genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000190.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000340_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14308945

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13772145--13772206	23	2.7	22	80	9	72	79	6	12	1	1.00
13772145--13772213	20	3.2	20	82	10	66	79	5	11	2	1.01
13773712--13773816	37	2.9	36	90	2	156	25	22	13	38	1.91
13773932--13774016	36	2.4	36	86	2	109	24	21	12	41	1.88
13773730--13774116	100	3.9	102	93	2	642	29	20	12	37	1.89
13774030--13774116	36	2.4	36	86	0	111	26	21	12	39	1.89
13774733--13775362	109	5.9	107	84	5	590	32	26	19	21	1.97
13775773--13775874	37	2.8	37	82	7	118	38	14	14	32	1.87
13776318--13776403	11	7.3	11	72	21	50	34	3	2	59	1.27
13776461--13776487	10	2.7	10	100	0	54	18	0	7	74	1.05
13776579--13776612	16	2.1	16	88	0	50	32	5	0	61	1.20
13776593--13776643	21	2.4	22	80	3	59	27	3	1	66	1.20
13778336--13778390	18	3.1	19	87	7	71	30	5	0	63	1.17
13778334--13778382	24	2.0	24	84	4	62	34	4	0	61	1.15
13778384--13778423	15	2.6	16	88	8	64	42	0	0	57	0.98
13781841--13782001	64	2.5	62	80	6	169	33	19	24	22	1.97
13783343--13783395	22	2.4	22	84	6	63	33	11	20	33	1.88
13783610--13783701	23	4.0	23	85	0	112	17	22	26	33	1.96
13787101--13787261	64	2.5	65	81	7	168	34	18	22	24	1.96
13787665--13787710	20	2.3	21	82	14	53	50	0	15	34	1.44
13788379--13788405	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
13788873--13789009	23	6.0	23	87	0	184	20	27	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13795547--13795903	36	10.0	36	91	1	540	24	28	19	27	1.99
13798019--13798056	17	2.3	16	95	4	67	50	0	0	50	1.00
13798423--13798463	21	2.0	21	85	0	55	41	17	0	41	1.49
13798700--13798761	32	2.0	31	87	6	90	35	22	9	32	1.87
13801688--13801765	20	3.8	20	73	17	61	28	15	26	29	1.96
13804160--13804228	23	3.0	23	80	0	84	33	26	23	17	1.96
13805821--13805878	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
13805931--13806001	19	3.7	19	98	0	133	21	25	16	36	1.94
13805822--13806018	102	1.9	105	80	8	231	24	22	17	35	1.96
13806388--13806438	25	2.0	26	81	11	61	39	15	3	41	1.66
13808161--13808185	6	4.2	6	100	0	50	52	0	16	32	1.44
13809690--13809749	20	2.8	20	77	10	57	31	16	23	28	1.96
13810361--13810410	23	2.1	23	85	7	64	24	18	24	34	1.96
13810875--13810902	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
13811218--13811261	21	2.1	21	100	0	88	52	0	25	22	1.48
13814915--13815023	24	4.5	24	87	0	155	19	13	14	52	1.75
13814915--13815021	12	8.9	12	71	7	83	18	14	14	52	1.75
13817194--13817223	15	1.9	16	93	6	53	40	6	13	40	1.71
13819461--13819533	24	3.0	24	85	0	92	19	10	10	58	1.61
13819465--13819571	12	8.9	12	67	8	56	20	12	13	54	1.70
13819552--13819610	24	2.5	24	80	0	73	16	10	18	54	1.70
13819490--13819574	36	2.4	36	88	4	118	21	12	12	52	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13819465--13819602	60	2.3	60	78	5	143	20	10	14	54	1.70
13824897--13824932	18	1.9	19	88	5	56	19	8	13	58	1.61
13828573--13828620	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
13831485--13832785	183	7.1	183	94	1	2193	33	16	14	36	1.89
13833976--13834053	9	8.7	9	81	0	75	23	33	7	35	1.83
13833989--13834070	36	2.3	36	86	0	119	19	32	9	37	1.85
13833977--13834070	12	7.8	12	84	0	89	21	32	8	37	1.84
13833976--13834053	6	13.0	6	81	0	75	23	33	7	35	1.83
13834007--13834070	18	3.6	18	70	8	58	17	32	10	39	1.84
13835558--13836490	200	4.7	200	97	0	1733	30	17	14	37	1.90
13835558--13836490	399	2.3	399	97	0	1722	30	17	14	37	1.90
13836613--13836657	19	2.4	19	96	0	81	55	8	2	33	1.43
13838454--13838519	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
13838553--13838617	21	3.1	21	93	0	103	16	30	10	41	1.83
13840623--13840675	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
13840820--13840875	20	2.8	19	80	15	60	17	17	8	55	1.67
13841001--13841047	20	2.3	20	89	10	78	17	19	8	55	1.67
13840787--13841259	181	2.6	182	88	2	684	26	17	13	42	1.87
13843526--13843729	99	2.1	98	86	5	277	36	20	20	22	1.95
13870510--13872171	828	2.0	828	96	0	3083	27	14	24	34	1.94
13874522--13875087	284	2.0	281	95	1	1024	39	17	11	31	1.85
13879139--13879617	182	2.6	182	89	1	710	41	13	16	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13879534--13879571	20	1.9	20	84	10	51	55	5	15	23	1.61
13881383--13881438	24	2.4	23	82	8	69	42	0	8	48	1.34
13881826--13881869	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
13883755--13883802	19	2.5	19	89	0	69	33	4	12	50	1.59
13885234--13885394	62	2.6	61	79	3	169	23	23	21	31	1.98
13886370--13887528	200	5.8	199	93	1	1926	37	14	16	31	1.89
13890489--13890597	51	2.1	52	83	8	134	36	19	19	24	1.94
13890306--13890793	252	1.9	251	84	4	653	37	15	15	30	1.90
13890656--13891010	177	2.0	177	88	2	525	38	14	16	30	1.89
13893424--13894126	201	3.5	198	81	6	736	40	13	15	30	1.86
13894151--13894312	87	1.9	87	94	0	288	33	13	10	42	1.79
13894234--13894285	23	2.3	23	89	0	77	34	13	9	42	1.77
13894229--13894272	23	1.9	23	95	0	79	34	13	9	43	1.76
13895745--13895775	2	15.5	2	93	0	53	51	0	3	45	1.17
13895775--13895801	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
13896155--13896307	37	4.1	37	96	0	288	48	2	29	19	1.62
13896895--13897000	40	2.7	40	85	4	137	40	0	1	56	1.16
13896868--13897003	14	10.8	12	69	19	73	38	0	2	58	1.16
13896922--13897008	40	2.2	41	93	4	151	40	2	2	55	1.25
13896876--13896995	13	9.4	13	68	15	54	40	0	2	56	1.18
13896864--13897011	61	2.3	62	76	13	151	39	1	2	57	1.19
13896935--13897023	40	2.4	38	83	12	105	40	2	2	55	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13897530--13897589	31	1.9	31	89	0	93	43	8	6	41	1.61
13897883--13897966	41	2.1	42	82	10	104	36	16	15	30	1.90
13897883--13897958	40	1.9	39	82	12	93	38	15	15	30	1.89
13898736--13898869	41	3.3	40	73	10	119	32	17	20	29	1.95
13900759--13900788	3	9.7	3	92	7	51	33	0	0	66	0.92
13902510--13902573	2	31.5	2	96	3	119	48	1	0	50	1.10
13905598--13905725	35	3.7	35	72	9	91	39	13	17	30	1.88
13914106--13914173	23	3.0	23	86	0	82	19	23	25	32	1.97
13914114--13914184	23	3.2	22	82	7	72	18	22	26	32	1.97
13918938--13918968	2	15.0	2	93	6	53	48	3	0	48	1.17
13923350--13923413	23	2.8	23	78	4	67	20	25	18	35	1.95
13923409--13923449	22	1.9	22	90	5	66	17	17	26	39	1.91
13923439--13923488	24	2.1	24	88	0	73	18	20	22	40	1.92
13924330--13924367	17	2.2	17	86	9	51	42	0	2	55	1.14
13926640--13926679	19	2.1	19	85	0	53	45	7	2	45	1.45
13927042--13927192	42	3.5	44	79	8	150	29	15	20	33	1.94
13927226--13927300	3	26.0	3	74	12	50	36	1	0	62	1.04
13927227--13927300	17	4.8	17	71	24	56	36	1	0	62	1.04
13927223--13927299	26	3.1	26	70	24	67	33	1	0	64	1.01
13927226--13927286	18	3.4	19	74	17	58	31	1	0	67	1.01
13927279--13927307	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
13928417--13928460	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13928763--13928817	22	2.4	22	82	17	67	27	0	5	67	1.12
13928884--13929194	144	2.2	141	79	10	335	39	6	6	46	1.57
13930604--13930711	36	3.0	36	93	0	171	41	18	10	29	1.83
13931308--13931347	21	2.0	20	85	14	55	25	15	5	55	1.60
13931350--13931374	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
13931327--13931384	28	2.1	28	84	6	75	18	13	10	56	1.65
13938812--13939029	54	4.0	54	85	4	296	37	15	20	26	1.92
13939795--13940081	112	2.6	112	90	1	432	36	17	19	25	1.94
13940293--13940476	101	1.8	102	92	1	316	39	12	20	27	1.88
13940713--13940791	3	27.7	3	70	14	60	31	1	0	67	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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