genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000190.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000340_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14308945

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8557540--8557638	42	2.4	42	86	3	128	23	20	34	22	1.97
8557540--8557638	21	4.8	20	82	13	110	23	20	34	22	1.97
8557707--8557775	29	2.3	30	87	9	97	47	15	4	31	1.65
8557717--8557777	29	2.0	30	93	6	106	47	16	3	32	1.63
8559042--8559089	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
8560449--8560488	20	2.0	20	90	0	62	22	22	30	25	1.99
8560573--8560636	29	2.2	30	88	2	94	50	15	6	28	1.68
8560584--8560643	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
8561117--8561146	5	6.0	5	92	0	51	3	20	56	20	1.56
8563233--8563299	24	2.8	24	71	13	66	43	11	16	28	1.83
8571768--8571797	13	2.3	13	94	0	51	36	0	26	36	1.57
8574285--8574313	14	2.0	15	93	6	51	17	0	0	82	0.66
8576172--8576412	131	1.8	131	81	3	297	31	12	15	41	1.83
8576304--8576505	109	1.9	109	83	4	264	29	11	18	41	1.85
8577525--8578117	295	2.0	294	96	1	1080	40	6	10	42	1.65
8578188--8578212	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
8578235--8578286	2	26.5	2	96	3	97	50	0	0	50	1.00
8584380--8584419	21	2.0	20	85	5	53	65	2	5	27	1.27
8584400--8584437	16	2.4	16	82	4	51	63	0	5	31	1.17
8584600--8584683	11	7.3	11	71	19	55	59	2	3	34	1.28
8585128--8585219	36	2.5	37	80	7	98	31	14	15	39	1.87
8585159--8585228	36	1.9	37	91	8	117	27	15	15	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8585707--8586149	109	4.2	107	82	5	431	22	18	25	33	1.97
8585783--8586149	109	3.4	108	83	3	454	21	19	25	33	1.97
8586671--8586773	55	1.9	53	82	4	125	34	8	20	35	1.84
8586726--8586884	67	2.4	67	88	4	232	34	11	22	32	1.89
8586927--8587337	37	11.9	37	67	19	253	37	13	20	28	1.91
8586826--8587319	102	4.9	102	95	0	846	37	12	20	29	1.90
8588809--8588872	14	4.4	14	77	14	67	0	12	7	79	0.92
8588819--8588879	10	5.8	10	80	17	70	0	13	6	80	0.90
8588819--8588879	22	2.9	20	83	9	77	0	13	6	80	0.90
8588803--8588893	30	3.0	29	81	12	103	1	14	7	76	1.05
8592199--8592250	21	2.4	21	83	3	68	65	1	3	28	1.21
8592230--8592267	16	2.4	16	82	4	51	63	0	5	31	1.17
8592424--8592483	23	2.7	21	76	16	59	55	0	5	40	1.22
8592433--8592516	11	7.3	11	71	19	55	59	2	3	34	1.28
8592990--8593065	36	2.1	37	87	7	111	30	14	15	39	1.88
8593593--8593769	90	2.0	90	90	0	282	45	6	10	37	1.66
8604920--8605109	22	9.0	21	65	19	101	27	18	21	32	1.97
8604912--8605017	20	5.1	20	70	17	90	25	22	23	28	1.99
8604914--8605181	42	6.4	42	86	3	317	28	19	19	32	1.96
8605602--8605885	53	5.4	53	85	1	336	32	18	25	23	1.97
8607536--8607590	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
8608696--8608842	54	2.7	54	80	3	161	36	17	17	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8608989--8609238	81	3.1	81	88	1	367	38	10	22	29	1.87
8609207--8609267	29	2.1	29	90	0	95	45	6	22	24	1.76
8609128--8609348	110	2.0	110	79	3	239	41	9	22	27	1.84
8613941--8614239	55	5.5	55	86	0	411	35	17	19	27	1.94
8613919--8614239	110	2.9	110	88	1	459	35	17	19	27	1.94
8614403--8614652	81	3.1	80	87	3	367	38	12	21	27	1.89
8614621--8614681	29	2.1	29	90	0	95	47	8	21	22	1.77
8614560--8614762	110	1.8	110	81	8	252	42	10	20	26	1.85
8614773--8614826	24	2.2	26	83	6	67	42	0	20	37	1.52
8616056--8616143	44	2.0	44	84	0	113	36	13	20	29	1.91
8616232--8616311	21	3.8	21	86	0	115	18	16	27	37	1.92
8619835--8619888	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
8620902--8621269	130	2.8	131	87	0	513	38	17	13	31	1.88
8624551--8624619	23	3.0	23	78	0	75	33	26	23	17	1.96
8625011--8625039	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8625101--8625139	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
8629788--8629856	23	3.0	23	84	0	102	30	26	26	17	1.97
8630248--8630274	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8631458--8631618	64	2.5	63	82	6	180	23	24	19	32	1.97
8633231--8633298	2	35.0	2	92	5	113	50	1	0	48	1.10
8633878--8633903	10	2.6	10	100	0	52	73	0	0	26	0.84
8636491--8636528	20	1.9	20	94	0	67	60	5	21	13	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8639248--8639332	29	2.9	29	98	0	161	54	0	5	40	1.25
8640946--8641010	17	3.8	17	85	0	67	35	4	13	46	1.64
8649654--8649890	122	1.9	122	90	0	375	45	16	13	23	1.83
8650367--8650422	20	2.8	20	100	0	112	35	23	21	19	1.96
8656115--8656175	21	2.9	21	90	0	95	32	21	26	19	1.97
8656423--8656488	28	2.4	28	92	0	105	39	12	19	28	1.88
8657422--8657489	33	2.1	32	89	5	102	20	30	16	32	1.94
8659157--8659225	33	2.1	33	83	0	84	23	31	14	30	1.94
8659662--8659718	22	2.6	22	88	0	96	24	17	29	28	1.97
8659938--8659995	18	3.1	18	80	11	71	46	13	10	29	1.77
8664820--8664912	23	4.2	23	73	6	75	33	25	21	19	1.97
8664850--8664914	23	2.8	23	83	0	76	30	26	26	16	1.97
8668790--8668851	32	2.0	32	84	9	83	35	6	22	35	1.80
8669810--8669880	33	2.2	33	94	0	124	42	14	18	25	1.87
8670114--8670174	21	2.9	21	97	0	113	29	21	29	19	1.98
8670426--8670515	28	3.2	28	95	0	153	42	11	20	26	1.85
8670526--8670574	6	8.2	6	76	0	53	46	2	18	32	1.60
8671966--8672022	22	2.6	22	80	0	78	22	21	24	31	1.98
8672236--8672271	18	2.0	18	100	0	72	50	11	11	27	1.72
8675056--8675113	18	3.4	18	72	13	59	24	17	31	27	1.97
8675057--8675121	33	2.0	33	90	0	103	24	21	27	26	1.99
8675148--8675182	12	2.9	12	95	0	61	25	5	40	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8675172--8675232	22	2.8	23	87	9	92	27	19	24	27	1.99
8677560--8677636	8	9.8	8	84	5	77	81	10	2	5	0.93
8683888--8683963	23	3.4	21	72	16	64	32	23	23	19	1.97
8683868--8683966	44	2.2	44	80	7	119	35	23	21	20	1.96
8683898--8683958	23	2.7	23	82	14	81	31	22	26	19	1.98
8686839--8686871	16	2.1	16	88	5	50	21	24	3	51	1.62
8693450--8693526	37	2.1	37	97	0	145	28	27	14	29	1.95
8693997--8694035	21	1.9	20	84	5	51	69	25	0	5	1.09
8694505--8694590	32	2.7	32	81	0	91	23	20	34	20	1.96
8694532--8694597	32	2.1	32	82	0	78	22	19	33	24	1.97
8701503--8701813	155	2.0	155	100	0	622	23	14	21	40	1.90
8705264--8705302	20	2.0	20	94	0	69	30	23	10	35	1.88
8708297--8708345	16	3.1	16	69	0	53	44	2	2	51	1.24
8708762--8708800	3	13.3	3	94	5	71	35	0	0	64	0.94
8709226--8709255	14	2.1	14	93	0	51	50	6	0	43	1.28
8709524--8709621	21	4.7	21	72	19	71	25	0	28	45	1.53
8711168--8711254	26	3.3	26	80	4	104	2	17	25	55	1.54
8711636--8711731	11	8.4	11	70	8	66	30	22	21	25	1.99
8711642--8711732	23	3.9	23	88	1	110	30	24	20	24	1.99
8721865--8722077	97	2.2	96	81	5	247	32	17	20	29	1.95
8722110--8722232	59	2.1	59	81	0	138	34	16	23	26	1.95
8722664--8723016	74	4.8	74	91	1	564	39	14	15	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8722960--8723071	55	2.0	55	92	0	188	40	14	18	26	1.89
8722884--8723145	129	2.0	129	91	0	425	38	14	17	30	1.89
8723027--8723219	36	5.3	35	74	11	172	36	13	17	32	1.89
8723014--8723219	74	2.8	73	90	2	313	36	13	17	32	1.89
8723060--8723192	38	3.6	38	76	8	155	34	14	15	35	1.88
8722812--8723240	203	2.1	203	90	1	673	37	13	17	31	1.88
8722812--8723321	203	2.5	203	85	4	548	38	12	16	31	1.87
8727535--8727591	22	2.6	22	88	0	87	28	28	21	22	1.99
8729568--8729608	19	2.1	20	86	13	59	56	12	0	31	1.36
8730794--8730845	20	2.7	20	84	3	61	32	11	11	44	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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