genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000190.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000340_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14308945

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2472523--2472616	31	3.0	31	92	3	145	20	19	23	37	1.94
2473097--2473139	21	2.0	21	82	8	52	32	4	13	48	1.63
2476014--2476064	2	25.5	2	95	0	93	1	47	0	50	1.12
2489592--2489631	20	2.1	19	90	4	62	37	7	32	22	1.82
2489751--2489798	18	2.7	18	77	9	53	41	0	6	52	1.27
2490889--2490950	24	2.6	24	80	10	65	61	3	0	35	1.12
2501268--2501374	35	3.1	34	81	7	110	32	6	19	41	1.77
2501301--2501377	35	2.2	36	83	6	113	32	3	20	42	1.70
2505825--2505943	35	3.3	36	87	5	170	31	5	19	43	1.72
2507865--2507908	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
2507885--2507938	28	1.9	28	92	0	90	27	0	12	59	1.34
2508297--2508324	5	5.6	5	100	0	56	60	0	39	0	0.97
2508352--2508378	14	1.9	14	100	0	54	7	3	14	74	1.18
2508442--2508480	17	2.3	17	86	8	53	41	0	12	46	1.42
2508400--2508562	84	2.0	84	92	2	276	39	2	8	49	1.47
2510033--2510075	14	3.1	14	86	0	59	46	2	4	46	1.36
2510159--2510195	18	2.1	18	94	0	65	40	0	2	56	1.13
2510201--2510245	24	1.9	24	86	4	65	40	2	4	53	1.33
2510212--2510253	17	2.5	17	80	0	57	40	0	2	57	1.12
2512610--2512674	28	2.3	29	82	10	82	46	13	1	38	1.53
2512729--2512784	26	2.3	25	88	11	82	57	16	0	26	1.39
2512912--2512971	29	2.1	29	93	0	102	18	40	25	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2517177--2517201	11	2.3	11	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2519186--2519228	22	2.0	22	86	4	61	41	0	2	55	1.12
2529775--2530033	29	8.6	30	71	8	152	37	6	2	52	1.42
2529777--2529919	57	2.5	57	82	5	173	37	6	1	54	1.36
2530018--2530091	30	2.5	30	78	8	82	37	6	2	52	1.42
2530174--2530308	28	4.6	28	70	18	96	54	0	8	37	1.30
2530162--2530321	59	2.7	56	78	12	153	51	0	8	40	1.31
2530311--2530360	18	2.7	18	84	3	64	38	0	14	48	1.44
2531235--2531279	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
2533349--2533393	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
2535090--2535214	64	1.9	66	88	6	193	27	21	16	34	1.95
2535090--2535232	64	2.2	64	85	8	184	27	22	16	33	1.96
2536356--2536400	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2544713--2544738	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
2546586--2546612	14	1.9	14	100	0	54	40	0	14	44	1.46
2546794--2546840	22	2.1	23	92	4	78	53	0	0	46	1.00
2548994--2549041	15	3.2	15	81	0	51	39	0	20	39	1.53
2549464--2549524	23	2.7	23	89	0	104	19	26	24	29	1.99
2550419--2550498	37	2.2	37	100	0	160	27	5	15	52	1.63
2555859--2555903	15	3.0	14	81	12	54	11	8	4	75	1.17
2555873--2555913	14	3.0	13	82	10	55	12	7	4	75	1.16
2558781--2558826	23	2.0	23	82	0	56	30	23	23	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2558804--2559108	150	2.0	149	95	0	547	34	20	16	27	1.95
2560246--2560280	19	1.9	17	88	11	52	60	0	37	2	1.12
2565809--2565853	23	2.0	23	81	0	54	26	24	26	22	2.00
2567267--2567301	19	1.9	17	88	11	52	60	0	37	2	1.12
2571521--2571556	14	2.6	14	90	0	63	22	44	19	13	1.86
2573414--2573438	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2573421--2573477	20	2.8	20	77	15	55	36	3	0	59	1.14
2573865--2573928	23	2.7	23	78	9	58	34	0	1	64	1.03
2575413--2575441	3	10.0	3	92	7	51	34	0	0	65	0.93
2583539--2583592	28	1.9	28	100	0	108	50	12	14	22	1.77
2587833--2587910	39	2.0	39	97	0	147	42	16	15	25	1.87
2593251--2593297	22	2.1	22	92	0	76	53	0	0	46	1.00
2593328--2593365	18	2.1	19	90	5	60	50	5	0	44	1.24
2593500--2593558	19	2.8	20	75	19	59	49	0	0	50	1.00
2593507--2593543	18	2.1	18	90	10	58	48	0	0	51	1.00
2596185--2596219	10	3.5	10	88	11	54	62	0	0	37	0.95
2596187--2596229	19	2.2	20	83	4	52	65	0	2	32	1.06
2596213--2596272	25	2.4	25	75	8	59	56	0	1	41	1.09
2598467--2598509	23	1.9	23	90	4	70	55	4	0	39	1.20
2598592--2598674	43	1.9	43	88	9	125	55	1	1	42	1.15
2600338--2600388	3	16.7	3	95	4	93	64	0	0	35	0.94
2612091--2612203	20	5.6	21	76	8	101	30	31	12	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2612127--2612238	41	2.7	43	81	9	128	27	26	14	31	1.95
2612133--2612238	20	5.3	19	75	13	70	28	26	15	30	1.96
2612260--2612351	40	2.3	40	83	7	107	31	23	10	33	1.90
2612297--2612385	20	4.6	19	73	14	74	31	22	10	35	1.87
2612274--2612362	40	2.2	40	86	4	117	31	21	11	35	1.89
2613151--2613184	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
2613309--2613363	24	2.3	24	84	3	76	23	18	16	41	1.89
2615634--2615669	18	2.0	18	88	0	54	55	22	2	19	1.56
2617530--2617627	21	4.7	21	93	0	160	22	19	36	21	1.95
2618020--2618069	21	2.4	21	82	0	64	34	32	14	20	1.92
2622776--2622804	13	2.2	13	100	0	58	55	24	6	13	1.63
2623511--2623559	22	2.2	22	85	0	62	22	22	36	18	1.95
2623712--2623779	20	3.3	20	82	14	77	20	11	22	45	1.83
2625883--2625928	21	2.2	21	85	14	60	52	0	2	45	1.13
2625891--2625932	7	6.3	7	81	8	52	45	0	0	54	0.99
2627496--2627656	64	2.5	63	83	5	189	34	18	21	26	1.96
2628248--2628310	23	2.7	23	87	4	92	20	26	26	25	1.99
2631647--2631752	54	1.9	55	84	1	142	19	16	7	56	1.63
2632180--2632212	14	2.3	15	89	5	50	33	0	0	66	0.92
2634204--2634261	21	2.8	21	86	0	80	20	39	27	12	1.88
2641863--2641912	23	2.2	23	89	7	75	26	14	18	42	1.87
2649510--2649548	15	2.6	15	80	15	53	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2650204--2650238	3	11.7	3	87	0	52	2	2	65	28	1.21
2654673--2654721	21	2.3	21	89	0	71	18	24	34	22	1.96
2659083--2659112	5	6.0	5	92	0	51	3	20	16	60	1.50
2662420--2662536	58	2.0	58	83	3	146	37	11	11	39	1.78
2663837--2663950	60	1.9	60	82	7	142	37	21	6	35	1.78
2664200--2664236	18	2.1	18	94	0	65	32	37	0	29	1.58
2669544--2669596	24	2.2	24	96	0	97	26	18	32	22	1.97
2669890--2670064	60	2.9	61	81	4	185	41	3	18	36	1.67
2672284--2672323	19	2.2	17	91	8	62	22	27	12	37	1.90
2678972--2679027	24	2.3	24	78	9	60	35	1	3	58	1.26
2680863--2680931	23	3.1	22	69	8	59	8	23	15	52	1.71
2694885--2695000	40	3.0	39	80	7	119	50	17	7	24	1.71
2702598--2702728	66	2.0	66	92	0	217	28	2	29	40	1.69
2706178--2706233	19	2.9	19	91	0	94	33	28	14	23	1.94
2706278--2706331	21	2.6	21	81	0	72	25	22	18	33	1.97
2706957--2707000	19	2.3	19	88	7	63	13	18	22	45	1.84
2707005--2707053	20	2.5	20	82	0	62	20	18	24	36	1.94
2707036--2707076	20	2.0	20	100	0	82	9	14	19	56	1.66
2707040--2707083	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
2708669--2708708	21	1.9	21	84	0	53	20	20	25	35	1.96
2708993--2709055	20	3.2	20	90	0	99	36	25	20	17	1.94
2709624--2709694	21	3.4	21	73	7	63	22	38	15	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2709625--2709736	42	2.7	42	80	0	107	22	35	17	24	1.95
2709667--2709736	21	3.3	21	73	11	63	22	34	20	22	1.97
2711249--2711322	20	3.7	20	81	3	78	45	25	16	12	1.81
2711398--2711554	20	7.8	20	92	0	242	27	19	21	31	1.97
2711345--2711554	40	5.4	40	82	7	247	25	19	21	33	1.97
2713790--2713826	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
2714017--2714068	24	2.2	24	82	0	59	36	17	19	26	1.94
2714708--2714745	17	2.2	17	100	0	76	26	5	36	31	1.79
2714705--2714755	17	2.6	20	76	23	63	25	7	39	27	1.83
2714945--2714993	21	2.4	20	83	10	55	42	18	18	20	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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