	0	918	29	14	26	28	1.95
2284290--2284847	51	10.7	55	95	1	273	29	15	26	28	1.96
2299741--2299874	3	44.7	3	87	0	133	1	23	34	41	1.64
2299741--2299874	21	6.4	21	89	0	169	1	23	34	41	1.64
2307783--2307823	20	2.2	17	87	12	55	48	4	0	46	1.23
2312763--2312816	2	27.0	2	88	0	81	55	0	0	44	0.99
2315482--2315507	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2316197--2316261	20	3.2	20	95	0	112	56	0	13	29	1.38
2319615--2319676	19	3.4	19	74	17	76	3	14	30	51	1.58
2319811--2319835	12	2.1	12	100	0	50	52	32	16	0	1.44
2324912--2324947	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
2324912--2324944	17	1.9	17	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2332688--2332720	16	2.1	16	88	5	50	30	9	0	60	1.27
2333649--2333712	31	2.1	31	87	0	92	54	10	4	29	1.55
2347264--2347412	73	2.0	75	93	2	257	43	17	16	22	1.88
2351397--2351430	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
2357777--2357819	20	2.1	21	87	8	63	18	13	0	67	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2357776--2357825	20	2.5	20	75	15	59	18	18	0	64	1.30
2361639--2361672	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
2367136--2367204	21	3.3	21	87	4	95	21	20	28	28	1.98
2367262--2367324	21	3.0	21	93	4	101	20	22	28	28	1.98
2367086--2367356	126	2.2	126	91	0	425	25	18	27	27	1.98
2367386--2367549	81	2.0	81	85	2	222	25	15	31	26	1.96
2367531--2367615	33	2.6	34	87	7	131	21	8	41	29	1.82
2367738--2367805	33	2.1	33	82	0	82	25	5	36	32	1.80
2367899--2368065	84	2.0	84	92	0	280	22	18	31	26	1.97
2367771--2368056	147	1.9	147	83	6	366	23	16	32	28	1.96
2368047--2368184	42	3.1	42	69	18	127	17	21	28	33	1.96
2368045--2368186	48	3.1	48	81	12	197	17	20	28	33	1.95
2371173--2371267	45	2.1	45	90	0	145	47	3	4	45	1.38
2373241--2373274	11	3.0	11	87	8	50	20	32	29	17	1.96
2373521--2373610	31	3.0	29	73	18	76	24	17	23	34	1.96
2386068--2386296	126	1.8	124	84	2	307	31	12	24	31	1.92
2388250--2388328	29	2.6	31	76	6	81	39	7	8	44	1.64
2394399--2394511	60	1.9	60	81	3	138	39	6	23	30	1.79
2394812--2394889	38	2.1	37	88	7	113	55	12	8	23	1.65
2395211--2395236	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2397230--2397453	112	2.0	112	97	0	421	37	18	13	29	1.89
2410529--2410572	23	1.9	23	90	0	70	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2412251--2412295	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2413919--2413990	29	2.5	29	93	0	117	38	9	12	38	1.76
2414006--2414060	28	1.9	28	88	3	83	34	7	25	32	1.83
2414277--2414318	22	1.9	22	100	0	84	16	28	28	26	1.97
2414279--2414326	22	2.2	22	92	0	78	18	25	27	29	1.98
2420110--2420155	22	2.1	22	87	0	65	34	15	6	43	1.72
2420136--2420210	25	3.0	25	75	11	89	38	10	13	37	1.79
2420225--2420284	30	2.0	31	90	3	95	36	6	23	33	1.81
2420495--2420560	22	3.0	22	95	4	125	19	27	25	27	1.99
2431847--2431871	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2433288--2433329	20	2.1	20	95	0	75	35	16	21	26	1.94
2433374--2433995	208	3.1	195	90	5	933	23	18	24	33	1.96
2433581--2434001	105	4.0	105	93	1	711	23	18	24	33	1.97
2445697--2445735	2	19.5	2	94	0	69	51	2	0	46	1.14
2450567--2450704	60	2.3	61	87	5	185	40	21	23	15	1.90
2450587--2450705	60	2.0	60	93	0	202	38	21	23	16	1.93
2450591--2450718	40	3.2	40	88	4	179	38	22	22	16	1.93
2450529--2450705	20	8.9	20	78	11	166	41	19	22	16	1.90
2450591--2450718	20	6.4	20	81	7	118	38	22	22	16	1.93
2451310--2451358	6	8.2	6	100	0	98	0	16	48	34	1.46
2454069--2454237	20	8.4	20	74	3	79	39	21	17	21	1.93
2454149--2454300	40	3.8	40	89	0	232	38	23	17	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2454069--2454303	101	2.3	101	80	7	237	38	22	17	20	1.93
2454140--2454302	20	8.1	20	78	4	166	36	23	18	20	1.95
2454841--2454933	33	2.8	33	88	1	123	46	24	17	11	1.81
2454938--2455039	33	3.1	33	91	0	159	11	21	20	46	1.83
2454938--2455026	19	5.2	18	66	25	59	12	20	20	47	1.82
2454944--2455059	33	3.5	33	85	1	106	12	24	20	42	1.87
2454938--2455088	66	2.2	69	81	8	164	13	23	19	44	1.85
2456777--2457156	94	4.1	94	94	1	629	21	12	18	47	1.82
2457244--2457289	14	2.9	17	71	18	53	43	21	23	10	1.84
2457259--2457286	14	2.0	14	100	0	56	42	21	28	7	1.79
2457244--2457317	33	2.3	33	86	9	100	44	21	21	12	1.84
2457380--2457466	20	4.3	20	88	0	120	21	19	20	37	1.94
2457952--2457993	21	2.2	19	87	12	59	21	35	19	23	1.96
2459411--2459446	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2459548--2459611	33	1.9	34	83	3	85	42	21	23	12	1.87
2459612--2459697	19	4.7	19	79	15	101	13	20	19	45	1.85
2459612--2459730	52	2.2	53	86	2	168	14	22	20	42	1.88
2459702--2459790	20	4.4	20	78	2	99	20	20	22	37	1.95
2459704--2459780	40	1.9	41	89	2	120	22	19	19	38	1.93
2459702--2459790	40	2.2	40	84	4	117	20	20	22	37	1.95
2462224--2462277	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2462224--2462291	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2463129--2463260	20	6.6	20	75	6	106	26	18	16	37	1.92
2463139--2463260	40	3.0	40	84	2	147	26	18	16	39	1.91
2463139--2463260	60	2.0	59	81	6	138	26	18	16	39	1.91
2463354--2463390	19	1.9	19	94	0	65	18	18	27	35	1.95
2463357--2463589	20	11.6	20	73	7	159	21	17	22	38	1.93
2463357--2463589	41	5.8	40	81	3	245	21	17	22	38	1.93
2463353--2463570	121	1.8	119	85	4	303	21	16	22	38	1.93
2463700--2463753	20	2.7	19	69	8	54	18	18	29	33	1.95
2470851--2470931	24	3.4	24	91	0	135	22	28	16	33	1.95
2471709--2471753	22	2.0	22	86	4	63	28	31	26	13	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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