genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000190.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000340_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14308945

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3--5120	7	780.1	7	86	10	5628	36	44	3	15	1.62
5121--5196	7	11.3	7	87	10	88	23	56	19	0	1.42
5119--5189	13	5.4	13	80	15	83	26	54	18	0	1.43
5107--5182	6	11.8	6	86	8	71	28	53	14	2	1.54
5121--5259	7	20.3	7	82	12	85	20	55	19	5	1.61
5121--5208	20	4.4	20	80	5	97	22	55	21	0	1.43
5207--5265	13	4.6	13	89	8	86	15	55	15	13	1.69
5212--5265	20	2.8	20	89	10	85	14	57	14	12	1.66
5263--5330	7	10.4	7	80	15	67	14	58	26	0	1.36
5263--5322	6	9.5	6	83	5	66	13	58	28	0	1.36
5251--5323	24	2.9	25	84	11	89	13	58	26	1	1.43
6694--7125	214	2.0	215	93	1	740	26	14	20	37	1.92
9331--9391	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
9296--9424	35	3.6	36	87	7	167	34	5	17	42	1.73
9779--9860	7	11.7	7	97	0	137	18	43	23	14	1.86
9775--9869	7	13.6	7	95	0	109	21	42	22	14	1.89
11224--11655	214	2.0	215	93	1	731	26	14	20	37	1.92
13858--13921	21	3.4	20	66	29	59	31	4	18	45	1.70
13850--13968	35	3.3	36	88	5	170	33	5	17	43	1.71
13823--13966	72	2.1	69	84	7	184	34	5	17	42	1.73
14365--14400	16	2.2	17	90	5	56	33	0	22	44	1.53
18436--18494	20	3.2	20	65	30	51	30	5	22	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18402--18542	34	4.2	35	83	11	161	31	6	19	42	1.77
19334--19395	22	3.0	21	68	15	56	45	32	1	20	1.61
21882--21995	60	1.9	60	87	0	165	37	9	17	35	1.83
25814--25843	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
31754--31829	3	24.0	3	79	10	80	63	1	2	32	1.17
31754--31831	13	6.1	13	78	11	72	62	1	2	33	1.17
31761--31829	32	2.2	32	89	0	102	62	1	2	33	1.19
31754--31822	16	4.4	16	85	1	95	63	0	2	33	1.09
32786--32816	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
45668--45708	4	10.2	4	94	0	73	24	2	0	73	0.96
53136--53214	40	2.0	40	100	0	158	20	22	10	46	1.80
57031--57075	22	2.1	22	95	4	83	77	13	4	4	1.07
58168--58279	57	2.0	57	92	0	188	25	8	22	42	1.82
60462--60486	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
70013--70048	18	2.1	18	89	5	56	47	0	0	52	1.00
71018--71048	16	1.9	16	93	0	53	61	9	12	16	1.56
73236--73269	16	2.1	16	94	0	59	58	0	2	38	1.13
73236--73273	16	2.3	16	90	4	58	57	0	2	39	1.12
96619--96671	22	2.4	22	84	6	63	22	26	22	28	1.99
97275--97320	24	1.9	24	95	0	83	32	26	23	17	1.97
104531--104570	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
109027--109063	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109108--109161	21	2.6	21	78	0	63	29	20	18	31	1.96
109199--109260	20	3.1	20	90	0	97	25	29	19	25	1.99
110079--110132	24	2.2	24	96	0	99	20	16	20	42	1.89
112394--112428	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
112772--113003	94	2.5	94	85	3	290	35	21	17	26	1.95
112801--112938	74	1.9	73	89	1	213	36	21	16	25	1.94
112744--112954	20	10.9	20	81	6	227	35	21	16	27	1.94
112993--113070	20	3.9	20	83	6	95	12	16	24	46	1.82
113145--113253	36	3.3	36	69	21	119	53	15	3	27	1.59
113122--113275	63	2.4	63	94	4	263	51	16	2	28	1.58
113253--113289	14	2.6	14	100	0	74	48	21	0	29	1.50
114676--114769	21	4.5	21	73	6	75	21	18	38	22	1.93
114676--114798	42	2.9	41	80	4	138	23	17	37	21	1.94
115293--115341	20	2.5	20	96	0	89	36	26	22	14	1.92
115399--115436	20	1.9	20	88	0	58	13	18	18	50	1.78
115409--115478	33	2.1	34	86	2	97	17	20	17	45	1.85
115472--115538	20	3.3	20	81	8	82	19	19	23	37	1.94
117336--117464	20	6.8	20	74	13	85	46	22	15	15	1.83
117358--117459	53	1.9	54	83	2	134	44	23	14	17	1.86
117338--117475	73	1.9	74	95	1	251	43	22	15	18	1.88
117855--117896	22	1.9	22	100	0	84	21	14	38	26	1.91
118075--118118	20	2.2	20	87	0	61	20	20	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118214--118259	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
118225--118261	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
120577--120730	31	5.0	31	96	1	274	38	22	19	19	1.94
124869--125022	31	5.0	31	96	1	274	38	22	19	19	1.94
130668--130857	60	3.2	60	80	3	220	38	5	25	30	1.79
135013--135118	36	3.0	35	83	6	115	21	21	21	34	1.96
153800--153837	14	2.6	15	87	8	60	13	15	5	65	1.43
154183--154207	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
156136--156173	14	2.6	15	87	8	60	13	15	5	65	1.43
157918--157971	26	2.1	26	100	0	108	37	25	16	20	1.93
159682--159872	29	6.6	29	86	5	251	50	15	1	32	1.51
161256--161284	15	1.9	15	100	0	58	58	13	13	13	1.63
163302--164948	823	2.0	823	94	0	2909	31	17	20	30	1.96
167291--167340	22	2.3	21	83	6	64	72	4	10	14	1.26
176942--176975	16	2.1	16	94	0	59	8	14	5	70	1.31
181806--181854	22	2.2	22	82	7	55	53	6	10	30	1.59
191279--191356	36	2.2	35	86	4	104	30	2	20	46	1.64
195854--195914	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
195848--195952	35	3.0	35	91	2	158	31	3	18	46	1.66
199120--199225	37	2.9	37	90	5	178	39	16	20	23	1.92
199158--199367	103	2.0	102	88	2	314	40	14	18	26	1.89
199249--199577	171	1.9	171	88	3	498	38	14	17	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199513--199571	30	2.0	30	86	6	84	32	11	18	37	1.87
199566--199636	36	2.0	36	85	0	97	36	14	23	25	1.92
199655--199727	37	2.0	37	91	0	119	42	12	19	26	1.86
199526--199811	102	2.9	102	88	7	394	36	12	20	29	1.90
199789--199989	72	2.7	75	82	11	206	39	14	17	27	1.89
199878--199998	36	3.4	35	70	8	109	39	14	18	28	1.89
201156--201509	183	1.9	183	94	0	627	29	20	20	28	1.98
213184--213311	59	2.2	59	92	2	213	50	11	5	32	1.61
226869--226911	19	2.2	20	84	8	54	60	2	2	34	1.22
236176--236403	111	2.1	111	94	0	402	45	10	7	37	1.65
236540--236568	10	2.9	10	100	0	58	48	0	31	20	1.50
238010--238216	105	2.0	105	95	0	369	28	9	25	37	1.86
265234--265352	59	2.0	59	86	0	166	31	15	15	36	1.89
269904--269931	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
270698--270732	13	2.5	15	86	13	56	68	5	2	22	1.24
276095--276167	24	3.0	24	84	4	58	12	13	23	50	1.75
276112--276161	14	3.9	13	75	20	52	10	10	22	58	1.60
276106--276180	24	3.1	24	88	3	89	13	10	20	56	1.66
276905--276979	10	7.7	10	71	21	61	8	10	22	58	1.57
276910--276975	16	4.1	16	92	0	114	7	10	24	57	1.58
277045--277077	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
288544--288582	20	1.9	21	84	5	53	35	15	0	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291613--291659	23	2.0	23	83	4	58	48	12	21	17	1.79
295024--295079	24	2.3	24	90	0	85	50	26	21	1	1.59
300747--300822	33	2.3	34	82	11	102	17	3	32	46	1.66
300875--300944	33	2.1	34	89	2	106	14	8	31	45	1.75
300711--300947	128	1.8	132	82	6	313	21	7	29	41	1.80
301117--301189	34	2.1	34	94	0	128	2	23	42	31	1.68
305419--305517	31	3.2	31	77	8	94	43	9	7	40	1.64
310515--310573	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
315199--315257	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
318138--318166	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62