genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000190.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000340_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14308945

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   

This is table  12  of  62  ( 7381 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2714893--2715000	20	5.3	20	75	8	74	31	16	23	28	1.96
2715015--2715059	19	2.3	19	84	3	54	22	17	31	28	1.97
2716029--2716325	149	2.0	149	91	1	488	26	11	20	41	1.85
2718648--2718838	62	3.1	62	83	4	251	41	6	12	39	1.69
2719219--2719243	13	1.9	13	100	0	50	24	28	8	40	1.83
2723839--2723979	67	2.1	67	93	0	237	25	17	17	39	1.91
2730390--2730527	69	2.0	69	95	0	249	24	31	11	32	1.91
2736900--2737092	96	2.0	96	96	0	359	38	16	20	24	1.92
2746125--2746156	13	2.3	15	89	10	50	65	3	0	31	1.08
2758419--2758458	20	2.0	20	85	4	55	55	7	5	32	1.50
2765632--2765676	21	2.1	21	91	0	72	31	26	24	17	1.97
2767052--2767179	31	4.1	31	78	9	134	27	18	19	34	1.95
2767165--2767267	30	3.4	30	95	0	179	24	19	24	32	1.98
2770601--2770650	21	2.4	21	93	0	82	32	14	28	26	1.94
2775541--2775568	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2776754--2776780	13	2.1	13	100	0	54	14	14	40	29	1.86
2781673--2781714	21	2.0	21	90	0	66	0	54	9	35	1.33
2785905--2785943	20	2.0	20	85	5	53	43	0	5	51	1.24
2785909--2785966	31	2.0	30	90	10	93	48	0	3	48	1.18
2785934--2786085	37	3.8	39	83	10	166	48	3	7	40	1.49
2786049--2786132	26	3.0	27	84	10	107	46	1	4	47	1.31
2785981--2786100	37	3.2	36	75	9	114	47	2	6	43	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2786127--2787019	5	181.6	5	92	4	1406	40	2	19	37	1.65
2790373--2790416	22	2.0	22	100	0	88	40	0	54	4	1.21
2796431--2796515	20	4.2	20	70	15	59	35	24	11	28	1.91
2796485--2796654	20	8.6	20	72	10	111	32	21	12	33	1.91
2796547--2796654	40	2.7	40	84	1	128	30	22	12	35	1.90
2796811--2796849	16	2.5	15	84	8	51	28	5	0	66	1.12
2797435--2797468	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
2797594--2797647	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2798388--2798486	42	2.4	42	89	0	153	16	20	35	28	1.94
2800278--2800320	4	10.5	4	90	5	68	48	23	0	27	1.51
2800674--2800734	20	3.0	20	87	0	95	24	27	22	24	2.00
2804521--2804569	25	2.0	25	91	0	80	55	10	6	28	1.57
2804985--2805036	17	3.1	17	75	10	61	34	0	0	65	0.93
2804984--2805058	34	2.2	35	85	7	100	37	0	0	62	0.95
2805017--2805070	26	1.9	30	85	14	80	42	1	0	55	1.10
2805136--2805168	13	2.5	13	90	9	50	36	21	0	42	1.53
2832763--2833074	150	2.1	148	91	4	506	26	17	21	34	1.96
2833042--2833086	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
2833923--2833988	23	2.9	23	83	0	87	30	22	27	19	1.98
2834453--2834480	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2835201--2835283	23	3.6	23	90	3	123	26	25	26	21	2.00
2835387--2835430	18	2.4	19	92	7	81	34	25	18	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2835439--2835634	62	3.2	62	65	22	153	38	22	13	25	1.91
2835300--2835649	121	2.9	120	94	2	598	36	23	14	25	1.93
2836789--2836833	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2840734--2840794	23	2.7	23	82	7	70	26	24	26	22	2.00
2840908--2841089	59	3.0	60	64	21	153	36	24	13	24	1.92
2840810--2841162	121	2.9	120	95	0	625	36	23	14	25	1.92
2841020--2841056	18	2.0	19	94	5	67	37	21	21	18	1.94
2846876--2846943	23	3.0	23	82	0	91	17	22	26	33	1.96
2848826--2848872	23	2.0	23	83	4	58	31	8	8	51	1.63
2849661--2849730	20	3.5	19	78	7	77	25	22	15	35	1.94
2849910--2849938	14	2.1	14	93	6	51	34	0	0	65	0.93
2850683--2850729	24	2.0	24	95	0	85	27	21	17	34	1.95
2852945--2852981	18	2.1	18	94	0	65	56	24	2	16	1.53
2853268--2853332	20	3.2	20	97	0	121	18	20	24	36	1.94
2853391--2853558	64	2.6	64	95	0	291	53	17	2	26	1.56
2854919--2854973	21	2.6	21	80	11	67	25	23	27	23	2.00
2856599--2856641	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
2857209--2857236	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2858075--2858297	105	2.1	104	82	2	259	24	15	21	39	1.91
2858314--2858359	24	2.0	24	86	4	67	23	26	26	23	2.00
2860153--2860205	20	2.7	20	77	16	65	50	22	11	15	1.75
2860566--2860617	22	2.4	22	86	0	77	25	15	40	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2860772--2860820	20	2.5	20	96	0	89	20	10	20	48	1.78
2860811--2860860	20	2.5	20	90	0	82	24	18	24	34	1.96
2860845--2860902	20	2.9	20	74	7	55	22	10	31	36	1.88
2863990--2864034	19	2.4	19	100	0	90	42	0	37	20	1.52
2864578--2864613	18	1.9	19	88	5	56	63	0	13	22	1.29
2864692--2864734	21	2.0	22	82	13	54	48	4	2	44	1.36
2865048--2865074	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2871797--2871845	19	2.7	18	81	9	55	24	14	34	26	1.94
2871859--2871898	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
2874394--2874473	24	3.5	23	77	14	94	27	23	26	22	2.00
2874371--2874493	44	2.8	42	75	12	122	24	21	28	26	1.99
2880246--2880411	64	2.6	63	78	7	185	28	16	26	28	1.97
2880372--2880441	19	3.7	19	90	5	108	30	15	31	22	1.95
2880311--2880473	83	2.0	83	86	3	229	28	15	23	31	1.96
2880455--2880494	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
2883503--2883549	21	2.3	21	88	3	69	42	14	4	38	1.66
2887766--2888146	188	2.0	188	99	0	753	33	19	25	21	1.97
2889128--2889172	21	2.1	21	83	0	54	31	31	24	13	1.93
2889197--2889245	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
2890709--2891129	103	4.1	103	96	0	770	25	12	24	37	1.90
2891149--2891208	23	2.6	23	83	0	75	21	28	26	23	1.99
2894400--2894448	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2895915--2896213	103	2.9	103	98	0	571	26	13	23	36	1.92
2896229--2896289	23	2.7	23	89	0	95	19	26	27	26	1.99
2906083--2906162	40	2.1	39	81	9	92	36	13	17	32	1.89
2906169--2906224	24	2.3	24	84	6	69	8	16	28	46	1.77
2906179--2906231	14	4.1	14	81	18	78	7	15	26	50	1.70
2906180--2906231	24	2.2	24	96	0	95	7	13	26	51	1.67
2907094--2907147	12	4.6	12	90	4	83	27	24	27	20	1.99
2907094--2907147	23	2.3	24	90	3	83	27	24	27	20	1.99
2907353--2907425	16	4.7	16	75	9	71	13	10	19	56	1.67
2907487--2907517	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
2907984--2908035	23	2.2	23	80	10	61	32	3	0	63	1.12
2912256--2912301	23	2.0	23	86	0	65	26	10	23	39	1.88
2916472--2916524	26	2.1	25	92	3	88	18	28	11	41	1.85
2918144--2918175	16	2.0	16	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2918167--2918199	12	2.8	12	95	0	57	60	0	3	36	1.12
2927348--2927452	30	3.5	31	80	14	132	23	21	18	36	1.95
2928289--2928368	30	2.6	30	88	2	115	26	28	11	33	1.91
2929720--2929788	30	2.3	30	100	0	138	37	7	20	34	1.80
2930785--2930845	31	2.0	31	93	0	104	36	14	26	22	1.93
2931506--2931574	21	3.2	21	72	8	66	31	26	20	21	1.98
2937162--2938154	495	2.0	495	94	0	1761	23	20	16	40	1.91
2938389--2938529	30	4.7	30	80	2	133	25	24	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2940338--2940527	95	2.0	95	95	0	344	38	16	13	30	1.88
2942448--2942488	22	1.9	22	85	5	57	36	26	17	19	1.94
2959808--2959837	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2963137--2963279	42	3.4	42	95	1	252	27	41	18	12	1.87
2964972--2966103	106	10.7	106	96	1	1934	22	18	25	33	1.96
2970222--2970364	42	3.4	42	95	1	252	27	41	18	12	1.87
2971456--2971489	11	3.0	11	91	4	50	41	0	11	47	1.40
2972598--2972678	37	2.2	37	86	4	110	28	25	19	25	1.99
2972869--2972922	21	2.6	21	77	13	67	44	0	0	55	0.99
2974768--2974796	15	1.9	15	100	0	58	10	20	62	6	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62