genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000190.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000340_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14308945

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7831473--7831541	21	3.0	21	69	28	52	52	2	0	44	1.16
7831465--7831547	23	3.6	23	72	19	73	51	2	0	45	1.14
7831618--7831662	23	2.0	23	86	8	65	46	0	4	48	1.22
7831749--7831804	21	2.6	22	83	5	62	42	19	7	30	1.78
7831789--7831818	14	2.1	14	93	0	51	36	20	6	36	1.79
7831864--7831958	43	2.3	43	87	5	133	48	8	11	31	1.69
7835506--7835663	64	2.5	63	78	8	160	31	17	24	27	1.97
7835655--7835700	24	1.9	24	82	8	58	30	17	23	28	1.97
7839142--7839181	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
7839162--7839224	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
7846647--7846784	64	2.2	65	86	5	192	34	18	22	24	1.96
7846792--7846829	20	1.9	20	88	0	58	31	15	23	28	1.96
7847393--7847456	18	3.6	18	91	0	101	14	17	34	34	1.89
7847393--7847462	36	1.9	36	91	0	113	18	17	31	32	1.94
7848709--7848740	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7854356--7854514	63	2.5	64	83	5	171	24	19	22	33	1.97
7859733--7859782	27	2.0	25	85	14	68	28	20	22	30	1.98
7860417--7860575	63	2.5	65	81	7	184	24	18	22	35	1.96
7866079--7866138	23	2.6	23	94	0	102	16	26	28	28	1.97
7867630--7867771	43	3.3	43	82	2	151	20	14	20	44	1.86
7867645--7867909	43	6.3	43	75	3	178	25	16	18	40	1.91
7868493--7868521	15	1.9	15	100	0	58	51	20	0	27	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7871055--7871263	41	5.1	41	86	0	294	34	15	20	30	1.93
7871907--7871967	29	2.1	29	93	0	104	22	24	14	37	1.92
7878115--7878403	45	6.4	45	84	0	355	25	18	13	42	1.87
7878115--7878395	135	2.1	135	89	2	420	25	18	13	42	1.86
7878317--7878391	25	3.2	25	63	18	61	22	21	12	44	1.85
7889418--7889453	17	2.1	18	89	5	56	30	8	0	61	1.26
7892973--7893025	23	2.3	23	90	0	79	35	24	22	16	1.95
7892981--7893037	23	2.5	23	91	0	87	31	24	24	19	1.98
7896000--7896037	8	4.6	8	96	3	67	0	21	0	78	0.74
7896416--7896454	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
7897564--7897603	19	2.1	19	100	0	80	20	47	0	32	1.50
7899282--7899319	20	1.9	20	88	0	58	10	26	36	26	1.89
7899282--7899362	20	3.9	20	76	9	56	14	24	34	25	1.94
7905477--7905505	3	9.7	3	100	0	58	31	0	34	34	1.58
7905812--7905926	51	2.3	51	89	3	169	50	12	4	33	1.59
7906504--7906541	19	2.1	18	90	5	58	50	0	0	50	1.00
7908082--7908116	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
7911479--7911530	25	2.1	25	85	7	70	55	0	5	38	1.24
7911520--7911567	16	3.0	16	82	8	53	54	0	0	45	0.99
7911523--7911574	24	2.2	24	82	6	61	57	0	0	42	0.98
7911659--7911832	93	1.9	90	81	5	206	46	1	1	51	1.16
7911850--7911921	28	2.7	25	76	16	63	45	2	2	48	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7912246--7912285	17	2.4	17	100	0	80	67	17	5	10	1.37
7912243--7912289	17	2.5	19	80	20	62	68	19	4	8	1.33
7915969--7915995	11	2.5	11	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7917344--7917422	30	2.7	29	80	3	95	48	8	16	26	1.75
7917361--7917417	30	1.9	30	92	0	96	45	8	17	28	1.78
7923306--7923360	19	2.8	19	75	8	56	29	7	0	63	1.21
7923346--7923401	16	3.6	15	74	13	51	33	1	1	62	1.16
7923404--7923435	15	2.1	15	94	0	55	12	9	0	78	0.97
7923405--7923458	21	2.6	20	80	13	56	14	5	5	74	1.19
7923448--7923512	32	2.1	29	75	18	51	23	3	4	69	1.21
7923610--7923647	11	3.5	11	89	3	60	23	10	0	65	1.23
7934932--7935135	110	1.9	110	87	2	302	36	22	18	23	1.95
7936682--7936740	16	3.8	15	74	14	57	33	1	1	62	1.15
7936743--7936774	15	2.1	15	94	0	55	12	9	0	78	0.97
7936986--7937029	16	2.6	17	85	7	63	15	9	0	75	1.05
7936545--7937081	256	2.1	257	92	6	937	28	5	2	62	1.33
7939402--7939538	36	3.8	36	82	4	161	18	24	24	32	1.97
7941357--7941574	103	2.1	105	88	1	323	36	11	13	38	1.81
7943451--7943521	24	3.2	24	64	22	64	47	22	11	18	1.80
7943436--7943522	42	2.1	42	93	0	147	48	20	10	20	1.79
7943946--7943989	21	2.1	21	84	16	56	52	2	0	45	1.13
7944384--7944412	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7960399--7960463	22	2.9	23	93	4	114	27	26	21	24	1.99
7961119--7961170	20	2.6	20	78	6	61	25	30	13	30	1.94
7969508--7969595	12	7.3	12	71	15	67	77	3	18	1	0.97
7969502--7969595	24	3.9	23	75	17	84	76	4	18	1	1.00
7969502--7969587	30	2.9	29	77	14	88	76	4	17	1	1.01
7970455--7970526	26	2.9	25	78	13	78	36	6	1	55	1.35
7972467--7972717	67	3.7	67	90	0	385	27	15	15	41	1.88
7976801--7976840	20	2.0	21	95	5	73	27	20	22	30	1.98
7976915--7976986	20	3.6	20	100	0	144	30	19	19	30	1.96
7977205--7977330	67	1.9	67	88	0	189	34	19	12	33	1.89
7977709--7978280	139	4.1	139	83	2	657	32	27	16	24	1.96
7978180--7978351	83	2.1	83	83	0	209	31	27	15	24	1.96
7979905--7979973	30	2.3	30	87	0	102	34	30	7	27	1.84
7980119--7980152	16	2.2	16	89	5	52	23	11	5	58	1.55
7983568--7983648	33	2.6	30	85	12	117	50	2	6	40	1.40
7983583--7983650	33	2.1	33	100	0	136	54	0	5	39	1.25
7989613--7989695	29	2.8	29	94	1	148	40	13	14	31	1.84
7993064--7993093	15	2.0	15	93	0	51	13	0	30	56	1.37
7994378--7994460	29	2.8	29	94	1	148	40	13	14	31	1.84
7998432--7998481	21	2.3	22	89	3	75	54	0	2	44	1.11
7998509--7998539	14	2.2	14	94	0	53	35	0	0	64	0.94
7999257--7999300	22	2.0	22	86	4	61	38	2	18	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8000955--8000989	18	1.9	18	88	11	54	62	0	2	34	1.10
8001800--8001877	22	3.6	21	80	10	86	51	7	7	33	1.59
8005635--8005676	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
8008108--8008172	34	1.9	33	84	3	85	29	12	18	40	1.87
8008111--8008191	34	2.4	33	79	6	81	29	13	19	37	1.90
8008435--8008543	45	2.4	45	96	1	202	32	20	8	39	1.82
8008653--8008767	61	1.9	61	88	0	176	31	26	16	25	1.96
8010667--8010751	30	2.8	30	77	11	93	34	21	8	36	1.83
8011008--8011831	411	2.0	411	92	0	1373	30	17	13	37	1.89
8013055--8013094	2	21.5	2	85	14	59	50	0	0	50	1.00
8014787--8014825	3	12.7	3	94	5	69	35	0	0	64	0.94
8015514--8015561	19	2.8	17	79	17	55	60	16	6	16	1.55
8025425--8025465	16	2.7	15	85	7	55	53	29	0	17	1.44
8027414--8027453	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
8031223--8031262	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
8034205--8034242	20	1.9	20	88	0	58	26	36	26	10	1.89
8036849--8037344	246	2.0	247	99	0	985	31	19	14	34	1.92
8042756--8043257	134	3.8	133	90	1	790	32	22	16	28	1.96
8044144--8044191	19	2.8	17	79	17	55	58	16	8	16	1.61
8052580--8053161	134	4.3	134	92	0	959	31	23	17	28	1.97
8054051--8054098	19	2.8	17	79	17	55	58	16	8	16	1.61
8062432--8062812	93	4.2	91	66	18	222	30	23	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8062328--8062948	134	4.6	134	92	0	976	31	24	17	26	1.97
8063795--8063841	19	2.8	17	81	15	53	59	14	8	17	1.59
8064975--8065006	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8071931--8072090	79	2.0	79	83	0	203	30	24	20	25	1.98
8072085--8072666	134	4.3	134	93	0	957	32	23	17	27	1.96
8076863--8077399	45	12.0	45	96	0	905	33	23	6	37	1.80
8077218--8077291	24	3.2	24	62	30	61	33	17	4	44	1.68
8077426--8077465	7	5.7	7	93	0	71	57	25	0	17	1.40
8077533--8077647	61	1.9	61	88	0	176	32	26	15	25	1.96
8080086--8080193	45	2.4	46	87	7	159	31	17	19	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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