genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000190.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000340_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14308945

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
579114--579150	15	2.4	16	86	13	51	32	2	5	59	1.34
579609--579856	130	1.9	130	92	0	415	37	12	14	35	1.85
585891--585941	26	2.0	26	88	0	75	33	25	9	31	1.88
597543--597589	23	2.0	23	84	15	62	48	0	4	46	1.21
602980--603014	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
610057--610139	39	2.1	39	100	0	166	53	4	2	39	1.35
610057--610159	39	2.8	35	88	9	104	55	3	1	38	1.29
613730--613874	76	1.9	76	92	0	245	55	11	7	26	1.61
616168--616325	60	2.7	60	87	3	194	34	23	3	38	1.73
616508--616650	59	2.4	59	80	8	148	40	3	20	34	1.70
617861--617954	21	4.5	21	78	7	102	31	24	21	22	1.98
617877--617976	21	4.8	20	74	15	80	31	23	21	25	1.98
618638--618676	6	6.5	6	100	0	78	0	15	51	33	1.44
618802--618889	21	4.2	21	95	0	158	27	25	25	22	2.00
618874--618937	21	3.1	21	81	14	80	25	21	21	31	1.98
618898--618951	21	2.6	20	85	8	72	20	22	27	29	1.98
624365--624402	20	1.9	20	88	0	58	34	23	13	28	1.92
626889--627416	288	1.8	288	87	0	795	28	19	16	35	1.94
629989--630018	11	2.7	11	94	0	51	43	0	0	56	0.99
630276--630356	39	2.1	39	93	4	137	34	6	23	35	1.80
643210--643359	72	2.1	72	79	0	165	34	14	18	32	1.91
643570--643719	72	2.1	72	85	0	210	36	13	16	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
643208--644243	360	2.9	360	94	0	1786	35	15	19	29	1.93
643930--644079	72	2.1	72	87	0	219	34	14	17	34	1.89
644814--646468	256	6.5	257	97	1	3179	20	22	20	35	1.96
644814--646468	129	12.9	129	97	1	3185	20	22	20	35	1.96
648159--648214	22	2.5	23	82	5	78	37	1	1	58	1.19
652107--652179	22	3.3	22	78	5	58	54	1	0	43	1.08
652123--652154	16	2.0	16	93	0	55	50	3	0	46	1.17
652146--652189	12	3.8	12	90	6	72	61	0	2	36	1.09
652146--652180	11	3.1	11	95	4	61	65	0	0	34	0.93
652146--652189	23	1.9	23	95	0	79	61	0	2	36	1.09
654801--654943	72	2.0	72	80	2	162	33	13	17	35	1.89
671087--671126	21	1.9	21	84	0	53	35	25	25	15	1.94
674846--674882	20	1.9	19	89	10	58	54	8	0	37	1.30
680866--680984	41	2.9	42	93	5	206	15	21	18	44	1.86
681160--681201	21	2.0	23	86	13	63	47	0	0	52	1.00
681265--681323	27	2.1	27	84	9	75	44	0	1	54	1.10
681494--681561	19	3.5	20	90	6	113	35	14	10	39	1.80
681494--681570	39	2.0	39	84	5	102	35	15	9	40	1.79
681544--681625	15	5.5	15	88	2	121	35	19	7	37	1.80
681544--681625	30	2.8	30	94	1	139	35	19	7	37	1.80
681544--681630	45	2.0	44	93	2	147	33	19	6	40	1.78
682551--682679	19	6.5	19	72	11	89	20	20	20	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
682551--682679	41	3.2	40	83	7	156	20	20	20	39	1.93
682571--682680	19	5.5	19	75	8	94	22	19	20	38	1.94
682765--682804	5	7.6	5	97	2	62	25	55	20	0	1.44
683280--683326	5	9.6	5	95	4	87	0	40	21	38	1.53
683327--683431	6	17.5	6	100	0	210	0	16	50	33	1.45
689081--689160	23	3.8	21	79	11	83	16	27	31	25	1.96
695453--695505	19	2.7	19	80	11	63	13	20	18	47	1.82
695574--695603	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
698802--698827	6	4.3	6	100	0	52	30	38	15	15	1.88
700658--700715	30	2.0	30	82	3	73	46	5	17	31	1.70
704879--704982	45	2.3	44	83	4	120	50	5	7	36	1.55
704971--704996	12	2.2	12	100	0	52	50	0	0	50	1.00
715414--715605	32	6.1	31	87	7	273	25	17	20	35	1.95
716334--716380	19	2.5	19	82	0	67	34	14	8	42	1.77
732633--732691	31	1.9	31	89	0	91	40	5	10	44	1.60
732812--732869	18	3.5	17	75	18	59	58	8	0	32	1.28
732806--732884	32	2.5	32	93	0	131	54	8	0	36	1.32
732806--732901	17	6.0	15	68	21	61	53	9	0	37	1.34
732723--733634	156	5.9	152	71	20	442	51	11	0	36	1.43
732987--733029	20	2.1	21	91	4	70	46	9	0	44	1.35
733007--733214	32	6.6	32	75	18	195	50	10	0	37	1.41
732989--733367	77	5.3	74	72	18	289	50	10	0	37	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
733007--733600	103	5.7	104	72	18	383	51	10	0	37	1.41
733146--733195	23	2.2	23	85	0	64	54	12	0	34	1.38
732992--733646	286	2.3	284	84	8	823	51	10	0	37	1.41
733278--733556	53	5.3	52	76	8	289	51	10	0	37	1.41
733325--733367	21	2.0	21	90	0	68	46	9	2	41	1.48
732897--733556	338	2.0	328	90	6	1035	51	10	0	37	1.42
733377--733437	21	2.9	21	85	7	88	50	9	0	39	1.35
733421--733559	32	4.8	31	76	20	165	53	10	0	35	1.36
733536--733645	52	2.2	50	84	9	136	50	13	0	35	1.42
733633--733777	15	10.0	15	85	7	183	48	0	0	50	1.05
733633--733777	58	2.5	56	89	5	209	48	0	0	50	1.05
732992--733740	286	2.6	279	77	12	799	50	9	0	38	1.39
733633--733800	43	3.9	43	84	9	209	49	0	0	49	1.09
734714--734768	23	2.3	24	96	3	103	38	16	18	27	1.92
737965--738057	25	3.6	27	87	8	140	43	15	11	30	1.82
741708--741786	25	3.1	27	80	14	87	39	15	15	30	1.88
743446--743501	22	2.6	21	83	5	67	37	3	10	48	1.56
757674--757702	14	2.1	14	100	0	58	55	6	6	31	1.53
759550--759657	54	2.0	53	96	1	198	52	9	3	34	1.51
761430--761512	42	2.0	42	87	0	121	19	13	16	50	1.77
761433--761521	42	2.1	42	83	4	108	20	12	17	49	1.79
761736--761790	22	2.5	22	85	8	69	43	0	1	54	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761746--761825	32	2.5	32	80	12	83	45	1	1	52	1.16
761810--761919	30	3.7	28	74	19	91	45	0	2	51	1.15
761856--761919	28	2.3	29	84	13	89	46	0	1	51	1.10
762314--762395	15	5.5	15	83	11	82	35	14	6	43	1.70
762314--762395	30	2.8	30	87	5	105	35	14	6	43	1.70
767429--767510	2	41.0	2	100	0	164	50	0	0	50	1.00
767737--767797	31	1.9	32	84	15	83	31	3	8	57	1.44
768252--768290	20	2.0	20	100	0	78	20	7	0	71	1.10
768422--768499	40	2.1	34	84	13	93	58	7	5	28	1.47
771903--771937	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
774319--774364	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
780068--780106	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
781870--781896	14	1.9	14	100	0	54	0	11	0	88	0.50
785933--785989	29	2.0	29	96	3	107	24	26	35	14	1.93
797727--797767	22	1.9	22	85	5	57	78	4	4	12	1.07
805271--805312	21	2.0	21	85	0	57	30	9	7	52	1.61
805305--805377	33	2.2	32	90	4	119	32	8	16	42	1.78
822151--822293	76	1.9	74	88	2	214	34	19	10	34	1.86
824633--824683	25	2.0	25	100	0	102	33	7	15	43	1.76
828799--829234	218	2.0	218	99	0	854	28	20	19	31	1.97
832240--832287	21	2.2	22	81	3	62	52	6	6	35	1.52
832680--833439	81	9.4	80	69	9	371	35	14	11	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
833000--833490	161	3.0	161	80	8	550	35	14	11	38	1.82
833233--833490	81	3.2	79	71	10	227	35	14	13	36	1.85
836083--836155	32	2.3	31	81	9	85	49	12	1	36	1.49
836257--836302	22	2.1	22	100	0	92	41	23	4	30	1.74
842852--842912	20	2.9	21	80	11	54	24	31	26	18	1.97
842895--842934	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
846370--846440	35	2.0	37	83	10	94	45	2	7	45	1.45
850602--850652	15	3.5	15	84	10	70	29	5	15	49	1.68
850598--850691	28	3.2	29	80	7	102	30	5	13	50	1.64
850637--850728	30	2.9	32	81	13	95	31	8	13	46	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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