genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000190.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000340_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14308945

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1960355--1960399	2	23.0	2	95	4	83	48	0	0	51	1.00
1962158--1962197	20	2.0	20	90	0	62	17	7	10	65	1.46
1969556--1969603	23	2.1	23	100	0	96	25	10	16	47	1.78
1980817--1980876	24	2.5	24	88	0	84	11	10	20	58	1.61
1981952--1982010	10	5.7	10	75	18	50	10	8	18	62	1.51
1981958--1982004	16	2.9	17	81	6	62	8	8	19	63	1.48
1982076--1982108	16	2.1	16	94	0	57	6	12	21	60	1.53
1986657--1986732	28	2.7	28	84	8	84	32	3	3	59	1.34
1986688--1986744	19	3.1	19	72	27	59	35	3	3	57	1.33
1989883--1990503	71	8.8	71	87	4	853	24	19	16	39	1.92
1989883--1990503	143	4.4	142	85	5	862	24	19	16	39	1.92
1989883--1990510	214	3.0	213	88	3	928	24	19	16	39	1.92
1995918--1995982	26	2.4	27	82	7	71	61	4	1	32	1.26
1996506--1996541	13	2.7	13	91	4	54	69	0	2	27	1.02
2003529--2003554	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2003656--2003716	23	2.7	23	92	0	104	27	26	27	18	1.98
2008309--2008348	12	3.3	13	83	13	50	50	10	0	40	1.36
2008652--2008712	23	2.7	23	81	0	86	29	26	24	19	1.99
2021291--2021317	12	2.2	12	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2025098--2025127	12	2.5	12	100	0	60	76	6	0	16	0.99
2025094--2025127	18	1.9	17	88	5	50	76	5	0	17	0.98
2027009--2027082	39	1.9	37	83	5	94	22	18	37	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2026850--2027212	129	2.8	128	82	10	431	24	17	32	25	1.97
2028199--2028234	19	1.9	19	94	5	65	2	8	0	88	0.59
2028198--2028237	13	3.2	13	82	3	55	2	7	0	90	0.55
2031712--2031750	20	2.0	20	85	10	53	64	7	10	17	1.48
2045449--2045492	17	2.4	17	85	11	52	45	2	2	50	1.27
2045997--2046115	61	2.0	60	96	1	220	34	6	15	43	1.73
2050137--2050213	27	3.0	27	88	9	117	15	22	16	45	1.85
2055661--2055698	15	2.7	15	84	12	53	65	2	0	31	1.06
2055725--2055778	20	2.8	20	83	13	60	42	5	0	51	1.25
2055725--2055766	20	2.0	21	86	13	61	45	4	0	50	1.23
2066645--2066849	32	6.2	32	74	11	173	44	18	10	26	1.82
2066623--2066834	32	6.3	36	71	15	141	45	18	9	26	1.80
2066706--2066834	18	7.5	17	67	13	66	44	18	10	27	1.82
2066675--2066849	68	2.6	68	91	1	280	44	17	11	26	1.83
2067523--2067578	30	1.9	28	82	7	67	37	12	8	41	1.74
2072279--2072401	31	4.0	31	81	0	129	26	13	14	45	1.82
2074333--2074374	20	2.1	20	86	0	57	30	11	21	35	1.90
2075131--2075354	112	2.0	112	99	0	439	20	13	23	42	1.88
2077033--2077068	18	2.0	18	88	0	54	30	8	16	44	1.77
2078229--2078298	18	3.7	18	80	14	86	20	24	31	24	1.98
2087364--2087406	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
2088089--2088230	70	2.0	70	97	0	266	14	22	23	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2092180--2092240	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
2095137--2095184	21	2.3	21	96	0	87	16	25	29	29	1.97
2097749--2097792	2	22.5	2	90	4	72	47	0	2	50	1.13
2108443--2108482	19	2.1	19	100	0	80	45	15	5	35	1.68
2109725--2109770	2	23.5	2	91	4	76	50	0	2	47	1.13
2111097--2111310	20	10.6	20	77	6	137	33	19	19	27	1.96
2111080--2111288	41	5.1	42	75	9	175	31	20	18	29	1.96
2111211--2111310	41	2.5	41	86	1	130	40	21	18	21	1.92
2111851--2111928	20	3.8	21	83	5	83	51	16	19	12	1.76
2111910--2111974	14	4.3	14	73	17	58	46	21	23	9	1.80
2111905--2111985	33	2.5	33	93	0	135	46	22	20	9	1.80
2112003--2112059	14	3.7	14	70	20	51	10	24	21	43	1.83
2111989--2112113	34	3.7	33	91	3	196	13	23	19	44	1.86
2111986--2112141	67	2.2	67	86	9	215	12	23	17	46	1.83
2111986--2112142	20	8.9	19	67	23	83	13	22	17	45	1.83
2113805--2114173	94	4.0	94	90	4	556	21	12	17	47	1.81
2113805--2114173	185	2.0	184	88	4	548	21	12	17	47	1.81
2114267--2114343	19	4.0	19	88	3	118	49	18	22	10	1.77
2114267--2114382	20	6.3	19	80	13	125	49	22	19	8	1.75
2114273--2114391	19	6.4	19	76	17	108	47	23	18	10	1.78
2114391--2114468	17	4.5	17	69	18	54	14	17	20	47	1.82
2114441--2114496	20	2.8	20	75	2	60	16	17	19	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2116486--2116603	19	6.7	19	67	19	85	11	24	20	43	1.85
2116490--2116583	33	2.8	33	96	0	170	11	24	19	44	1.84
2116556--2116610	20	2.8	19	83	2	65	18	21	21	38	1.94
2119084--2119137	24	2.2	24	90	0	81	38	20	18	22	1.93
2124878--2124909	14	2.3	14	94	0	55	9	6	21	62	1.47
2124874--2124928	24	2.3	24	84	6	67	14	7	16	61	1.54
2125653--2125727	10	7.7	10	69	21	61	9	12	21	57	1.62
2125659--2125723	16	4.1	16	95	0	121	7	12	23	56	1.61
2125793--2125825	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
2128851--2128885	16	2.2	16	94	0	61	62	0	2	34	1.10
2132187--2132251	23	2.8	23	80	0	76	18	16	15	49	1.80
2136209--2136249	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2136424--2136475	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
2136465--2136563	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
2136530--2136723	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
2136530--2136723	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
2137104--2137174	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
2137295--2137349	14	3.6	14	73	21	56	40	23	27	9	1.85
2137295--2137365	33	2.2	33	92	0	115	42	25	23	8	1.82
2137361--2137425	19	3.7	19	74	19	77	10	23	21	44	1.83
2137383--2137472	14	5.7	14	74	23	81	8	25	22	43	1.82
2137366--2137480	33	3.5	33	93	0	203	9	24	20	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2139174--2139644	93	5.1	93	98	1	921	22	12	18	46	1.83
2139688--2139815	19	7.3	19	73	17	116	45	28	17	8	1.78
2139724--2139815	33	2.8	32	90	6	141	45	28	18	7	1.76
2139811--2139945	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
2139833--2139889	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
2139816--2139908	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
2141758--2141830	38	1.9	38	97	0	137	28	1	16	53	1.51
2141753--2141817	19	3.4	19	64	8	51	24	1	15	58	1.46
2141812--2141847	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2141954--2142054	19	5.6	19	83	14	142	43	17	23	14	1.87
2142083--2142389	19	17.4	19	79	16	358	14	20	18	47	1.83
2142083--2142322	71	3.4	71	83	11	355	15	20	17	47	1.83
2142051--2142389	142	2.4	137	89	6	513	14	20	18	46	1.83
2142083--2142361	52	5.2	52	90	6	354	14	20	17	47	1.83
2144690--2144714	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2144889--2144935	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2145608--2145976	20	18.5	20	86	4	458	20	18	26	34	1.96
2147023--2147053	16	1.9	16	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2154285--2154332	18	2.7	18	84	12	55	22	29	10	37	1.88
2156039--2156070	16	2.0	16	93	0	55	34	0	25	40	1.56
2158399--2158558	65	2.5	63	80	6	187	33	21	16	28	1.96
2165602--2165678	25	3.1	24	81	9	84	22	24	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2165640--2165691	25	2.0	26	88	3	79	26	23	23	26	2.00
2166463--2166507	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2168185--2168251	22	3.0	22	93	2	107	20	25	28	25	1.99
2175459--2175507	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
2178387--2178447	3	20.3	3	100	0	122	65	0	0	34	0.93
2178695--2178743	18	2.7	18	81	9	55	36	0	2	61	1.08
2179945--2179976	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2192338--2192410	37	1.9	39	94	5	132	49	2	5	42	1.40
2197929--2197957	3	10.0	3	92	7	51	65	0	0	34	0.93
2205975--2206182	76	2.8	77	87	4	282	25	32	22	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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